Teine osa: NPHS1 ja TNFSF15 levinumad riskivariandid on seotud lapseea steroiditundliku nefrootilise sündroomiga

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-post:audrey.hu@wecistanche.com

Palun klõpsake esimese osa vaatamiseks siin

Kõikide autosomaalsete variantidega selgitatud dispersioon käesolevas uuringus

Kogu genoomi hõlmavate variantidega seletatav lapsepõlve SSNS-i täheldatud pärilikkus oli hinnanguliselt 41,1 protsenti (14.0 protsenti). Pärilikkus vastutuse skaalal oli 14,8 protsenti (5.0 protsenti), eeldades, et elanikkonna levimus on 0,016 protsenti. Arvestades HLA piirkonna tugevat seost, oli täheldatud pärilikkus hinnanguliselt 31,6 protsenti (13,6 protsenti) ja pärast transformatsiooni, kui 6. kromosoomi variandid jäeti välja, muutus see 11,4 protsendiks (4,9 protsenti). Levinud variandid (MAF> 5 protsenti) selgitasid 88–90 protsenti haiguse pärilikkusest (täiendav tabel S21; täiendav joonis S10).

Cistanche võib aidata nefrootilise sündroomi korral

ARUTELU

Praegune Jaapani GWAS, millel on seni suurim valimi suurus ja replikatsioon mitmes mandripopulatsioonis, tuvastas NPHS1 ja TNFSF15 piirkondades levinud variandid lapsepõlve SSNS-i uute vastuvõtlikkuse teguritena. 19. kromosoomi lookuse GWAS-i järgne analüüs tuvastas potentsiaalse transkriptsioonimehhanismi, mille abil NPHS1 riskihaplotüüp võib haigusele kaasa aidata. Lõpuks, suurem valimi suurus võimaldas eelnevalt seotud HLA lookuste täiendavat täpset kaardistamist.16 Kokkuvõttes laiendavad ja parandavad need leiud märkimisväärselt meie arusaamist lapsepõlve SSNS-i geneetilisest taustast. Nad tuvastavad nefriini, põletikulise tsütokiini tuumori nekroosifaktori superperekonna liikme 15 (TNFSF15) ja nendega seotud molekulid uute bioloogiliste uurimiste sihtmärkidena, et paremini mõista SSNS-i ja potentsiaalselt terapeutilist arengut. Lõpuks annab seos NPHS1 lookuse tavaliste variantidega veel ühe näite, mis näitab, et Mendeli neeruhaiguse geenid võivad sisaldada vastuvõtlikkuse variante levinuma multifaktoriaalse haiguse (SSNS) suhtes.

Haruldased mutatsioonid NPHS1-s põhjustavad kaasasündinudnefrootiline sündroomsoome tüüpi, haruldane monogeennenefrootiline sündroom that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>T) eksonis 3. Varem on Sun et al. teatas rs2285450 väiksema alleeli suuremast esinemissagedusest Hiina juhuslikultnefrootiline sündroomSingapurist pärit patsiendid kui kontrollrühmas (20 protsenti vs. 13 protsenti, P ¼ 0,025) ja näitasid, et riskialleel vähendas võimet pärssida TRPC6 voolu HEK293-M1 rakkudes plaastri kaudu. klamber,mis võib põhjustada vastuvõtlikkust proteinuuriale.27,28 See uuring pakub sõltumatut tuge rs2285450-le kui SSNS-i riskitegurile ja soovitab alternatiivset mehhanismi vastuvõtlikkuse suurendamiseks.nefrootiline sündroomvaja täiendavat järelepärimist.

Kasutades paaris inimese geneetilisi ja glomerulaarseid transkriptoomilisi andmeid, ei täheldanud me erinevusi NPHS1 koguekspressioonis selle riski haplotüübi funktsioonina. Kuid RNA-seq andmed võimaldasid jälgida märkimisväärset ASE-d, mille tulemuseks oli madalam NPHS1 ekspressioon riskialleele sisaldavast haplotüübist (täiendav joonis S11). Mitmed selle lookuse riskivariandid olid NPHS1 eksooniliste muutuste sünonüümid. Seetõttu keskendusime rohkem NPHS1-le ega jätkanud arutelu KIRREL2 rolli üle võimalikes haigusmehhanismides. Edasine töö peaks hõlmama järgmist: (i) selle tähelepaneku valideerimine täiendavatel patsientidel genotüpiseerimise ja neeruekspressiooni andmetega; ja (ii) saada mehhaaniline arusaam sellest, kuidas see NPHS1 ASE aitab kaasa või põhjustab seost SSN-idega, mida me täheldasime. Võimalike düsfunktsiooni hüpoteeside hulka kuuluvad: (i) raku suurenenud koormus toota võrdluskromosoomist vajalikku kogust nefriini, mis põhjustab raku stressi ja suurenenud vastuvõtlikkust vigastustele; ja (ii) potentsiaalselt düsfunktsionaalne nefriini valk, mis on toodetud riskihaplotüübist (nt diferentsiaalsete posttranslatsiooniliste modifikatsioonide kaudu), mille tulemuseks on ebanormaalne glomerulaarfiltratsiooni barjäär.

Geneetilised polümorfismid 9q32 lookuses on seotud mitmete autoimmuunsete ja põletikuliste haigustega.23,29–31 Kõige tõenäolisem haigust põhjustav geen 9q32 sees on TNFSF15, mis kodeerib TNFSF15. Käesolevas uuringus korrati rs4979462 olulist seost iseseisvalt ja seda tugevdas veelgi transetniline metaanalüüs. Varem tuvastasid Hitomi et al.32 rs4979462 funktsionaalse variandina in vitro funktsionaalse analüüsiga, kasutades lutsiferaasi testi ja elektroforeetilise liikuvuse nihke analüüsi. Supernihke test selgitas, et rs4979462 riskialleel (T) tekitas uudse NF-1 sidumissaidi.32 Lisaks on mitmed aruanded näidanud, et rs4979432 riskialleel mõjutab TNFSF15 mRNA ekspressioonitaset.30, 32 Vaja on täiendavaid uuringuid, et kinnitada TNFSF15 seost SSNS-iga lastel.

Käesolevas uuringus tuvastati ja replitseeriti NPHS1 ja TNFSF15 lookuste variandid peamiselt Ida-Aasia (Jaapan ja Korea) ja Lõuna-Aasia populatsioonides, kus on teatatud haiguse suuremast esinemissagedusest. Seevastu kandidaat-SNP-de riskialleelide sagedused NPHS1-s olid Euroopa päritolu inimestel haruldased (tabel 1). Need leiud võivad osaliselt selgitada populatsioonide epidemioloogilisi erinevusi haigustega seotud polümorfismide vaatenurgast. Seda erinevust illustreerib veelgi oluliste signaalide puudumine meie Jaapani andmestikus piirkondades CALHM6/FAM26F ja PARM1, mis tuvastati Euroopa esivanemate homogeenses kohordis.15,17

HLA-DR/DQ geenide ülekaaluka panusega olid haigusega tugevalt seotud peamise histo-sobivuse kompleksi II klassi valgukompleksi ja peamise histo-sobivuse kompleksi II klassi retseptori aktiivsuse geenikomplektid. Kaasasündinud immuunvastus identifitseeriti ka olulise geenikomplektina, millel on mõõdukas toime. Kaasasündinud immuunsüsteem, sealhulgas professionaalsete rakkude (antigeeni esitlevad rakud ja B-rakud/Toll-sarnased retseptorid) aktiveerimine, samuti adaptiivne immuunsüsteem, milles HLA molekulid mängivad otsustavat rolli, osalevad haigusprotsessis ja reaktsioonis. ravile.33,34

Umbes 90 protsenti lapsepõlve SSNS-i pärilikkusest panustasid tavalised variandid, kuigi arvesse võeti ka suhteliselt haruldaste alleelisagedustega variante (MAF: 0,5–5 protsenti). Suur osa haiguste pärilikkusest jääb aga arvestamata. Teisi haigusega seotud variante mitte-HLA piirkondades võidakse tuvastada tulevaste genoomi hõlmavate suuremate valimitega uuringutega, eriti Euroopa ja teiste mitte-Ida-Aasia esivanemate patsientide puhul, kuna haigusega seotud polümorfismid mitte-HLA piirkondades on endiselt suures osas levinud. teadmata.

Käesolevas uuringus on erinevate esivanematega replikatsioonikohortide valimi suurused piiranud väiksema efektiga signaalide replikatsiooni võimsust. Kohanemise puudumise tõttu võib replikatsioonifaasis esineda populatsiooni kihistumine. Peale selle võis juhtude ja kontrollide vahel esineda partiiefekte, kui avalike andmebaaside alleelisagedusi kasutati populatsiooniga sobitatud kontrollidena.

Kokkuvõttes pakuvad siinsed avastused uusi SSNS-i lookusi. Eelkõige pakub NPHS1 lookus provokatiivset uut kontseptsiooni haiguse patogeneesist, ühendades ja tugevdades tekkivat paradigmat nefroloogias – teatud geenides, mis sisaldavad Mendeli variante, võivad levinumad alleelid suurendada vastuvõtlikkust multifaktoriaalsetele polügeensetele haigustele, nagu on varem näidatud. UMOD, COL4A3 ja NPHS2.26,35-41 Lõpuks rõhutavad praegused leiud taas genoomiuuringute läbiviimise tähtsust erinevates populatsioonides. Seda tehes avastasime spetsiifilised SNP-d, millel on tõenäoliselt suurem mõju Ida- ja Lõuna-Aasia populatsioonidele, tuvastades samas geenid ja lookused, mis võivad olla olulised kõigis populatsioonides, mille suhtes oleksime Euroopa avastuskohordi kasutamisel statistiliselt pimedad.

MEETODID

Lisateavet leiate jaotisest Täiendavad meetodid.

Proovid: avastamisetapis 1018 Jaapani patsienti, kellel diagnoositi lapsepõlves SSNS (algusvanus<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotüpiseerimine ja kogu genoomi imputeerimine avastamise etapis

Avastamisetapis genotüüpiti Affymetrix Japonica massiivi kasutades 1018 juhtumit ja 3331 kontrolli.42 Madala kõnesageduse tõttu jäeti välja 19 proovi (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. Kvaliteedikontroll viidi läbi, kasutades järgmist läve: individuaalne puudujääk<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{0}}.1875. Põhikomponentide analüüs viidi läbi, kasutades genoomi hõlmavat komplekssete tunnuste analüüsi (versioon 1.26.0)44 juhtumite, kontrollide ja HapMap III faasi andmete jaoks (113 CEU [Loode-Euroopa elanikkond], 113 YRI [joruba aastal).

Ibadan, Nigeeria], 84 CHB [hani hiinlased Pekingis, Hiina] ja 86 JPT [jaapanlased Tokyos, Jaapan]); kõrvalekalleteks identifitseeritud proovid jäeti välja (täiendav joonis S1A-E).

Kogu genoomi hõlmavad assotsiatsioonianalüüsid avastamise etapis

Kogu genoomi hõlmavad assotsiatsioonianalüüsid ja ühe nukleotiidi variandipõhised tingimuslikud analüüsid viidi läbi, kasutades logistilist regressiooni, kohandades PLINK 1.9 abil sugu ja 4 esimest peamist komponenti (PC1 kuni PC4). Manhattani ja QQ graafikute genereerimiseks kasutati r-paketti "qqman". Piirkondlikud graafikud genereeriti Locuszoomi abil (ühenduse tasakaalustamatuse viitena kasutati 1000 genoomi novembrit 2014 ASN-i).45

Geenipõhine test ja geenikomplekti analüüs

Geenipõhised testid ja geenikomplekti analüüsid viidi läbi MAGMA v1.646-ga (rakendatud FUMA47 kaudu). Genotüübi-koe ekspressiooni (GTEx) andmebaasi48 ja NephVS eQTL-brauserit (NephQTL)21 kasutati eQTL-ide leidmiseks, mis mõjutavad erinevate geenide ekspressiooni erinevates kudedes ja neeruspetsiifilistes kudedes.

Kandidaat-SNP-de replikatsioon

Replikatsioon viidi läbi mitmes populatsioonis. Korea andmekogumis osalejad värvati Lõuna-Koreast. MWPNC kohorti kuulus 181 Lõuna-Aasia päritolu patsienti, kes värvati USA-st ja Sri Lankalt, 158 Aafrika päritolu patsienti, kes olid värvatud

Joonis 4| Glomerulaarne NPHS1 mRNA ekspressioonNefrootiline sündroomUuringuvõrgustiku (NEPTUNE) kohort. ( a ) NPHS1 fragmendid kilobaasi miljoni ekspressiooni kohta, võrreldes proove NPHS1 riskihaplotüübiga ja ilma NPHS1 riskita. NPHS1 riskihaplotüübiga proovid ei näita märkimisväärselt erinevaid ekspressioonitasemeid (Wilcoxoni test, P ¼ 0.39). (b) Alleel-spetsiifiline ekspressioon (ASE), mis võrdleb proove NPHS1 riskihaplotüübiga ja ilma selleta. ASE ¼ |0.5 – (haplotüüp A / lugemite koguarv)|. Riskialleelidega patsientidel on haplotüüp A kõik 5 NPHS1 riskivarianti; riskihaplotüübita patsientidel valitakse haplotüüp A juhuslikult 1 nende kahest haplotüübist. Proovid, milles on vähem kui 2 heterosügootset ühe nukleotiidi polümorfismi või 10 protsenti koguarvust, on näidatud halliga. NPHS1 riskihaplotüübiga proovidel on märkimisväärne alleel-spetsiifiline ekspressioon riskihaplotüübi madalama ekspressiooniga (Wilcoxoni test, P ¼ 9,3E–4). CPM loeb miljoni kohta.

USA-st ja Nigeeriast ning USA-st värvati 63 Euroopa ja 27 hispaanlasest patsienti. NEPHROVIR-i kohorti kuulus 132 EL-Euroopa, 56 Aafrika ja 85 SSNS-iga Magrebia last, kes olid värvatud Pariisi piirkonnas; Rahvastikuga sobitatud kontrollina kasutati vastavalt 2000 Euroopa kontrolli kolmest linnast ja 454 kontrolli 1000G Aafrika kohordist ja 261 Maroko kontrolli. Itaalia ja Hispaania (ItSpa) kohort koosnes 112 Euroopa patsiendist Itaaliast ja Hispaaniast ning 552 kontrollist 1000G Euroopa kohordist. Üksikasjalik teave iga populatsiooni andmekogumite kohta on näidatud täiendavates meetodites ja tabelis 1.

Replikatsiooni etapis viidi Korea andmekogumis läbi logistiline regressioon, kasutades individuaalseid genotüübi andmeid. P väärtused arvutati Pearsoni c2 testi või Fisheri täpse testiga MWPNC kohordis ja avalikes andmebaasides. Lahtri ¼ 0 jaoks lisati c2 testis igale neljale lahtrile 0,5, et arvutada VÕI, standardvea (SE) ja 95-protsendiline usaldusvahemik. NEPHROVIRi ja ItSpa andmekogumites viidi assotsiatsioonianalüüsid läbi aditiivse mudeli alusel.

Transetniline metaanalüüs

Transetniline metaanalüüs viidi läbi pöördvariatsiooni meetodil, mis põhines "META" fikseeritud või juhusliku efektiga mudelitel.49 Heterogeensust arvestati siis, kui Cochrani Q testi P-väärtus oli < 0.10.="" pita="">< 5e–08="" peeti="" metaanalüüsi="" genoomi="" hõlmavaks="" olulisuse="">

ASE analüüs NEPTUNE kohordis

Glomerulaarsete biopsiate kogu RNA ja 30X kogu genoomi järjestamine viidi läbi 269 ja 625 NEPTUNE20 prooviga (vt lisaandmeid20 üksikasjalikumalt). 19. kromosoomi variandid filtreeriti, eemaldades MAF < 0,0001,="" insertsioonid="" ja="" deletsioonid,="" genotüübi="" kvaliteediskoor="">< 20="" ja="" puudu=""> 10 protsenti. Variandid viidi läbi versiooniga Eagle v2.4.150 Michigan Imputation Serveris51, kasutades 1000 genoomi 3. faasi võrdluspaneeli.52 Proovid, mis sisaldavad kõiki 5 kromosoomi 19 riskialleeli (rs56117924, rs2073901, rs2073901, rs41221285,4rs0,9rsident Geeni kvantifitseerimine (Log2CPM) arvutati servaR-i kärbitud M väärtuste (TMM) normaliseerimismeetodiga.53 NPHS1 ja seda ümbritsev 1KB intergeenne piirkond (chr19: 36 315 274–36 343 895) fokuseeriti täpselt äärmiselt. NPHS1-bam-failid ja faasitud kogu genoomi järjestamine sisestati phASER54-sse, et teostada haplotüübi faasimist. Tänu NPHS1 kõrgele kombineeritud levialale leidsime rs2071347 (NPHS1, ekson 26) faasimise ebajärjekindlalt, kui see eemaldati allavoolu ja seetõttu analüüsi paneelidest ja võrdlusmeetoditest. Kasutasime PHASER-i haplotüübispetsiifilise ekspressiooni arvutamiseks, liites RNA-seq arvud kõigi heterosügootsete SNP-de vahel. Proovid, mille kogulugemine NPHS1 lõikes oli alla 20, eemaldati. Ülejäänud 187 proovi jaoks arvutasime ASEasj0,5 – (haplotüüp A / lugemite koguarv)j. Riskihaplotüübiga patsientidel sisaldab haplotüüp A kõiki 5 NPHS1 riskivarianti; riskihaplotüübita patsientidel valitakse haplotüüp A juhuslikult ühe nende kahest haplotüübist. Seejärel võrdlesime ASE-d ja geeniekspressiooni proovide puhul, millel oli ja ilma selleta, Wilcoxonrank-sumtestinR-iga. Näidude koguarv ja toetavate heterosügootsete SNP-de arv varieerus proovide lõikes. Proovid, millel on väiksem võimsus ASE tuvastamiseks, vähem kui 2 heterosügootset SNP-d või alumine 10 protsenti kogu lugemitest, lisati siiski täielikkuse tagamiseks ja need on joonistel 4a ja b näidatud hallide punktidena.

HLA peenkaardistamine

HLA imputeerimise ja HLA genotüpiseerimise meetodid on näidatud täiendavates meetodites.

Võimsuse arvutamine

GWAS-i avastamise võimsus (987 juhtumit ja 32 06 kontrolli) arvutati R-paketi "CATS" abil.55 Eeldades, et haiguse levimus on 0,016 protsenti, arvutati uuringu võimsus eraldi aditiivne mudel variantidele alleelisagedusega 0,5 protsenti, 5 protsenti ja 50 protsenti, olulisuse läviga ¼ 5E–08 (täiendav joonis S2). Iga replikatsiooni võimsuse hindamiseks kasutati Bioinformaatika Instituudi veebipõhist proovi suuruse hindajat56.

kandidaat SNP.

Pärilikkuse hinnangud

Kogu genoomi hõlmavate variantidega seletatav haiguse pärilikkus hinnati kogu genoomi hõlmava komplekssete tunnuste analüüsiga43,57 (genoomiülene komplekssete tunnuste analüüs – LDMS-meetod), eeldades, et haiguse levimus on 0.016 protsenti Jaapani elanikkonnas. Analüüsi kaasati kõik variandid, mis läbisid kvaliteedikontrolli protseduuri pärast kogu genoomi imputeerimist. Arvutamise käigus geneetiliste seoste maatriksite tegemisel rühmitati variandid tavalisteks variantideks (MAF > 5 protsenti) või haruldasteks variantideks (0,5 protsenti < maf="" #="" 5="" protsenti).="" üksikasjad="" on="" näidatud="" täiendavates="">

LISA

Lapsepõlve idiopaatilise geneetika uurimiskonsortsiumNefrootiline sündroomJaapanis

Yoshinori Araki, Yoshinobu Nagaoka, Takayuki Okamoto, Yasuyuki Sato, Asako Hayashi, Toshiyuki Takahashi, Hayato Aoyagi, Michihiko Ueno, Masanori Nakanishi, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Nariaki Kuaii,,,,,,,,,,,,, Eriko Tanaka, Tae Omori, Mari Okada, Yoshiho Hatai, Tomohiro Udagawa, Yaeko Motoyoshi, Kenji Ishikura, Koichi Kamei, Masao Ogura, Mai Sato, Yuji Kano, Motoshi Hattori, Kenichiro Miura, Yutaka Harita, Shoichiro Anna Koba Kanda, Shi , Manabu Kojika, Yoko Ohwada, Kunimasa Yan, Hiroshi Hataya, Riku Hamada, Chikako Terano, Ryoko Harada, Yuko Hamasaki, Junya Hashimoto, Shuichi Ito, Hiroyuki Machida, Aya Inaba, Takeshi Matsuyama, Miwa Shizu,,, Masaku Yanhei Ikezumi, Takeshi Yamada, Toshiaki Suzuki, Soichi Tamamura, Yukiko Mori, Yosh-ihiko Hidaka, Daisuke Matsuoka, Tatsuya Kinoshita, Shunsuke Noda, Masashi Kitahara, Naoya Fujita, Satoshi Hibino, Kazumoto Iijima, Hiro Kandai Nozu, Kazumoto Iijima, Kandai No Minamikawa, Tomohiko Yamamura, Hiina Nagano, Tomoko Horinouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, Nana Sakakibara, Yuya Aoto, Shinya Ishiko, Ryojiro Tanaka, Kyoko Kanda, Yosuke Inaguma, Yau Hashimura, Tamokoyhir, Yuya Hashimura, Shingo Ishimori, Naos Kihiro Takeshima, Rika Fuji-maru, Hiroaki Ueda, Akira Ashida, Hideki Matsumura, Takuo Kubota, Taichi Kitaoka, Yusuke Okuda, Toshihiro Sawai, Tomoyuki Sakai, Yuko Shima, Taketsugu Hama, Mikiya Fujieda, Takuma, Masayuki Ishi Ithara Shimizu, Koji Nagatani, Shoji Kagami, Maki Urushihara, Yoshitsugu Kaku, Manao Nishimura, Miwa Yoshino, Ken Hatae, Maiko Hinokiyama, Rie Kuroki, Yasufumi Ohtsuka, Masafumi Oka, Shinji Nishimura, Hitos Tadashi Sato Nakazato, Hiroshi Tamura ja Koichi Nakanishi

Korea laste pärilike neeruhaiguste konsortsium

Min Hyun Cho, Tae-Sun Ha, Hae Il Cheong, Hee Gyung Kang, Il-Soo Ha, Ji Hyun Kim, Peong Gangi park, Myung Hyun Cho, Kyoung Hee Han ja Eun Mi Yang

Midwest Pediatric Nephrology Consortium (Nephrotic geneetika

sündroomi uurimisrühm)

Alejandro Quiroga, Asha Moudgil, Blanche Chavers, Charles Kwon, Corinna Bowers, Deb Gipson, Deepa Chand, Donald Jack Weaver, Elizabeth Abraham, Halima Janjua, Jen-Jar Lin, Larry Greenbaum, Mahmoud Kallash, Michelle Rheault, Nilka De Jesus Gonzalez Patrick Brophy, Rasheed Gbadegesin, Shashi Nagaraj, Susan Massengill, Tarak Srivastava, Tray Hunley, Yi Cai, Abiodun Omoloja, Cynthia Silva, Adebowale Adeyemo, Shenal Thalgahagoda, Jameela A. Kari ja Sherif El Desk

NEFROVIIR

Mohammed Abdelhadi, Rachida Akil, Sonia Azib, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Philippe Bensaid, Philippe Blanc, Olivia Boyer, Julie Bucher, Anne Chace, Arnaud Chalvon, Marion Cheminee, Sandrine Chendjou, Patrick Daoud, Georges Deschês, Claire Dos Eliier , Chantal Gagliadone, Vincent Gajdos, Aurélien Galerne, Evelyne Jacqz Aigrain, Lydie Joly Sanchez, Mohamed Khaled, Fatima Khelfaoui, Yacine Laoudi, Anis Larakeb, Tarek Limani, Fouad Mahdi, Alexis Mandelcwaije, Stephan B. Pellego, Alexis Mandelcwaijg, Stephan B Pellego , Isabelle Pharaon, Véronica Roudault, Sébastien Rouget, Marc Saf, Tabassom Simon, Cedric Tahiri, Tim Ulinski ja Férielle Zenkhri

AVALIKUSTAMINE

MGS on saanud konsultatsioonitasusid ettevõttelt Maze Therapeutics. AS on saanud reisitoetust Biofem Pharmaceuticalsilt. GD on saanud nõustamistasusid Chiesilt ja Biocodexilt, loengutasu Alnhylamilt ja reisitoetust Sanofilt. MV on saanud nõustamistasusid firmadelt Achillion Pharmaceuticals ja Gentium-Jass, loengutasu Sanofilt ja toetust Alexion Pharmaceuticalsilt. Kii on saanud Zenyaku Kogyo konsultatsioonitasusid. Kõik teised autorid ei deklareerinud konkureerivaid huve.

TUNNUSTUS

Täname kõiki selles uuringus osalenud patsiente ja nende perekondi ning pr Yoshimi Nozu ja pr Ming Juan Ye tehnilise abi eest. Täname Minoru Nakamurat, Hitoshi Okazakit ja Mika Matsuhashit funktsionaalsete uuringute toetamise eest. Täname J. Ludovic Croxfordi, Ph.D. Edanz Groupist (www.edanzediting.com/ac) selle käsikirja mustandi redigeerimise eest.

GWAS-i avastuse variantide kokkuvõtlikud andmed on saadaval Jaapani riikliku bioteaduste andmebaasi keskuse andmebaasi kaudu (uuringu ID: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs. biosciencedbc.jp/en/hum0126- v2).

Seda tööd toetasid: Jaapani meditsiiniuuringute ja arendustegevuse agentuur (AMED) toetusnumbriga JP17km0405108h0005 Kii, KIs, KN ​​ja KT ning JP17km0405205h0002 ja 18km0405205h0003 KT ja MN; ja Jaapani Teaduse Edendamise Ühing (JSPS) toetusraha alusel teadusuuringutele, mis soodustavad ühist rahvusvahelist uurimistööd (B) 18KK0244, Kii, YH, TH, CN ja KN. Osa sellest uuringust rahastati Euroopa Teadusnõukogu grandist ERC-2012-ADG_20120314 (toetusleping 322947) ja Agence Nationale pours la Recherche "Genetransnephrose" grandist ANR-16-CE{{17} } PR-le. RG-d toetavad riiklikud tervishoiuinstituudid / riiklikud diabeedi- ja seede- ja neeruhaiguste instituudid (NIH/NIDDK) stipendiumid 5R01DK098135 ja 5R01DK094987, Doris Duke'i heategevusfondi kliinilise teadlase arengu auhind 2009, Scholars auhind Health Scientist Award 2009033. MGS-i toetab National Institutes of Healthi stipendium (R01-DK108805). TheNefrootiline sündroomStudy Network Consortium (NEPTUNE; U54-DK-083912) on riikliku tõlketeaduste arendamise keskuse (NCATS) osa. Haruldaste haiguste kliiniliste uuringute võrgustikku (RDCRN) toetati haruldaste haiguste uuringute büroo (ORDR), NCATS ja riikliku diabeedi-, seede- ja neeruhaiguste instituudi koostöö kaudu. RDCRN on ORDER of NCATS algatus. Selle projekti täiendava rahastamise ja/või programmilise toetuse pakkusid Michigani ülikool, NephCure Kidney International ja Halpin Foundation. NEPHROVIRi kohordi toetas programmi 2 stipendiumi Georges Deschênesile

Hospitalier de Recherche Clinique: toetused PHRC 2007-AOM07018 ja PHRC 2011-AOM11002. NEPHROVIRi võrgustikku koordineerivad Robert Debré haigla pediaatriline nefroloogia üksus, Unité de Recherche Clinique de l'Est Parisien ja Délégation de la Recherche Clinique de la Région Ile-de-France. Marina Vivarellit toetas Associazione per la Cura del bambino Nefropatico ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale).

LISAMATERJAL

Täiendav fail (PDF)

Täiendavad märkused. Lapsepõlve idiopaatilise geneetika uurimiskonsortsiumNefrootiline sündroomJaapanis Korea laste pärilike neeruhaiguste konsortsium, Midwest Pediatric Nephrology Consortium (Genetics ofNefrootiline sündroomuuringurühm) ja NEPHROVIRI.

Täiendavad järkjärgulised tingimuslikud analüüsid HLA piirkonnas ja HLA peenkaardistamine.

Täiendavad meetodid.

Tabel S1. NS määratlused.

Tabel S2. GWAS-i avastamise ja rahvusvahelise replikatsiooniuuringu patsientide kliiniline teave.

Tabel S6. Olulised geenikomplektid P väärtustega < 0,05="" pärast="" bonferroni="" korrektsiooni="" magma="" geenikomplekti="">

Tabel S9. Järkjärgulised tingimuslikud analüüsid HLA piirkonnas.

Tabel S10. HLA haplotüübid on märkimisväärselt seotud Jaapani lapsepõlve SSN-idega avastamisetapis, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid. Tabel S11. HLA alleelid on märkimisväärselt seotud Jaapani lapsepõlve SSN-idega avastamisetapis, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid. Tabel S16. HLA-DRB1-DQB1 haplotüüpide seose analüüs lapsepõlve SSN-idega avastamisjärgus, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid. Tabel S19. HLA-ACB-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 haplotüüpide seose analüüs lapsepõlve SSN-idega avastamisetapis, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid.

Tabel S20. HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 ja HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 homosügoodid ning HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 ja HLA-DRB1 heterosügoodid *13:02–DQB1*06:04 avastamisetapis HLA-imputatsiooni abil.

Tabel S21. Pärilikkuse hindamine autosomaalsete variantide abil avastus-jaapani proovikomplektis.

Joonis S1. GWAS-i avastuse põhikomponentide analüüs, kasutades võrdlusmaterjalina HapMap III faasi proove (113 Utah' elanikku, kelle esivanemad on pärit Põhja- ja Lääne-Euroopast [CEU], 113 jorubat Ibadanis [YRI], 84 hani hiinlast Pekingis [CHB] ja {{ 4}} jaapani keel Tokyos [JPT]).

Joonis S2. Avastuse GWAS jõud.

Joonis S3. SNP-de P väärtuste kvantiil-kvantiil (Q-Q) graafik, mis arvutati logistilise regressiooni abil, kohandades sugu ja PC1-4 (987 juhtumit lapsepõlve SSN-idega ja 3206 tervet kontrolli). Joonis S4. Tingimuslik analüüs 19. kromosoomi kandidaatlookuses.

Joonis S5. Tingimuslik analüüs 9. kromosoomi kandidaatlookuses.

Joonis S6. Tingimuslik analüüs 18. kromosoomi kandidaatlookuses.

Joonis S7. NPHS1-KIRREL2 piirkonnas (A) replikatsiooniks valitud 5 SNP asukoht ja annotatsioon.

Joonis S8. MAGMA geenipõhise testi Manhattani graafik. Joonis S9. Järkjärgulised tingimuslikud analüüsid HLA piirkonnas. Joonis S10. SNP-põhise pärilikkuse hindamine Jaapani elanikkonnas.

Joonis S11. NPHS1 alleel-spetsiifilise ekspressiooni skemaatiline diagramm. Nii riski- kui ka riskivabad proovid näitavad sama koguarvu.

Täiendav fail (Excel)

Tabel S3. Variandid, mille P väärtused on < 1e–05="" avastuses="" gwas.="" tabel="" s4.="" replikatsioonikohortide="" võimsus="" kandidaat-snp-de="">

Tabel S5. MAGMA avastamisjärgus lapsepõlve SSN-idega seotud kogu genoomi hõlmavad olulised geenid.

Tabel S7. Geenid, mis sisalduvad MAGMA geenikomplekti analüüsis neljas olulises geenikomplektis.

Tabel S8. Variandid, mille P väärtus on < 0,05="" kandidaatpiirkonnas="" 19.="" kromosoomil="" (36,2–36,6="" mb)="" gtex="" andmebaasis="" ja="" nephqtl="" eqtl="">

Tabel S12. HLA I klassi geenide HLA alleeli assotsiatsioonianalüüsid lapsepõlve SSN-idega avastamise etapis, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid. Tabel S13. HLA II klassi geenide HLA alleeli assotsiatsioonianalüüsid lapsepõlve SSN-idega avastamisjärgus, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid. Tabel S14. HLA-AB haplotüüpide assotsiatsioonianalüüs lapsepõlve SSN-idega avastamise etapis, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid. Tabel S15. HLA-ACB haplotüüpide assotsiatsioonianalüüs lapsepõlve SSN-idega avastamisetapis, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid. Tabel S17. HLA-DRB1-DQB1-DPB1 haplotüüpide seose analüüs lapsepõlve SSN-idega avastamisjärgus, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid.

Tabel S18. HLA-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 haplotüüpide seose analüüs lapsepõlve SSN-idega avastamisjärgus, kasutades HLA-imputatsiooni andmeid.

VIITED

1. Mitte keegi DG, Iijima K, Parekh R. Idiopaatilinenefrootiline sündroomlastel. Lancet. 2018;39:61–74.

2 Chanchlani R, Parekh RS. Etnilised erinevused lapsepõlvesnefrootiline sündroomFrant Pedat.2016a:39.

3 Kikunaga K bhikuaK Terano C et al Idiopaatilise nefrootilise sündroomi kõrge esinemissagedus Ida-Aasia lastel: üleriigiline uuring Jaapanis (JP-SHINE uuring).Clin Exp Nephral.2017;21651-657.

4 Valge RH. Perekondnefrootiline sündroomLA Euroopa uuring. ClnNephral. 19731215-219.