Bensalatsetofenooni derivaatide arvutuslik uurimine SARS-CoV-2 kui potentsiaalsete mitme sihtmärgiga bioaktiivsete ühendite vastu Ⅱ

3.7.2. 3CLpro-karmofuuri kompleksi stabiilsus

Kompleksne 3CLpro-karmofuur näitas stabiilset dünaamikat 150 ns simulatsiooni jooksul pärast tasakaalustusperioodi (60 ns). Põhivõrgu ja kompleksi keskmine RMSD väärtus oli vastavalt 2,34 Å ja 2,81 Å. N- ja C-terminaalsed jäägid näitasid maksimaalset jääkkõikumist (~10 Å). Stabiilsete ja konserveerunud sidumata interaktsioonidega seotud jäägid näitasid aga suhteliselt palju väiksemaid kõikumisi (~ 2, 0 Å). Rg väärtus näitas voltimismustrit ~ 30 ns jooksul (Joonis 10) ja leiti, et see ekspresseerib osalist lahtivoltimist, mis näitab ligandi stabiilset seondumist. Lisaks täheldati, et 3CLpro ja karmofuuri dokitud kompleksi esialgne ja lõplik keskmine pindala olid vastavalt 145,97 nm2 ja 148,49 nm2. Kompleksi keskmine hüdrofoobne pindala oli 148, 32 nm2, mis esindas valgu lahtivoltimist ja sidumistasku paindlikkust. Täiendav film (S2) esindab karmofuuri üksikasjalikku sidumisrežiimi ja stabiilset dünaamikat 3CLpro suhtes. See kompleks moodustas 6 talliH-sidemed, millest 4 olid kogu simulatsiooni jooksul ühtlased. Usuti, et need stabiilsedH-side interaktsioonid soodustasid stabiilse kompleksi moodustumist. Kompleksi 3CLpro-karmofuuri hinnanguline suhteline sidumisenergia oli− 16,67 kcal/mol. Lisaks tuvastati peamised sidumisenergiat soodustavad jäägid, arvutades jäägi lagunemisenergia. JäägidThr25, Met49, Cys142, Met165, Leu167, Arg188,jaGln189eelistas stabiilset kompleksi moodustumist. Küll aga jäägidAsn142jaGlu166ei soosinud suhtlust. Nende jääkide hulgasMet165näitas olulist panust sidumisenergiasse, kuna sellel oli kõige vähem energiat (− 9,12 kJ/mol). Teiste interakteeruvate jääkide panusenergia oli aga erinev− 1.42 kuni− 5,601 kJ/mol ja osales ka stabiilse kompleksi moodustamises.

3.7.3. PLpro - 4-hüdroksükordoiini (c30) kompleksi stabiilsus

PLpro-4-hüdroksükordoiini (c30) kompleks näitas stabiilset dünaamikat ja sarnast trendi 150 ns jooksul. RMSD väärtus oli stabiilne kuni ~ 80 ns vahemikus ~ 1, 2 kuni ~ 1, 5 Å ja ~ 1, 8 kuni ~ 2, 2 Å vastavalt selgroo ja kompleksi puhul. Pärast ~ 80 ns leiti, et RMSD oli valgu suurenenud pindala tõttu suhteliselt kõrgem (vastavalt ~ 1, 5–2, 3 Å ja ~ 2, 2 kuni 3, 5 Å). C jaoks kujutatud jääkkõikumised näitasid stabiilsete mitteseotud kontaktide moodustumist jääkides, kus 4-hüdroksükordoiini (c30) puhul täheldati vähem kõikumisi, st Val203, Met207, Tyr208, Met209, Ile223, Pro224 ja teiste Pro248-ga võrreldes mitteinterakteeruvad jäägid. Rg väärtus näitas MD simulatsiooni ajal stabiilset kompleksi moodustumist, moodustades kompaktse kerakujulise kuju, mida näitas Rg väärtuse pidev vähenemine. Täiendav film (S3) tutvustab 4-hüdroksükordoiini (c30) sidumisrežiimi PLproga. Täheldati, et kahe lehe vahel jääkidest moodustatud silmus oli sidumistasku lähedal ja sellel oli maksimaalne kontakt molekuliga. Selle silmuse paindlikkuse tõttu näitas see aga sidumistasku avanemist, mille tulemusena suurenes SASA ja ligandi liikumine MD simulatsiooni ajal pärast ~ 85 ns. PLpro ja 4-hüdroksükordoiini (c30) dokitud kompleksi esialgne ja lõplik pindala olid vastavalt 169,50 nm2 ja 170,29 nm2. Keskmine kompleksi pindala oli 170 nm2. Kompleks moodustas 3 H-sidet, millest 2 olid ühtsed. 4- hüdroksükordoiini (c30) seondumisafiinsust PLpro-ga hinnati suhtelise seondumisenergia arvutamise teel. Kompleksi sidumisenergia oli −16,28 kcal/mol. Struktuurilise ülevaate saamiseks üksikute jääkide panusest sidumisenergiasse analüüsiti jääkide lagunemisenergiat. Täheldati, et 7 jääki aitasid oluliselt kaasa stabiilse kompleksi moodustumisele ja soodustasid olemasolevaid mitteseotud interaktsioone, nt Val203, Met207, Tyr208, Met209, Ile223, Pro224 ja Pro248 (joonis 11). Kõige tähtsam on see, et jäägid Tyr208, Met209, Ile223 ja Pro224 näitasid olulist panust seondumisafiinsusse, saavutades madalaima panuseenergia vastavalt –2,97, –3,89, –3,82 ja –2,91 kJ/mol. Selle artikliga seotud täiendava video leiate aadressilt https://d oi.org/10.1016/j.compbiomed.2022.105668.

3.7.4. PLpro-GRL-0617 kompleksi stabiilsus

PLpro-GRL-0617 kompleks oli stabiilne ja selle RMSD väärtused olid sarnased kuni 120 ns. Põhivõrgu RMSD väärtus oli vahemikus ~1,3 Å kuni ~3.{13}} Å ja ~1,8 Å kuni ~4,5 Å kompleksi puhul. Põhivõrgu RMSD väärtuse pidevat langust täheldati ~120 ns pärast (~3.{{20}} Å-lt 2.0 Å-le) ja see püsis stabiilsena kogu perioodi vältel. MD simulatsiooniperiood (150 ns). Samamoodi näitas kompleksne RMSD väärtus RMSD väärtuse sarnast püsivat langust vahemikus ~ 4, 5 Å kuni ~ 3, 0 Å. Pärast ~ 120 ns suurenes RMSD väärtus veelgi kuni 3, 8 Å kuni 150 ns. Gly164, Asp165, Thr211, Leu212, Asn216, Ile223, Ala247, Pro248 ja Tyr265 jääkkõikumised olid teiste mitteinterakteeruvate jääkidega võrreldes suhteliselt väiksemad. Kuigi Cys225, Val226 ja Cys227 näitasid suurenenud kohaliku paindlikkuse tõttu maksimaalset jääkkõikumist kuni 6 Å, täheldati simulatsiooni ajal ligandi interaktsiooni. Lisaks näitas Rg väärtus stabiilset kompleksi moodustumist kuni ~ 70 ns. Lisaks täheldati ligandi sidumistaskuga "Lys158 kuni Val166" külgneva silmuspiirkonna paindlikkuse tõttu ligandi liikumist teiste sidumistaskute suunas (täiendav film S4), mida tõendas ka Rg väärtuse suurenemine ~ 70 ns. Lisaks moodustas GRL-0617 stabiilsed mitteseotud kontaktid kogu 150 ns MD simulatsiooni jooksul, mida toetas stabiilne Rg muster. Algselt näitas SASA paindlikku sidumistaskut ja suurendas SASA väärtust. See võis vallandada ligandi GRL- 0617 ümberorienteerumise. PLpro ja GRL- 0617 dokitud kompleksi algseks ja lõplikuks pindalaks märgiti vastavalt 164,32 nm2 ja 162,263 nm2. Keskmine kompleksi pindala oli 165,02 nm2. Samamoodi näitasid suurenenud SASA väärtused sidumistasku avanemist stabiilse kompleksi moodustamiseks, mida eelistati peamiselt sidumistasku jääkide paindlikkuse tõttu. Kompleks moodustas 4 H-sidet, millest 2 H-sidet olid simulatsiooniperioodi jooksul ühtlased. Lisaks näitas PLpro-GRL-0617 kompleksi sidumisenergia –11,83 kcal/mol. Lisaks kvantifitseeriti struktuursed teadmised üksikute jääkide panusest sidumisenergiasse, arvutades jäägi lagunemisenergia. Täheldati, et 9 jäägil oli oluline panus stabiilse kompleksi moodustumisse ja need soodustasid olemasolevaid mitteseotud interaktsioone, nt Thr211, Leu212, Asn216, Ile223, Cys225, Val226, Cys227, Ala247 ja Pro248 (joonis 12). Kõige tähtsam on see, et jäägid Ile223, Cys225, Val226 ja Cys227 avaldasid olulist panust seondumisafiinsusesse, andes madalaima panuseenergia vastavalt –0,91, –0,74, –1.{87}} ja –1,08 kJ/mol. .

Selle artikliga seotud täiendava video leiate aadressilt https://d oi.org/10.1016/j.compbiomed.2022.105668.

Joon. 5. GO analüüsid reguleeritud valkude bensalatsetofenooni derivaadid esitades rakulisi komponente, molekulaarset funktsiooni ja bioloogilisi protsesse.

3.7.5. Teravalgu stabiilsus - mallotophilippen D (c42) kompleks

Spike valgu-mallotophilippen D (c42) kompleks näitas stabiilset dünaamikat pärast 100 ns tasakaalustusperioodi, mis sarnanes teiste uuritud kompleksidega. RMSD väärtus varieerus selgroo ja kompleksi puhul vastavalt ~ 1, 2 Å kuni 3 Å ja 1, 8 Å kuni ~ 4 Å. Simulatsiooni pikendati veelgi 200 ns-ni, kuna see kompleks saavutas tasakaaluoleku 100 ns pärast. Täheldatud keskmised selgroo ja kompleksse RMSD väärtused olid vastavalt ~ 2, 6 Å ja ~ 3, 8 Å. C jaoks kujutatud jääkkõikumised näitasid vähem kõikumisi jääkide puhul, mis osalesid mitteseotud kontaktides mallotophilippen D-ga (c42), võrreldes teiste mitteinterakteeruvate jääkidega. Jääkidest Aal344-Trp353 ja Glu516-Thr523 moodustatud painduv ahela piirkond oli aga väga dünaamiline ja näitas suuremaid kõikumisi (~3 Å). Ligandi ja valgu interaktsioonides aktiivselt osalenud jäägid, sealhulgas Phe342, Leu368 ja Ile434, näitasid kõige vähem kõikumist (täiendav film S5). Lisaks moodustati MD-simulatsiooni käigus stabiilne kompleks ja see moodustas kompaktse kerakujulise kuju, mida näitas Rg väärtuse vähenemine 10 ns pärast. Kompleks järgis stabiilset Rg väärtust 100 ns pärast, mis näitab õiget voltimist, mis oli vajalik ligandi ja valgu vahelise stabiilse kompleksi moodustamiseks. Spike-valgu ja mallotophilippen D (c42) dokitud kompleksi esialgne ja lõplik pindala olid vastavalt 112,38 nm2 ja 112,6 nm2. Keskmine kompleksi pindala oli 111,4 nm2. Täiendav film (S5) demonstreerib mallotophilippen D (c42) üksikasjalikku sidumisrežiimi terava valguga. Kompleks moodustas 6 H-sidet, millest 3 olid ühtsed. Mallotophilippen D (c42) seondumisafiinsus piigivalguga hinnati suhtelise seondumisenergia arvutamise teel. Lisaks näitas kompleks sidumisenergiat –34,10 kcal/mol. Lisaks näitas jäägipõhise panuse energia sidumistaskust 12 jääki, nimelt Phe342, Ala363, Asp364, Tyr365, Leu368, Leu371, Ala372, Phe374, Ile434, Trp436, Val511 ja Leu513F-s, mis aitavad oluliselt kaasa kompleksi moodustumisele. 13). Sidumistaskust pärinevad jäägid Phe342, Leu368, Ile434 ja Trp436 näitasid olulist panust seondumisafiinsusse, saavutades vähima jääkide lagunemis-/panusenergia vastavalt –5,78, –9,39, –4,71 ja –4,20 kJ/mol.

Joon. 7. Prognoositudviirusevastased spektridbensalatsetofenooni derivaadid mitmete viiruste vastu. Ennustati, et suurem osa bensalatsetofenooni derivaate oli aktiivsed herpesviiruse (12,57 protsenti) ja kõige vähem trahhoomi (0,57 protsenti) vastu.

3.7.6. Teravalgu stabiilsus - DRI-C23041 kompleks

Teravalk-DRI-C23041 kompleks näitas stabiilset dünaamikat ka pärast 100 ns pikkust tasakaalustusperioodi, mis sarnanes piigivalgu mallotophilippen D (c42) kompleksiga. Algselt kasvasid selgroo ja kompleksse RMSD väärtused järk-järgult ~ 1, 8 Å-lt 5 Å-ni ja ~ 2 Å-lt ~ 5, 1 Å-ni vastavalt selgroo ja kompleksi puhul. Jäägid Val367, Leu368, Asp339, Asp364, Asp389 ja Leu441 näitasid suhteliselt vähem kõikumisi (~ 4,0 Å), kuna nad osalevad stabiilsetes mitteseotud interaktsioonides DRI-C23041-ga. Jääkidest Ala475 kuni Asn487 moodustatud painduv silmus näitas maksimaalseid jääkkõikumisi (~ 11, 0 Å). Lisaks moodustus stabiilne kompleks püsiva Rg väärtusega ~ 18 Å. Lisaks täheldati komplekside osalisel lahtivoltimisel ligandi vastupäeva pöörlemist umbes ~ 63 ns juures, mida tõendas ka suurenenud Rg väärtus 19, 5 Å-ni (täiendav film S6). Kuid ligand taastas oma algse positsiooni ja hõivas stabiilsed konformatsioonid ning kompleks moodustas kompaktsed kerakujulised kujundid, mida toetas Rg väärtuse vähenemine 18, 3 Å-ni. See ligandi struktuurne üleminek soodustas stabiilse kompleksi moodustumist 150 ns MD simulatsiooni ajal. Spike-valgu ja DRI-C23041 dokitud kompleksi esialgne ja lõplik pindala oli 109,379 nm2 ja 107,334 nm2. Kompleksi keskmine pindala oli 110,57 nm2. Kompleks moodustas 4 H-sidet, millest 2 olid ühtsed. Leiti, et DRI-C23041 ja spike-valgu suhteline seondumisenergia oli –3,10 kcal/mol. Jäägi panuse energia näitas sidumistaskust 11 jääki, nimelt Asp339, Glu340, Asp364, Asp389, Asp398, Asp405, Glu406, Asp427, Asp428, Asp442 ja Glu516, ​​mis aitavad oluliselt kaasa nende komplekside (F ja stable) moodustamisele. jäägid said kõige vähem tulemust jäägi lagunemis-/panusenergia kohta, mis varieerusid vastavalt –11,90 kJ/mol kuni –27,17 kJ/mol.

3.7.7. Põhikomponent ja dünaamiline ristkorrelatsioonimaatriks

Tegime põhikomponentide analüüsi, et uurida konformatsioonilist paindlikkust ja konformatsioonide mitmekesisust, mis tulenevad stabiilsest trajektoorist, mis saadi 150 ns MD simulatsioonidel, st 100–150 ns viie kompleksi ja 150–200 ns spike-valgu-mallotophilippen D kompleksi puhul. Maksimaalse kollektiivse liikumise fikseerivad esimesed 10 omavektorit/põhikomponenti. Seetõttu uurisime täpselt kahte esimest omavektorit / arvutit (põhikomponente) üksikasjalikult. Joonis fig 15 kujutab kahe esimese omavektori 2D projektsiooni. Täheldati, et käesolevas uuringus kasutatud standardmolekulid, nimelt Carmofur, GRL-0617 ja DRI-C23041, mis sihivad vastavalt 3CLpro, PLpro ja spike valku, näitasid simulatsioonide ajal suuremat konformatsioonide mitmekesisust (näidatud punase joonena 15A–C) Kuid valitud ligandid, nimelt 3'-(3-metüül-2-butenüül)-4'-O- -D-glükopüranosüül{{22} },2'-dihüdroksükalkoon, 4-hüdroksükordoiin ja mallotophilippen D, mis olid suunatud vastavalt 3CLpro-le, PLpro-le ja spike-valgule, näitasid simulatsiooni ajal väiksemat konformatsiooni mitmekesisust. See näitab, et kompleksid 3'-(3-metüül-2-butenüül)-4'-O- -D-glükopüranosüül-4,2'-dihüdroksükalkoon koos 3CLpro, 4-hüdroksükordoiin PLpro-ga ja mallotophilippen D koos spike-valguga on simulatsiooni ajal hästi tasakaalustatud ja stabiliseerunud. Lisaks näitas komplekside (standardmolekulide) hõivatud suurem konformatsiooniline ruum suuremat konformatsioonilist paindlikkust maksimaalse arvu erinevate konformatsioonidega. Huvitav on see, et ühendid 3'-(3-metüül-2-butenüül)-4' -O- -D-glükopüranosüül-4,2'-dihüdroksükalkoon, {{ 51}}hüdroksükordoiin ja mallotophilippen D koos 3CLpro, PLpro ja spike-valguga hõivasid nende vastavate kontrollide/standarditega võrreldes suhteliselt palju väiksema konformatsiooniruumi. Seega teeme ettepaneku, et skriinitud molekulid võiksid olla tõhusamad kui standardravimid (joonis 15D–F).

Kompleksides täheldatud C-aatomite dünaamiline ristkorrelatsioon annab rohkem struktuurseid teadmisi ligandi siduvate domeenide kollektiivsest liikumisest. Joonis fig 16 kujutab C-aatomite kooskõlastatud jääkliikumist kõigis simuleeritud kompleksides. Diagonaalne merevaiguvärvi joon näitab iga jäägi tugevat enesekorrelatsiooni iseendaga. Korrelatsiooni ja antikorrelatsiooni amplituud skaleeritakse vastavalt merevaigust siniseni. Kompleksis 3'-(3-metüül-2-butenüül)-4' -O- -D-glükopüranosüül-4,2'-dihüdroksükalkoon-3 CLpro, seondumiskoha jäägid näitavad korrelatsioonivastast seost 3CLpro N-terminaalse domeeniga. Antikorrelatsiooni amplituud on aga mõõdukas, samas kui kompleksne 3CLpro-karmofuur (standard) näitas sarnast antikorrelatsiooni palju väiksema amplituudiga. Seega teeme ettepaneku siduda 3'-(3-metüül-2-butenüül)- 4'-O- -D-glükopüranosüül-4,2'-dihüdroksükalkoon soodustaks konformatsioonilist üleminekut ja soodustaks stabiilse kompleksi moodustumist koos tugevdatud mitteseotud interaktsioonidega võrreldes selle standardmolekuliga, st karmofuuriga. Samamoodi näitas teine ​​kompleks 4-hüdroksükordoiin PLpro tugevat korrelatsiooni jääkide 50–175 vahel, kuid samad jäägid kompleksis PLpro-ga seotud standardravimi GRL-0617-ga näitasid suhteliselt nõrgemat koostööd. Kooperatiivne liikumine, mida väljendasid sidumistaskujäägid vahemikus 175 kuni 240 N-terminaalse piirkonnaga, näitas aktiivse saidi jääkide tähtsust GRL-0617-PLpro kompleksi stabiliseerimisel. Sidetasku korrelatsioon kadus kompleksis GRL{40}}PLpro. Standardmolekuli DRI-C23041-spike valgu kompleks näitas jääkide 390 kuni 470 tugevat koostööliikumist iseendaga, samas kui need jäägid kompleksis mallotophilippen D näitasid koostöövastast toimet.liikumine. Lisaks näitas spike-mallotophilippen D kompleks antikoostööliikumine, välja arvatud tugev enesekorrelatsioon, mida väljendavad kõik jäägid.

Seega näitas dünaamiline ristkorrelatsioonimaatriks valgu kooperatiivset ja koostöövastast liikumist, tuues esile uuritud komplekside konformatsioonilise paindlikkuse ja stabiilsed sidumata interaktsioonid, mida raviti vastasküljel mittekoostöölise liikumisega, käivitasid sidumistasku avamise ja sulgemise. jäägid, mis hõlbustavad stabiilse kompleksi moodustumist MD simulatsiooni ajal.

Joonis 9. 3CLpro-3'-(3-methyl-2-butenyl)-4'-O- -D-glükopüranosüül-4 kirjeldavad parameetrid, 2'-dihüdroksükalkoonkompleksi struktuursed stabiilsused. (a) selgroo ja kompleksi RMSD, (b) RMSF, (c) Rg, (d) SASA, (e) H-sideme interaktsioonide arv ja (f) panuse energiagraafik, mis rõhutab sidumistasku jääkide tähtsust stabiilne kompleksi moodustumine.

Tabel 6

MM-PBSA arvutused tipptasemel komplekside sidumisvaba energia ja interaktsioonienergia kohta.

4. Arutelu

On näidatud, et immuunsüsteemi tugevdajad võivad mängida peamist rolli mitmete nakkuslike pandeemiate, sealhulgas COVID{0}}, profülaktikas, kuna need on nõrgenenud immuunsuse korral levinumad. Varem on immuunsüsteemi tugevdajate rolli COVID-iga võitlemisel{1}} selgitatud kemikaalformaatika ja bioinformaatika lähenemisviiside abil [34]. Samamoodi üritati käesolevas töös uurida bensalatsetofenoone (flavonoidide eelkäijaid) [35] kui immuunsüsteemi tugevdajaid ja viirusevastaseid aineid uue koroonaviiruse vastu.

Algselt saadi ühendid kätte ja neile tehti ravimisarnasuse ennustus, mis põhines molekulmassil, H-sideme doonoritel, aktseptoritel ja lipofiilsusel, nagu on selgitatud Lipinski reegliga viis. Siin tuvastati suurem osa bensalatsetofenoonidest positiivse ravimisarnasuse skooriga, mis viitab nende suukaudsele biosaadavusele [16]. Lisaks saab negatiivse ravimisarnasuse skooriga bensalatsetofenoonide struktuuris teha mõned muudatused, et suurendada nende suukaudset biosaadavust. Siiski tuleb märkida, et nende bioloogilist funktsiooni ei tohiks mõjutada. Lisaks ennustati 5 parimat ligandit positiivse ravimisarnasuse skooriga, st abessinoon VI (c1), isobavakalkoon (c11), 4-hüdroksükordoiin (c30), mallotophilippen E (c31) ja hapnikuga rikastatud ksantohumool (c39). lipofiilsus, vees lahustuvus, farmakokineetika ja ravimisarnasus, kuna need on ravimi toime kesksed piirangud. Huvitaval kombel ei rikkunud ükski neist viiest tabamusest Lipkinskit (molekulmass<500, number of H-bond acceptors <10, number of H-bond donors <5, and XLogP<5) [36] and Veber (number of rotatable bonds ≤10, and the total polar surface area ≤140, also questions 500 molecular weight cutoff in Lipinski rule of 5) [37] rules. 

Lisaks reguleerisid bensalatsetofenoonid uuringutes kokku 55 erinevat rada, mille puhul hüpoksiaga indutseeritav faktor (HIF)-1, p53, tuumafaktor kappa B (NF-kB), teemaksulaadne retseptor, kasvaja nekroos faktor (TNF), kahvlipea kast, alamrühm O (FoxO), östrogeen, Wnt, NOD-sarnane retseptor ja interleukiini-17 (IL-17) signaalirada ning tsütokiini-tsütokiini retseptori interaktsioon mures olemaimmuunsüsteemi reguleerimine. On teatatud, et HIF-i ekspressiooni ja stabiliseerumise vallandavad hüpoksia ja mikroobidega seotud patogenees. Lisaks reguleerib haigekassaperemehe immuunfunktsioon, suurendades fagotsüütide mikrobitsiidset võimet ja T-rakkude diferentseerumist, millele järgneb tsütotoksiline aktiivsus. Lisaks mängib HIF-i signaalirada peamist rolli põletiku, makrofaagide metabolismi ja polarisatsiooni, mikroobse infektsiooni (nii viirusliku kui ka bakteriaalse), antigeeni esitlemise jakaasasündinud immuunsus[38]. Sarnaselt tuvastati, et HIF-1 signaalirada (hsa04066) on reguleeritud FLT1, GAPDH, HMOX1, NOS2, TFRC ja TIMP1 geenide modulatsiooni kaudu, mis mängivad olulist rolli geenide manipuleerimisel.immuunsussüsteemkoroonaviirusnakkuste korral ja toime tulla kahjustatud koe põletikuga. Samuti manipuleerib p53 signaaliradaimmuunvastuspõhiregulaatorite transaktiveerimise kauduimmuunsignalisatsiooni teed.  

Joonis 10. 3CLpro-Carmofur kompleksi struktuuri stabiilsust kirjeldavad parameetrid. (a) selgroo ja kompleksi RMSD, (b) RMSF, (c) Rg, (d) SASA, (e) H-side interaktsioonide arv ja (f) panuse energiagraafik, mis tõstab esile sidumistasku jääkide tähtsust stabiilses kompleksis moodustamine.

Joonis 11. PLpro-4-hüdroksükordoiini kompleksi struktuurset stabiilsust kirjeldavad parameetrid. (a) selgroo ja kompleksi RMSD, (b) RMSF, (c) Rg, (d) SASA, (e) H-sideme interaktsioonide arv ja (f) panuse energiagraafik, mis rõhutab sidumistasku jääkide tähtsust stabiilne kompleksi moodustumine.

Lisaks on teatatud paljudest p53 signaaliradade geenidest tsütokiinide tootmisel, patogeeni tuvastamisel, põletikul ja surnud rakkude kliirensil [39]. Seega võivad bensalatsetofenoonid osaleda CASP8, CCND2, CHEK1 ja MDM2 geenide reguleerimises p53 signaaliraja (hsa04115) kaudu ning võivad käivitada tsütokiinid, et tugevdada immuunsust, millele järgneb surnud kudede eemaldamine kehast. Põletikulised tsütokiinid, nagu TNF või IL-id, mõjutavad kaasasündinud ja adaptiivseid immuunvastuseid. Lisaks on nende olulisust illustreeritud üksikute tsütokiinide, nagu IL-6 või TNF [40] blokeerimise kaudu tekkinud patogeneesi aktsepteerimine. Siin eeldati, et bensalatsetofenoonid moduleerivad mitut rada, nagu NF-kB (hsa04064), TNF (hsa04668) ja IL-17 (hsa04657) signaalirada ning tsütokiini-tsütokiini retseptori interaktsiooni (hsa04060), mis on otseselt seotud põletikuga. tsütokiinid. Toll-sarnaseid retseptoreid ekspresseeritakse tavaliselt valvurrakkudes (dendriitrakud ja makrofaagid), et tuvastada mikroobidest pärinevad struktuurselt konserveerunud molekulid ja mängida võtmerollikaasasündinud immuunsüsteem. Lisaks värbavad nad spetsiifilisi adaptermolekule, aktiveerivad transkriptsioonifaktoreid nagu NF-kB, avaldavad kaasasündinud immuunvastuste tulemusi ja mängivad olulist rolli kaasasündinud immuunvastuse mitmetes aspektides patogeenidele [41]. Siin tuvastati, et bensalatsetofenoonid reguleerivad kolme valku, st CASP8, CD14 ja CD86 tasulise retseptori signaaliülekande rajal. Lisaks mängib otsmiku (Fox) transkriptsioonifaktorite FoxO alamperekond olulist rolli raku ja homöostaatilises funktsioonis.immuunresistentsed rakudsealhulgas T-rakud, B-rakud, neutrofiilid ja muud mittelümfoidsed liinid [42]. Lisaks reguleerisid bensalatsetofenoonid FoxO signaalirada (hsa{6}}4068), moduleerides kolme valku (CAT, CCND2 ja MDM2) 130 taustvalgu vastu valeavastamise määraga 0,0137. Samamoodi on tunnistatud, et östrogeeniretseptorid arendavad immuunrakke, millele järgneb nende osalemine membraani algatatud steroidide signaalimises. Lisaks toodavad nad I tüüpi interferooni ja ka kaasasündinud tsütokiinide tootmist ning arendavad või toimivad kaasasündinud immuunrakkude reaktsiooni [43]. Samuti näitas käesolev töö, et bensalatsetofenoonid reguleerivad östrogeeni signaaliülekande rada (hsa04915) kolme valgu, st MMP2, PGR ja RARA, moduleerimise kaudu, mis võivad vallandada interferoonide ja tsütokiinide tootmise ning aidata kaasa immuunrakkude kiirele reageerimisele. Samamoodi mängib Wnt-signaal olulist rolli mitmetes bioloogilistes protsessides, sealhulgas immuunrakkude regulatsioonis, mis on väga mitmekesine looduslike tapjarakkude arengus, T-rakkude initsiatsioonis, makrofaagide toimes kudede parandamisel ja T-rakkude tümopoeesis [44]. Siin reguleerisid bensalatsetofenoonid Wnt signaalirada (hsa04310) kolme valgu, st CCND2, CTNNB1 ja MMP7, moduleerimise kaudu ning võivad aidata kaasa looduslike tapjarakkude, T-rakkude ja makrofaagide arendamisele ja reguleerimisele. Samamoodi toimivad NOD-sarnased retseptorid mikroobide äratundmisel ja on teatatud peremeesorganismi kaitsemehhanismidest, mis käivitavad ka peremeesorganismi kaasasündinud immuunvastuse. Lisaks on NOD-sarnaste retseptorite perekond seotud peremees-patogeeni interaktsioonide ja põletikuliste vastustega [45], mida on reguleeritud kolme valgu, st CASP8, CCL2 ja CYBA, moduleerimisega.

Bensalatsetofenoonide-sihtmärkide-radade interaktsioonis hinnati kogu võrgu mitut parameetrit. Kõikide sõlmede keskmine ühenduvus nende naabritega on määratletud "naabruskonna ühenduvusega" [46]. Selle muutuja määrasid ülalnimetatud võrgus naabrid 63,8 protsendiga. Lisaks mõõdab "kesksuse vahel" sõlmede sagedust lühimal teel teiste sõlmede vahel. See osutab sõlmele, et see toimiks sillana võrgu sõlmede vahel. See aitab tuvastada lühima tee ja sõltumatute sõlmede langemise sageduse ühele [47], mis oli korrelatsioonis naabrite arvuga 1-ga. Samamoodi võrdleb "läheduse kesksus" iga sõlme selle "läheduse" alusel teiste sõlmedega. ja arvutab lühima tee sõlmede vahel. See aitab kõige kiiremini mõista üksiku sõlme mõju antud võrgule [47]. Käesolevas töös täheldati, et läheduse kesksus sõltus naabritest 2 protsenti.

Uue viiruse jaoks uute viirusevastaste ainete tuvastamise ajal võib viirusevastase omaduse tuvastamine hästi äratuntava viiruse suunas mängida lihtsat mängu. Seda eeldades uurisime huvipakkuvaid bensalatsetofenoone viirusevastases bioloogilises spektris. Selles täheldati, et valitud bensalatsetofenoonidel on viirusevastased omadused adeno, tsütomegalo, hepatiidi, herpese, trahhoomi, gripi, paragripi, picorna, rõugete, ninasarviku ja inimese immuunpuudulikkuse viiruse vastu. Lisaks tuvastas GO analüüs ka nakkushaiguste radade reguleerimise, st inimese papilloomiviiruse infektsiooni (hsa05165), Kaposi sarkoomiga seotud herpesviirusnakkuse (hsa05167), viiruse kantserogeneesi (hsa05203), HTLV-I infektsiooni (hsa05166), HTLV-I infektsiooni (hsa05166), herpes simplex5 infektsioon8 (hsa05166), ) ja viiruslik müokardiit (hsa05416), mis on mures KEGG andmebaasi viirusinfektsiooni pärast. Need tulemused õhutasid meid veelgi uurima bensalatsetofenoonide tõenäolist viirusevastast omadust uue koroonaviiruse vastu.

Bensalatsetofenoonide tõenäolise viirusevastase toime hindamiseks SARS-CoV-2 vastu kasutasime in silico molekulaarset dokkimist ja kõiki aatomeid hõlmavaid eksplitsiitseid MD simulatsioone, et uurida ligandide seondumisafiinsust uudse koroonaviiruse kolme sihtmärgi, st 3CLpro, suhtes. PLpro ja spike-valgu retseptorit siduv domeen. Siin saavutasid kõik bensalatsetofenoonid sidumisenergia alla –5.0 kcal/mol. Teised ühendid interakteerusid kõigi kolme sihtmärgiga vähemalt ühe H-sidemega interaktsiooniga, välja arvatud mõned, nt 4-klorokalkoon (c4), obohhalkolaktoon (c17), 4'-O-metüülbavakalkoon (c22) ja mallotophilippen E ( c31) 3CLpro,2'-hüdroksükalkooniga (c2), 4-klorokalkooniga (c4), 4- hüdroksükalkooniga (c5), okaniiniga (c7), 2' ,3,4,4' ,6 '-pentahüdroksükalkoon (c8), kalkoon (c10), ( pluss )-tefrosoon (c12), pinotsembrinhalkoon (c13), 4'-O-metüülbavakalkoon (c22) ja 2',4'-dihüdroksü-6′ - metoksü-3′,5′-dimetüülkalkoon (c43) koos PLpro ja 2′-hüdroksükalkooniga (c2), 4-klorokalkoon (c4), kalkoon (c10), desmetüülksaantumool (c21), 4 '-O-metüülbavachalkoon (c22), 7- metoksüpraekansoon B (c29), mallotophilippen C (c41) ja 2',4' -dihüdroksü-6' -metoksü-3',5 ′-dimetüülkalkoon (c43) spike-valguga. Lisaks esineb nsp5-s 3CLpro, mis läbib automaatse lõhustumise ja vabastab kõik allavoolu replikaasi subühikud, et muuta ubikvitiini süsteemi, mis mõjutab funktsionaalseid valke [48], mille sihtmärgiks oli peamiselt obohhalkolaktoon (c17) sidumisenergiaga –8,5 kcal/mol, hoolimata sellest. ei olnud H-sideme interaktsioone. Koronaviiruse viiruse tsüklit reguleerivad pp1a ja pp1ab kaudu käivitatavad replikaasi valgud ning seda töötleb PLpro [49], mida moduleerisid peamiselt 4-hüdroksükordoiin (c30) ja ksantohumool (c38) sidumisafiinsusega – 8,2 kcal/mol mõlema ligandi poolt. Samamoodi kasutab koroonaviirus peremeesrakku sisenemiseks väravana ACE2 [50,51] ja selle sihtmärgiks oli peamiselt abessinoon VI (c1). Need tulemused peegeldavad mitut (sarnase kategooria) molekuli, mida saab kasutada viiruse anatoomia erinevate saitide sihtimiseks tänu nende afiinsusele mitme valgu suhtes interaktsiooniteooria "mitmeühendi(te) ja mitme valgu(te) kaudu". Esitatud uuringu üheks oluliseks aspektiks on viiruse sisenemise inhibiitorite tuvastamine, mis katsid 7,71 protsenti uuritavatest bensalatsetofenoonidest (joonis 7). Seega lisati bensalatsetofenoonide seondumine teravikvalgu retseptorit siduva domeeniga spike-valguna ja see on otsene võti normaalse raku homöostaasi hõõrumiseks. Lisaks on üks olulisi aspekte, mida tuleb arvesse võtta, see, et "õige molekul - õige sihtmärk - õige kestus" kui irratsionaalne hinnang võib põhjustada tahhüfülaksia huvipakkuva patogeneesi, sealhulgas COVID{101}} suunas, mida saab lahendada mitme komponendiga -mitme valgu" interaktsioon võrreldes "ühe ühendi ja ühe sihtmärgi" interaktsiooni teooriaga. Lisaks osutas see uuring teatud spetsiifiliste radade, nt TNF, NF-kB ja IL{105}} signaaliülekanderadade ning tsütokiini-tsütokiini retseptori interaktsiooni reguleerimisele (joonis 17), mis on otseselt seotudimmuunregulatsioonja samuti manipuleerida tsütokiini tormiga.

Joonis 16. C-aatomite dünaamiline ristkorrelatsioonimaatriks, mida täheldati bensalatsetofenoonide (A, C, E) ja standardravimite (B, D, F) kompleksides 3CLpro, PLpro jaspike valk vastavalt. Positiivsed piirkonnad, mis on värvitud merevaigukollase värvi, esindavad C-aatomite tugevat korrelatsiooni (Cij=1), samas kui negatiivsedpiirkonnad, mis on värvitud siniseks, tähistavad korrelatsioonivastaseid liikumisi (Cij=-1).

Varem on homoloogia modelleerimise, molekulaarse dokkimise, MD simulatsioonide ja MM-PBSA hindamise rakendamiseks tehtud mitmeid uuringuid, et registreerida ravimi transpordi varieeruvus, valgu allosteerilise inhibeerimise tuvastamine, kiraalsuse mõju selektiivsele ensüümi inhibeerimisele, pöördumatu režiimi uurimine. retseptorite ja ligandi-valgu interaktsioonide hindamine [52–56]. Sarnaselt analüüsiti käesolevas töös identifitseeritud potentsiaalsete pliiühendite ja standardmolekulide molekulidevahelist interaktsiooni stabiilsust nende vastava sihtmärgiga klassikalise MD-simulatsiooni abil 150 ns (spike valgu - mallotophilippen D (c42) kompleks 200 ns). Tulemused näitasid, et 3'-(3-metüül-2-butenüül)-4'-O- -D-glükopüranosüül-4, 2'-dihüdroksükalkoon (c35) stabiilne dünaamika 3CLproga võrreldes standardse karmofuuri molekuliga. Varem teatati, et karmofuur pärsib koroonaviiruse replikatsiooni Vero E6 rakkudes (EC{22}}.30 μM), toimides koos 3CLpro jäägiga Cys145 [57]. Sarnaselt ennustati käesolevas uuringus, et karmofuur interakteerub Cys145 jäägiga, hinnates panusenergiaks –1,42 kJ/mol, samas kui 3'-(3-metüül-2-butenüül)-4 '-O- -D-glükopüranosüül-4,2'-dihüdroksükalkoonühendid said Cys145 jaoks – 4,24 kJ/mol. Lisaks on Cys145–His41 3CLpro kaks katalüütilist diaadijääki, mis mängivad olulist rolli SARS-CoV-2 polüproteiinide lõhustamisel [58]. Lisaks teatasid teised uurimisrühmad ka Cys145 sihtimise potentsiaalsest rollist uute viirusevastaste ravimite väljatöötamisel 3CLpro vastu [59, 60]. Huvitaval kombel täheldasime 150 ns MD simulatsiooni ajal mõlemas ühendis konserveerunud seondumiskoha interaktsioone (Thr25, Met49 ja Met165). Sarnaselt skriiniti 4-hüdroksükordoiini (c30) PLpro inhibiitorina ja see moodustas standardse molekuliga GRL-0617 stabiilse kompleksi. Varem on GRL-0617 teatatud tugeva PLpro inhibiitorina SARS-CoV-2-ga nakatunud Vero E6 rakkudes, mille IC50 on 2,1 μM [61, 62]. Käesolevas uuringus moodustasid nii GRL-0617 kui ka 4-hüdroksükordoiin (c30) stabiilse RMSD ja jagasid ühiseid interaktsioone Ile223 ja Pro248-ga vastavalt 150 ns ja 200 ns MD tootmistsükli jooksul ning selgus, et mõlemad on sobivad. tabab PLpro inhibiitoritena.

Lisaks on varem Bojadzic et al. teatas, et DRI-C23041 inhibeerib spike-valgu RBD domeeni IC50 väärtusega 0,52 μM [63]. Käesolevas uuringus tuvastati mallotophilippen D (c42) piigivalgu regulaatorina ja see näitas paremat seondumisafiinsust piigivalgu RBD domeeni suhtes võrreldes standardmolekuliga DRI-C23041. MM-PBSA tulemus näitas, et mallotophilippen D (c42) sidumisvaba energia on −34,10 kcal/mol, samas kui DRI-C23041 järgi −3,10 kcal/mol, mis näitas mallotophilippen D (c42) suuremat afiinsust valgu suhtes. . Lisaks leiti, et nii DRI-C23041 kui ka mallotophilippenD (c42) interakteeruvad 150 ns MD simulatsiooni ajal spike-valgu RBD domeeni ühise jäägiga Leu368. PCA ja DCCM komplekside uurimine näitas ka, et 3CLpro, PLpro ja spike-valguga kalkoonid on simulatsiooni ajal hästi tasakaalustatud ja stabiliseeritud, hõivates suhteliselt palju väiksema konformatsiooniruumi ja konformatsioonilise paindlikkuse minimaalse arvu erinevate konformatsioonidega võrreldes standardmolekulidega. Kaasaegne 4-hüdroksükordoiin (c30), kõrgeima ravimisarnasuse skooriga ühend, reguleeris 9 valku, nt FLT1, CD86, CASP8, RARA, KLK3, PLAT, CTNNB1, HMOX1 ja TOP2A, milles Leiti, et viirusinfektsiooniga on seotud 6 valku, st CASP8, CTNNB1, TOP2A, CD86, PLAT ja HMOX1. CASP8 kodeerib kaspaas 8; viiruspatogeen, mille sihtmärgiks on CASP8-sõltuv apoptootiline rakk ja nekrootilise rakusurma rada, mis sõltub retseptoriga interakteeruvast valgust (RIP) 1 ja 3. Seetõttu pärsib CASP8 aktiivsuse omandamine RIP1 ja 3, et tugevdada rolli peremeesorganismi kaitses rakusiseste viiruspatogeenide vastu [64]. Samamoodi kodeerib CTNNB1 kateniini -1 ja vastutab interferooni valgusünteesi eest [65] ning on immuunvastuse peamine modulaator. Lisaks võib see häirida viirusnakkusi [66]. Samuti kodeerib TOP2A topoisomeraasi 2 ja selle inhibeerimine kutsub esile telomeerse desoksüribonukleiinhappe kahjustuse ja T-rakkude düsfunktsiooni kroonilise viirusinfektsiooni ajal [67]. Lisaks kodeerib CD86 T-lümfotsüütide aktivatsiooni antigeeni CD86 ja kontrollib viirusevastast CD8 pluss T-rakkude funktsiooni ja immuunseiret [68]. PLAT kodeerib plasminogeeni aktivaatorit ja aitab kaasa kahjulikule kopsupõletikule ja lokaalsele fibriini trombide moodustumisele; võib olla seotud peremeesorganismi kaitsega gripiviiruse nakkuste vastu [69]. Samuti kodeerib HMOX1 heemi oksügenaasi 1. Varem teatati, et SARS-CoV-2 avatud lugemisraami 3a valk seondub suure usaldusväärsusega inimese HMOX1 valguga. HMOX1 rada võib pärssida trombotsüütide agregatsiooni ning omada muu hulgas tromboosi- ja põletikuvastaseid omadusi, mis kõik on COVID{75}} patsientidel täheldatud kriitilised haigusseisundid [70].

Varem on näidatud, et SARS-CoV-2 genoomne RNA võib manipuleerida immuungeenidega ja kaotada nende funktsiooni. Lisaks on välja toodud, et genoomne RNA võib vallandada interleukiini interaktsiooni ja samuti tsütokiinide tormi [71]. Samuti uuritakse uuringus mikroRNA (miRNA) bitti osa COVID-nakkuses, et vältida immuunvastuse äratundmist ja rünnakut. Vahetult võib SARS-CoV-2 toimida vati või käsnana, mis absorbeerib miRNA-d ja sunnib immuunsüsteemi talitlushäireid. Lisaks kodeerib see oma miRNA-d, siseneb peremeesrakku ja peremeesorganismi immuunsüsteem tunneb selle ära [72].

Kuna bensalatsetofenoone (kalkoone) on kirjeldatud immuunvastuse manipuleerimisel [11] ja RNA on seotud immuungeenide sünteesiga, tuleb nende tõenäolist rolli genoomse RNA interaktsiooni peremehe manipuleerimisel täiendavalt uurida.

5. Järeldus

Käesolevas uuringus uuriti mitmeid bensalatsetofenoone kui immuunsüsteemi tugevdajaid ja nende viirusevastaseid spektreid SARS-CoV -2 vastu. Selles uuringus kirjeldati tõenäolisi plii viirusevastaseid aineid, nimelt abessinoon VI (c1), isobutriin (c16), obohhalkolaktoon (c17), 4-hüdroksükordoiin (c30),3'-(3-metüül-2-butenüül). )-4′-O- -D-glükopüranosüül-4,2'-dihüdroksükalkoon (c35), ksantohumool (c38) ja 4-mallotofilipeen D (c42) COVID-i vastu -19 sihtides 3CLpro, PLpro ja spike valku. Lisaks tuvastas rikastusanalüüs erinevate reguleerimise

radasid nagu HIF-1, p53, NF-kB, Toll-like retseptor, TNF, FoxO, östrogeen, Wnt ja IL-17. Samuti käivitati NOD-sarnased retseptorid ja tsütokiini-tsütokiini retseptorid, mis on otseselt seotud immuunsüsteemi reguleerimise ja tsütokiini tormi manipuleerimisega. Sarnaselt käivitati mitmed viirus- ja bakteriaalsete infektsioonide ja endokriinsete deregulatsioonide vastased viisid, mille puhul immuunsüsteem on peamiselt kahjustatud. Need tulemused viitavad bensalatsetofenooni derivaadi(te) terapeutilisele võimalusele COVID-i vastu-19. Piirdudes käesolevate leidudega, juhime tähelepanu sellele, et selles töös esitatud leiud põhinevad protsessori simulatsioonidel, mida tuleb täiendavalt kinnitada märglabori katseprotokollidega.

Viited

[1] AR Fehr, S. Perlman, Coronaviruses: ülevaade nende replikatsioonist ja patogeneesist, Methods Mol. Biol. 1282 (2015) 1–23, https://doi.org/10.1007/978- 1-4939-2438-7_1.

[2] Y. Dong, X. Mo, Y. Hu, X. Qi, F. Jiang, Z. Jiang, S. Tong, Epidemiology of COVID-19 among children in China, Pediatrics 145 (2020), e20200702, https://doi.org/ 10.1542/peds.{7}}.

[3] CJ Andersen, KE Murphy, ML Fernandez, Ülekaalulisuse ja metaboolse sündroomi mõju immuunsusele, Adv. Nutr. 7 (2016) 66–75, https://doi.org/10.3945/ an.115.010207.

[4] SG Deeks, BD Walker, Immuunvastus AIDS-i viirusinfektsioonile: hea, halb või mõlemad, J. Clin. Investeeri. 113 (2004) 808–810, https://doi.org/10.1172/JCI21318.

[5] M. Gendrot, E. Javelle, A. Clerc, H. Savini, B. Pradines, Klorokiin kui profülaktiline aine COVID-i vastu-19, Int. J. Antimicrob. Agents 55 (2020), 105980, https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.105980.

[6] V. Mody, J. Ho, S. Wills, A. Mawri, L. Lawson, MCCJC Ebert, GM Fortin, S. Rayalam, S. Taval, 3-kümotrüpsiinitaolise proteaasi (3CLPro) identifitseerimine inhibiitorid kui potentsiaalsed SARS-CoV{5}}-vastased ained, Commun Biol 4 (2021) 93, https://doi.org/10.1038/s42003-020-01577-x.

[7] D. Shin, R. Mukherjee, D. Grewe, D. Bojkova, K. Baek, A. Bhattacharya, L. Schulz, M. Widera, AR Mehdipour, G. Tascher, PP Geurink, A. Wilhelm, GJ van der Heden van Noort, H. Ovaa, S. Müller, KP Knobeloch, K. Rajalingam, BA Schulman, J. Cinatl, G. Hummer, S. Ciesek, I. Dikic, Papain-like protease reguleerib SARS-CoV{{ 3}} viiruse levik ja kaasasündinud immuunsus, Nature 587 (2020) 657–662, https://doi.org/10.1038/s41586-020-2601-5.

[8] Y. Huang, C. Yang, XF Xu, W. Xu, SW Liu, SARS-CoV-2 spike-valgu struktuursed ja funktsionaalsed omadused: võimalik viirusevastaste ravimite väljatöötamine COVID-i jaoks-19, Acta Pharmacol. Patt. 41 (2020) 1141–1149, https://doi.org/10.1038/s{10}}.

[9] F. Yazdanpanah, MR Hamblin, N. Rezaei, Theimmuunsussüsteemja COVID-19: sõber või vaenlane, Life Sci. 256 (2020), 117900, https://doi.org/10.1016/j. lfs.2020.117900.

[10] Z. Rozmer, P. Perj´esi, Looduslikult esinevad kalkoonid ja nende bioloogiline aktiivsus, Phytochemistry Rev. 15 (2016) 87–120, https://doi.org/10.1007/s11101-014- 9387-8.

[11] JS Lee, SN Bukhari, NM Fauzi, Kalkooni derivaatide mõju immuunsüsteemi mängijatele, Drug Des DevelTher 9 (2015) 4761–4778, https://doi.org/ 10.2147/DDDT.S{{7 }}.

[12] D. Zhou, D. Xie, F. He, B. Song, D. Hu, Puriini ja benseensulfoonamiidi fragmenti sisaldavate uudsete kalkoonderivaatide viirusevastased omadused ja interaktsioon, Bioorg. Med. Chem. Lett 28 (2018) 2091–2097, https://doi.org/10.1016/j. bmcl.2018.04.042.

[13] X. Tang, S. Su, M. Chen, J. He, R. Xia, T. Guo, Y. Chen, C. Zhang, J. Wang, W. Xue, Uued kalkooni derivaadid, mis sisaldavad 1, 2,4-triasiini fragment: disain, süntees, antibakteriaalne ja viirusevastane toime, RSC Adv. 9 (2019) 6011–6020, https://doi. org/10.1039/C9RA00618D.

[14] Y. Fu, D. Liu, H. Zeng, X. Ren, B. Song, D. Hu, X. Gan, Uued kaltooni derivaadid: süntees, viirusevastane toime ja toimemehhanism, RSC Adv. 10 (2020) 24483–24490, https://doi.org/10.1039/D0RA03684F.

[15] A. Lagunin, S. Ivanov, A. Rudik, D. Filimonov, V. Poroikov, DIGEP-Pred: veebiteenus ravimitega indutseeritud geeniekspressiooniprofiilide in silico prognoosimiseks struktuurvalemil, Bioinformatics 29 (2013) 2062–2063, https://doi.org/ 10.1093/bioinformatics/btt322.

[16] CA Lipinski, Plii- ja ravimitaolised ühendid: viie reegli revolutsioon, Drug Discov. Täna Technol. 1 (2004) 337–341, https://doi.org/10.1016/j. ddtec.2004.11.007.