Kudede ühise äratõukereaktsiooni mooduli skoori kasutamine neerusiirdamisel allografti põletiku objektiivse mõõdikuna

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-post:audrey.hu@wecistanche.com

Arya Zarinsefat 1*, Jose M. Arreola Guerra2, Tara Sigdel 1, Izabella Damm1, Reuben Sarwal 1, Chitranon Chan-on1, Gyula Szabo3, Jorge L. Aguilar-Frasco4, Xicohtencatl Ixtlapale,-Carmona4

Carlos Salinas-Ramos 4, Leonardo Ramirez-Martinez 4, Claudio Ramirez 4, Mario Vilatoba4, Luis E. Morales Buenrostro4, Josefifina M. Alberu5 ja Minnie M. Sarwal 1

California ülikooli kirurgiaosakond, San Francisco, CA, Ameerika Ühendriigid,

2 Sisehaiguste osakond, Centenario haigla Miguel Hidalgo, Aguascalientes, Mehhiko,

3 Patoloogia osakond, California ülikool, San Francisco, CA, Ameerika Ühendriigid,

4 Instituto Nacional de Ciencias Medicas y Nutricio´n Salvador Zubira´n, Mexico City, Mehhiko,

5 Meditsiiniosakond, Tecnologico de Monterrey, Escuela de Medicina y Ciencias de la Salud, Mexico City, Mehhiko

Pikaajaline neerusiirdamine(KT) allotransplantaadi tulemused ei ole oodatult paranenud, vaatamata äratõukereaktsiooni paremale mõistmisele ja paranenud immunosupressioonile. Eelnev töö oli kinnitanud arvutatud äratõukereaktsiooni, koe ühise hülgamismooduli (tCRM), mida mõõdeti formaliiniga fikseeritud parafiiniga manustatud (FFPE) biopsiaproovide 11 geeni amplifikatsioonipõhise hindamisega, mis võimaldab kvantitatiivselt ja erapooletult hinnata immuunsüsteemi. vigastus. Rakendasime tCRM-i 124 KT retsipiendiga tulevases uuringus ning tCRM-i ja histoloogilise hinnangu vastandasime kahe sõltumatu patoloogi protokolli ja põhjustasime siirdamisjärgseid biopsiaid. 11 tCRM geeni RNA ekstraheerimiseks ja qPCR abil amplifitseerimiseks kasutati nelja 10- mm raseerimist FFPE biopsia proovidest, mille põhjal arvutati tCRM skoor. Ägeda äratõukereaktsiooni (AR) või piiripealse äratõukereaktsiooni (BL) biopsiadiagnoosides peeti põletikku, samas kui stabiilsetel biopsiatel põletikku ei esinenud. 77 biopsiast, mille mõlemad patoloogid lugesid, esines diagnoosides kokku 40 mittevastavust. AR-i, BL-i ja stabiilsete diagnooside keskmised tCRM-skoorid olid vastavalt 4,87, 1,85 ja 1,27, üldiselt oli oluline erinevus kõigi histoloogiliste rühmade vahel (Kruskal-Wallis, p < 0.0{="" {34}}01).="" patoloogide="" tcrm="" skoorides="" esines="" olulisi="" erinevusi="" nii="" põletiku="" leidmise="" kui="" lahkarvamuse="" (p="0,003)" ja="" mõlema="" põletiku="" leidmise="" ja="" põletiku="" puudumise="" (p="">< 0,001)="" vahel,="" samuti="" üldine="" olulisus="" kõigi="" skooride="" vahel="" (="" kruskal-wallis,="" p="">< 0,001).="" logistiline="" regressioonimudel,="" mis="" ennustas="" transplantaadi="" põletikku,="" kasutades="" erinevaid="" kliinilisi="" ennustavaid="" muutujaid="" ja="" tcrm-i,="" näitas,="" et="" tcrm="" skoor="" on="" ainus="" oluline="" transplantaadi="" põletiku="" ennustaja="" (or:="" 1,90,="" 95="" protsenti="" ci:="" 1,40–2,68,="" p="">< 0,0001).="" kriitilise="" tähtsusega="" on="" kliinilise="" proovi="" tagasilükkamise="" täpne,="" kvantitatiivne="" ja="" erapooletu="" hindamine.="" arvestades="" samade="" proovide="" patoloogide="" lahknevaid="" diagnoose,="" võivad="" üksikisikud="" ebaselgetes="" olukordades="" kasutada="" tcrm-i="" skoori.="" teeme="" ettepaneku,="" et="" tcrm-i="" kvantitatiivne="" skoor="" võib="" pakkuda="" siiriku="" põletiku="" erapooletut="" kvantifitseerimist="" ja="" selle="" kiire="" hindamine="" pcr-iga="" ffpe="" raseerimisel="" võib="" saada="" kriitiliseks="" lisandiks,="" mis="" aitab="" kaasa="" kliiniliste="" otsuste="" tegemisele="" ja="" immunosupressiooni="">

Märksõnad:neeru siirdamine, äge äratõukereaktsioon, biomarkerid, transkriptoomika, formaliiniga fikseeritud parafiiniga varjatud (FFPE), transplantaadi põletik

Cistanche tubulosa hoiab ära neeruhaiguse, proovi saamiseks klõpsake siin

SISSEJUHATUS

Neeru siirdamine(KT) on lõppstaadiumis neeruhaigusega patsientide eelistatud ravimeetod, mille suremus on ootenimekirja patsientidega võrreldes väiksem ja erinevate demograafiliste rühmade elulemus paraneb (1–3). Vaatamata märkimisväärsele paranemisele ühe aasta jooksulneerudallotransplantaadi ellujäämise (4) korral jääb kroonilise siiriku kadumise määr pärast esimest siirdamisjärgset aastat märkimisväärseks. Seda on täheldatud vaatamata allografti äratõukereaktsiooni paremale mõistmisele ja paranenud immunosupressioonile. Praegused histoloogilise äratõukereaktsiooni klassifitseerimismeetodid kannatavad proovivõtuvigade ja suutmatuse all täpselt kvantifitseerida põletikulist koormust allograftis, mis on transplantaadi pikaajalise funktsiooni ja ellujäämise oluline ennustaja (5–9). Oluline on see, et varasemad uuringud on näidanud, et Banffi astme neeru allotransplantaadi patoloogia patoloogide korrelatsioonil on biopsia tõlgenduste vahel olulisi lahknevusi (10, 11).

Varasem töö meie laboris, kus analüüsiti kogu genoomi mikrokiibi andmeid alates 1030-stneerud, südame-, kopsu- ja maksa allotransplantaadi biopsiatega tuvastati atavaline immuunsüsteem11 geenist koosnev vastusemoodul (CRM), mis määratleb ägeda äratõukereaktsiooni (AR) erinevate allotransplantaatide (12–14) vahel ja mis seejärel kinnitatineerudallografti biopsiad (15, 16). Kuigi need andmed näitasid biopsia diagnoosimisel objektiivse mõõdiku, näiteks CRM-skoori kasutamise potentsiaalset kasulikkust, olid need varem kantud koe retrospektiivsed analüüsid. Lisaks ei võrreldud sama biopsia mitme pimestatud patoloogia lugemist ega CRM-i skoori potentsiaalset võimet kasutada objektiivse viivituse või lisaandmete punktina, mis aitaksid jõuda kindlama diagnoosini.

Selles analüüsis vaatlesime seeriatneerudbiopsiad, mis saadi KT kliinilise uuringu osana. Rakendasime oma protokolli, mis mõõdab 11 CRM-i geeni geeniekspressiooni RNA-st, mis eraldati neljast 10-mikronist, formaliiniga fikseeritud parafiiniga manustatud (FFPE) plokist koos histoloogiliselt kinnitatud AR fenotüüpidega, piiripealne hülgamine (BL). ja stabiilsed diagnoosid. Me nimetame seda skoori koe CRM-iks (tCRM), arvestades CRM-i skoori rakendamist biopsia koele (15, 16). Seejärel võrdlesime kahe pimestatud patoloogi diagnoose ja võrdlesime neid iga biopsia tCRM skooriga. Hüpoteesisime, et tCRM-i skoori saab kasutada andmepunktina biopsia diagnoosimisel ja võib-olla ka objektiivse vahelülina, kui patoloogide vahel on lahkarvamusi.

cistanche kasu: põletikuvastane

MEETODID

Patsientide registreerimine ja uuringu kavandamine

Patsiendid ja proovid koguti kliinilise uuringu TITRATE (Testing Immunosupression Threshold in Renal Allografts To Extend eGFR) raames. Selle metoodikaga saab tutvuda portaalis ClinicalTrials.gov (identifikaator: NCT02581436). Lühidalt öeldes on see prospektiivne, pime, kontrollitud kliiniline uuring 124 KT retsipiendiga, kes määrati kahte tüüpi manöövritele, et hinnata tõhusust ja ohutust AR õigeaegse tuvastamise, glomerulaarfiltratsiooni kiiruse (GFR) ja fibroosiindeksite osas. protokolli biopsiates 12 kuud pärast KT-d. Neerufunktsiooni jälgimine põhines GFR-i ja transplantaadi biopsiatel, mis viidi läbi vastavalt protokollile 3 ja 12 kuud pärast KT-d ja põhjust. Induktsioonimmunosupressioon (IS) määrati immunoloogilise riski alusel basiliksimabi (madala riskiga), tümotsüütidevastase globuliiniga (kõrge riskiga) või ilma induktsioonravita patsientidel, kellel oli kaks haplotüüpi. Säilitusravi IS põhines takroliimusel, mükofenolaadil ja prednisoonil.

Käesolev uuring oli tCRM geenide (15) lisaanalüüs kõigis saadaolevates KT biopsiates. Meie uuringu jaoks oli pärast null-päeva biopsiate väljajätmist saadaval kokku 136 biopsia sobiva histoloogiaga biopsiat, mida tõlgendas Mehhiko riikliku meditsiiniteaduste instituudi patoloog. Nendest 136 biopsiast saadeti 77 ka UCSF-i, et teha patoloogide korrelatsiooni edasiseks hindamiseks pimelugemine. Biopsiaid tõlgendati uuringu ajal kõige värskemate Banffi kriteeriumide alusel (17). Mis tahes siiriku AR vorm (äge rakuline või antikehade vahendatud) ühendati ühte AR-kategooriasse. UCSF-i loetud biopsiate jaoks olid saadaval granulaarsemad histopatoloogilise diagnoosi andmed, sealhulgas antikehade vahendatud hülgamisreaktsiooni (ABMR) tüüp ja T-rakkude poolt vahendatud hülgamisreaktsiooni (TCMR) tüüp.

RNA täielik ekstraheerimine

Järgisime varem avaldatud protokolli RNA ekstraheerimiseks FFPE kudedest (18). Varasemate kogemuste põhjal kasutasime PureLink FFPE Total RNA Isolation it (Thermo Fisher Scientific, Foster City, CA) abil FFPE proovidest kogu RNA eraldamiseks 4 × 10 mm paksuseid sektsioone. RNA andmete kvaliteeti hinnati neeldumissignaali suhte 260/280 ja RIN-numbri järgi.

cDNA süntees ja geeniekspressiooni kvantifitseerimine qPCR abil

SuperScript VILO (Invitrogen, Thermo Fisher Scientific, Foster City, CA) abil pöördtranskribeeriti kokku 50 ng RNA-d komplementaarseks DNA-ks (cDNA) ja amplifitseeriti seejärel kõigi 11 geeni sihtmärgispetsiifilises amplifikatsioonietapis, kasutades TaqMani. PreAmp Master Mix ja TaqMan praimerid ja sondid (Thermo Fisher Scientific, Foster City, CA) kokku 18 võimendustsükliga. qPCR reaktsioonid viidi läbi Fluidigm BioMark FD süsteemis (Fluidigm, South San Francisco, CA), kasutades 18S geeni majapidamisgeeni ja Human XpressRef Universal Total RNA-d (Qiagen, Valencia, CA) võrdlus-RNA-na 40 tsükli jooksul. Saadud kiibi andmeid analüüsiti algselt kvaliteedikontrolliks, kasutades BioMark Analysis Software versiooni 2.0 (Fluidigm, South San Francisco, CA) ja Ct väärtused eksporditi arvutustabelisse. Andmete normaliseerimine viidi läbi kahes etapis. Üksikute geenide Ct väärtused normaliseeriti iga geeni Ct väärtuse 18S suhtes, et saada dCt väärtused. Iga proovi dCt väärtused normaliseeriti võrdlusproovi dCt väärtuste suhtes, et saada ddCt väärtused, mida kasutati seejärel iga proovi iga geeni korduva muutuse (RQ) väärtuste arvutamiseks. tCRM skoor arvutati iga proovi 11 CRM geeni geomeetrilise keskmise võtmisega, nagu eelnevalt kirjeldatud (12).

Statistiline analüüs

Kõik andmed imporditi järgnevateks analüüsideks R versiooni 3.6.2 (R Foundation, Viin, Austria). Patsiendi demograafia (tabel 1) on näidatud tCRM-i skoori alusel, mis on suurem või väiksem kui 2,2, mis on meie varem kindlaks määratud piirväärtus optimaalse AUROC-iga AR ennustamiseks (15). Statistiline testimine viidi läbi Studenti t-testiga pidevate muutujate jaoks ja hii-ruuttestiga kategooriliste muutujate jaoks. Iga patoloogilise diagnoosirühma tCRM skoori mull- ja tulpdiagrammid tehti paketi ggplot2 abil. Olulised erinevused kõigi patoloogiliste rühmade vahel ja paaridevahelised erinevused iga rühma vahel määrati Kruskal-Wallise testiga. Viidi läbi järelevalveta hierarhiline rühmitamine, kasutades erinevaid patoloogilisi rühmi ja tCRM geene, millele järgnevad soojuskaardid tehti soojuskaardi paketi abil. Arvasime, et tCRM-i skoorid, mis on suuremad kui 2,2, omavad äratõukereaktsiooni molekulaarset diagnoosi. Biopsia määratlesime põletiku suhtes positiivsena, kui patoloogiline diagnoos oli kas AR või BL, ja põletiku suhtes negatiivne, kui diagnoos oli stabiilne. Seejärel lõime patoloogide vahel kokkuleppemuutuja, kus mõlemad väitsid põletikku, mõlemad ütlesid, et põletikku ei olnud või nad ei nõustunud põletiku esinemisega. Seejärel loodi kokkuleppemuutujate tCRM-skooride tulpdiagrammid ja soojuskaardid, nagu ülalpool kirjeldatud.

Arvutasime logistilise regressioonimudeli, et ennustada põletiku binaarset tulemust biopsial. Ennustavate muutujatena sisestame retsipiendi vanuse, kehamassiindeksi (KMI), hilinenud transplantaadi funktsiooni (DGF), soo, induktsioonirežiimi, elusdoonori staatuse, meesdoonori naissoost retsipiendile, eelneva KT, pre-KT dialüüsi ja tCRM skoori. mudel.

Saime iga patsiendi delta-GFR-i, mis arvutati biopsia GFR-i aja muutusena nende lõplikust GFR-ist kaks aastat pärast KT-d. Kasutasime Pearsoni korrelatsioonikoefitsienti, et korreleerida delta GFR-i patsiendi tCRM-skooriga, mis saadi biopsiast. Seda korrati pärast tCRM-i skooride väljajätmist alla 2. Kasutasime tCRM-i skooridega korrelatsiooni tegemiseks kõrgeimaid doonori-spetsiifiliste antikehade (DSA) tasemeid, mida mõõdeti iga patsiendi puhul kaastsütomeetria abil, mis on esitatud keskmise FL fluorestsentsi intensiivsusena (MFI). arvutada seotud Pearsoni korrelatsioonikordaja. See korrelatsioon esitati ka hajusdiagrammi kujul. Seeriaskooride analüüsimiseks joonistasime siirdamisjärgsete päevade kaupa tCRM-skooridega patsiendid, keskendudes neljale patsiendile, kellel oli algne AR-diagnoos, keda raviti ja seejärel tehti neile järgnev biopsia. Joonistati ka kaks täiendavat patsienti, kellel oli kõrgenenud tCRM-skoor ja kelle diagnoos oli stabiilne, kuid kellel tekkis seejärel järelkontrolli biopsiate põhjal uus AR-diagnoos. Uuringu ülesehitus ja sellele järgnev analüüs on täiendavalt kokku võetud pildilises vormis (joonis 1).

TULEMUSED

Neeru allografti biopsia leiud kahelt sõltumatult pimedalt patoloogilt

Patsientide demograafia ja huvipakkuvad kliinilised muutujad ei näidanud suuri erinevusi patsientide vahel, kelle tCRM skoor oli suurem või väiksem kui 2,2, välja arvatud kõrgem doonori vanus patsientidel, kellel oli siirdamisjärgsete biopsiate tCRM skoor (tabel 1). Mõlemad keskused lugesid kokku 77 biopsiat, kusjuures patoloog 1 (Mehhiko) diagnoosis 16 AR, 21 BL ja 40 stabiilset biopsiat, patoloog 2 (UCSF) aga 10 AR, 39 BL ja 28 stabiilset biopsiat (tabel 2). . Patoloogide vahel oli kokku 40 mittevastavat diagnoosi, kusjuures suurem osa neist mittevastavustest tulenes BL-kategooria erinevustest.

Kudede levinud hülgamismoodul kui vahend, mis teeb vahet patoloogiliste diagnooside vahel

Seejärel uurisime tCRM skoori võimet eristada ühe patoloogi patoloogilisi diagnoose (kasutades UCSF-is loetud biopsiaid, kuna meil olid kõige üksikasjalikumad saadaolevad histopatoloogilised andmed). Vaadates tCRM-i skoori histoloogilise diagnoosi alusel, nägime selget eraldumist kõrgemate tCRM-skooridega AR-ga patsientidel võrreldes BL-ga / stabiilsega ja AR-patsientidel oli suurem skooride osakaal> 2,2 (joonis 2A). AR-i, BL-i ja stabiilsete diagnooside keskmised tCRM-skoorid ja interkvartiilvahemikud (IQR) olid 4,87 (IQR: 2,44–6,99), 1,85 (IQR: 1,21–2,48) ja 1,27 (IQR: 0). 2.14) vastavalt. Lisaks esines üldine oluline erinevus kõigi histoloogiliste rühmade vahel (p < 0,001)="" koos="" oluliste="" erinevustega="" ar="" vs.="" bl="" ja="" ar="" vs.="" stabiilse="" paaripõhise="" võrdluse="" vahel="" (joonis="" 2b).="" see="" toob="" esile="" tcrm-i="" skooride="" korrelatsiooni="" banffi="" astme="">

tCRM geenide järelevalveta hierarhilise klastrite tegemisel näeme patoloogilise diagnoosi järgi suhteliselt täpset rühmitamist (joonis 2C). Iga biopsia tähelepanelikul uurimisel, isegi kui diagnoosi järgi rühmitamine näitab rühmitatud rühmade heterogeensust, kipub vastav tCRM skoor (näidatud värvigradiendina) diagnoosiga korreleeruma. Näeme kõrgemaid skoori diagnooside korral, mis peegeldavad suuremat põletikutaset, mis tähendab tCRM-i võimet diskrimineerida ja objektiivselt kvantifitseerida põletikku allograftis ilma eelarvamusteta. Kui kasutasime oma tCRM-i piirväärtust 2,2 (põletiku molekulaarne diagnoos), näeme molekulaardiagnostika abil tugevat rühmitamist. Sellest hoolimata koondub enamik AR-i ja BL-klastreid koos kõrge geeniekspressiooni ja kõrgete tCRM-skooridega, enamiku histoloogiliselt hinnatud stabiilsete biopsiate puhul vastupidine.

Kudede tavapärane äratõukereaktsiooni moodul teeb vahet siiriku äratõukereaktsiooni teatud tüüpide vahel

Seejärel uurisime tCRM skoori võimet eristada erinevat tüüpi tagasilükkamist: C4d-positiivne (n=9) ja negatiivne ABMR (n=4), TCMR (n=3) , BL (n=21) ja stabiilsed (n=40) biopsiad. C4d-positiivsete ABMR-i, C4d-negatiivse ABMR-i, TCMR-i, BL-i ja stabiilsete diagnooside tCRM-i skoori ja IQR-i mediaan oli 4,22 (IQR: 3,80–5,98), 3,47 (IQR: 1,71–6,51), 2.{101} {23}} (IQR: 2,58–3.05), 1,91 (IQR: 1,32–2,88) ja 1,37 (IQR: 0,99–2.00). Lisaks esines üldine oluline erinevus kõigi histoloogiliste rühmade vahel (p < 0,001)="" ja="" märkimisväärsed="" erinevused="" paaripõhiste="" võrdluste="" vahel,="" vaadeldes="" c4d-positiivset="" abmr-i="" vs.="" tcmr-i,="" c4d-positiivset="" abmr-i="" vs.="" bl-i,="" c4d-positiivset="" abmr-i="" vs.="" stabiilset.="" ,="" tcmr="" vs.="" stabiilsed="" ja="" bl="" vs.="" stabiilsed="" rühmad="" (joonis="" 3a).="" see="" tõstab="" veel="" kord="" esile="" tcrm-i="" skooride="" korrelatsiooni="" konkreetse="" banffi="" astme="">

tCRM geenide järelevalveta hierarhilise rühmitamise läbiviimisel näeme sarnaseid siiriku põletikul põhinevaid klastrite mustreid, nagu eelnevalt kirjeldatud (joonis 3B). Täpsemate C4d-positiivsete ja negatiivsete ABMR-i ja TCMR-i diagnostiliste kategooriatega näeme ABMR-rühmade seas kõige märkimisväärsemat homogeenset klastrit. Nagu varemgi, kipub iga biopsia tähelepanelikul uurimisel isegi siis, kui diagnoosi järgi rühmitamine näitab rühmitatud rühmade heterogeensust, vastav tCRM skoor (näidatud värvigradiendina) korreleeruma diagnoosiga. Näeme kõrgemaid skoori diagnooside korral, mis peegeldavad suuremat põletikutaset, mis tähendab tCRM-i võimet diskrimineerida ja objektiivselt kvantifitseerida põletikku allograftis ilma eelarvamusteta. Lõppkokkuvõttes sisaldas meie järelevalveta rühmituse esimene haru enamikku proove, millel oli mis tahes astme transplantaadi põletik, eriti mis tahes ABMR-, TCMR- või BL-juhtumid (joonis 3B).

Kudede levinud hülgamismoodul diskrimineerib patoloogi kokkuleppe/lahkarvamuse alusel

Seejärel vaatasime tCRM-i skoori patoloogide kokkuleppe ja lahkarvamuse osas, mis määratleti eelnevalt selgitatud viisil. 77-st siirdamisjärgsest biopsiast, mille mõlemad patoloogid lugesid, ütlesid mõlemad, et 33,8 protsendil oli põletik, 22,1 protsendil põletikku ei esinenud ja 44,2 protsendil proovidest ei olnud põletikku. tCRM skooride uurimisel täheldasime skooride tõusu, kuna kokkuleppe muutuja arenes põletiku puudumisest, lahkarvamusest ja kokkuleppest põletiku esinemise suhtes (joonis 4A). Patoloogide tCRM skoorides esines olulisi erinevusi nii põletiku leidmisel kui mittenõustumisel (p=0.003) ja mõlemal põletiku tuvastamisel vs. põletiku puudumisel (p < 0,001).="" )="" koos="" üldise="" olulisusega="" kõigi="" skooride="" vahel="" (p=""><>

tCRM geenide järelevalveta hierarhilise klastrite tegemisel nägime biopsiaproovide rühmitamist kokkuleppemuutuja alusel (joonis 4B). Näeme, et kõrge geeniekspressiooni klastrid vastavad mõlemale patoloogile, kes nõustuvad põletiku olemasoluga, samas kui madal geeniekspressioon vastab mõlemale patoloogile, kes nõustuvad, et nende vahel pole põletikku ega lahkarvamusi. Lisaks näeme, et iga biopsia vastav tCRM-skoor kaldub eelistama kõrgemaid ja madalamaid skoori, kui patoloogid leppisid kokku põletikus või põletiku puudumises. Kuigi rühmitamine pole täiuslik, on selge suundumus näha.

Kudede ühine hülgamismoodul kui äratõukereaktsiooni ja siiriku funktsiooni ennustaja Eespool näitame tCRM-i kliinilist kasulikkust, kuna see on seotud täpsete patoloogiliste diagnooside seadmisega. Kuigi selle rakendamine on seotud traditsiooniliselt biopsiaga tõestatud diagnoosiga, tahtsime uurida tCRM-i kasutamist äratõukereaktsiooni / põletiku ennustamise mudelis. Kasutades meie põletiku binaarset muutujat (AR ja BL biopsiad), lõime logistilise regressioonimudeli, et ennustada põletiku binaarset tulemust biopsial. Kasutatud kliinilisi muutujaid kirjeldati eelnevalt (tabel 3). Huvitav on see, et ainus oluline patoloogiaga diagnoositud põletiku ennustaja oli tCRM skoor (OR: 1,90, 95 protsenti CI: 1,40–2,68, p < 0.{16="" }}01),="" samas="" kui="" meessoost="" doonor="" naissoost="" retsipiendile="" oli="" kaitsev="" piiripealse="" tähtsusega="" (or:="" 0,27,="" 95="" protsenti="" ci:="" 0,07–0,98,="" p="">

Seejärel uurisime tCRM-i võimet ennustada pikaajalisi muutusi GFR-is. Korreleerisime delta-GFR-i (biopsiaaegsest GFR-ist lõpliku GFR-i) patsiendi biopsia tCRM-skooriga (Pearsoni korrelatsioonikoefitsient=0.21, p=0.{{6} }25). Seejärel kordasime seda pärast tCRM-i skooride väljajätmist alla 2, nii et vaatasime ainult kõige kõrgemaid tCRM-i väärtusi, et näha mõju delta GFR-ile, mille tulemuseks oli korrelatsioonikoefitsiendi suurenemine 0,32-ni (p=0). 05). Vaatasime ka iga patsiendi kõrgeima DSA taseme korrelatsiooni nendega seotud tCRM-skooriga (täiendav joonis 1), et näha, kas DSA taseme ja tCRM-i skooride vahel on seos, mida me ei leidnud korrelatsioonis (Pearsoni korrelatsioonikoefitsient { {11}}, lk=0.99).

Lõpuks vaatasime patsiente, kellel olid seeriabiopsiad ja tCRM skoor. Seeria tCRM skoorid kanti patsiendi kohta siirdamisjärgsete päevade kaupa (joonis 4C). Neli patsienti, kellel oli algne AR diagnoos ja keda raviti, millele järgnes järgnev biopsia (joonis 4C, punased jooned). Märkasime, et kõigil neljal patsiendil oli algselt kõrgenenud tCRM skoor ja pärast ravi oli nende skoor vähenenud, ainult ühel patsiendil diagnoositi AR teisel biopsial. Märkimisväärne on see, et kahel patsiendil, kellel oli kõrgenenud tCRM skoor, mille patoloog luges stabiilse diagnoosiga, suurenes nende tCRM skoor ja uus AR diagnoos nende järelkontrolli biopsiatel (joonis 4C, sinised jooned).

cistanche tubulosa ekstrakt:parandada neerufunktsiooni

ARUTELU

Hüpoteesisime, et tCRM-i skoori saab kasutada andmepunktina biopsia diagnoosimisel ja võib-olla ka objektiivse vahelülina, kui patoloogide vahel on lahkarvamusi. Eespool on näidatud, et tCRM-i skoor võib patoloogilisi diagnoose eristada. tCRM suudab eristada kombineeritud AR vs. BL vs stabiilseid proove ning suudab eristada ka spetsiifilisemaid AR-diagnoose, nagu ABMR vs TCMR ja ABMR vs BL, nagu me eespool näitasime. Üks Banffi kriteeriumide kombineeritud subjektiivse / objektiivse olemuse teadaolevatest puudustest on see, et identseid biopsiaproove vaatlevate patoloogide vahel võib esineda lahknevusi. Eespool näitasime, et patoloogide lahkarvamused neerubiopsiate põletikulise koormuse osas on tavalised. Näitame, et kui patoloogid on ühel meelel põletiku olemasolu või puudumise osas, kipub see olema tCRM skoori äärmuslikel osadel. Osa tCRM-i skoori kasulikkusest võib siin peituda selle võimes pakkuda objektiivset põletikunäitajat, kuid see võib olla ka vahejuhtum juhtudel, kui diagnoos pole selge, kuid tCRM-i skoor osutab selgelt ühel või teisel viisil. Näiteks biopsiat lugev patoloog, kes ei ole kindel, kas see klassifitseerib AR-i või BL-i, kuid kellel on väga kõrge tCRM-skoor, võiks olla AR-i diagnoosimisel objektiivsem ja täpsem.

Lisaks näitab see uuring, et tCRM skoori võib kasutada pikemaajaliste kliiniliste tulemuste ennustamiseks. Kuigi korrelatsioon GFR-i muutuste ja kõrgemate tCRM-skooride vahel on nõrk, näitasime nende vahel statistiliselt olulist positiivset korrelatsiooni, veelgi suurema korrelatsiooniga, kui filtreerisime tCRM-i skoori, mis oli suurem kui 2, mis viitab sellele, et kõrgemad skoorid viitavad suuremale allograftile. vigastus, mis võib ennustada siiriku funktsiooni pikaajalist vähenemist (suurem delta GFR). Huvitaval kombel ei leidnud me korrelatsiooni patsiendi DSA taseme ja tCRM skooride vahel. See võib osaliselt olla tingitud asjaolust, et paljud DSA-ga patsiendid ei pruugi ABMR-i välja arendada, samuti teadmine, et erinevad DSA-d võivad põhjustada ABMR-i tegeliku väljakujunemise erinevaid riske. Lisaks näitasime seeriabiopsiate ja tCRM-i skooridega patsiente jälgides, et enamikul kõrgenenud tCRM-i skooridega ja AR-ga patsientide skoor vähenes koos transplantaadi põletiku paranemisega järgmistel biopsiatel (hilisem histoloogia muutus AR-st stabiilseks ). Nimelt oli 2 juhtumit, kus tCRM-i skoorid olid märkimisväärselt tõusnud, kuid patoloogiline diagnoos oli biopsia põhjal stabiilne. Mõlemad juhtumid tõid järgneval biopsial kaasa veelgi kõrgema tCRM-skoori koos vastava AR-i patoloogilise diagnoosiga. See viitab kas histoloogilise klassifikatsiooni subjektiivsest olemusest tingitud valediagnoosi võimalusele või sellele, et transplantaadi põletikuga korreleeruvate tCRM-i geenide kõrgenenud ekspressioon võib eelneda tegelikele patoloogilistele leidudele, mille tulemuseks oleks AR-diagnoos. Sellest hoolimata viitab see objektiivsema tCRM-skoori kasulikkusele AR-i diagnoosimisel.

Invasiivse biopsia ajal on oluline määrata neeru allotransplantaadi põletikulise koormuse molekulaarne kvantifitseerimine (5, 6, 9). Meie meetod hõlbustab juba olemasolevate biopsiaproovide tõhusat kasutamist (näidatud analüüside puhul on katseajad üldiselt 4–6 tundi). Kuigi AR varaseks diagnoosimiseks on välja pakutud mitteinvasiivseid teste, nagu doonorilt saadud rakuvaba DNA (dd-cfDNA) (19–23), on nende testide üheks puuduseks see, et need ei uuri otseselt rakkude sihtkude. huvi, isegi kui dd-cfDNA vabaneb allograftist. tCRM-iga saab juba saadavat biopsiakudet töödelda, kasutades minimaalset kudet kas värsketest biopsiatest või arhiveeritud FFPE-plokkidest, säilitades suurema osa FFPE lähteplokist täiendavate histoloogiliste analüüside jaoks.

Meie uuringut piirab osaliselt tCRM-i invasiivne olemus. Biopsiad jäävad kullastandardiks ja neid saadakse sageli, võimaldades molekulaarset profileerimist tCRM-iga, kuid lõppkokkuvõttes oleks patsientidele kõige ideaalsem üleminek vere või uriini mitteinvasiivsetele testidele. Meie labor tegeleb praegu CRM-i geenide kasutamisega uriinis, et aidata diagnoosida transplantaadi äratõukereaktsiooni (14). Lisaks, kuigi see uuring oli prospektiivne uuring, ei kasutatud tCRM-i rakendamist kliiniliste otsuste tegemiseks ja see oli selle asemel uurimuslik analüüs. Meie tulevases töös tuleks kasuks tCRM skoori arvestamine võimaliku lõpp-punktina või biopsiaproovi lõpliku patoloogilise diagnoosi otsustamisel skoori arvessevõtmine. Lisaks, kuigi meie uuringuproovid sisaldasid TCMR-diagnoose, olid enamik meie analüüsiks saadaolevatest proovidest ABMR-proovid. Kuigi näitame, et tCRM-i skoor on kõrgenenud olenemata olemasoleva AR-i tüübist, tuleb tulevases töös kasutada suuremat arvu proove igas konkreetse AR-tüübi kategoorias.

Näitasime, et tCRM skoor suudab juba olemasolevaid FFPE proove kasutades eristada patoloogilisi diagnoose. Oluline on see, et erinevate patoloogide vahel on varieeruvus, mida näitasid meie andmed, mis põhinesid kahel pimedaks jäänud patoloogil, kes diagnoosisid. Sellisena näitame, et mitte ainult ei saa tCRM aidata patoloogilist diagnoosimist, vaid eriti siis, kui esineb lahkarvamusi või ebakindlust, võib skoori kasutada lõpliku ja kindlama järelduse tegemiseks.

cistanche tubulosa kasu: neeruhaiguste ravi

ANDMETE KÄTTESAADAVUSE AVALDUS

Selle artikli järeldusi toetavad algandmed teevad autorid ilma liigsete reservatsioonideta kättesaadavaks.

EETIKAAVALDUS

Inimestest osavõtjatega seotud uuringud vaatas läbi ja kiitis heaks UCSF IRB. Patsiendid/osalejad andsid oma kirjaliku teadliku nõusoleku selles uuringus osalemiseks.

AUTORI KAASALAD

AZ aitas kaasa analüüsi kavandamisele, andmete analüüsile, tõlgendamisele, käsikirjade kirjutamisele ja käsikirjade redigeerimisele. JG aitas kaasa uuringu kavandamisele, andmete kogumisele ja käsikirjade ülevaatamisele. TS aitas kaasa andmete analüüsile ja käsikirjade redigeerimisele. ID aitas kaasa proovi töötlemisele. RS ja GS aitasid kaasa proovide töötlemisele. CC aitas kaasa proovide töötlemisele ja ülevaatamisele. JF, XC, CSR, LM ja CR aitasid kaasa proovide ja andmebaaside kogumisele. MV aitas kaasa patsientide registreerimisele ja siirdamisele. LB aitas kaasa patsientide registreerimisele. JA aitas kaasa uuringu kavandamisele, andmete kogumisele ja käsikirjade ülevaatamisele. MS aitas kaasa uuringu kavandamisele, andmete kogumisele, analüüsi kavandamisele ja käsikirjade ülevaatamisele. Kõik autorid panustasid artiklisse ja kiitsid esitatud versiooni heaks.

parandada neerufunktsiooni cistanche tubulosa

VIITED

1. Wolfe RA, Ashby VB, Milford EL, Ojo AO, Ettenger RE, Agodoa LY jt. Kõigi dialüüsi saavate patsientide, siirdamist ootavate dialüüsi saavate patsientide ja esimese surnukeha siirdamise retsipientide suremuse võrdlus.N InglJ Med(1999) 341(23):1725–30. doi: 10.1056/NEJM 199912023412303

2. Meier-Kriesche HU, Ojo AO, Port FK, Arndorfer JA, Cibik DM, Kaplan B. Elulemuse paranemine lõppstaadiumis neeruhaigusega patsientide seas: siirdamise saajate ja ootenimekirjas patsientide suundumused aja jooksul.J Olen Soc Nephrol(2001) 12(6):1293–6. DOI: 10.1111/j.{7}}.2004.00332.x

3. Oniscu GC, Brown H, Forsythe JLR. Laibase neerusiirdamise mõju siirdamiseks loetletud patsientide ellujäämisele.J Am Soc Nephrol(2005) 16 (6): 1859–65. DOI: 10.1681/ASN.2004121092

4. Hariharan S, Johnson CP, Bresnahan BA, Taranto SE, McIntosh MJ, Stablein D. Transplantaadi elulemuse paranemine pärast neerusiirdamist Ameerika Ühendriikides, 1988–1996.N InglJ Med(2000) 342 (9): 605–12. DOI: 10.1056/NEJM 200003023420901

5. Pineda S, Sigdel TK, Liberto JM, Vincenti F, Sirota M, Sarwal MM. Siirdamiseelse ja siirdamisjärgse neeru äratõukereaktsiooni iseloomustamine B-rakkude immuunrepertuaari järjestamise abil.Nat Commun(2019) 10(1):1906. DOI: 10,1038/s41467-019-09930-3

6. Halloran PF, Famulski K, Reeve J. Äratõukereaktsiooni molekulaarsed fenotüübid neerusiirdamise biopsiates.Curr Arvamus Organ Siirdamine (2015) 20 (3): 359–67. DOI: 10.1097/MOT.0000000000000193

7. Li L, Khatri P, Sigdel TK, Tran T, Ying L, Vitalone MJ jt. Perifeerse vere diagnostiline test ägeda äratõukereaktsiooni tuvastamiseks neerusiirdamisel.Olen JSiirdamine(2012) 12 (10): 2710–8. DOI: 10.1111/j.{7}}.2012. 04253.x

8. Roedder S, Sigdel T, Salomonis N, Hsieh S, Dai H, Bastard O jt. Lühianalüüs neerutransplantaadiga patsientide tuvastamiseks, kellel on suur risk ägeda äratõukereaktsiooni tekkeks: mitmekeskuselise AART-uuringu tulemused.PloS Med(2014) 11(11): e1001759. DOI: 10.1371/journal.pmed.1001759

9. Naesens M, Khatri P, Li L, Sigdel TK, Vitalone MJ, Chen R jt. Progresseeruv histoloogiline kahjustus neerude allograftides on seotud kaasasündinud ja adaptiivse immuunsuse geenide ekspressiooniga.Kidney Int(2011) 80 (12): 1364–76. DOI: 10.1038/ki.2011.245

10. Furness PN, Taub N, Assmann KJM, Ban G, Cosyns JP, Dorman AM jt. Rahvusvahelised erinevused histoloogilises klassifikatsioonis on suured ja püsiv tagasiside ei paranda reprodutseeritavust.Olen J Surg Pathol (2003) 27(6):805–810. doi: 10.1097/00000478-200306000-00012

11. Veronese FV, Manfro RC, Roman FR, Edelweiss MI, Rush DN, Dance S jt. Banffi klassifikatsiooni reprodutseeritavus subkliinilise neerutransplantaadi äratõukereaktsiooni korral.ClinSiirdamine(2005) 19(4):518–21. doi: 10.1111/j.{7}}.2005.00377.x

12. Khatri P, Roedder S, Kimura N, De Vusser K, Morgan AA, Gong Y jt. Ühine äratõukereaktsiooni moodul (CRM) akuutse äratõukereaktsiooni jaoks mitmes elundis tuvastab uudsed ravimeetodid elundite siirdamiseks.J Exp Med(2013) 210 (11): 2205–21. doi: 10.1084/jem.20122709

13. Sacreas A, Yang JYC, Vanaudenaerde BM, Sigdel TK, Liberto JM, Damm I jt. Üldine äratõukereaktsiooni moodul kroonilise äratõukereaktsiooni korral pärast kopsusiirdamist.PloS One(2018) 13 (10): e0205107. doi: 10.1371/ journal.pone.0205107

14. Sigdel TK, Yang JYC, Bestard O, Schroeder A, Hsieh SC, Liberto JM jt. Uriini ühise hülgamismooduli (CRM) skoor mitteinvasiivse neerusiirdamise jälgimiseks.PloS One(2019) 14(7):e0220052. doi: 10.1371/ journal.pone.0220052

15. Sigdel TK, Bestard O, Tran TQ, Hsieh SC, Roedder S, Damm I jt. Arvutuslik geeniekspressiooni skoor neeruallotransplantaatide immuunkahjustuse ennustamiseks.PloS One(2015) 10 (9): e0138133. doi: 10.1371/ajakiri. pone.0138133

16. Sigdel T, Nguyen M, Liberto J, Dobi D, Junger H, Vincenti F jt. 19 geeni hindamine ja CRM-i geenipaneeli valideerimine neerusiirdamise arhiivibiopsiate molekulaarse hülgamise ja põletiku kvantitatiivseks transkriptsiooniliseks analüüsiks.Esiosa Med (2019) 6:213. doi: 10.3389/ feed.2019.00213

17. Haas M, Loupy A, Lefaucheur C, Roufosse C, Glotz D, Seron D jt. Banffi 2017. aasta neerukohtumise aruanne: kroonilise aktiivse T-rakkude poolt vahendatud äratõukereaktsiooni, antikehade vahendatud äratõukereaktsiooni läbivaadatud diagnostilised kriteeriumid ja integreerivate tulemusnäitajate väljavaated järgmise põlvkonna kliiniliste uuringute jaoks.Olen J siirdamine(2018) 18(2): 293–307. doi: 10.1111/ajt.14625

18. Sigdel TK, Nguyen M, Dobi D, Hsieh SC, Liberto JM, Vincenti F jt. Neerusiirdamise biopsiate sihipärane transkriptsiooniline profileerimine.NeerIntRep(2018) 3(3):722–31. doi: 10.1016/j.ekir.2018.01.014

19. Bloom RD, Bromberg JS, Poggio ED, Bunnapradist S, Langone AJ, Sood P jt. Rakuvaba DNA ja aktiivne äratõukereaktsioon neeru allograftides.J Am Soc Nephrol(2017) 28(7): 2221–32. doi: 10.1681/ASN.2016091034

20. Lee H, Park YM, We YM, Han DJ, Seo JW, Moon H jt. Digitaalse PCR-i hindamine neerusiirdamise ägeda äratõukereaktsiooni jälgimise tehnikana.GenoomikaTeavitada(2017) 15(1):2–10. doi: 10.5808/ GI.2017.15.1.2

21. Adamek M, Opelz G, Klein K, Morath C, Tran TH. Kiire ja lihtne meetod doonorilt pärineva rakuvaba DNA tuvastamiseks ja kvantifitseerimiseks siirdatud elundi retsipientide seerumis kui transplantaadi funktsiooni biomarkerit.Clin Chem Lab Med(2016) 54(7):1147–55. doi: 10,1515/cclm-2015-0622

22. Beck J, Oellerich M, Schulz U, Schauerte V, Reinhard L, Fuchs U jt. Doonorist tuletatud rakuvaba DNA on uudne universaalne biomarker allotransplantaadi hülgamiseks tahke elundi siirdamisel.Transplant Proc(2015) 47 (8): 2400–3. doi: 10.1016/j.transproceed.2015.08.035

23. Beck J, Bureau S, Balzer S, Andag R, Kanzow P, Schmitz J jt. Digitaalne tilk-PCR doonori DNA kiireks kvantifitseerimiseks siirdamise retsipientide vereringes kui potentsiaalse universaalse transplantaadi vigastuse biomarkerina.Clin Chem (2013) 59(12):1732–41. doi: 10.1373/clinchem.2013.210328