Dünaamiline seos proviiruse integratsioonisaitide ja peremeesorganismi funktsionaalse genoomi vahel koos HIV{0}} infektsioonidega, mis on seotud retroviirusevastase raviga
Dec 19, 2023
Abstraktne:
(1) Taust:HIV-1 latentne reservuaar, mis sisaldab replikatsioonivõimelisi proviiruseid, on peamine takistus HIV-1-nakkuse ravi otsimisel. HIV-1 infektsioon haiguse progresseerumise kõikides staadiumides on seotud immuunsüsteemi aktiveerumisega ja põletikueelsete lahustuvate tegurite (tsütokiinide ja kemokiinide) düsfunktsionaalse tootmisega ning eeldatakse, et HIV-1 infektsiooni ajal hakkavad erinevad immuunkomponendid ja immuunsüsteemi rakud osalevad omakorda immuunvastustes, aktiveerides seejärel allavoolu bioloogilisi radu. Kuid funktsionaalne koostoime HIV-1 integratsiooni ja peremeesorganismi bioloogiliste radade aktiveerimise vahel ei ole praegu täielikult mõistetav.
(2) Meetodid: selles töös kasutasin MSigDb ja KEGG üleesindatuse analüüsi alusel rikastatud immunoloogiliste signatuuride ja peremeesorganismi bioloogiliste radade otsimiseks koos HIV{0}} infektsioonidega avaldatud andmekogumitest proviiruste sihtmärgiks olevaid geene.
(3) Tulemused: Märkasin, et kõrvuti retroviirusevastase raviga seotud HIV{0}} infektsioonidega ilmnesid erinevad immuunrakutüüpide immunoloogiliste tunnuste ja põletikueelsete lahustuvate tegurite kombinatsioonid. Veelgi enam, rikastatud KEGG-teed olid sageli seotud "vähispetsiifiliste tüüpide", "immuunsüsteemi", "nakkushaiguse viirusliku" ja "signaaliülekandega".
(4. Järeldused: Selle töö tähelepanekud viitavad sellele, et proviiruse integratsioonisaite sisaldavad geenikomplektid võivad retroviirusevastase raviga seotud HIV{0}}-nakkuste ajal määratleda spetsiifilisi immuunrakke ja põletikueelseid lahustuvaid tegureid.
cistanche tubulosa - parandab immuunsüsteemi
Märksõnad: inimese immuunpuudulikkuse viiruse tüüp 1 (HIV-1); HIV-1 integratsiooni saidid; Molekulaarsete signatuuride andmebaas (MSigBb); viiruse ja peremehe interaktsioon; infektsioon ja immuunsus
1. Sissejuhatus
HIV-1 infektsioonil on dünaamiline haiguse progresseerumine, mis on seotud immuunrakkude, immuunkomponentide ja erinevate rakuliste piirangutegurite kombinatsiooniga, mille eesmärk on võidelda infektsioonidega. On teada, et HIV-1 nakkus kutsub esile hulgaliselt põletikueelseid lahustuvaid tegureid, mis värbavad ja aktiveerivad kaasasündinud immuunsüsteemiga seotud rakke HIV-1 nakkuse kohta, et piirata viiruste paljunemist ja levikut. Kuigi need kaitsemehhanismid algavad HIV-1-nakkuse varases staadiumis, suudab HIV-1 siiski oma elutsükli lõpule viia ja luua varjatud reservuaarid.
On tõestatud, et HIV-i -1 sihtmärgiks on nakatunud isikutel sageli mitu peremeesgeeni, nn korduva integratsiooni geenid [1–3]. Siiski jääb ebaselgeks mehhanism, mis viib HIV-1 integratsioonikohad nende korduvate integratsioonigeenideni ja selle nähtuse bioloogiline tähendus. Sellegipoolest üritas tähelepanuväärne uuring sellele küsimusele vastata, näidates HIV-1 integratsioonikohtade valiku ja peremeesrakkude erinevate bioloogiliste protsesside poolt määratud funktsionaalsete radade vahelist koostoimet [4]. Nende leiud viitasid sellele, et võimalik mehhanism, mis viib HIV-1 integreerumiseni kuumade punktide geenidesse, võib toimuda funktsionaalse genoomi omaduse tasemel, mille moodustab geenide rühm, mitte geen perse.
Tistanche kasulikud omadused meestele - tugevdavad immuunsüsteemi
Cistanche Enhance Immunity toodete vaatamiseks klõpsake siin
【Küsi lisa】 E-post:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
Selle kontseptsiooni jätkamisel otsisin selles töös mis tahes funktsionaalset seost proviirusele suunatud geenide ja peremeesorganismi immuunsuse vahel koos HIV{1}}-nakkusega. Kasutasin sisendgeenide loendina proviiruste [5, 6] sihtmärke. See geenide loend sisaldas integratsioonisaite, mis saadi eliitkontrolleritelt [6] ja HIV-ga nakatunud isikutelt, kellele tehti retroviirusevastast ravi (ART) [5]. Pange tähele, et Einkaufi jt avaldatud integratsioonisaidid. (2022) [5] koguti pikisuunas HIV-1-nakatunud isikutelt, võimaldades seeläbi jälgida, kuidas HIV{10}} reservuaar areneb ART perioodil. Üleesindatuse analüüsi põhjal täheldasin, et koos ART-ga seotud HIV{12}} infektsioonidega rikastati erinevaid immunoloogilisi signatuure. Seevastu eliitkontrollerites rikastati väheseid immunoloogilisi allkirju. Lisaks olid rikastatud geenikomplektid peamiselt seotud bioloogiliste radadega, mis olid seotud "vähi spetsiifiliste tüüpide", "immuunsüsteemi", "nakkushaiguse viirusega" ja "signaali ülekandega". Lõpuks leidsin, et rikastatud immunoloogilisi signatuure andsid proviirusele suunatud geenid, mis on seotud HIV{15}} geeniproduktidega või mõjutavad HIV-1 replikatsiooni ja nakkavust. Kokkuvõttes näisid need leiud sarnanevat võrguteooria kontseptsiooniga [7–9], et sarnaste bioloogiliste funktsioonidega tegelevad proviirusele suunatud geenid võivad moodustada kogukonna (selles uuringus viidake "allkirjale"), et rahuldada peremeesorganismi immuunsuse vajadust. ART-ga seotud HIV{20}} infektsioonide erinevatel perioodidel. Sellest loogikast lähtudes pakkusin välja hüpoteesi, et HIV-1 integratsioonisaitide ja peremeesorganismi funktsionaalse genoomi omaduse vahel võib olla dünaamiline koosmõju: HIV-1 integratsioonisagedust võidakse kasutada geenikomplektide asendusena, mis võivad HIV-nakkuse ajal määratleda spetsiifilisi immuunrakutüüpe ja põletikueelseid lahustuvaid tegureid.
2. Materjalid ja meetodid
2.1. Avalike andmekogumite omandamine ja töötlemine
HIV{0}} integratsiooni saidid koguti Jiangilt jt. (2020) [6] eliitkontrollerite ja Einkauf et al. (2022) [5] HIV{5}-nakkusega (vireemiaga) ja lühikese (1 aasta) ja pika perioodi (7,5–12 aastat) ART-ravi saanud patsientidele. Kokku 232 integratsioonisaiti 64 eliitkontrollerilt, mida Jiang et al. (2020) [6] analüüsiti selles uuringus. Nende hulgas 103 saiti sisestasid terved proviirused. Eliitkontrolleritelt hangitud integratsioonisaidid kaeti GENCODE projekti [10] poolt välja antud Human_genome_GENCODE_v32.bed-ile, et teha kindlaks, kas iga HIV-i sisestamine{20} } integreerimine on geneetiline või mittegeenne, käivitades käsu intersect koos bedtoolsis pakutavate vaikevalikutega [11]. Kuna täheldati mitme proviiruse integreerumist samasse genoomsesse asendisse, vabanes lõpuks 104 proviirusele suunatud geeni; nende hulgas olid terved proviirused suunatud 22 geenile. Kokku 1270 proviirusele suunatud geeni 6 patsiendilt (P1: 468 integratsioonisaiti; P2: 149 integratsioonisaiti; P3: 128 integratsioonisaiti; P4: 94 integratsioonisaiti; P5: 305 integratsioonisaiti; P6: 125 integratsioonisaiti). Einkauf et al. (2022) [5] valiti sellesse uuringusse. Kokku andsid 317 integratsioonisaiti, mis kuuluvad ravieelse HIV-1-nakatunud indiviidi (vireemia) kategooriasse, 121 proviiruse sihtmärki, 396 integratsioonisaiti, mis kuuluvad lühikest aega (1 aasta) allutatud patsientide kategooriasse. ART andis 149 proviirusele suunatud geeni ja 557 integratsioonikohta, mis kuuluvad pikka aega (7,5–12 aastat) ART-i allutatud patsientide kategooriasse, andsid 176 proviirusele suunatud geeni. Nende hulgas leiti 26 puutumatut proviirusele suunatud geeni ravieelselt HIV{59}}nakatunud indiviididelt, 6 intaktset proviirusele suunatud geeni patsientidel, kellele tehti lühikest ART-i, ja 14 intaktset proviirusele suunatud geeni. allutatud pikaajalisele ART-le. Analüüsiks kasutatud sisendgeenide loendid on toodud tabelis 1; intaktsete proviiruste sihtmärgiks olevad geenid on kokku võetud tabelis S26.
Tabel 1. Sisendgeenide loend.
Tabel 1. Jätk
Tabel 1. Jätk.
Tabel 1. Jätk.
Tabel 1. Jätk.
2.2. Andmed ja bioinformaatilised analüüsid
2.2.1. MsigDb üleesindatuse analüüs
Rikastatud immunoloogilised allkirjad arvutati R-paketi clusterProfiler (versioon 4.4.1) [12,13] abil koos funktsiooni rikastaja ja vaikevalikutega. Üleesindatuse analüüs [14] viidi läbi, kasutades võrdlusena molekulaarsete allkirjade andmebaasis (MsigDb) [15–17] kureeritud C7 immunoloogilise signatuuri geenikomplekte. Valiti ainult rikastatud immunoloogilised signatuurid, mille p-väärtused (korrigeeritud Benjamini-Hochbergi meetodil) olid alla 0,05. Selles uuringus genereeritud üleesindatud analüüside näidud olid kõik kureeritud lisamaterjalides. Rikkalikud tegurid [13] arvutati edasi, et esindada iga rikastatud immunoloogilise signatuuri rikastumisskoori (joonis 1c), jagades GeneRatio BgRatioga allpool kirjeldatud käsuridadega.
>MsigDb_väljund_file$GeneRatio<-as. numeric(gsub("(\\d+)/(\\d+)", "\\1", MsigDb_output_file$GeneRatio, perl = T))/as.numeric(gsub("(\\d+)/(\\d+)", "\\2", MsigDb_output_file$GeneRatio, perl = T)) # Convert GeneRatio to numerical variables. >MsigDb_väljund_file$BgRatio<-as.numeric(gsub("(\\d+)/(\\d+)", "\\1", MsigDb_output_file$BgRatio, perl = T))/as. numeric(gsub("(\\d+)/(\\d+)", "\\2", MsigDb_output_file$BgRatio, perl = T)) # Convert BgRatio to numerical variables. >MsigDb_väljund_fail<-MsigDb_output_file %>% dplyr::mutate(rikas_tegur=GeneRatio/BgRatio) # Rikkalike tegurite arvutamine.
Joonis 1. HIV-1-nakatunud isikutel ja eliitkontrolöridel rikastati selgeid immunoloogilisi signatuure. (a) Venni diagramm, mis kujutab sisendgeenide kattumist HIV-ga nakatunud isikutel ja eliitkontrolleritel. Erinevate sisendgeenirühmade vahel jagatud geenid on loetletud tabelis S27. (b) Klastri soojuskaart, mis esindab HIV-i{4}}nakatatud isikute ja eliitkontrollijate immunoloogilisi allkirju. Veeru all olevad sulud näitavad ART olekut ("lt" viitab HIV{5}}nakatunud isikutele, kes on saanud pikka aega ART-i; "st" viitab HIV{6}}nakkusega isikutele, kes on läbinud lühikese perioodi ART; "ut" viitab ravieelsele HIV-nakatunud isikutele), millele järgneb rikastatud immunoloogiliste signatuuride kogus. Värviskaala tähistab rikkalike teguritega esindatud rikastamise ulatust. c ) Kastdiagrammid, mis esindavad rikkalike teguritega esindatud immunoloogiliste signatuuride rikastamist. Rikkalike tegurite arvutamiseks käivitatavaid käske kirjeldatakse jaotises Materjalid ja meetodid. Statistiline olulisus arvutati Wilcoxoni testi abil R-s vaikevalikutega. (d) Venni diagramm, mis kujutab rikastatud immunoloogiliste signatuuride kattumist HIV{8}-nakatunud isikutel ja eliitkontrolöridel. Punased numbrid näitavad ainulaadsete rikastatud immunoloogiliste signatuuride kogust. (e) Klastrite soojuskaart, mis näitab unikaalsete rikastatud immunoloogiliste signatuuride esinemissagedust HIV-ga nakatunud isikutel ja eliitkontrolleritel. Veeru all olevad sulud näitavad rikastatud immunoloogilistes signatuurides loendatud immuunrakkude tüüpide arvu. (f) virnastatud tulpdiagramm, mis näitab immuunrakutüüpide erinevate koostiste osakaalu HIV{{10}}-ga nakatunud isikutel ja patsientidel, kes saavad ravi ART. Veeru all olevad sulud näitavad rikastatud immunoloogilistes signatuurides loendatud immuunrakkude tüüpide arvu. Statistiline olulisus arvutati Pearsoni hii-ruuttesti abil R-s vaikevalikutega * p Väiksem või võrdne 0.05, ** p Väiksem või võrdne 0. 01, *** p Väiksem või võrdne 0,001, **** p Väiksem või võrdne 0,0001. KUNST; retroviirusevastane ravi. EÜ; eliitkontrolörid. HSC-d; hematopoeetilised tüvirakud. NK-rakud; on looduslikud tapjarakud. PBMC-d; perifeerse vere mononukleaarsed rakud.
Nimelt koguti pärast MsigDB üleesindatuse analüüsi tegemist rikastatud immunoloogiliste signatuuride standardnimedes näidatud immuunrakkude tüüpide ja põletikueelsete lahustuvate tegurite terminid edasiseks statistiliseks arvutuseks. NIH veebisaidi SEER-i koolitusmoodulites (https://training.seer.cancer.gov/leukemia/anatomy/lineage.html (juurdepääs 10. septembril 2022) avaldatud vererakkude liini diagrammi alusel) liigitati immuunrakkude tüübid 16 rühma, nimelt (1) B-rakud, sealhulgas plasmarakud, (2) basofiilid, (3) CD4 T-rakud, (4) CD8 T-rakud, (5) eosinofiilid, (6) epiteeli- ja endoteelirakud, (7) erütroblastid, (8) hematopoeetilised tüvirakud (HSC-d) ja eellasrakud, (9) põhirakud, (10) megakarüotsüüdid, (11) müeloidrakud, (12) neuronirakud, sealhulgas mikrogliia, (13) neutrofiilid, (14) looduslik tapja (NK) rakud, (15) perifeerse vere mononukleaarsed rakud (PBMC) ja (16) splenotsüüdid. Rühm (8) hematopoeetilised tüvirakud (HSC-d) ja eellasrakud hõlmasid tüvirakke ja tümotsüüte; rühma (11) müeloidrakud hõlmasid luuüdist pärinevaid dendriitrakke, luuüdist pärinevaid makrofaage, dendriitrakke, monotsüütidest pärinevaid makrofaage ja makrofaage. Immuunrakutüüpide ja põletikueelsete lahustuvate tegurite allkirjade protsendid või arvukus rikastatud immunoloogiliste signatuuride koguarvust esitati klastri soojuskaartidena, mis loodi R-paketi ComplexHeatmap [18] abil koos vaikevalikutega. Kõik selles käsikirjas esitatud graafikud genereeriti R-s vaikevalikutega.
Juhuslikult valitud geenide ja kogu genoomiga rikastatud immunoloogiliste signatuuride saamiseks hangiti inimese valke kodeerivad geenid inimese_genoomist_GENCODE _v32. voodi väljastas GENCODE projekt [10] ja käivitati R-käsu näidis_n() (koos asendusega), et valida juhuslikult 150, 250, 350, 450, 550, 650 ja 1000 inimese geeni või kõiki valke kodeerivaid geene kasutati ülalkirjeldatud MSigDb üleesindatuse analüüsi läbiviimiseks.
cistanche taime suurendav immuunsüsteem
2.2.2. KEGG raja üleesindatuse analüüs
Rikastatud KEGG rajad arvutati läbi KEGG raja esituse analüüsi, kasutades R-paketi clusterProfiler [12] p-väärtuse piirväärtusega 0.5. Põhineb KEGG BRITE hierarhiatel, mis on dokumenteeritud aadressil https://www.genome. jp/kegg/brite.html, mis avati 2. oktoobril 2022, määrati iga rikastatud rada selle vastavasse KEGG BRITE klassifikatsiooni, et luua joonistel 2b–d kujutatud graafikud. Pange tähele, et joonise 2c loomiseks eraldati rikastatud KEGG rajad, mis leiti kõigis III rühma tegurites (joonisel paneelil nn "Jagatud öeldud") neist, mis esinesid ainult üksikutes III rühma tegurites, ja seejärel klastri soojuskaart loodi.
Joonis 2. ART-ga seotud HIV-1-nakkuste kõrval esinesid põletikueelsete lahustuvate faktorite signatuuride erinevad koostised. (a) Klastrite soojuskaart, mis näitab põletikueelsete lahustuvate tegurite rohkust, mis esinevad ainulaadsetes immunoloogilistes signatuurides, mis on rikastatud HIV-1-nakatunud isikutel ja eliitkontrolleritel. Veeru all olevad sulud näitavad põletikueelsete lahustuvate tegurite arvu allkirjade koguarvust. (b) Klastri soojuskaart, mis näitab iga KEGG BRITE klassifikatsiooni arvukust, mis sisaldab rikastatud teid, mis on seotud II rühma teguritega HIV-1-nakatunud isikutel pärast lühikest (st) ja pikka (lt) ART perioodi. (c) Klastri soojuskaart, mis näitab iga KEGG BRITE klassifikatsiooni arvukust, mis sisaldab rikastatud teid, mis on seotud III rühma teguritega HIV-nakkusega isikutel pärast pikka ART-i. Rikastatud rajad, mis leiti kõigis III rühma tegurites (nn "Jagatud hsaID"), eraldati klastri soojuskaardi loomiseks teistest rikastatud radadest, mis on ainulaadsed üksikute III rühma tegurite jaoks. ( d ) Venni diagramm, mis näitab hsaID-ga esindatud rikastatud KEGG radade kattumist II ja III rühma tegurite vahel. (e) Klastri soojuskaart, mis esindab KEGG BRITE klassifikatsioonide sagedust, mis sisaldab rikastatud teid II ja III rühma tegurite vahel. KUNST; retroviirusevastane ravi. EÜ; eliitkontrolörid. "hsaID"; Homo sapiens (inimese) ID.
2.2.3. HIV-ga interakteeruvate proviirusele suunatud geenide määramine-1
HIV-1 Human Interaction Database (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/ viruses/retroviruses/HIV-1/interactions/, juurdepääs 30. oktoobril 2022) kasutati selleks, et kontrollida, kas proviirusele suunatud geenid interakteeruvad HIV-ga-1 või mitte. See andmebaas dokumenteerib kõik teadaolevad HIV-1 ja inimese geenide koostoimed, mis on väidetavalt mõjutanud HIV-1 replikatsiooni ja nakkavust, samuti HIV-1 geeniproduktide ja peremeesraku valkude vahelisi koostoimeid või HIV{9}}/AIDSiga seotud haigusorganismide valgud [19–21].
2.2.4. Statistika
Kõik statistilised testid viidi läbi R-s vaikevalikutega. Üksikasjad esitatakse vajaduse korral põhitekstis.
3. Tulemused
3.1. ART-iga seotud HIV-nakkustega{2}} rikastati erinevaid immunoloogilisi allkirju
Kokku 121, 149 ja 176 geeni ravieelselt HIV-1-nakatunud isikutelt (ut), HIV-1-nakkusega isikutelt, kes on allutatud lühiajalisele ART-le (st) ja neilt, keda on tehtud pikka aega. Üleesindatuse analüüsi tegemiseks kasutati vastavalt ART (lt) [5] ja 104 eliitkontrolleri geeni [6] (tabel 1). Mõned sisendgeenid jagati ut, st, lt ja eliitkontrollerite vahel (joonis 1a ja tabel S27). Kokku rikastati 8 (tabel S1), 65 (tabel S2), 152 (tabel S3) ja 22 (tabel S4) immunoloogilist signatuuri HIV{20}}nakkusega ja HIV{21}} nakatunud isikutel. vastavalt lühiajalisele ART-le, need, kes on allutatud pikale ART-le, ja eliitkontrollerid (joonis 1b). Oluline on rõhutada, et selles töös kasutatud integratsioonisaitidele vastavate ekspressiooniandmete puudumise tõttu arvutasin rikastamise intensiivsuse esindamiseks pigem rikkalikud tegurid [13] (vt Materjalid ja meetodid), mitte netorikastamise skoori. Kasutasin üleesindatuse analüüsis kontrollina 150, 250, 350, 450, 550, 650 ja 1000 juhuslikult valitud geeni (andmeid pole näidatud) ja kogu genoomi, et kinnitada rikkaliku faktori skoori olulisust (joonis 1c). ). Ühtegi immunoloogilist signatuuri ei rikastatud 150, 250, 350, 450, 650 ja 1000 geeniga (andmeid ei ole näidatud) ning ühte immunoloogilist signatuuri rikastati 550 juhuslikult valitud geeniga (rikastegur: 3, 681). Kuigi kogu genoomi kasutades rikastati 4872 immunoloogilist signatuuri (rikastegur: mediaan, 1,162; keskmine, 1,154), näitasid HIV-nakkusega isikutel (nii eelravi kui ka ART-i saanud) ja eliitkontrolleritel mõõdetud rikkalikud tegurid võrreldes kontrollid (joonis 1c, kontrollid: 550 geeni ja joonisel paneelil märgistatud hg38), mis näitab, et selles uuringus tuvastatud immunoloogilised signatuurid olid oluliselt rikastatud.
3.2. ART-iga seotud HIV{2}} infektsioonide kõrval täheldati erinevaid immuunrakkude signatuuride kombinatsioone
Kooskõlas järeldusega, et proviirusele suunatud geenid rikastasid spetsiifilisi immunoloogilisi signatuure koos ART-ga seotud HIV-1-nakkusega, uurisin pidevalt, kas need rikastatud signatuurid võivad määrata spetsiifilisi immuunrakutüüpe ja proinflammatoorseid lahustuvaid tegureid, mis on märgitud selle töö hüpotees. Otsisin immunoloogilisi signatuure, mis olid ainulaadselt rikastatud ravieelselt HIV-1-nakatunud isikutelt (ut, 6 signatuuri, 75%), HIV-1-nakatunud isikutelt, kellele tehti lühikest ART-i (st, 39 allkirja, 60%) , HIV-1-nakatunud isikud, kes on allutatud pikaajalisele ART-le (lt, 128 allkirja, 84%), ja eliitkontrolörid (15 allkirja, 68%) (joonis 1d). Nende põhjal loendasin ükshaaval immuunrakutüüpide nimede esinemise rikastatud immunoloogiliste signatuuride standardnimedes (joonis 1e, f). Lisaks klassifitseerisin immuunrakkude tüübid 16 rühma, tuginedes NIH veebisaidi SEER koolitusmoodulites avaldatud vererakkude liini diagrammile (iga rakukategooria rakkude alatüüpe on kirjeldatud jaotises Materjalid ja meetodid). Oluline on märkida, et ART katkestab HIV{17}}/AIDSi progresseerumise; siin täheldatud immuunrakutüüpide koostis oli ART-ga seotud füsioloogiliste HIV{18}}-nakkuse tingimustes. Esiteks leiti HIV{19}}nakatunud isikutel, kes olid allutatud pikaajalisele ART-le (lt, 132 immuunraku terminit), suurem hulk immuunrakutüüpe (joonis 1e, f); nende hulgas näitasid kõrgeimat sagedust CD4 T-rakud (leiti 40 korda, 30, 3%), millele järgnesid müeloidrakud (leiti 35 korda, 26, 5%) (joonis 1e, f). See immuunrakkude signatuuride koosseis näitas erinevust ravieelselt HIV-1-nakatunud isikute (ut, leitud 7 korda) ja lühikest ART-i läbinud patsientide (st, leitud 42 korda) vahel (joonis 1e, f, Pearsoni chi -ruuttest). Eliitkontrollerite immuunrakkude signatuuride koostis (leiti 14 korda) oli ainulaadne ravieelselt HIV-ga nakatunud isikutel ja ART-ga ravitud patsientidel (joonis 1e). Märkimist väärib see, et B-rakkude rühma osakaal oli eliitkontrollerites kõrgelt rikastatud võrreldes ART-ravi saanud patsientidega (leiti 3 korda, 21,4%) (joonis 1e); arvestades, et ART-ga ravitud patsientidel vähenes HIV{45}}nakatunud isikute arv, kes olid allutatud lühikesele (leiti 7 korda, 16,7%) ja pikale ART-i perioodile (leiti 9 korral, 6,8%) (joonis 1e). ,f). Rühma "B-rakud" ei leitud unikaalsetes rikastatud immunoloogilistes signatuurides ravieelselt HIV{53}}nakatunud isikutel (joonis 1e, f). CD4 T-rakkude, peamise HIV-1 reservuaarrakutüübi, osakaal suurenes koos ART-ga seotud HIV-1 infektsioonidega (ut, leitud 1 kord, 14,3%; st, leitud 9 korda, 21,4 %; lt, leitud 40 korda, 30,3%). CD8 T-rakkude esinemise regressiooni (ut, leitud 1 kord, 14,3%; st, leitud 6 korda, 14,3%; lt, leitud 11 korda, 8,3%) täheldati siiski pärast pikka ART-i (joonis 1e, f). Müeloidrakkude signatuuri osakaalu kõrgeim tipp leiti HIV{78}}nakatunud isikutel, kellele tehti lühikest ART-i (leiti 15 korral, 35,7%). Lisaks oli võrreldav müeloidrakkude osakaal ravieelse HIV-ga nakatunud isikute (leiti 2 korda, 28,6%) ja pikka aega ART-i saanud patsientide vahel (leiti 35 korral, 26,5%) (joonis 1f). Huvitaval kombel täheldati NK-rakkude signatuuri olemasolu ravieelselt HIV-ga nakatunud isikutel (leiti 1 termin, 14,3%) ja HIV-ga nakatunud isikutel, kellele tehti pikaajaline ART (leiti 4 korda, 3%) (joonis 1f). Kokkuvõttes viitavad need leiud sellele, et koos ART-ga nakatunud HIV{98}}-nakkusega esines erinevaid immuunrakkude kombinatsioone, mille mitmekesisus suurenes.
3.3. ART-iga seotud HIV{2}}-nakkuste kõrval täheldati põletikueelsete lahustuvate faktorite signatuuride erinevaid kombinatsioone
Eelmise loogika jätkuna lugesin kokku ka põletikueelsete lahustuvate tegurite, sealhulgas tsütokiinide ja kemokiinide nimede esinemise igas ainulaadses rikastatud immunoloogilises allkirjas (joonis 2a) ja leidsin, et 1, 8, 33 ja 6 ainulaadset immunoloogilist tunnust. allkirjad sisaldasid põletikueelsete lahustuvate faktorite nimesid vastavalt ravieelsetel HIV-1-nakkusega isikutel, HIV-1-nakkusega isikutel, kes olid allutatud lühiajalisele ART-le, kes said pika perioodi ART-i, ja eliitkontrollerite nimesid ( Joonis 2a). Lisaks rühmitasin need põletikueelsed lahustuvad tegurid nende esinemise alusel HIV-1- nakatunud indiviididel: I rühma tegurid, sealhulgas IL4 ja IL12, esinesid ravieelsetel HIV-1- nakatunud isikutel ja kogu nakatumisprotsessi vältel (joonis 2a); II rühma tegurid, sealhulgas CXCR5, IFNG, IFNB, IL10 ja TGFB, esinesid HIV{15}}nakkusega isikutel, kellele tehti ART, sõltumata perioodist (joonis 2a); ja III rühma tegurid, sealhulgas CXCL4, IFNA, IL1, IL2, IL6, IL7, IL15, IL18 ja TNF, ilmnesid alles pärast pikka ART-i (joonis 2a). Iga põletikueelsete lahustuvate tegurite rühma edasiseks uurimiseks otsisin KEGG radu, mis olid rikastatud geenidega, mis saadi ainulaadsetest rikastatud immunoloogilistest signatuuridest koos vastavate põletikuliste lahustuvate teguritega (joonis 2b, c). Ei täheldatud II rühma teguritega seotud rikastatud KEGG radade selget eraldumist HIV{26}}nakatunud isikute vahel, kes olid allutatud lühikesele ja pikaajalisele ART-le (joonis 2b), mis viitab sellele, et nende radade rikastumine ei omanud tähtsust raviperioodi jaoks. teraapia. Sellegipoolest seostati "vähi spetsiifiliste tüüpide" rikastatud radu sageli IFNB (lt), CXCR5 (st) ja IFNG (lt); "signaali ülekande" ja "immuunsüsteemi" rikastatud rajad olid rohkem seotud IL10 (st) ja IFNB (st); "nakkushaiguse viiruse" rikastatud rajad olid rohkem seotud CXCR5-ga (st) (joonis 2b). Mis puutub III rühma teguritesse, siis selle rühma iga põletikueelse lahustuva faktori puhul olid levinud "signaaliülekande", "immuunsüsteemi" ja "nakkushaiguse viiruse" rajad (joonis 2c, esimene veerg vasakult). "Membraani transpordi" (hsaID uniq. IL12), "glükaani biosünteesi ja metabolismi" (hsaID uniq. IL17), "signaalmolekulide ja interaktsiooni" (hsaID uniq. IL1), "süsivesikute metabolismi" (hsaID uniq. CXCL4) teed, "replikatsioon ja parandamine" (hsaID uniq. CXCL4) ning "endokriinne ja metaboolne haigus" (hsaID uniq. CXCL4) muutusid spetsiifiliseks näidatud põletikueelsete lahustuvate tegurite suhtes (joonis 2c). Kui ma võrdlesin rikastatud KEGG radu II ja III rühma tegurite vahel, olid enam kui pooled (61 rada) radadest tavalised (joonis 2d). Nende hulgas olid "viiruslik nakkushaigus", "immuunsüsteem" ja "signaali ülekanne" KEGG BRITE'i klassifikatsiooni esikolmik, mida jagati mõlemas tegurite rühmas (joonis 2e). Rikastatud radu klassifikatsioonis "vähispetsiifilised tüübid" leiti ainult II rühma teguritest (joonis 2e). Kokkuvõttes näitavad need leiud, et koos ART-ga seotud HIV{46}}-nakkusega osalesid immuunsuses erinevad põletikueelsete lahustuvate tegurite kombinatsioonid.
cistanche on kasulikud - tugevdab immuunsüsteemi
Kontrollimaks, kas "vähispetsiifiliste tüüpide", "immuunsüsteemi", "signaaliülekande" ja "nakkushaiguse viirusega" seotud rikastatud rajad on HIV-1-nakkuste ajal tõesti vajalikud, eemaldasin kõik nendes neljas geenis esinevad geenid. KEGG BRITE klassifikatsioonid sisendgeenide loendist (tabel 1) ja kordasid joonisel 1b tehtud üleesindatuse analüüsi. Esiteks täheldasin, et enamik "vähispetsiifilistes tüüpides", "immuunsüsteemis" ja "nakkushaiguse viiruses" esinevaid geene on tavalised, samas kui "signaaliülekandes" esinevad geenid tundusid olevat erinevad kolmest ülejäänud klassifikatsioonist. (Joonis 3a). Huvitaval kombel piirdusid nendes neljas KEGG BRITE klassifikatsioonis esinevad geenid HIV-nakkusega isikutega, kes said ART ja olid spetsiifilised erinevatele raviperioodidele (joonis 3, välja arvatud geenid rapgfe2 ja ppp3cc). Geeni rapgfe2 täheldati kogu HIV{12}}-nakkuste perioodi vältel (joonis 3e) ja ppp3cc ilmnes pärast seda, kui patsiendid said ART-i (joonis 3c–e). Geen cyth1 leiti ravieelselt HIV{17}nakatunud isikutelt ja patsientidelt, kellele tehti pikaajaline ART; kas cyth1 puudumine HIV-nakkusega isikutel, kellele on tehtud lühikest aega ART (joonis 3e), on tingitud tehnilistest põhjustest või on bioloogiliselt oluline, vajab täiendavat uurimist. Lisaks saadi nendes neljas KEGG BRITE klassifikatsioonis geenidena vähenenud arv vähese tähtsusega rikastatud immunoloogilisi allkirju ja need eemaldati (joonis 3f–g) (tabelid S5–S12). Lisaks esines HIV{24}}nakatunud isikutel, kellele tehti pikka aega ART, harva mitu põletikueelset lahustuvat faktorit (IL4, IL6, IL7, IL15, IFNG) (joonis 3h), eriti kui geenid signaaliülekanne" võeti ära (joonis 3h, veerg 5). Järjepidevalt esines sama muster ka korrelatsioonigraafikus (joonis 3j). IL3, IL12 ja IL18-ga seotud signatuure see aga ei mõjutanud (joonis 3h). Teised allkirjad näisid olevat kas juhuslikud (IFNA) või veidi mõjutatud (CXCL4, CXCR5, IFNB, IL1, IL2, IL10, IL35, TGFB), kui erinevates KEGG BRITE klassifikatsioonides olevad geenid eemaldati (joonis 3h, veerud 1–5). Lühiajalise ART-i allutatud HIV-1--nakkusega isikutelt saadud geenide mõju oli väike (joonis 3h), põhjustades seega kahe peamise klastri selge eraldumise lühikese ja pika ART-perioodi vahel (joonis 3h). Sellegipoolest täheldati vähenenud korrelatsiooni HIV-nakkusega isikutel, kellele tehti lühiajaline ART, kui immuunsüsteemi geenid eemaldati (joonis 3i).
="" 0.05,="" **="" p="" ≤="" 0.01,="" ****="" p="" ≤="" 0.0001.="" art;="" antiretroviral="" therapy.="" ec;="" elite="" controllers.="" hiv="" is;="" hiv="" integration="" sites.="" alt="Figure 3. Impact of enriched KEGG pathways involved in " cancer-specific="" types",="" "immune="" system",="" "signal="" transduction",="" and="" "infectious="" disease="" viral"="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" subjected="" to="" art.="" (a)="" venn="" diagram="" representing="" the="" overlap="" of="" the="" genes="" present="" in="" enriched="" kegg="" pathways="" involved="" in="" the="" four="" kegg="" brite="" classifications.="" (b–e)="" cluster="" heatmap="" representing="" the="" presence="" of="" the="" genes="" in="" enriched="" kegg="" pathways="" related="" to="" "cancer-specific="" types"="" (b),="" "immune="" system"="" (c),="" "infectious="" disease="" viral"="" (d),="" and="" "signal="" transduction"="" (e)="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" before="" art="" (ut)="" and="" after="" a="" short="" (st)="" or="" a="" long="" period="" (lt)="" of="" art,="" and="" in="" elite="" controllers.="" (f)="" numbers="" of="" immunologic="" signatures="" enriched="" by="" either="" a="" complete="" list="" of="" input="" genes="" (all="" genes)="" or="" a="" gene="" list="" with="" the="" removal="" of="" the="" genes="" in="" the="" four="" kegg="" brite="" classifications="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" after="" a="" short="" (st)="" or="" a="" long="" period="" (lt)="" of="" art.="" (g)="" violin="" plots="" representing="" the="" distribution="" of="" adjusted="" p-values="" corresponding="" to="" immunologic="" signatures="" enriched="" by="" either="" a="" complete="" list="" of="" the="" genes="" (all="" genes)="" or="" a="" gene="" list="" with="" the="" removal="" of="" the="" genes="" in="" the="" four="" kegg="" brite="" classifications.="" statistical="" significance="" was="" calculated="" using="" the="" wilcoxon="" test="" in="" r="" with="" default="" options.="" (h)="" cluster="" heatmap="" representing="" the="" abundance="" of="" proinflammatory="" soluble="" factor="" signatures="" enriched="" by="" either="" a="" complete="" list="" of="" the="" genes="" (all="" genes,="" column="" 1="" and="" column="" 6)="" or="" a="" gene="" list="" with="" the="" removal="" of="" the="" genes="" in="" the="" four="" kegg="" brite="" classifications="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" after="" a="" short="" (st,="" columns="" 7–10)="" or="" a="" long="" period="" (lt,="" columns="" 2–5)="" of="" art.="" (i,j)="" correlation="" plots="" representing="" the="" pearson="" correlation="" calculated="" based="" on="" the="" abundance="" of="" proinflammatory="" soluble="" factors="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" after="" a="" short="" (i)="" or="" a="" long="" period="" (j)="" of="" art.="" ns="" >="" 0.05,="" **="" p="" ≤="" 0.01,="" ****="" p="" ≤="" 0.0001.="" art;="" antiretroviral="" therapy.="" ec;="" elite="" controllers.="" hiv="" is;="" hiv="" integration="" sites.="" width="495" height="656" border="0" vspace="0" style="width: 495px; height: 656px;">
Joonis 3. "vähispetsiifiliste tüüpide", "immuunsüsteemi", "signaaliülekande" ja "nakkushaiguse viirusega" seotud rikastatud KEGG radade mõju ART-i allutatud HIV{2}-nakkusega isikutele. (a) Venni diagramm, mis kujutab neljas KEGG BRITE klassifikatsioonis osalevate rikastatud KEGG radades esinevate geenide kattumist. (b – e) Klastrite soojuskaart, mis esindab geenide olemasolu rikastatud KEGG radades, mis on seotud "vähispetsiifiliste tüüpidega" (b), "immuunsüsteemiga" (c), "nakkushaiguse viirusega" (d) ja "signaaliülekandega" " (e) HIV{4}-nakkusega isikutel enne ART-i (ut) ja pärast lühikest (st) või pikka perioodi (lt) ART-i ning eliitkontrolöridel. (f) Immunoloogiliste signatuuride arv, mis on rikastatud kas täieliku sisendgeenide loendiga (kõik geenid) või geeniloendiga, milles on eemaldatud geenid neljas KEGG BRITE klassifikatsioonis HIV-1-nakatunud isikutel pärast lühikest (st) ) või pikka perioodi (lt) ART. (g) Viiuli graafikud, mis esindavad immunoloogilistele signatuuridele vastavate kohandatud p-väärtuste jaotust, mida on rikastatud kas täieliku geenide loendiga (kõik geenid) või geenide loendiga, milles on eemaldatud geenid neljas KEGG BRITE klassifikatsioonis. Statistiline olulisus arvutati Wilcoxoni testi abil R-s vaikevalikutega. (h) klastri soojuskaart, mis esindab põletikueelsete lahustuvate faktorite signatuuride rohkust, mida on rikastatud kas täieliku geenide loendiga (kõik geenid, veerg 1 ja veerg 6) või geenide loendiga, milles on eemaldatud geenid neljas KEGG BRITE klassifikatsioonis HIV-is. -1-nakatunud isikud pärast lühikest (st, veerud 7–10) või pikka (lt, veerud 2–5) ART-i. (i, j) Korrelatsioonigraafikud, mis esindavad Pearsoni korrelatsiooni, mis on arvutatud põletikueelsete lahustuvate tegurite rohkuse alusel HIV-nakkusega isikutel pärast lühikest (i) või pikka (j) ART-i. NS > 0.05, ** p Väiksem või võrdne 0,01, **** p Väiksem või võrdne 0,0001. KUNST; retroviirusevastane ravi. EÜ; eliitkontrolörid. HIV IS; HIV integratsiooni saidid.
3.4. Enamik rikastatud immunoloogilisi signatuure on saadud HIV-iga interakteeruvatest geenikomplektidest-1
Kuna ma oletasin, et HIV-1 integratsioonisagedust võib kasutada geenikomplektide asendusena, et määratleda spetsiifilised immuunrakutüübid ja põletikueelsed lahustuvad faktorid, mis on vajalikud HIV-1 infektsioonide ajal, testisin seetõttu, kas HIV-1 integratsiooni ja sihtgeenide vahel. Kui see on nii, siis eeldan, et nõutavad immunoloogilised signatuurid on rikastatud geenikomplektidega, mis näitavad valkude interaktsioone HIV-1 geeniproduktidega või mõjutavad HIV-1 replikatsiooni ja nakkavust; samas kui teised geenikomplektid, mis ei suhtle HIV-ga-1, ei vastuta ühegi immunoloogilise signatuuri rikastamise eest HIV-1-nakkuste ajal. Selle hüpoteesi kontrollimiseks eraldasin sisendgeenid, mille kohta teatati, et nad interakteeruvad HIV-ga-1, teistest, mis ei suhtle HIV-ga-1 (vt Materjalid ja meetodid) ja täheldasin, et 38,8% (47 geeni 121-st geenist ), on teatatud, et 40,5% (60 geeni 148 geenist), 37,5% (66 geeni 176 geenist) ja 29,8% (31 geeni 104 geenist) geenidest interakteeruvad HIV-ga-1 vastavalt ravieelsetel HIV-1--nakkusega isikutel, HIV-1-nakkusega isikutel, kellele on tehtud lühikest ART-i, kes on läbinud pikka aega ART-i, ja eliitkontrollijatel. Enamik geene näitas interaktsioone HIV-1 gag-pol geenidega, millele järgnesid tat geen, env geen ja nef geen; leiti, et mõned HIV-1-sihitud geenid interakteeruvad HIV-1 vpr, vif, rev ja vpu geenidega (joonis 4a).
Lisaks tegin sisendgeenide mõlema alamhulga üleesindatuse analüüsi (interakteeruvad HIV-ga-1 või mitte) ja leidsin, et immunoloogiliste signatuuride rikastumisele aitasid kaasa peamiselt HIV-ga interakteeruvad geenid-1 ( Joonis 4b) (tabelid S14 ja S16). Ainult väike osa immunoloogilistest signatuuridest rikastati geenidega, mis ei interakteeru HIV-ga -1 (tabelid S15 ja S17) (joonis 4b). Eelkõige moodustasid geenid, mis interakteerusid HIV-ga{10}} HIV-ga nakatunud isikutel, kes olid ravieelselt nakatunud, vaid väikese osa rikastatud immunoloogilistest signatuuridest (joonis 4b) (tabel S13). Ühtegi immunoloogilist signatuuri ei saa rikastada, kasutades geene, mis ei interakteeru HIV-ga{14}} HIV-ga nakatunud isikutel (joonis 4b). Huvitaval kombel näitasid rikkalikud tegurid ART-ravi saanud HIV-nakkusega inimeste arvu suurenemist, olenemata sellest, kas proviiruse sihtmärgiga geenid avaldasid HIV-ga interaktsiooni{19}} või mitte (joonis 4c). Lisaks täheldati mitmesuguseid immuunrakkude signatuure ainult HIV-ga interakteeruvaid geene kasutades patsientidel, kes said lühikese (145 terminit) ja pika perioodi (59 terminit) ART-i (joonis 4d), mis sarnanes sarnaste asjaoludega, kasutades sisendgeenide täielik loetelu. Seevastu rikastatud immunoloogilistes signatuurides leiti immuunrakkude tüüpide halb kombinatsioon, kasutades geene, mis ei interakteeru HIV-ga-1 (joonis 4d). Järjekindlalt esines suurem osa põletikueelsetest lahustuvatest faktoritest signatuurid rikastatud immunoloogilistes signatuurides, kasutades täielikku sisendgeenide loendit ja HIV-ga interakteeruvaid geene -1 nakatunud isikutel, kellele tehti ART (joonis 4e). Kasutades geene, mis ei interakteeru HIV-ga, ja kasutades geene, mis saadi ravieelselt HIV-ga nakatunud inimestelt (joonis 4e) . Kokkuvõttes näitavad need leiud, et rikastatud immunoloogilised signatuurid HIV{32}}nakatunud isikutel, kellele tehti ART, tulenesid peamiselt geenikomplektidest, mis interakteerusid HIV-ga-1.
Joonis 4. HIV-1-sihitud geenikomplektid, mis interakteeruvad HIV-ga-1, aitasid kaasa immunoloogiliste signatuuride rikastamisele koos ART-ga seotud HIV-1-nakkusega. (a) Klastrite soojuskaart, mis näitab proviirusele suunatud geenide sagedust, mis interakteeruvad HIV-ga-1. Veeru all olevad sulud näitavad HIV-ga interakteeruvate proviirusele suunatud geenide koguarvu-1. (b) Klastrite soojuskaart, mis esindab HIV-i{8}}nakatunud isikute ja eliitkontrollide rikastatud immunoloogilisi allkirju. Sulgudes tähistavad +HIV ja −HIV proviirusele suunatud geene, mis on teatatud, et nad interakteeruvad vastavalt HIV-ga{11}} või mitte. Arv näitab rikastatud immunoloogiliste signatuuride arvu. Värviskaala tähistab rikkalike teguritega esindatud rikastamise intensiivsust. c ) Kastdiagrammid, mis esindavad rikkalike teguritega esindatud immunoloogiliste signatuuride rikastamist. Rikkalike tegurite arvutamiseks käivitatavaid käske kirjeldatakse jaotises Materjalid ja meetodid. Statistiline olulisus arvutati Wilcoxoni testi abil R-s vaikevalikutega. (d) Virnastatud tulpdiagramm, mis näitab HIV-HIV-ga nakatunud isikute immuunrakkude tüüpide osakaalu rikastatud immunoloogilistes signatuurides. Statistiline olulisus arvutati Pearsoni hii-ruut testiga R-s vaikevalikutega. Sulgudes tähistavad +HIV ja −HIV proviirusele suunatud geene, mis on teatatud, et nad interakteeruvad vastavalt HIV-ga-1 või mitte. Arv näitab loendatud immuunrakkude tüüpide arvu rikastatud immunoloogilistes signatuurides. (e) Klastrite soojuskaart, mis näitab HIV-nakkusega isikute rikastatud immunoloogilistes signatuurides esinevate põletikueelsete lahustuvate tegurite rohkust. Sulgudes tähistavad +HIV ja −HIV proviirusele suunatud geene, mis on teatatud, et nad interakteeruvad vastavalt HIV-ga-1 või mitte. Arv näitab põletikueelsete lahustuvate tegurite arvu rikastatud immunoloogiliste signatuuride koguarvust. NS > 0.05, * p Väiksem või võrdne 0.05, ** p Väiksem või võrdne 0.01 , *** p Väiksem või võrdne 0,001, **** p Väiksem või võrdne 0,0001. "ut"; eeltöötlus. "st"; lühike ART periood. "lt"; pikk ART periood. KUNST; retroviirusevastane ravi. EÜ; eliitkontrolörid. HSC-d; hematopoeetilised tüvirakud. NK-rakud; on looduslikud tapjarakud. PBMC-d; perifeerse vere mononukleaarsed rakud.
4. Arutelu
Selles töös keskendusin proviiruste poolt suunatud peremeesgeenide ja peremeesorganismi funktsionaalse genoomi omaduse võimalikule koosmõjule. Proviiruste sihtmärgiks olevate geenide üleesindatuse analüüsi põhjal täheldasin esmalt, et ART-ga seotud HIV-1 infektsioonide kõrval rikastati erinevaid unikaalseid immunoloogilisi signatuure (joonis 1b). Lisaks ilmnes immuunrakkude tüüpide varieeruvuse suurenemine HIV-1-nakatunud isikutel, kellele tehti pikaajaline ART (joonis 1e, f), mis peegeldab keeruliste immuunvastustega keskkonda. Arvestades, et HIV-1 nakkuskohta värvatakse aja jooksul erinevaid kaasasündinud immuunsüsteemiga seotud rakke, võib HIV-i evolutsiooni mõistmiseks olla oluline immuunrakkude muutuste paljastamine koos HIV{7}}-nakkusega. -1 veehoidlat. Nagu on näidatud selles töös, esinesid erinevad immuunrakutüüpide koostised ainulaadsetes rikastatud immunoloogilistes signatuurides ravieelsetel HIV-1-nakatunud isikutel, ART-ga ravitud HIV-1-infektsiooniga patsientidel ja eliitkontrolöridel (joonis 1e, f). ). Seda tähelepanekut saab seostada ka põletikueelsete lahustuvate tegurite erinevate koostistega koos ART-ga seotud HIV{13}}-nakkusega, nagu on täheldatud käesolevas töös (joonis 2a).
See uuring näitas, et ART erinevates etappides esinesid põletikueelsete lahustuvate faktorite signatuuride erinevad kombinatsioonid. Märkasin, et CXCR5, IFNB, IFNG, IL10 ja TGFB leiti rikastatud immunoloogilistes signatuurides HIV-nakkusega isikutel, kes olid allutatud lühikese ja pika perioodi ART-le (joonis 2a). CXCL4, IFNA, IL1, IL2, IL6, IL7, IL15, IL18 ja TNF täheldati ainult rikastatud immunoloogilistes signatuurides HIV{11}}nakatunud isikutel, kes olid allutatud pikaajalisele ART-le (joonis 2a). Ravieelsetel HIV{13}nakatunud isikutel ja eliitkontrolöridel täheldati vähe põletikueelseid lahustuvaid tegureid (joonis 2a). Tõepoolest, on juba pikka aega teada, et HIV{15}}-nakkused põhjustavad tsütokiiniprofiili reguleerimise häireid [22]. Immuunstrateegia mõistmiseks on vaja täiendavaid uuringuid, mis kasutavad erineva koostisega põletikueelseid lahustuvaid tegureid, et häirida HIV-1 latentse reservuaari arengut. II ja III rühma teguritega seotud geenikomplektidega rikastatud KEGG rajad kuulusid peamiselt KEGG BRITE klassifikatsiooni "vähispetsiifilised tüübid", "viiruslik nakkushaigus", "immuunsüsteem" ja "signaaliülekanne" (joonis 2 be). Oluline on märkida, et nende nelja KEGG BRITE klassifikatsiooni geenikomplektid piirdusid HIV{20}}nakatunud isikutega, kellele tehti lühike ja pikk ART, ning enamik neist olid spetsiifilised erinevatele raviperioodidele, mis näitab, et et proviiruse integratsiooni valik võib olla haiguse progresseerumisspetsiifiline (joonis 3 be). Selle töö tähelepaneku kohaselt ei ole see valik eliidi kontrolli jaoks asjakohane (joonis 3b – e). Lõpuks näitasin, et rikastatud immunoloogilistele signatuuridele panustasid peamiselt HIV-ga interakteeruvad geenid-1 (joonis 4b), kuigi geenid, mille kohta teatati HIV-ga suhtlemisest-1, ei esindanud enamikku geenidest sisestusloendisse. Siinkohal on huvitav märkida, et need käesolevas töös analüüsitud asutajageenid ei näidanud mitte ainult koostoimet HIV-ga-1, vaid ka viiruse genoomi tungis füsioloogiliste HIV{28}}-nakkuse tingimustes. See tähelepanek võib viidata sellele, et proviirusele suunatud geenide afiinsus HIV-1 geeniproduktide suhtes võib olla potentsiaalne indikaator, et ennustada vajalikke immunoloogilisi signatuure ART-ga seotud HIV-1 infektsioonide ajal. Järgmised on lahtised küsimused. Mille poolest erinevad HIV-ga interakteeruvad geenid{32}} teistest? Mis roll on proviirusele suunatud geenidel, mis ei suhtle HIV-ga-1?
Kuigi praegu on võimalik peaaegu täispika HIV-1 genoomi järjestada, on saadud järjestuste saagis piiratud vahemikus 50 kuni 100 järjestust patsiendilt puhastatud rakkudes [23,24], muutes seeläbi täpseks. ja kvantitatiivne uurimine on keeruline. Parem strateegia proviiruste täispika HIV-1 genoomi järjestamiseks ja kliiniliste proovide väljundjärjestuste saagise suurendamiseks on absoluutselt vajalik, sest terved proviirused vastutavad viiruse tagasilöögi eest pärast ravi lõpetamist [24]. Kokku sihtisid terved proviirused 26, 6, 14 ja 22 sisendgeeni ravieelsetel HIV-1-nakatunud isikutel, patsientidel, kellele tehti lühikest ART-i, kes said pikka aega ART-i, ja eliitkontrolleritel. , vastavalt (tabel S26). Huvitaval kombel olid ligikaudu kolmandik kuni pooled puutumatutest proviiruse sihtgeenidest seotud immuunrakutüüpide signatuuridega (10 geeni ravieelsetel HIV{18}}nakatunud isikutel, 3 geeni patsientidel, kellele tehti lühikest ART-i, 7 geeni patsientidel, kellele tehti pikaajaline ART, ja 11 geeni eliitkontrolleritel) (tabelid S18–S21). Seevastu terveid proviiruse sihtmärke geene ei seostatud sageli põletikueelsete lahustuvate tegurite tunnustega (2 geeni ravieelsetel HIV{25}nakatunud isikutel, 1 geen patsientidel, kellele tehti lühikest ART-i, 4 geeni patsientidel, kellele tehti pikk ART periood ja 4 geeni eliitkontrollerites) (tabelid S22–S25). Värskem uurimus, mille on avaldanud Sun et al. (2023) [25] jätkas selle Einkaufi ja kolleegide pakutud "immuunse valiku hüpoteesi" tugevdamist (terminit "immuunse valiku hüpotees" mainiti eksperthinnangu failis, mis on saadaval aadressil https://static-content.springer.com/esm/ art%3A1 0.1038%2Fs41586-022-05538-8/MediaObjects/41586_2022_5538_MOESM2_ESM.pdf (vaadatud 25. jaanuaril 2023)). Nad täheldasid, et HIV-1 reservuaarirakud, mis sisaldavad terveid proviiruseid, ekspresseerivad sageli pinnamarkerite (sealhulgas kontrollpunkti markeri PD-1) fenotüübilisi ansambellikke signatuure, mis annavad vastupanuvõime immuunvahendatud surmamisele CD8+ T poolt. rakud ja NK-rakud [25]. Selles uuringus kasutati kahte ainulaadset immunoloogilist signatuuri, GSE26495_NAIVE_VS_PD1LOW_CD8_TCELL_DN [26] ja GSE24026_PD1_LIGATION_ VS_CTRL_IN_ACT_TCELL_LINE{ Täheldati, et {64}}DN [27], mis on rikastatud HIV-1-nakkusega isikutel, kes on läbinud pika perioodi ART-i, olid seotud PD-1-ga (tabel S3).
Selles töös uurisin, kas funktsionaalse genoomi omadus aitab kaasa ka sellele immuunselektsioonile kõrvuti ART-ga seotud HIV{0}}-nakkusega ja testisin, kas proviiruste sihtmärgiks olevad geenid võivad moodustada erinevaid kooslusi, mis on immuunrakkude värbamise kaudu kasulikud immunoloogilisele protsessile. ja signaaliradade aktiveerimine ART-ga seotud HIV{1}}-nakkuste erinevates patogeensetes staadiumides. Oluline on märkida, et kuigi rikastatud immunoloogilise signatuuri geenikomplektid moodustasid vähem kui 10% sisendgeenidest (tabelid S1–S4), näitasid rikkalikud tegurid märkimisväärset rikastumist (joonised 1c ja 4c), andes tulemuseks üleesindatuse tulemused. analüüs jõuline. Eelmine uuring näitas ka, et radade üleesindatus ei ole korrelatsioonis radadel olevate geenide arvuga [28]. Veel tuleb lahendada mitmed olulised küsimused, mis puudutavad (1) kas kaasasündinud immuunsusega seotud peremeesgeenid on sagedamini proviirused sihtmärgiks ja (2) kas HIV{12}} integreerumine kaasasündinud immuunsuse seisukohalt olulistesse geenidesse on tingitud transkriptsiooniliselt aktiivsest staatusest. , mis soodustab HIV-i{13}} integreerumist. Selles uuringus analüüsitud sisendgeenidest kattusid väga vähesed geenid ART-ravi saanud patsientide ja eliitkontrollijate ning ravieelse HIV-nakkusega isikute ja ART-ravi saanud patsientide vahel (joonis 1a ja tabel S27). Geeniraptor on ainus geen, mis esineb neljas sisendgeenide loendis (tabel S27). Raptori geeniprodukt moodustab stöhhiomeetrilise kompleksi rapamütsiini (mTOR) kinaasi imetaja sihtmärgiga. mTOR signaalimine reguleerib suures osas raku metabolismi aktiveeritud T-rakkudes ja on teadaolevalt vajalik HIV-1 replikatsiooni ja latentsuse jaoks [29,30], mis rõhutab HIV-1 patogeneesis osaleva immuuntabolismi tähtsust [31]. . Geeni rapgef2 leiti patsientidel kogu HIV-nakkuse ajal-1 (joonis 3e ja tabel S27). RAS-i aktiveerimise eest vastutab rapgef2 geeniprodukt [32]. Ras-valk toimib keskse vaheühendina paljudes signaaliradades, sealhulgas NF-κB aktiveerimisel [33]. NF-κB on üks kriitilistest transkriptsioonifaktoritest, mis on vajalik HIV-1 transkriptsiooni käivitamiseks [34,35] ja terapeutiline sihtmärk, mida aktiveerivad retroviirusevastased ravimid [36]. Viis tavalist geeni leiti ravieelselt HIV{37}nakatunud isikutelt ja patsientidelt, kellele tehti lühikest ART-i; nende rollist HIV-1 patogeneesis on aga vähe teada (tabel S27). Pange tähele, et väljamõeldud geeniprodukti funktsioon on seotud DNA parandamisega. Hiljuti pakkusid Kabi ja Filion välja oma esialgse hüpoteesi, et DNA parandamine võib aidata integreeritud viiruseid, sealhulgas HIV-d, märgistada-1, võimaldades peremeesorganismi immuunsusel tuvastada viiruse DNA-d [37]. Kui selle hüpoteesi tõesus kontrollitakse, avaks see integreeritud viiruse immuunsensori uurimise uue tee, kus kromatiin mängiks rolli. Seitse geeni on identsed ravieelse HIV-ga nakatunud isikute ja pikka aega ART-i saanud patsientide vahel (tabel S27). On näidatud, et geen malat1, mis toodab pikka mittekodeerivat RNA-d, soodustab HIV{46}} transkriptsiooni ja nakatumist [38]. On näidatud, et vav1 geeniprodukt ja selle vahendatud signaalirada interakteeruvad HIV-1 Nefiga [39–41]. Lühikese ja pika ART-i saanud patsientide vahel jagati kokku 11 geeni (tabel S27). Nende hulgas täheldati geeni brd4. BRD4 on üks olulisi epigeneetilisi lugejaid, mis reguleerib HIV{56}} transkriptsiooni [42–44] ja sellest on saanud populaarne sihtmärk retroviirusevastaste ravimite väljatöötamisel [45]. Ühes uurimisartiklis leiti ndufa6 geeniekspressiooni mõju HIV{61}}indutseeritud T-rakkude apoptoosile [46]. Siin olen tabelis 2 kokku võtnud sisendgeenid, mis on seotud kas immuunrakkude tüüpide või põletikueelsete lahustuvate tegurite signatuuridega.
Tabel 2. Proviirusele suunatud geenide arv (tabelist 1), mis on seotud immuunrakkude tüüpide ja põletikku soodustavate lahustuvate faktoritega.
Huvitaval kombel olid enam kui 90% sisendgeenidest seotud immuunraku tüüpi signatuuridega HIV-1-nakatunud isikutel, kellele tehti pikaajaline ART, millele järgnesid HIV-1-nakatunud isikud, kes said lühikese perioodi jooksul ART (67,7%), eliitkontrolörid (46,1%) ja ravieelsed HIV-nakatunud isikud (28,9%) (tabel 2). Järjepidevalt seostati 61,9% sisendgeenidest põletikueelsete lahustuvate faktorite tunnustega HIV{13}}nakatunud isikutel, kes olid allutatud pikka aega ART-le, millele järgnesid HIV{14}}nakkusega isikud, kes olid läbinud lühikese perioodi ART (24,8%), eliitkontrolörid (24%) ja ravieelsed HIV{18}nakatunud isikud (5,7%) (tabel 2). Kuigi need kattuvad inimese tsütokiini geenidega (kokku 1793 unikaalset geeni), mis on saadaval saidil ImmPort (https://www.immport.org (juurdepääs 27. jaanuaril 2023)) [47–49], ei ole ükski proviirusele suunatud geen seotud põletikueelsete geenidega. lahustuvad tegurid ravieelses HIV{28}-nakatunud isikutes kuulusid tsütokiini geenidesse. Viis (ctss, nr2c2, pik3r1, hind, rac2), kümme (bach2, eed, grap2, il27ra, il2rb, itga, jak1, hiired, ppp3cc, tap2) ja üks (grb2) proviirusele suunatud geeni, mis on seotud põletikueelsete lahustuvate teguritega tsütokiini geenidele vastavalt st, lt ja eliitkontrollerites. Geeni pik3r1 on pakutud üheks oluliseks peremeesfaktoriks, mille sihtmärgiks on HIV-1 viirusvalgud, kasutades genoomi hõlmavat RNAi skriinimist [50]. Mitmed uuringud on näidanud, et proteiinkinaas C teeta, hinna geeniprodukt, osaleb HIV-1 replikatsiooni [51,52] kontrollimises ja on seotud HIV-1 Nef-ga, mis viib ERK1 aktiveerimiseni. /2 [53,54]. On teatatud, et HIV-i inimese makrofaagides [56]. Geen bach2 on praegu üks hästituntud vähiga seotud geene, mis soodustavad HIV-1 integreerumist HIV-1-nakatunud isikutel [1]. Geen eed kodeerib polükombikompleksi 2 liiget, mis interakteerub HIV-1 maatriksvalguga. EED inhibeerimine võimaldab HIV{71}} latentsusaega ümber pöörata, vähendades H3K27 trimetüülimise taset [57]. Geen il17ra kodeerib interleukiin 27 retseptori subühikut alfa. Hiljuti on tehtud ettepanek, et IL-27 signaaliülekanne (IL-27 ja selle retseptor) osalevad HIV-1 nakkuse patogeneesis ja immuunsüsteemi taastamises nakatunud isikutel, kellele on allutatud ART [58,59 ]. Geen il2rb kodeerib interleukiin 2 retseptori subühiku beetat. IL2RB ekspressioon, mis on vajalik lümfotsüütide poolt kasvajate ja mikroobirakkude hävitamiseks kasutatava granulüsiini tootmiseks, on HIV{86}}nakatunud isikutel düsfunktsionaalne [60]. Geen jak1 on interleukiini -6/JAK1/STAT3 immuun- ja põletikuvastuse võtmekomponent. USA Toidu- ja Ravimiamet (FDA) on JAK1/2 inhibiitorid, nagu ruksolitiniib ja baritsitiniib, heaks kiitnud potentsiaalse ravistrateegiana HIV{94}} latentse reservuaari sihtmärgiks [61]. Geenihiired kodeerivad tugevalt glükosüülitud valku, mis on loodusliku tapjarühma 2. liikme II tüüpi retseptori ligand; see retseptor vastutab peremeesorganismi immuunseire ja NK-rakkude poolt vahendatud tsütotoksilisuse eest HIV{98}}-nakkuste ajal [62]. Geen tap2 on üks MHC-II kodeeritud geenidest, mis on vajalikud rakulise immuunvastuse tekitamiseks. Üks uuring on näidanud, et TAP2, mitte TAP1 heterosügootsed A/G ja homosügootsed G/G polümorfismid olid positiivselt seotud suurenenud HIV{105}}/AIDS-nakkuse riskiga [63]. Rom ja tema kolleegid (2011) on näidanud, et rakulise faktori Grb2 (grb2 geeniprodukt) ja HIV{110}} Tat valgu vaheline interaktsioon kahjustab seejärel Raf/MAPK raja aktiveerimist [64]. Kuigi arutelu ART-ga ravitud HIV{113}nakatunud isikute ja eliitkontrollijate vahel on praeguses uuringus tagasihoidlik, viitavad mitmed leiud (joonised 1b, 2a ja 3b–e) nende kahe rühma rikastatud immunoloogiliste signatuuride erinevatele kalduvustele. HIV-nakkusega inimestest-1. Arvestades, et eliidi kontrolli spetsiifiline fenotüüp on kõige tõenäolisemalt kasulik peremeesfaktoritele [65], võib eliidi kontrollerite ja genoomi omaduste vahelise funktsionaalse koosmõju edasine uurimine eeldatavasti valgustada eliidi kontrolli molekulaarseid aluseid.
cistanche tubulosa - parandab immuunsüsteemi
Praegu ei ole selles uuringus kasutatud sisendgeenide loenditele vastavad transkriptsiooniandmed veel saadaval. Praegu on ebaselge, kas geeni transkriptsiooni staatus võib samuti olla seotud HIV{0}} integratsioonisaitide ja peremeesorganismi funktsionaalse genoomi vahelise interaktsiooniga. Täiendavad ortogonaalsed lähenemisviisid ja täiendavad transkriptoomilised andmekogumid vastavatel patsiendirakkudel on vajalikud selleks, et selgitada, kas integratsioonikoha sagedus sõltub ka geeniekspressiooni tasemetest. Teine kriitiline probleem on see, et pole selge, kas erinevate meetoditega (FLIP-seq [66] ja MIP-seq [67], mida kasutavad Jiang jt (2020) [6]; PRIP-seq, mida kasutasid: Einkauf et al. (2022) [5]) võivad HIV-i nakatunud inimeste ja eliitkontrollide tulemuste võrdlemisel põhjustada mingeid kõrvalekaldeid. Tulevikus on vaja katseid (tervete) proviiruse integratsioonikohtade leidmiseks mõlemalt patsienditüübilt paralleelselt, et süstemaatiliselt võrrelda nende erinevusi. Sellegipoolest võimaldavad selle uuringu tähelepanekud pakkuda välja uut võimalust uurida HIV{11}} integratsiooni ja peremeesorganismi funktsionaalse genoomi omadusi koos ART-ga seotud HIV{12}} nakkustega.
5. Kokkuvõtted
Einkaufi jt eksperimentaalsed tulemused. (2022) [5] ja Jiang et al. (2020) [6] viitavad tugevalt immuunselektsiooni surve olemasolule ART ajal HIV-nakatunud isikutel ja pikale eliitkontrolli perioodile. Selles uuringus viisin läbi nende kahe uuringu proviirusele suunatud geenide üleesindatuse analüüsi ja näitasin, et unikaalsed immunoloogilised signatuurid olid rikastatud ravieelsetel HIV- HIV{8}}nakatunud isikutel ja HIV-1- nakatunud isikutel. lühikese perioodi ART-le, neile, kes on allutatud pikaajalisele ART-le, ja eliitkontrolleritele (joonis 1b). Lisaks täheldasin, et ART-iga seotud HIV{13}}-nakkuste kõrval on peremehe immuunvastuse täitmiseks vaja unikaalseid immunoloogilisi signatuure, mis on seotud immuunrakkude tüüpide (joonis 1e, f) ja põletikueelsete lahustuvate tegurite (joonis 2a) erinevate kombinatsioonidega. ja järjestikune eliidi kontrolli periood. KEGG rajad, mida rikastasid proviirusele suunatud geenid, mis on seotud põletikueelsete lahustuvate tegurite allkirjaga, olid sageli seotud "vähispetsiifiliste tüüpide", "immuunsüsteemi", "viirusliku nakkushaiguse" ja "signaaliülekandega" (joonis 3). Kõige tähtsam on see, et see uuring näitas, et immunoloogilised signatuurid tulenesid peamiselt proviirusele suunatud geenidest, mis interakteeruvad HIV-ga-1 (joonis 4). Kõik need leiud panid meid oletama, et HIV-1 integratsiooni sisaldavad peremeesgeenid võivad moodustada erinevaid genoomseid kooslusi, mis võivad määratleda spetsiifilised immuunrakutüübid ja põletikueelsed lahustuvad tegurid, et toetada peremeesorganismi immuunsust koos ART-ga seotud HIV{21}} infektsioonidega. .
Viited
1. Ikeda, T.; Shibata, J.; Yoshimura, K.; Koito, A.; Matsushita, S. Korduv HIV-1 Integratsioon BACH2Locus in Resting CD4 T-rakupopulatsioonid tõhusa üliaktiivse retroviirusevastase ravi ajal. J. Infect. Dis. 2007, 195, 716–725. [CrossRef]
2. Maldarelli, F.; Wu, X.; Su, L.; Simonetti, FR; Shao, W.; Hill, S.; Spindler, J.; Ferris, AL; Mellors, JW; Kearney, MF; et al. HIV latentsus. Spetsiifilised HIV-i integratsioonikohad on seotud nakatunud rakkude kloonide laienemise ja püsivusega. Teadus 2014, 345, 179–183. [CrossRef]
3. Wagner, TA; McLaughlin, S.; Garg, K.; Cheung, CYK; Larsen, BB; Styrchak, S.; Huang, HC; Edlefsen, PT; Mullins, JI; Frenkel, LM HIV latentsus. Vähigeenidesse integreeritud HIV-i rakkude vohamine aitab kaasa püsivale infektsioonile. Teadus 2014, 345, 570–573. [CrossRef]
4. Zhyvoloup, A.; Melamed, A.; Anderson, I.; Planas, D.; Lee, C.-H.; Kriston-Vizi, J.; Ketteler, R.; Merritt, A.; Routy, J.-P.; Ancuta, P.; et al. Digoksiin paljastab funktsionaalse seose HIV-1 integratsioonieelistuse ja T-rakkude aktiveerimise vahel. PLoS patog. 2017, 13, e1006460. [CrossRef]
5. Einkauf, KB; Osborn, MR; Gao, C.; Sun, W.; Päike, X.; Lian, X.; Parsons, EM; Gladkov, GT; Seiger, KW; Blackmer, JE; et al. Üksikute HIV{1}} proviiruste transkriptsiooni, integratsiooni ja järjestuse paralleelanalüüs. Cell 2022, 185, 266–282.e15. [CrossRef]
6. Jiang, C.; Lian, X.; Gao, C.; Päike, X.; Einkauf, KB; Chevalier, JM; Chen, SMY; Hua, S.; Rhee, B.; Chang, K.; et al. Erinevad viirusereservuaarid isikutel, kellel on spontaanselt HIV-i kontroll-1. Loodus 2020, 585, 261–267. [CrossRef]
7. Pastor-Satorras, R.; Vázquez, A.; Vespignani, A. Interneti dünaamilised ja korrelatsiooniomadused. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 258701. [CrossRef]
8. Girvan, M.; Newman, MEJ Kogukonna struktuur sotsiaalsetes ja bioloogilistes võrgustikes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 7821–7826. [CrossRef]
9. Krause, J.; Croft, DP; James, R. Sotsiaalsete võrgustike teooria käitumisteadustes: potentsiaalsed rakendused. Behav. Ecol. Sociobiol. 2007, 62, 15–27. [CrossRef]
10. Frankish, A.; Diekhans, M.; Ferreira, A.-M.; Johnson, R.; Jungreis, I.; Loveland, J.; Mudge, JM; Sisu, C.; Wright, J.; Armstrong, J.; et al. Inimese ja hiire genoomide GENCODE viitemärkus. Nucleic Acids Res. 2019, 47, D766–D773. [CrossRef]
11. Quinlan, AR; Hall, IM BEDTools: paindlik utiliitide komplekt genoomsete tunnuste võrdlemiseks. Bioinformaatika 2010, 26, 841–842. [CrossRef] 12. Yu, G.; Wang, L.-G.; Han, Y.; Tema, Q.-Y. clusterProfiler: R-pakett geeniklastrite bioloogiliste teemade võrdlemiseks. OMICS 2012, 16, 284–287. [CrossRef]
13. Wu, T.; Värvitoon.; Xu, S.; Chen, M.; Guo, P.; Dai, Z.; Feng, T.; Zhou, L.; Tang, W.; Zhan, L.; et al. clusterProfiler 4.0: universaalne rikastustööriist omics-andmete tõlgendamiseks. Innovation 2021, 2, 100141. [CrossRef]
14. Boyle, EI; Weng, S.; Gollub, J.; Jin, H.; Botstein, D.; Cherry, JM; Sherlock, G. GO::TermFinder – avatud lähtekoodiga tarkvara geeniontoloogia teabele juurdepääsuks ja geenide loendiga seotud oluliselt rikastatud geeniontoloogia terminite leidmiseks. Bioinformaatika 2004, 20, 3710–3715. [CrossRef]
15. Subramanian, A.; Tamayo, P.; Mootha, VK; Mukherjee, S.; Ebert, BL; Gillette, MA; Paulovitš, A.; Pomeroy, SL; Golub, TR; Lander, ES; et al. Geenikomplekti rikastamise analüüs: teadmistepõhine lähenemisviis genoomi hõlmavate ekspressiooniprofiilide tõlgendamiseks. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 15545–15550. [CrossRef]
16. Liberzon, A.; Subramanian, A.; Pinchback, R.; Thorvaldsdottir, H.; Tamayo, P.; Mesirov, JP Molekulaarsete allkirjade andmebaas (MSigDB) 3.0. Bioinformaatika 2011, 27, 1739–1740. [CrossRef]
17. Liberzon, A.; Birger, C.; Thorvaldsdóttir, H.; Ghandi, M.; Mesirov, JP; Tamayo, P. Molekulaarsete allkirjade andmebaasi (MSigDB) tunnuste geenikomplekti kogumine. Kärjesüsteem. 2015, 1, 417–425. [CrossRef]
18. Gu, Z.; Eils, R.; Schlesner, M. Komplekssed soojuskaardid näitavad mustreid ja korrelatsioone mitmemõõtmelistes genoomiandmetes. Bioinformaatika 2016, 32, 2847–2849. [CrossRef]
19. Ptak, RG; Fu, W.; Sanders-Beer, BE; Dickerson, JE; Pinney, JW; Robertson, DL; Rozanov, MN; Katz, KS; Maglott, DR; Pruitt, KD; et al. Lühiteade: HIV 1. tüüpi inimvalgu interaktsioonivõrgustiku kataloogimine. AIDS Res. Humm. Retrovir. 2008, 24, 1497–1502. [CrossRef]
20. Fu, W.; Sanders-Beer, BE; Katz, KS; Maglott, DR; Pruitt, KD; Ptak, RG Inimese immuunpuudulikkuse viiruse tüüp 1, inimese valkude interaktsioonide andmebaas NCBI-s. Nucleic Acids Res. 2009, 37, D417–D422. [CrossRef]
21. Pinney, JW; Dickerson, JE; Fu, W.; Sanders-Beer, BE; Ptak, RG; Robertson, DL HIV-peremehe interaktsioonid: peremeessüsteemi viirushäirete kaart. AIDS 2009, 23, 549–554. [CrossRef]
22. Clerici, M.; Shearer, GM TH1 → TH2 lüliti on HIV-nakkuse etioloogias kriitiline samm. Immunol. Tänapäev 1993, 14, 107–111. [CrossRef]
23. Hiener, B.; Horsburgh, BA; Eden, J.-S.; Barton, K.; Schlub, TE; Lee, E.; Stockenstrom, S.; Odevall, L.; Milush, JM; Liegler, T.; et al. Geneetiliselt puutumatute HIV-1 proviiruste tuvastamine tõhusalt ravitud osalejate spetsiifilistes CD4 T-rakkudes. Cell Rep. 2017, 21, 813–822. [CrossRef]
24. Ho, Y.-C.; Shan, L.; Hosmane, NN; Wang, J.; Laskey, SB; Rosenbloom, DIS; Lai, J.; Blankson, JN; Siliciano, JD; Siliciano, RF-replikatsioonikompetentsed mitteindutseeritud proviirused varjatud reservuaaris suurendavad barjääri HIV-1 ravimisel. Cell 2013, 155, 540–551. [CrossRef]
25. Sun, W.; Gao, C.; Hartana, CA; Osborn, MR; Einkauf, KB; Lian, X.; Bone, B.; Bonheur, N.; Chun, T.-W.; Rosenberg, ES; et al. Immuunselektsiooni fenotüübilised tunnused HIV-1 reservuaarirakkudes. Loodus 2023. Internetis enne trükist. [CrossRef]
26. Duraiswamy, J.; Ibegbu, CC; Masopust, D.; Miller, JD; Araki, K.; Doho, GH; Tata, P.; Gupta, S.; Zilliox, MJ; Nakaya, HI; et al. Tervete inimeste programmeeritud surma{1}}(hi) CD8 T-rakkude fenotüüp, funktsioon ja geeniekspressiooni profiilid. J. Immunol. 2011, 186, 4200–4212. [CrossRef]
27. Quigley, M.; Pereyra, F.; Nilsson, B.; Porichis, F.; Fonseca, C.; Eichbaum, Q.; Julg, B.; Jesneck, JL; Brosnahan, K.; Imam, S.; et al. HIV-spetsiifiliste CD8+ T-rakkude transkriptsioonianalüüs näitab, et PD-1 inhibeerib T-rakkude funktsiooni BATF-i ülesreguleerimise kaudu. Nat. Med. 2010, 16, 1147–1151. [CrossRef]
28. Chen, K.-C.; Wang, T.-Y.; Chan, C.-H. Seosed HIV-i ja inimese radade vahel, mis ilmnevad valkude ja valkude interaktsioonide ja korrelatsiooniga geeniekspressiooni profiilide kaudu. PLoS ONE 2012, 7, e34240. [CrossRef]
29. Besnard, E.; Hakre, S.; Kampmann, M.; Lim, HW; Hosmane, NN; Martin, A.; Bassik, MC; Verschueren, E.; Battivelli, E.; Chan, J.; et al. mTOR kompleks kontrollib HIV latentsust. Rakuperemees mikroob 2016, 20, 785–797. [CrossRef]
30. Kraater, JM; Nixon, DF; O'Brieni, RLF HIV-1 replikatsiooni ja latentsust tasakaalustab mTOR-põhine raku metabolism. Esiosa. Rakkude nakatamine. Microbiol. 2022, 12, 1068436. [CrossRef]
31. Valle-Casuso, JC; Angin, M.; Volant, S.; Passaes, C.; Monceaux, V.; Mihhailova, A.; Bourdic, K.; Avettand-Fenoel, V.; Boufassa, F.; Sitbon, M.; et al. Rakkude ainevahetus on HIV-i-1 CD4 T-rakkudesse reservuaari külvamise peamine määraja ja see pakub võimalust võidelda infektsioonidega. Lahtri metab. 2019, 29, 611–626.e5. [CrossRef]
32. Rebhun, JF; Castro, AF; Quilliam, LA Rap1 GTPaasi guaniini nukleotiidi vahetusfaktorite (GEF-ide) tuvastamine. MR-GEF reguleerimine M-Ras-GTP interaktsiooni kaudu. J. Biol. Chem. 2000, 275, 34901–34908. [CrossRef]
33. Folgueira, L.; Algeciras, A.; MacMorran, WS; Bren, GD; Paya, CV Ras-Raf rada aktiveeritakse inimese immuunpuudulikkuse viirusega nakatunud monotsüütides ja osaleb NF-kappa B. J. Virol aktiveerimises. 1996, 70, 2332–2338. [CrossRef]
35. Gerritsen, ME; Williams, AJ; Neish, AS; Moore, S.; Shi, Y.; Collins, T. CREB-siduv valk/p300 on p65 transkriptsioonilised koaktivaatorid. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 2927–2932. [CrossRef]
35. Huang, B.; Yang, X.-D.; Zhou, M.-M.; Ozato, K.; Chen, L.-F. Brd4 koaktiveerib NF-κB transkriptsioonilise aktiveerimise spetsiifilise seondumise kaudu atsetüülitud RelA-ga. Mol. Kamber. Biol. 2009, 29, 1375–1387. [CrossRef]
36. Brogdon, J.; Ziani, W.; Wang, X.; Veazey, RS; Xu, H. Väikemolekuliliste proteiinkinaasi C agonistide in vitro mõju HIV latentsusaja taasaktiveerimisele. Sci. Vabariik 2016, 6, 39032. [CrossRef]
37. Kabi, M.; Filion, GJ Kromatiin ja viiruse integratsioon immuunsuses: väljakutse mitte-isegeenide vaigistamisel. Trends Immunol. 2022, 43, 449–458. [CrossRef]
38. Qu, D.; Sun, W.-W.; Li, L.; Ma, L.; Sun, L.; Jin, X.; Li, T.; Hou, W.; Wang, J.-H. Pikaajaline mittekodeeriv RNA MALAT1 vabastab HIV-1 replikatsiooni epigeneetilise vaigistamise, tõrjudes polükombi repressiivse kompleksi 2 välja seondumisest LTR promootoriga. Nucleic Acids Res. 2019, 47, 3013–3027. [CrossRef]
39. Quaranta, MG; Mattioli, B.; Spadaro, F.; Straface, E.; Giordani, L.; Ramoni, C.; Malorni, W.; Viora, M. HIV-1 Nef käivitab Vav-vahendatud signaaliraja, mis viib dendriitrakkude funktsionaalse ja morfoloogilise diferentseerumiseni. FASEB J. 2003, 17, 2025–2036. [CrossRef]
40. Rauch, S.; Pulkkinen, K.; Saksela, K.; Fackler, OT Inimese immuunpuudulikkuse viiruse tüüp 1 Nef värbab guaniinivahetusfaktori Vav1 ootamatu liidese kaudu plasmamembraani mikrodomeenidesse, et seostada seda p21-aktiveeritud kinaasi 2 aktiivsusega. J. Virol. 2008, 82, 2918–2929. [CrossRef]
41. Sarmady, M.; Dampier, W.; Tozeren, A. Peremeesvalkudele suunatud viirusvalgu levialade järjestus- ja interaktoomipõhine ennustus: HIV Nefi juhtumiuuring. PLoS ONE 2011, 6, e20735. [CrossRef]
42. Jang, MK; Mochizuki, K.; Zhou, M.; Jeong, H.-S.; Brady, JN; Ozato, K. Bromodomeeni valk Brd4 on P-TEFb positiivne regulatoorkomponent ja stimuleerib RNA polümeraas II-st sõltuvat transkriptsiooni. Mol. Cell 2005, 19, 523–534. [CrossRef]
43. Yang, Z.; Yik, JHN; Chen, R.; Tema, N.; Jang, MK; Ozato, K.; Zhou, Q. P-TEFb värbamine bromodomeeni valgu Brd4 poolt transkriptsioonilise pikenemise stimuleerimiseks. Mol. Cell 2005, 19, 535–545. [CrossRef]
44. Bisgrove, DA; Mahmoudi, T.; Henklein, P.; Verdin, E. BRD4 konserveeritud P-TEFb-interakteeruv domeen inhibeerib HIV transkriptsiooni. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 13690–13695. [CrossRef]
45. Li, Z.; Guo, J.; Wu, Y.; Zhou, Q. BET bromodomeeni inhibiitor JQ1 aktiveerib HIV latentsuse Tat-transaktivatsiooni antagoniseeriva Brd4 inhibeerimise kaudu. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 277–287. [CrossRef]
46. Ladha, JS; Tripathy, MK; Mitra, D. Mitokondriaalse kompleksi I aktiivsus on häiritud HIV-1-indutseeritud T-raku apoptoosi ajal. Rakkude surma erinevus. 2005, 12, 1417–1428. [CrossRef]
47. Chaussabel, D.; Baldwin, N. Demokratiseeriv süsteemide immunoloogia modulaarse transkriptsioonirepertuaari analüüsiga. Nat. Rev. Immunol. 2014, 14, 271–280. [CrossRef]
48. Li, S.; Rouphael, N.; Duraisingham, S.; Romero-Steiner, S.; Presnell, S.; Davis, C.; Schmidt, DS; Johnson, SE; Milton, A.; Rajam, G.; et al. Antikehade vastuste molekulaarsed signatuurid, mis on saadud viie inimese vaktsiini süsteemibioloogilisest uuringust. Nat. Immunol. 2014, 15, 195–204. [CrossRef]
49. Bhattacharya, S.; Dunn, P.; Thomas, CG; Smith, B.; Schaefer, H.; Chen, J.; Hu, Z.; Zalocusky, KA; Shankar, RD; Shen-Orr, SS; et al. ImmPort, avatud juurdepääsuga immunoloogilise analüüsi andmete ümberkasutamiseks translatsiooni- ja kliinilistes uuringutes. Sci. Andmed 2018, 5, 180015. [CrossRef]
50. Xie, D.; Han, L.; Luo, Y.; Liu, Y.; Tema, S.; Bai, H.; Wang, S.; Bo, X. Peremeesgeenide seoste uurimine viirusnakkuse korral, mis ilmnes genoomi hõlmava RNAi ja viiruse-peremeesvalgu interaktsioonide kaudu. Mol. Biosyst. 2015, 11, 2511–2519. [CrossRef]
51. Bermejo, M.; López-Huertas, MR; Hedgpeth, J.; Mateos, E.; Rodríguez-Mora, S.; Maleno, MJ; Plana, M.; Swindle, J.; Alcamí, J.; Coiras, M. Proteiini kinaasi C-teeta inhibiitorite analüüs HIV-1 replikatsiooni kontrollimiseks inimese CD4+ T-rakkudes näitab lisaks viiruse transkriptsioonile mõju ka retrotranskriptsioonile. Biochem. Pharmacol. 2015, 94, 241–256. [CrossRef]
52. López-Huertas, MR; Li, J.; Zafar, A.; Rodríguez-Mora, S.; García-Domínguez, C.; Mateos, E.; Alcamí, J.; Rao, S.; Coiras, M. PKCθ ja HIV-1 transkriptsiooniregulaator Tat eksisteerivad koos CD4(+) T-rakkude LTR promootoris. Esiosa. Immunol. 2016, 7, 69. [CrossRef]
53. Smith, BL; Krushelnycky, BW; Mochly-Rosen, D.; Berg, P. HIV Nef Protein seostub proteiinkinaas C teetaga. J. Biol. Chem. 1996, 271, 16753–16757. [CrossRef]
54. Witte, V.; Lafferty, B.; Gintschel, P.; Krautkrämer, E.; Blume, K.; Fackler, OT; Baur, AS HIV transkriptsiooni indutseerimine Nefi poolt hõlmab Lck aktiveerimist ja proteiinkinaasi Cθ parve värbamist, mis viib ERK1 / 2, kuid mitte NFkB aktiveerimiseni. J. Immunol. 2009, 181, 3327. [CrossRef]
55. Janardhan, A.; Swigut, T.; Hill, B.; Myers, parlamendiliige; Skowronski, J. HIV-1 Nef seob DOCK2-ELMO1 kompleksi, et aktiveerida rac ja inhibeerida lümfotsüütide kemotaksist. PLoS Biol. 2004, 2, E6. [CrossRef]
56. Olivetta, E.; Pietraforte, D.; Schiavoni, I.; Minetti, M.; Federico, M.; Sanchez, M. HIV-1 Nef reguleerib superoksiidi anioonide vabanemist inimese makrofaagidest. Biochem. J. 2005, 390, 591–602. [CrossRef]
57. Turner, A.-MW; Dronamraju, R.; Potjewyd, F.; James, KS; Winecoff, DK; Kirchherr, JL; Archin, NM; Browne, EP; Strahl, BD; Margolis, DM; et al. EED-inhibiitorite hindamine HRV{2}}sihitud väikeste molekulide klassina HIV-i latentsusaja muutmiseks. ACS nakatada. Dis. 2020, 6, 1719–1733. [CrossRef]
58. Ruiz-Riol, M.; Berdnik, D.; Llano, A.; Mothe, B.; Gálvez, C.; Pérez-Álvarez, S.; Oriol-Tordera, B.; Olvera, A.; Silva-Arrieta, S.; Meulbroek, M.; et al. Interleukiini-27 (IL-27)/IL-27 retseptori alfa-alfa tuvastamine HIV-tõrje kriitilise immuunteljena. J. Virol. 2017, 91, e00441-17. [CrossRef]
59. Zheng, Y.-H.; Xiao, S.-L.; Tema, B.; Tema, Y.; Zhou, H.-Y.; Chen, Z.; Zheng, L.-W.; Tema, M.; Wang, H.-Y.; Lin, Y.-H.; et al. IL-27 ja selle retseptori roll HIV/AIDSi ja viirusevastase immuunvastuse patogeneesis. Curr. HIV Res. 2017, 15, 279–284. [CrossRef]
60. Zheng, CF; Jones, GJ; Shi, M.; Wiseman, JCD; Marr, KJ; Berenger, BM; Huston, SM; John Gill, M.; Krensky, AM; Kubes, P.; et al. Granulüsiini hiline ekspressioon mikrobitsiidsete CD4+ T-rakkude poolt nõuab PI3K- ja STAT5-sõltuvat IL-2R-beeta ekspressiooni, mis on HIV-nakkusega patsientidel puudulik. J. Immunol. 2008, 180, 7221–7229. [CrossRef]
61. De Armas, LR; Gavegnano, C.; Pallikkuth, S.; Rinaldi, S.; Pan, L.; Battivelli, E.; Verdin, E.; Younis, RT; Pahwa, R.; Williams, SL; et al. JAK1/2 inhibiitorite mõju HIV-reservuaarile, kasutades HIV latentsuse primaarset lümfoidrakkude mudelit. Esiosa. Immunol. 2021, 12, 720697. [CrossRef]
62. Matusali, G.; Tchidjou, HK; Pontrelli, G.; Bernardi, S.; D'Ettorre, G.; Vullo, V.; Buonomini, AR; Andreoni, M.; Santoni, A.; Cerboni, C.; et al. NKG2D retseptori lahustuvad ligandid vabanevad HIV-1 infektsiooni ajal ja kahjustavad NKG2D ekspressiooni ja NK-rakkude tsütotoksilisust. FASEB J. 2013, 27, 2440–2450. [CrossRef]
63. Abitew, AM; Sobti, RC; Sharma, VL; Wanchu, A. Antigeeni esitlemise (TAP) geenide polümorfismidega seotud transporteri analüüs HIV{1}}-nakkusega. Mol. Cell Biochem. 2020, 464, 65–71. [CrossRef]
64. Rom, S.; Pacifici, M.; Passiatore, G.; Aprea, S.; Waligorska, A.; Del Valle, L.; Peruzzi, F. HIV-1 Tat seondub SH3 domeenidega: Tat/Grb2 interaktsiooni raku- ja viiruslik tulemus. Biochim. Biophys. Acta. 2011, 1813, 1836–1844. [CrossRef]
65. Fellay, J.; Shianna, KV; Ge, D.; Colombo, S.; Ledergerber, B.; Weale, M.; Zhang, K.; Gumbs, C.; Castagna, A.; Cossarizza, A.; et al. Kogu genoomi hõlmav assotsiatsiooniuuring HIV-i peremeesorganismi kontrolli peamiste tegurite kohta-1. Teadus 2007, 317, 944–947. [CrossRef]
66. Lee, GQ; Orlova-Fink, N.; Einkauf, K.; Chowdhury, FZ; Päike, X.; Harrington, S.; Kuo, H.-H.; Hua, S.; Chen, H.-R.; Ouyang, Z.; et al. Intaktse genoomiga HIV-1 klonaalne laienemine funktsionaalselt polariseeritud Th1 CD4+ T-rakkudes. J. Clin. Investeeri. 2017, 127, 2689–2696. [CrossRef]
67. Einkauf, KB; Lee, GQ; Gao, C.; Sharaf, R.; Päike, X.; Hua, S.; Chen, SMY; Jiang, C.; Lian, X.; Chowdhury, FZ; et al. Intaktsed HIV-1 proviirused kogunevad pikaajalise retroviirusevastase ravi ajal erinevatesse kromosoomiasenditesse. J. Clin. Investeeri. 2019, 129, 988–998. [CrossRef]
