Neeru proksimaalse torukujulise ja glomeruluse analüüs
Mar 15, 2022
Kontakt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791
Selle artikli II osa (sissejuhatus, materjalid ja meetodid) kohta teabe saamiseks klõpsake siin.
Inimese normaalse neeru proksimaalse tubulaarse ja glomeruluse peaaegu üherakuline proteoomika
Tara K. Sigdel1, Paul D. Piehowski2, Sudeshna Roy1, Juliane Liberto1, Joshua R. Hansen2, Adam C. Swensen2, Rui Zhao3, Ying Zhu3, Priyanka Rashmi1, Andrew Schroeder1, Izabella Damm1, Svastika Sur1, Jinghui Luo4, Yingbao Yang4, Wei-Jun Qian2* ja Minnie M. Sarwal1* Neeru täppismeditsiini projekti (KPMP) konsortsiumi jaoks
1Mitmeorgani siirdamise osakond, California ülikooli kirurgiaosakond, San Francisco, San Francisco, CA, Ameerika Ühendriigid
2Vaikse ookeani loodeosa riiklik laboratoorium, bioloogiateaduste osakond, Richland, WA, Ameerika Ühendriigid
3Environmental Molecular Sciences Laboratory, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, Ameerika Ühendriigid
4Patoloogia osakond, Michigani ülikool, Ann Arbor, MI, Ameerika Ühendriigid
Märksõnad:glomerulus, massispektromeetria, üherakuline analüüs, proteoomika,neerud
Molekulaarsed hinnangud üherakulisel tasemel võivad kiirendada bioloogilisi uuringuid, pakkudes üksikasjalikke hinnanguid rakkude organiseerituse ja kudede heterogeensuse kohta nii haiguste kui ka tervise osas. Inimeneneerudsellel on keerulised mitmerakulised olekud, millel on erinev funktsionaalsus, millest suurt osa saab nüüd täielikult kasutada koe proteoomika hiljutiste tehnoloogiliste edusammudega peaaegu üherakulisel tasemel. Arutame selle massispektromeetria (MS) põhise proteoomika meetodi esimese rakenduse põhietappe normaalse inimese alajaotiste analüüsimiseks.neerud, osana neeru täppismeditsiini projektist (KPMP). Kasutades ~ 30–40 laseriga püütud mikrodissekteeritud neerurakku, tuvastasime rohkem kui 2500 inimese valku, mis on spetsiifilisedproksimaalne torukujuline(PT; n=25 valku) ja glomerulaarset (Glom; n=67 valku) piirkondaneerudja nende ainulaadsed metaboolsed funktsioonid. See pilootuuring annab teekaardi meie peaaegu üherakulise proteoomika töövoo rakendamiseks teiste neerude mikrosektsioonide analüüsimiseks suuremas skaalas, et selgitada välja neerude subtsellulaarse funktsiooni häired normaalses neerus ja ka erinevad etioloogiad. äge ja kroonilineneeruhaigus.
cistanche võib parandada neerufunktsiooni
Sissejuhatus
Hiljutised edusammud molekulaarses profiilis, eriti transkriptsioonianalüüsis ühe raku tasemel, võivad paljastada haruldaste rakupopulatsioonide heterogeensetes kliinilistes kudedes, mis aitab kaasa meie arusaamale neerubioloogiast ja selle molekulaarsetest protsessidest (1–7). Rahuldamata vajadus on välja töötada meetodid, mis suudaksid anda igakülgset bioloogilist teavet RNA ja DNA tasemel ning võimaldada ka üherakulise proteoomilise koe analüüsi.
Erinevalt genoomikast võivad proteoomilised tehnoloogiad anda funktsionaalset teavet raku olekute ja regulatiivsete võrkude kohta (2). Massispektroskoopial (MS) põhineva proteoomika tehnoloogiline väljakutse on lähtematerjali piiramine. Erinevalt transkriptoomikast ei võimalda proteoomika molekulaarset amplifikatsiooni. See fakt on toonud kaasa olulisi jõupingutusi MS-põhise proteoomika analüütilise tundlikkuse suurendamiseks, sealhulgas tehnoloogia miniaturiseerimiseks ja elektripihustusionisatsiooni allika suuremaks efektiivsuseks (8, 9), nii et analüütiline tundlikkus on nüüd piisav valkude tuvastamiseks üksikul imetajal. rakud. Vaatamata kõrgele analüütilisele tundlikkusele on proteoomilised rakendused väikeste proovimahtude korral toonud kaasa täiendavaid väljakutseid, nagu valkude ja peptiidide mittespetsiifiline adsorptsioon reaktsioonitorude pindadele, ebatõhus seedimise kineetika, puhastamise vajadus ja väljakutsed kohaletoimetamisega. Meie rühm on hiljuti teatanud peaaegu üherakulise proteoomika (nscProteomics) meetodi kohta HeLa rakkudes, mis pakub väga uuenduslikku ja tundlikku tehnoloogiat proovide proteoomide mõõtmiseks, mille valgu kogus on väikesest arvust rakkudest (10). See meetod nõuab väga kohandatud proovide töötlemise seadmeid ja seda on praeguses arendusjärgus raske teistele uurimislaboritele üle kanda. Inimese töötlemineneerudselle torujuhtme kaudu liikuvad kuded on nõudnud suurt tähelepanu protokolli väljatöötamisele, et optimeerida kudede säilitamist ja rakkude püüdmist.
Selles uuringus oleme keskendunud tegevuskava pakkumisele erinevate alamsektsioonide proteoomilise päringu edukaks mõõtmiseks.neerud, peaaegu ühe raku tasemel, järgmiste tulemustega: (i) nscProteomicsi optimaalse neerukoe kogumise ja säilitamise hindamine; (ii) nscProteomicsi asjakohase etalonstandardi identifitseerimine; (iii) neerukoe paksuse optimeerimine laserhõive mikrodissekteerimiseks (LCM); (iv) LCM-i parameetrite optimeerimine; v) nscProteomics meetodi kirjeldus, milles kasutatakse LC-MS-il põhinevat täielikult automatiseeritud mikro-POTS-meetodit (μPOTS; töötlemine ühes potis jäljeproovide jaoks) (11); (vi) Andmeanalüüs nscProteomics jaoks.
Eelnimetatud ülesannete täitmiseks oleme töötlenud 11 ainulaadset inimestneerudbiopsiad ning välja töötatud protokollid ja metoodikad inimese proteoomilise ekspressiooni kogumiseks, töötlemiseks ja uurimiseksneerudproovid μPOTS-i poolt. Koos ülitundliku LC-MS-ga on meil täisautomaatne μPOTS-meetod, mis võimaldab reprodutseeritavust ja annab kvantitatiivsed proteoomilised mõõtmised ~3,{2}} valgu kohta 10 kuni 100 laserhõive mikrodissekteeritud (LCM) neerurakust. katvuse tase, mis saavutati varem ainult tuhandete rakkude jaoks (12–17). See uuring aitab molekulaarselt iseloomustada kudede rakkude heterogeensust ja patoloogiat erinevate ägeda ja kroonilise neeruhaiguse põhjustega patsientide neerubiopsiates. Sellel ainulaadsel tehnoloogial on potentsiaal lahti harutada proteoomilist heterogeensust ja ainulaadseid valgumarkereid erinevatesneerudhaiguse alamtüübid ja alamstruktuurid, mis on korrelatsioonis haiguse patogeneesi, prognoosi ja riskide kihistumisega. Uuring on kokku võetud joonisel 1.
Joonis 1. Peaaegu üherakuline proteoomika (nscProteomics) töövoog on optimeeritud inimese töötlemiseksneerudkoed. Töövoog sisaldab optimaalse tuvastamistneerudkudede kogumine ja säilitamine, nscProteomics meetodi laserpüüdmise mikrodissekteerimise kvaliteedikontrollid neerurakkude jaoks.
Eksperimentaalsed protseduurid
Uuringu ülesehitus
11 ainulaadse inimnormaaliga tehtud proteoomiliste uuringute skemaatiline esitusneerudon näidatud joonisel 2A. Hulgi- ja laserhõive mikrodissekteeritud (LCM) nscProteomics jaoks viidi läbi kokku 28 massispektromeetria (MS) jooksu paaris glomerulaarsetel (Glom) ja proksimaalsetel keerdunud torukujulistel (PT) lõikudel. Koed kahest esimesestneerudsäilitati FFPE-na ja optimaalse lõiketemperatuuri segu (OCT) söötmes. Veel üheksa neeru neerukudede probleeme töödeldi ainult ÜMT-s (joonis 2A).
Joonis 2. (A) Uuringu proovide ja analüüside kokkuvõte. (B) QC graafik protsessi reprodutseeritavuse kohta ÜMT koe abil. Valkude spektraalloenduse erinevused kahe eraldi OCT-koe katse puhul kanti graafikule 1257 valgu keskmise valgu spektraalloenduse suhtes. Süžeel kujutab sinine joon keskmist erinevust; punased ja rohelised jooned tähistavad vastavalt 2 SD ja 3 SD piirangut. 97,96 protsenti valkudest on arvutatud reprodutseeritavuse piiris 13,52, mis näitab kõrget reprodutseeritavuse taset. Samuti on näha, et ÜMT kudet hõlmava protsessi käivitustevaheline varieeruvus on väiksem kui FFPE kude hõlmava protsessi puhul (arvutatud reprodutseeritavuse piir: 24,43). (C) 374 levinud valgu spektraalloenduse jaotuse võrdlus OCT-s ja FFPE-s. Suuremal arvul OCT koest pärinevatel valkudel on kõrge spektraalne arv, samas kui FFPE koest pärinevate valkude puhul on madala spektri arvu suurem ülekaal. (D) FFPE-s 76 ainulaadse valgu ja OCT-s 244 ainulaadse valgu spektraalloenduse jaotuse võrdlus. Madala spektraalarvuga valkude suurem ülekaal on näha ÜMT koes. See võib viidata sellele, et ÜMT koetehnika on praeguses stsenaariumis madala koguse valkude tuvastamiseks parem. 2 OCT külmutatud koest tuvastatud valkude korrelatsioonikoefitsient oli 0,96 (P <>
Neerukoe proovide võtmine
Inimeneneerukudedkoguti kokku 11 identifitseerimata osalisest nefrektoomiast, mis saadi California San Francisco ülikoolist (UCSF) ja Michigani ülikoolist (UM) koos heakskiidetud IRB-ga, osana NIH neerude täppismeditsiini katsetehnoloogia teostatavusuuringust. Projekt (KPMP). Ainult terve alaneerudSel eesmärgil kasutati väljaõppinud patoloogi määratud. Proovid muudeti anonüümseks, ainsa hoiatusega, et kuded koguti täiskasvanutelt. Tehnoloogia jaoks optimaalse proovivõtuprotokolli hindamiseks jagati algselt ~100 mg kude kahest neerust võrdselt ja valmistati kas formaliiniga fikseeritud parafiiniga manustatud (FFPE) koelõikudena või külmutati Tissue-Plus™ OCT ühend (Fisher Scientific). Igast OCT plokist lõigati krüo-mikrotoomiga üks 5 μm ja kolm 10 μm paksust järjestikust lõiku ja paigaldati 1,0 polüetüleentereftalaadi (PET) membraaniklaasidele (Zeiss) glomerulaarsete japroksimaalne tuubullahkamine. 5 μm paksune lõik värviti peamiste histoloogiliste struktuuride visualiseerimiseks H&E-ga. Ülejäänud 10 μm paksused lõigud jäeti värvimata. Kõiki slaide hoiti kuni lahkamiseni temperatuuril -80 kraadi.
Cistanche neerufunktsiooni häirete parandamiseks
Kudede saatmise ja töötlemise mõju hindamine proteoomilisele väljundile
Et hinnata viivituste mõju ÜMT külmutatud koe proteoomilisele analüüsile,neerudtissue samples were collected at one center, shipped to a second site >4 h reisi kaugusel, töödeldakse teises keskuses ja vastupidi. Hulgiproteoomika viidi läbi kahel 2 ainulaadselneerud(neer nr 3, nr 4), hangitud Michigani ülikoolist ja tarnitud kahte erinevasse kohta (Ohio osariigi ülikool ja UCSF) MS analüüsiks, kasutades mõlemas kohas sama protokolli ja MS parameetreid. Seejärel võrreldi MS-i jooksu tulemusi kahe saidi vahel.
Valkude ekstraheerimine ja sadestamine
See viidi läbi nii OCT kui ka FFPE koe ettevalmistamise meetoditega, et valida kudede proteoomika jaoks optimaalne meetod. ÜMT kude lõigati krüomikrotoomi abil 10 μm paksusteks lõikudeks. SM-i jaoks valkude ekstraheerimiseks vajaliku minimaalse koekoguse valimiseks lõigati, sulatati ja kanti mikrotsentrifuugi katseklaasidesse kolm lokki (lõik, mis asetatakse slaidile laiali laotamise asemel Eppendorfi katsutisse) ja 5 lokke külmutatud koest. mis sisaldab 5 mm roostevabast terasest helmeid (Qiagen), eksponeeriti imetajate rakkude lüüsipuhvriga (sealhulgas Benzonase® nukleaasi ja proteaasi inhibiitori lahus; Qiagen) ja homogeniseeriti TissueLyser LT-s (Qiagen) kiirusel 50 pööret sekundis 3 minutit. Valgu kontsentratsioon kvantifitseeriti (Bradfordi test; Thermo Scientific) ja säilitati kuni kasutamiseni temperatuuril –20 kraadi. Kude on säilitatud<2 months="" in="" ffpe="" was="" sectioned="" into="" ten="" 10="" μm="" thick="" sections="" using="" a="" microtome.="" three="" and="" five="" curls="" of="" tissue="" were="" cut,="" deparaffinized="" in="" xylene,="" centrifuged,="" and="" incubated="" in="" extraction="" buffer="" exb1="" (qiagen)="" supplemented="" with="" β-mercaptoethanol.="" samples="" were="" incubated="" on="" ice,="" followed="" by="" incubation="" at="" 80°c="" for="" 2="" h.="" protein="" was="" quantified="" (bradford="" assay;="" thermoscientific)="" and="" stored="" at="" −20°c="" until="" further="" use.="" protein="" was="" precipitated="" by="" the="" addition="" of="" cold="" acetone,="" followed="" by="" centrifugation="" to="" pellet="" and="" dry="" the="" precipitated="" protein.="" the="" pellet="" was="" re-suspended="" in="" 6="" m="" urea/100="" mm="" tris-hcl="" ph="" 7.8,="" and="" protein="" concentration="" was="" quantified="" (bradford="" assay;="" thermoscientific)="" and="" stored="" at="" −20°c="" until="" trypsin="">
Trüpsiini seedimine
Ligikaudu 15{8}} ug üldvalgust (~15 protsenti saadaolevast sisendist) eksponeeriti redutseerivate ainete (200 mM DTT ja 100 mM Tris-HCl) ja alküülivate reagentidega (200 mM jodoatseetamiidi ja 100 mM Tris-HCl). ja seejärel lahjendati RNAse/DNAse vaba veega, et vähendada uurea kontsentratsiooni 0,6 M-ni. Lisati 4 ug sea trüpsiini (Sigma) ja proovi lõigati 37 kraadi juures. Valgu kontsentratsioon kvantifitseeriti (Bradfordi test; ThermoScientific) ja MS jaoks kasutati 10 ug valku.
MS for Bulk Proteomics, et hinnata optimaalset neerukudede töötlemismeetodit
Trüptilise peptiidi segu hapestati sipelghappega, puhastati C18 Monospin kolonnidega ja analüüsiti Orbitrap Q Exactive HF-X (Thermo Scientific) abil. MS/MS viidi läbi kasutades Higher-Energy C-Trap Dissotsiatsiooni (HCD). Massispektreid analüüsiti Byonic v2.14.27 (valgumeetrid) abil, võimaldades massihälbeid 12 ppm. Muutuvad translatsioonijärgsed modifikatsioonid olid lubatud, sealhulgas oksüdatsioon, metüülimine, karbamüleerimine ja fosforüülimine. Valgud piirdusid nendega, mille tulemus oli parem kui 1-protsendiline valede avastamise määr (FDR). Optimaalse meetodi valimiseks võrreldi valkude arvukust ja MS andmeidneerudkudede kogumine FFPE ja OCT vahel.
Laserpüüdmise mikrodissektsioon
PET-slaididele paigaldatud värvimata 5, 10 ja 20 μM paksused lõigud asetati optimaalse lõikepaksuse testimiseks Zeiss PALM MicroBeam Laser Microdissection süsteemi (Zeiss) lavale. Glomerulaarne japroksimaalne tuubulpiirkonnad valiti vabakäetööriista abil ja dissektsioonid viidi läbi 10-kordse objektiiviga. Jäädvustati ~ 4580 μm2 pindala ja 10 uM paksusega lõigud, mis moodustasid ~ 40 glomerulaarrakku, tuginedes varem avaldatud valemile glomerulaarrakkude määramiseks tervel täiskasvanul.neerud(18). Jaoksproksimaalne torukujulinerakke, jäädvustasime ~ 2900 μm2proksimaalne torukujulinerakke, mis moodustasid ~ 36 rakku. Lõigatud osad katapulteeriti 200 µl läbipaistmatusse kleepuvasse korki (Zeiss) (LPC Energy, 66; LPC Focus, 79) ja säilitati temperatuuril –80 kraadi .
Near-Single-Cell-Proteomics (nscProteomics)
Püüdmiskorgidesse kogutud valkude lahustamiseks LCM-iga lisati otse korgile 10 μL tilk 0,1% DDM 50 mM Tris pH 8. Proove inkubeeriti 30 minutit 37 kraadi juures Eppendorf ThermoTop termosegistis, et vähendada aurustumist, millele järgnes tsentrifuugimine 2,000 × g juures 1 minut, et viia lüsaat viaali. Valke redutseeriti 5 mM ditiotreitooliga ja inkubeeriti 37 kraadi juures 30 minutit. Alküülimine viidi läbi 10 mM jodoatsetamiidi juures, inkubeerides 45 minutit pimedas 25 kraadi juures. Järgmisena lisati 10 ng Ls-C alikvoot, millele järgnes 3-tunnine inkubeerimine 25 °C juures. Seejärel lisati 10 ng trüpsiini alikvoot, millele järgnes üleöö seedimine 25 kraadi juures. Lagundatud peptiidid segati 15 μl 18 MΩ vee alikvoodiga.
LC-MS platvorm üliväikeste proovide jaoks
Peptiidiproovid (25 μL) eraldati 60 cm kolonni abil, siseläbimõõduga 50 μm ja integreeritud emitteriga (New Objective). Kolonnid pakiti ettevõttesiseselt 1,7 μm läbimõõduga Waters BEH söötmega. Gradient 100-min valmistati Dionex Ultimate 3000 RSLC nanopumba (Thermo Scientific) abil. See süsteem ühendati massispektromeetriga QExactive Plus (Thermo Scientific). Massispektrid koguti vahemikus 300 kuni 1800 m/z, kasutades 12 parimat andmetest sõltuvat kogumismeetodit. MS1 spektrid koguti massilahutusvõimega 35K ja MS2 spektrid 17,5K. Madala arvukusega ioonide tuvastamise suurendamiseks kasutati maksimaalset 100 ms IT-d.
Proteoomiline andmete ekstraheerimine
Kõiki toorfaile töödeldi funktsiooni tuvastamiseks, andmebaasi otsimiseks ja valkude/peptiidide kvantifitseerimiseks (19) kasutades MaxQuanti (versioon 1.5.3.30), järgides eelnevalt kirjeldatud sätteid (10). Tandemmassispektreid otsiti inimeste andmebaasist UniProtKB/Swiss-Prot (allalaaditud 29. detsembril 2018 ja sisaldab 20 417 ülevaadatud kirjet). MS-i proteoomika andmed nscProteomicsi jaoks on talletatud ProteomeXchange'i konsortsiumi PRIDE (20) partnerhoidla kaudu andmestiku identifikaatoritega PXD015058 ja 10.6019/PXD015058.
Andmete analüüs
MS andmed saadi PNNL-is (nscProteomics) ja Stanfordi ülikoolis (hulgiproteoomika) tehtud katsetest. Massproteoomika jaoks. Optimaalse valimiseks kasutati järgmisi statistilisi meetodeidneerudkudede kogumise meetod, mis on külmutatud OCT-s või töödeldud FFPE-na, mida hinnati kudede kvantitatiivse massiproteoomika abil, i) arvutati valgu saagis ekvivalentse sisendkoe mg kohta; (ii) MS reprodutseeritavust testiti kahe neeru FFPE ja OCT sektsioonide MS väljundiga, mille valmistas sama isik, kasutades sama protokolli, analüüsiti samal MS-instrumendil, kasutades määratud protokolli, mõnepäevase vahega (21). Reprodutseeritavuse piiri (22) kasutati, et anda ligikaudne piir ühe protsessi järjestikuste katsete mõõtmiste erinevustele ning hinnata protsesside võrdlemise täpsust. Arvutati korrelatsioonikoefitsient, mis andis järjestikuste katsete (kasutades sama koe) vahelise kokkulangevuse; (iii) Valkude arvukus ja peptiidifragmendi suuruse jaotus arvutati, et hinnata valgu lagunemisest, formaliinist tingitud ristsidumisest jne tulenevaid variatsioone. Teised kvaliteedikontrolli aspektid, sealhulgas (iv) protsessi triivi hindamine korduste ja aja vahel, kasutades ühist kogumit.neerudviide ja (v) nihke arvutamine. Range kvantitatiivne analüüs ja unikaalsete valkude tuvastamine kasutas andmeid ainult valkude puhul, mille spektraalloendus oli suurem või võrdne 5 (23). Fisheri täpset testi kasutati kahe normaalse inimese neeru (nr 1 ja 2) vahel kaardistatud tavaliste ja ainulaadsete valkude rikastamise hindamiseks. Ülaltoodud analüüsi põhjal (vt tulemusi) valiti kõigi järgnevate analüüside kogumismeetodiks OCT külmutatud kude.
Andmeanalüüsi järgmiseks etapiks oli valgukomplektide tuvastamine, kvantifitseerimine ja valideerimine, mis on rikastatud või spetsiifilised ~ 10–100 rakust, mis saadi kahest valitud rakust.neerudalamsektsioonid – Glom ja PT piirkonnad, mis on saadud samastneerud, lahtiselt ja OCT LCM külmutatudneerukude(n=9; neerud nr 3–11) ja seda juhib nscProteomics.
Puuduvate/mittetäielike andmetega seotud probleemide lahendamiseks võeti kasutusele {{0}}astmeline poolkonservatiivne filtreerimismeetod ning G-testi (24) abil tuvastati, kas andmed olid juhuslikult puudu (MAR). või Missing Not At Random (MNAR). Täiendav andmete usaldusväärsuse hindamine viidi läbi, valides rangelt valgud, mida täheldati rohkem kui 50 protsendis kõigist proovidest. T-testi kasutati valkude olulise rikastamise tuvastamiseks glommingus või PT-s ja rakendati mitmekordse testimise korrektsiooni (Benjamini-Hochberg FDR) olulisuse lävega 0, 1. Analüüsi jaoks on suhtelise intensiivsuse MS andmed (log 2 teisendatud), mis on saadud Glomist, PT-st ja üksikutest fraktsioonidest.neerudloeti paarituks. Tuvastasime Glomiga rikastatud valgud (madala PT/hulgisisaldusega) ja unikaalsed Glomile (puudub PT-s), samuti PT-ga rikastatud valgud (madala tasemega Glomis/hulkis) ja unikaalsed PT-le (Glomis puuduvad). . Usalduse suurendamiseks viidi rikastusanalüüs läbi ainult andmetega, ilma et igas rühmas oleks väärtusi puudu. Ühiste valkude arvukuse väärtuste vahelist korrelatsiooni kasutati rikastatud alamkambri valkude vahelise kokkuleppe määramiseks sama katse erinevate katsete vahel. Samuti teostasime igas kambris oluliselt rikastatud valkude ristvalideerimise, analüüsides neid võrdlusi unikaalsetest proovikomplektidest kahe erineva jooksu, 1. ja 2. katse vahel. Rikastatud alamkambri (Glom ja PT) valkude komplektide bioloogilise valideerimise viis läbi päring, kas teadaolevaid alamkambritega rikastatud valke saab inimese valgu atlase (https://www.proteinatlas.org/) avalikes andmetes lokaliseerida nende konkreetsetesse piirkondadesse (25).
Cistanche neerupuudulikkuse sümptomite korral
Cross-Omicsi andmete võrdlus/integreerimine
Valgu ekspressiooni vastavuse hindamiseks RNA tasemel kasutati andmeid, mis saadi üherakulise RNA sekveneerimisega (scRNA Seq), mis viidi läbi 10 natiivse nefrektoomiaga, millest 9 kattuvadneerudkasutatakse nscProteomicsis. Selleks kasutati 10x Genomics Chromiumi platvormi koos v3 keemiaga, kasutades Sarwali laboris optimeeritud meetodit KPMP konsortsiumi kudede ülekuulamiskohana (TIS) (meetodit ja tulemusi kirjeldav käsikiri on ettevalmistamisel). Selle ristoomika analüüsi jaoks kasutasime transkriptsiooniandmeid 45 411-stneerudrakud jagunesid üheksaks peamiseks rakutüübiks: podotsüüdid, mesangiaalsed rakud, glomerulaarne endoteel, strooma/interstiitium, immuunrakud,proksimaalne tuubul, Henle silmuse paks tõusev haru, distaalne/ühendustoru ja kogumiskanal. Ühelahtri andmete analüüs tehti Seurat R paketi versiooni 2.3.4 abil. Nende andmete põhjalikum analüüs on väljatöötamisel (26).
Saatja: 'peaaegu üherakuline proteoomika profileerimineProksimaalne torukujulinejaGlomerulusnormaalsest inimesestNeerTara K. Sigdel1, Paul D. Piehowski2, Sudeshna Roy1, Juliane Liberto1, Joshua R. Hansen2, Adam C. Swensen2, Rui Zhao3, Ying Zhu3, Priyanka Rashmi1, Andrew Schroeder1, Izabella Damm1, svastika Luoo1, Yinginghu Luoo1, Yang4, Wei-Jun Qian2* ja Minnie M. Sarwal1*NeerTäppismeditsiini projekti (KPMP) konsortsium
---ORIGINAALUURINGU artikkel Esikülg. Med., 17. september 2020 |
