Uus aasta, uus SARS-CoV-2 variant: resolutsioonid genoomilise seire protokollide kohta Omicroniga silmitsi seismiseks

Kontakt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

SARS-CoV-2 variantide tekkimine, millel on suurem ülekantavus ja osalineImmuunsüsteemipõgenemine (tuntud ka kui murevariandid, VOC) on iseloomustanud COVID-19 pandeemia teist aastat. Genoomne jälgimine võimaldab tuvastada varjatud, kiiresti levivaid põlvnemisi ja lenduvaid ettevõtteid enne, kui need muutuvad rahvatervise ohuks. Tšiili Rahvatervise Instituut (Instituto de Salud Publica, ISP) on juhtinud SARS-CoV-2 genoomilise järelevalve algatusi Tšiilis. Sekveneerimisandmete abil on Interneti-teenuse pakkuja andnud märku lenduvate orgaaniliste ühendite kasutuselevõtust ning iseloomustanud nende edasikandumist ja mutatsioonilisi allkirju, aidates paremini mõista pandeemia kohalikke tunnuseid1.

cistanche propiedades: osalineImmuunsüsteemiPõgeneda

17. detsembri 2021. aasta seisuga oli äsja tekkinud Omicron VOC kiiresti levinud 89 riiki, sealhulgas Tšiilisse.2 21. detsembriks oli Interneti-teenuse pakkuja tuvastanud 119 proovi Omicronina. Neist 118 vastavad SCL-i lennujaama saabumisele ja ühele kogukonna ülekandele (joonis 1a, b). Kuigi Omicroni epidemioloogilised tunnused on endiselt uurimise all, viitavad praegused aruanded kahele murettekitavale faktile: esiteks on Omicronil ulatuslik põgenemine nii looduslikust kui ka vaktsiini põhjustatud neutraliseerimisest, suurendades seega taaslfektsiooni ja läbimurdeliste infektsioonide võimalusi.

cistanche salsa benefits

KonkreetseltOmicroni immuunsuspõgenemine vähendaks vaktsiini efektiivsust sümptomaatilise haiguse vastu vastavalt 35%-ni ja 73%-ni 2x värskelt vaktsineeritud ja võimendatud isikute puhul, võttes arvesse mRNA vaktsiine (Pfifizer-BioNTechi BNT162b2).3 Lisaks näib, et see kaitse nakkuse vastu väheneb mõne kuu jooksul ja põgenemismäär on palju suurem heteroloogilise BNT162b2 revaktsineerija puhul isikutel, kes on täielikult vaktsineeritud Sinovaci inaktiveeritud viirusevaktsiiniga, CoronaVac.4,5 Kuigi 9. jaanuari 2022. aasta seisuga on 86,6% Tšiili elanikkonnast täielikult vaktsineeritud ja 60,5% on saanud revaktsineerimissüsti6 (joonis 1c), vastab enamik manustatud annustest CoronaVacile (55,3%), millele järgneb BNT162b2 (36,4%, tavaliselt revaktsineerimine),7 riskides seega teise lainega.4

antotsüaniini toidulisandid ja tsistanche toidulisandid

Teiseks jõudis Omicron esialgu ja uute npide puudumisel kahekordistunud ajani 1,5–3 päeva,8 levides seega kiiremini kui Delta VOC. Kuid see on paremini seletatav Omicroni ulatuslikuImmuunsüsteemipigem põgenemine kui põhilise ülekantavuse olemuslik suurenemine.9 Seetõttu võivad rangemad npi-d märkimisväärselt vähendada ülekandumist. Kuigi Omicroni nakkuste puhul tundub, et kaitse raske kursi eest jääb püsima, ohustab elanikkonna suur esinemissagedus kriitilise infrastruktuuri õiget funktsiooni, kuna suur osa tööjõust vajaks teste ja karantiini. Seetõttu on oluline, et teadlik otsuste tegemine määraks genoomse järelevalve abil ringlevad variandid ja omadused.

Kuigi genoomne jälgimine annab ülevaate ringlevatest variantidest ja nende mutatsioonilistest allkirjadest, sõltub selle usaldusväärsus proovivõtuprotokolli kvaliteedist. Järgnevalt võtame kokku ametlikud soovitused genoomseks seireks10 neljaks lihtsaks reegliks, mida tuleb kaaluda SARS-CoV-2 genoomilise seire usaldusväärse proovivõtuprotokolli jaoks:

1. Kooskõlastatud: erinevate üksuste jõupingutused tuleks tsentraliseerida ja ühtlustada, et vältida valiku kallutatust, tagada representatiivsus, optimeerida ressursside eraldamist ja standardida proovivõtuprotokolle. See üksus peaks tagama ka proovivõtuprotokollide läbipaistvuse, mis tuleks esitada koos genoomiteabega GISAID-le.

2. Adaptiivne: sekveneerimise intensiivsust tuleks suurendada, et tagada parem lahendus, kui kassades antakse märku uuest variandist, mis avastatakse kogukonna ülekandel ja vähendatakse selle baasmäärani, kui variandi domineerimine on kindlaks tehtud. Seda tehes saavad poliitikakujundajad tegutseda ennetavalt (vt joonis 1d).

3. Esindaja: proovivõtuprotokollid peaksid hõlmama ruumilisi heterogeene, olema suunatud erinevatele etnograafilistele rühmadele, võtma arvesse võimalikke kollektorite eelarvamusi (nt ainult sümptomaatiliste või vaktsineerimata isikute või samast nakkusahelast proovide võtmisena) ning olema representatiivsuse säilitamiseks proportsionaalsed praeguse esinemissagedusega. Sellistes riikides nagu Tšiili, kus linnakeskused on hõredalt jaotunud, tuleb piirkondlikult tagada esinduslikkus.

4. Diferentsiaal: i) sisenemispunktides (POE) ja (ii) jälgimiskeskustes kogutud proove tuleks käsitleda ja analüüsida eraldi, kuna need teenivad erinevaid eesmärke. Kui kassades avastatakse uued ohud, tuleks kogukonna valimit suurendada, et variantide varane asendusdünaamika oleks täpselt jäädvustatud.

Kuna me juba avastasime Omicroni kogukonna levikus, peaksid Tšiili poliitikakujundajad dünaamiliselt kohandama mittefarmatseutiliste sekkumiste rangust, et vältida selle levikut, pakkudes samal ajal revaktsineerimis mRNA vaktsiine suuremale osale elanikkonnast.11 Praeguses etapis on genoomne järelevalve valmisoleku jaoks ülioluline ja poliitikakujundajad ei peaks mitte ainult püüdma lainel surfata, vaid ka sellest õppida. Kokkuvõttes on meil suuremad võimalused edu saavutamiseks, kui mängime oma CARD-sid õigesti.

parandada immuunsusttaimsed ravimid

Viited

1 Orostica KY, Contreras S, Mohr SB jt. SARS-CoV-2 Gamma ja Lambda variantide mutatsioonilised allkirjad ja edasikandumine. arXiv eeltrükk arXiv:2108.10018. 2021.

2 Viana R, Moyo S, Amoako DG jt. SARS-CoV-2 Omicroni variandi kiire epideemia laienemine Lõuna-Aafrikas. Loodus. 2022.

3 Cele S, Jackson L, Khoury DS jt. Omicron pääseb ulatuslikult, kuid mittetäielikult Pfifizer BNT162b2 neutraliseerimisest. Loodus. 2021.

4 Perez-Then E, Lucas C, Monteiro VS jt. Heteroloogilise BNT162b2 revaktsineerimise immunogeensus täielikult vaktsineeritud inimestel, kellel on CoronaVac SARS-CoV-2 variantide Delta ja Omicron: Dominikaani Vabariigi kogemus vastu. medRxiv. 2021.

5 Lu L, Mok BW, Chen L, et al. SARS-CoV-2 Omicron variandi neutraliseerimine seerumite poolt BNT162b2 või Coronavac vaktsiini saajatelt. Clin Infect Dis. 2021:ciab1041.

6 Mathieu E, Ritchie H, Ortiz-Ospina E jt. Ülemaailmne COVID-19 vaktsineerimiste andmebaas. Nat Hum Behav. 2021:1–7.

7 168° informe epidemiologico, informe incidencia y gravedad de Casos covid-19 segun antecedentes de Vacunacion e informe Estrategia Nacional de Tta [Internet]. Departamento de Estadisticas e Informacion de Salud. [tsiteeritud 2022Jan13].

8 Torjesen I. Covidi piirangud karmistuvad, kuna Omicroni juhtumid kahekordistuvad iga kahe kuni kolme päeva järel. BMJ. 2021;375:n3051

9 Lyngse FP, Mortensen LH, Denwood MJ jt SARS-CoV-2 Omicron VOC ülekanne Taani majapidamistes. medRxiv. 2021 detsember.

10 Maailma Terviseorganisatsioon. Juhised SARSCoV-2 variantide jälgimiseks. Vahejuhised. [Internet] 9. august 2021.

11 Bauer S, Contreras S, Dehning J, jt. Leevendavad piirangud vaktsineerimise tempos suurendavad vabadust ja kaitsevad edasiste COVID-19 lainete eest. PLoS Comput Biol. 2021;17:(9) e1009288