Looduslikult rohketest orgaanilistest ressurssidest on eraldatud arvukalt terapeutilisi ühendeid

Palun võtke ühendustoscar.xiao@wecistanche.comrohkem informatsiooni

Looduslikult rikkalikest orgaanilistest ressurssidest on eraldatud arvukalt terapeutilisi ühendeid, mis võivad pakkuda ökonoomseid ja jätkusuutlikke ühendite allikaid, millel on ohutu ja tõhus bioloogiline toime. Kosmeetikatööstuses otsitakse innukalt vananemisvastase toimega looduslikke ühendeid. Nii valmistasime Rubusfraxinifolius'e lehtedest erinevaid ekstrakte ja kasutasime ensüümide inhibeerimise teste, et eraldada naha vananemise vastu kaitsva toimega ühendeid. Rubus fraxinifolius Poirist eraldati kaks triterpenoidi. lehed. Struktuure iseloomustati spektroskoopiliste analüüsidega (LC-ESI-MS, 1D/2D NMR) ja võrdlusega esitatud andmetega. Ühendid 1 ja 2 määrati kui 2, 3-O-etüleenglükool, 19-hüdroksüurid-12-en-23, 28-dioonhape ja 2,{{15} }O-propaandiool, 19-hüdroksüurid-12-een-28-hape. Metanooliekstrakti ja isolaate hinnati nende elastaasi ja türosinaasi inhibeeriva toime suhtes. Ühendid 1 ja 2 inhibeerisid elastaasi ICso-ga 122,199 ug/ml ja 98,22 ug/ml ning samuti türosinaasi ICso-ga vastavalt 207,79 ug/mL ja 221,51 ug/ml. Molekulaarne dokkimine tõestas, et mõlemal ühendil on afiinsused ensüümide suhtes.

Lisateabe saamiseks klõpsake siin

Kuigi seda on keeruline saavutada, saab inimestele ohutuid looduslikke vananemisvastaseid aineid säästlikult ja säästvalt koguda rikkalikest loodusvaradest. Umbes 700 liiki Rubus (Rosaceae) on levinud kogu maailmas, kuigi troopikas leidub vähe liike. See perekond sisaldab toitaineid (suhkur, vitamiinid jne), sekundaarseid metaboliite (triterpenoidid, flavonoidid, polüfenoolid jne) ja sellel on palju vananemisvastaseid toimeid (antioksüdant, sipelgas elastaas, türosinaas, kollagenaas, UV-vastane, põletikuvastane, haavade paranemine jne)1. Lisaks teatasid Rubuse liigid, et need sisaldavad erineva bioloogilise aktiivsusega erinevaid triterpeene -'.

Indoneesias R. fraxinifolius Poir. (Rosaceae) levib Javas, Borneol jne ning rahvapäraselt tuntakse seda linna nime all.mis on cistancheVeelgi enam, mõned kohalikud talupidajad korjavad neid taimi ja marju tarbitakse tavaliselt kas värskelt või külmutatult. Meie eelmine uuring näitas, et R. frascinifoliuse varreekstrakt pärsib elastaasi, türosinaasi ja on antioksüdant8. Mõned teised uuringud näitasid ka, et R. fraxinifolius'e lehtedel ja viljadel on tugev antioksüdantne toime?10. Kuid R. fraxinifolius'e uuringuid on vähe uuritud ja keemiliste komponentide uuringuid ei ole teatatud.

Cistanche on vananemisvastane toime

Elastaas on seriinproteaasi ensüüm, millel on oluline roll naha kortsude tekkimisel või lõtvumisel naha elastse kiu (elastiini) lagunemise tõttu ja mis põhjustab naha elastsuse kaotust. Üks neist on naha fibroblastidest pärinev elastaas. Seega on elastaasi inhibiitorid kui naha vananemist põhjustava elastiinikiudude lagunemise moderaatorid äratanud tähelepanu kosmeetiliste preparaatide ainetena12. Melanogeneesi vahendab türosinaas ja see reguleerib melaniini biosünteesi kaheetapilise reaktsiooni kaudu. Esimeses etapis hüdroksüülitakse L-türosiin L-3,4-dihüdroksüfenüülalaniiniks (L-DOPA). Teises etapis oksüdeeritakse L-DOPA vastavaks O-kinooniks. Seetõttu kasutatakse kosmeetikatoodetes tavaliselt türosinaasi inhibeeriva toimega looduslikke ühendeid, mis pärsivad melaniiniga hüperpigmentatsiooni ja soodustavad seega naha valgendamist.Vananemisvastane cistancheEnsüümi elastaasi ja türosinaasi inhibiitoreid saab välja töötada nahka valgendavate, vananemisvastaste või kortsudevastaste ainetena dermatoloogiliste häirete raviks44.

Selles uuringus eraldati R.fraxinifoliuse lehtedest ursaani triterpenoidid ja selgitati nende struktuure spektroskoopilistes analüüsides, kasutades elektropihustusionisatsiooni massispektroskoopiat (ESI-MS) ja 'H NMR-i, |3CNMR-i ja 2D-TMR-i (DEPT, HSQC, HMQC ja HMBC). Seejärel teostasime toorekstraktide, fraktsioonide ja eraldatud ühendite elastaasi ja türosinaasi inhibeeriva toime analüüsid.

Selles uuringus vaadeldi ka kahe valitud ühendi aktiivsust läbi in silico meetodi. Molekulaarne dokkimisviis viidi läbi rakendusega DockThorl516. Selles uuringus kasutatud makromolekulid saadi valgu andmepangast (RCSB PDB, 2000) türosinaasi ja elastaasi (vastavalt718) identiteediga 2y9x ja 3hgp. Makromolekulid optimeeriti UCSF-i kimääride molekulaarses dokkimises ja tulemusi. täheldati PyMOL1920-ga.

Tulemused ja arutlus

The ethyl acetate and methanolic extracts of R. fraxinifolius leaves showed potential as elastase inhibitors with percent inhibitory>40 protsenti 100 ug/ml-s, samas kui n-heksaani ekstraktil ei olnud aktiivsust (joonis 1). Mõned Rubus näitasid ka elastaasi inhibeerivat aktiivsust, näiteks R. Sanctus (inhibeerimisprotsent 14.68-49.20 100 ug/mL), R.compactus,R. robustus jne.221. Seetõttu fraktsioneerisime aktiivsed ekstraktid vaakumvedelikkromatograafia / VLC abil ja kogusime igaühest 1 fraktsiooni. Etüülatsetaadi ekstrakti fraktsioonid näitasid nõrka elastaasi inhibeerivat toimet (<20% in="" 100="" ug/ml),but="" some="" methanol="" fractions="" showed="" potential="" activity="" in="" these="" assays.="" we="" choose="" metha-nol="" fraction="" 8(m8)for="" further="" isolation="" because="" it="" hadthe="" largest="" yield(57%)="" and="" also="" have="" elastase="" inhibitory="" activity(44.82%).m8="" was="" further="" partitioned="" and="" purified="" over="" silica="" gel="" and="" through="" a="" sephadex="" column,="" and="" two="" amorphous="" powders="" were="">

Isolaadid identifitseeriti ja iseloomustati vedelikkromatograafia-massispektroskoopia (LCMS), 'H ja 13CNMR, DEPT, heteronukleaarse ühekvantkoherentsi (HSQC), heteronukleaarse mitmekvantkorrelatsiooni (HMQC) ja heteronukleaarse mitmiksideme korrelatsiooni (HMBC) abil. Tabelis 1 on näidatud ühendite NMR spektriandmed.

Ühend 1: eraldati amorfse valge pulbrina. Selle ühendi LCMS-ESI spektrid näitasid molekulaarse iooni piiki m/z juures 543,32[MH]t, mis viitab molekulaarsele valemile C32H48O- koos üheksa küllastumatuse ekvivalendiga. IR-spektrid näitasid neeldumismaksimumeid, mis vastavad hüdroksüülile (3,343,4 cm-l) ja olefiinsed (1,684 cm-1) funktsionaalsed rühmad. Peale selle näitasid ühendi I 'H NMR spektrid metiini prootoni (CH) singlettsignaali väärtusel 2,6, mis on iseloomulik signaal ursane-tüüpi H-18-le. triterpeenid 19-O-asendustega. Triterpeeni tüüpi 19a-hüdroksü-ursaanil on ka tüüpiline prootonisignaal piirkonnas, mis on umbes 2,6 ppm. See varjestamata signaal võib märkimisväärselt erineda teistest ordinaalI metüleenprootoni signaalidest, iseloomuliku nihkega olefiinse prootoni (H12) tõttu 5,28 (t, J=6 Hz) juures.cistanche benefíciosTäielikku ja ühemõttelist H ja l3C keemilise nihke määramist aitasid HMQC(13Cx'H) ja HMBC(15Cx'H) spektrid. HMBC ristpiigist kinnitati, et prooton ou 2,60 on H{ {5}}(joonis 2a). Viie metüülsingli jaoks leiti muid spetsiifilisi märke väärtusega 1,89,1.02,0,82,1,32,1,20 (igaüks, H24-27;29), metüüldublett og 0,92 (d, J=6 Hz) ja olefiinsete prootonite signaali sagedusel 5,30 (t, J=7 Hz, H-12). Praegused13CNMR-spektrid näitavad 32 süsiniku resonantsi ning DEPT ja HMQC spektritega kaks karbonüülsüsinikku (δC183,70,C-28 ja 8-178.96,C-23), olefiinne süsinik. temperatuuril oc 127,23,C-12,olefiinne kvaternaarne süsinik (oc139,49,C-13),hapnikku kandev kvaternaarne süsinik （o-72.7, C-19 ）, kümme alifaatset metüleeni ja kuus metüülsüsinikku. Kaks olefiinset süsinikku δ-127,23 (C-12) ja 139,49 (C-13) juures olid iseloomulikud ursaan-triterpenoidi tüübile. Teine signaal näitas etüleenglükooli (-OCH-CH-O-) olemasolu signaalide juures δ4,62（d, J=11,5 Hz）, 4,05（d, J=11. 5 Hz）, 3,52（d, J=11,5 Hz） ja 4,06（d, J=11,5 Hz） ning toetatud δ61,27（t） ja 63,20（t）. See asus C-2ja C-3 põhineb kaugkorrelatsiooni olemasolul HMBC spektrites. Seetõttu tuvastati ühend 1 kui 2,3-O-etüleenglükool,19-hüdroksüurid-12-en-23,28-dioonhape (joonis 3a).

Ühend 2: saadi valge amorfse pulbrina. MS-ESI m/z 527,33 [MH]t (arvutatud 528,3815 jaoks). LCMS-ESI spektrites on molekuliooni piik m/z 527,33 [MH]t juures, mis näitab molekulaarset valemit CH Os, mis nõudis 8 küllastamatuse kraadi." IR-spekter sisaldas neeldumismaksimume, mis vastas hüdroksüülile (2927,8 cm{). {15}}) ja olefiinsed (1686 cm-1) funktsionaalrühmad. Peale selle näitasid ühendi 2 HNMR spektrid singletti väärtusel 2,42, mis on iseloomulik ursaani tüüpi triterpeeni H18-le koos {{24 }}O-asendus.Cistanche ekstrakti kiirgusvastane toimeTeised spetsiifilised iseloomulikud spektrid hõlmasid kuue metüülsingleti olemasolu og1 juures.22 0.76, 0.97, 0.69, 1.30ja 1.17(iga,H -24-28,H-30), metüüldublett sagedusel 0,91 (d, J=7Hz) ja olefiinse prootoni signaal ou 5,37 (d, J=7 Hz, H-12). Vastav l3 (CNMR ja DEPT spektrid näitavad 33 süsiniku resonantsi ning HSQC ja HMQC spektrid näitavad karbonüülsüsiniku (oc 182,23, C-28), olefiinse süsiniku olemasolu （δ-129.36, C -12）, olefiinne kvaternaarne süsinik （δ-140.24, C-13）, hapnikku kandev kvaternaarne süsinik (oc73,68, C-19), üksteist alifaatset metüleen ja seitse metüülsüsinikku. Need andmed näitasid, et ühendil 2 on ursaan-triterpenoidskelett. Teised signaalid näitavad 1,3-propaandiooli funktsionaalrühma olemasolu, og 3,22 (d, J=11 0,5 Hz), 3,42 (d, J=10,5 Hz), 1,38 (m), 1,51 (m) ja 4,02 (d, J=11,5 Hz) ja 3,36 (t, J{ {57}},5 Hz). Selle funktsionaalrühmal on pikamaa korrelatsioon C2-C3-ga. Nende tulemuste põhjal tuvastati ühend 2 kui 2,3-O-propaandiool,{{ 66}}hüdroksüurid-12-en-28-ohape (joonised 2b ja 3b). Sarnane ühend on Rubus xanthocarpus.7-st eraldatud 2,3-O-isopropülideen piinav hape.

Tabelis 1 võrreldi kõiki 'H- ja 'C NMR-spektreid piinahappega (TA/2a,3a, 19-trihüdroksü-12-ursen-28-oic acid）²), mis on Ursaani triterpenoid, mida on leitud mitmest Rubuse liigist-p Tormentiinhappel oli tugevaid sarnasusi ühenditega 1 ja 2, välja arvatud see, et C-23 ja C31-33-ga seotud keemilised nihked erinesid. See osa leidis kinnitust ka DEPT, HMQC ja HMBC katsed (joonis 2).

Triterpenoidi piinav hape on laialdaselt levinud looduslikes taimsetes toitudes. Sellel on mitmesugused bioaktiivsused: hüpoglükeemiline toime, põletikuvastased ja aterogeensed omadused vähendavad veresoonte silelihasrakkude proliferatsiooni ning antiproliferatiivne toime neeru-, eesnäärme- ja melanoomivähi rakuliinides2426. Seetõttu, kuna neil ühenditel on sama luustik, ei ole neil võimalik sobivat potentsiaalset toimet.

Joonis fig 4 kujutab isolaatide elastaasi ja türosinaasi inhibeerivat aktiivsust. In vitro ensüümi inhibeerimise analüüsidest saadud andmed väljendati standardhälbena (SD). Ühendid 1 ja 2 inhibeerisid elastaasi ICso 122,199 ja 98,22 ug/ml ning samuti türosinaasi ICso 207,79 ja 221,51 ug/mL võrra. Mõned pentatsüklilised triterpenoidid (ursoolhape ja oleanoolhape) teatasid, et neil on elastaasi inhibeeriv toime2728. Samuti on ühendi 2 elastaasi inhibeerimise väärtus madalam kui ühendil 1. Mõlemal ühendil oli väiksem inhibeerimisaktiivsus kui positiivse kontrolli oleanoolhappel, mille ICso väärtus oli 90,39 ug/ml. Kokkuleppel näitasid varasemad uuringud oleanoolhappe ICso väärtust 76,5 ug/ml ja ursoolhappe ICso väärtust 31,0 ug/ml28. Varem teatatud pentatsükliliste triterpeenide kineetilised analüüsid näitasid, et need ühendid inhibeerivad konkureerivalt ja pöörduvalt neutrofiilide elastaasi. Samas uuringus näitasid molekulaarse dokkimiskatsed, et molekulaarne karkassosa 28-COOH ja kaksiksidemed pentatsüklilistes triterpeenides on nende inhibeeriva toime jaoks olulised.

Üks vanuse kasvades esilekerkivaid probleeme on hüperpigmentatsioon.cistanche herbaSeetõttu otsitakse pidevalt nahka valgustavaid aineid või uut depigmentatsiooni. Türosinaasi supressioon võib toimida melanogeneesi vastu. Nagu on näidatud joonisel 4, näitas metanooliekstrakt ja ühendid I ja 2 mõõdukat aktiivsust türosinaasi inhibiitoritena.

Selles uuringus kasutati molekulaarset dokkimist ka valitud ühendite sihtmärkidena türosinaasi ja elastaasiga seondumise aktiivsuse analüüsimiseks. Kasutatud kristallstruktuurid olid 2Y9X, Agaricus bisporus'e türosinaasi kristallstruktuur koos inhibiitori tropolooniga; ja BHGP, sigade pankrease elastaasi kristallstruktuur, mis on kompleksis tugeva peptidüüli inhibiitoriga FR130180. Mõlemad valiti välja, kuna need saadi samast organismist, mida kasutati selle uuringu in vitro testis. Makromolekulid on samuti seotud nende vastavate inhibiitoritega, nii et on võimalik saada ensüümi konformatsioonide aktiivne olek. Kokristalle kasutati molekulaarse dokkimisobjekti keskpunktina, et kitsendada ühendi sidumise tõenäosust, et punktisüsteem muutuks tõhusamaks.

Molekulaarse dokkimise põhjal saadi mõlema ühendi keskmised seondumisafiinsused, nagu on näidatud joonistel 5 ja 6. Afiinsuse ennustust kasutatakse erinevate ligandide järjestamiseks, võttes arvesse iga ühendi ülemist energiapositsiooni. Parema energiapositsiooni prognoosi näitab madalamad seondumisafiinsuse skoorid16. Määratud inhibiitori tropolooni dokkimine viidi läbi keskmise seondumisafiinsusega -7,41 kcal/mol. Ühendite 1 ja 2 keskmine seondumisafiinsus türosinaasiga oli vastavalt -7,84 kcal/mol ja -8,37 kcal/mol (tabel 2). Eeldati, et mõlemal ühendil on parem afiinsus kui inhibiitoril.

Samal ajal oli elastase katte keskmine sidumisafiinsus -7,84 kcal/mol. Ühendite 1 ja 2 keskmine seondumisafiinsus elastaasi suhtes oli vastavalt -7,58 kcal/mol ja -8,06 kcal/mol. Kuigi tulemus näitas, et ühendil 1 on madalam afiinsus kui kokristallil, on see veidi erinev (<0.5 kcal/mol)compared="" to="" the="" inhibitor="" used="" hence="" the="" scores="" may="" ovelrlap31.="" these="" scores="" showed="" that="" both="" compounds="" were="" predicted="" to="" have="" affinities="" toward="" the="" enzymes,="" which="" is="" in="" conjunction="" with="" the="" in="" vitro="" assay="">

meetodid

Üldised eksperimentaalsed protseduurid. 'H ja ' NMR spektrid registreeriti 500 MHz juures, kasutades seadet JEOL JNM-ECZ500R/S1. Infrapuna (IR) spektrid mõõdeti FTIR, IRPrestige-21, Shimadzu abil. Teised analüüsid viidi läbi, kasutades Waters UPLC-MIS XEVO G2-XS QTof instrumenti, VersaMax Microplate lugejat ja BioTek ELX800 Microplate Reader, lore-kattega alumiiniumlehti TLC-Silica gel 60 GF254 (Merck, Darmstadt, Saksamaa). , kolonnkromatograafia (CC) viidi läbi, kasutades silikageeli 60 (Merck, Darmstadt, Saksamaa) avatud kromatograafia jaoks 70-230 ja vaakumkromatograafia jaoks 230-400 võrgusilmaga. Taimsed materjalid. R. fraxinifoliuse lehed koguti 2018. aasta detsembris 2018. aasta detsembris Lääne-Jaava osariigis Pangrango mäel asuvalt istandusalalt. Isendi tuvastas Indoneesia Instituudi bioloogia uurimiskeskuse botaanik (dr. Joni Setijo). Sciences, Indoneesia, näidise numbriga 033/IPH.1.01/If.07. Taimse materjali kogumine oli saanud põllumehelt loa ning järgis institutsionaalseid eeskirju ja juhiseid.

Ekstraheerimine ja isoleerimine. Õhukuivatatud pulbrilised lehed (2300 g) ekstraheeriti vastavate ekstraktide saamiseks Soxhleti aparaadiga gradientlahustiga (n-heksaan, EtOAc ja MeOH), seejärel aurustati rootoraurustis. ja vaakum ahi. Metanooliekstrakt (291 g) ja etüülatsetaadi ekstrakt (65 g) adsorbeeriti silikageelil ja viidi läbi vaakumvedelikkromatograafia/VLC, elueerides etapiviisilise EtOAc:MeOH (1:0 kuni 0:1) gradiendiga. toota iga ekstrakti jaoks fraktsioone (Eal-Hall ja M{10}}Mill and). Sarnased fraktsioonid, millel oli TLC-s vanilliini väävelhappe reagentidega positiivne reaktsioon, ühendati. Fraktsiooni saagis: Eal-3 (2,27 g);Ea4-6(8,47 g);Ea7-8(12,9 g);Ea9-11 (22,3 g); ja M1-3 (4,89 g);M4-5 (5,1 g);M6-7 (6,02 g); M8 (166,42 g); M9 (10,53 g); M{{38 }}(2,9g).Kõik fraktsioonid esitati inhibiitori elastaasi aktiivsuse määramiseks, Fr. M8 andis suurima saagi ja oli tugeva aktiivsusega. Fr. M8 jaotamine järjestikku CC-ga silikageelil (eluent CH2Cl2/MeOH astmelise gradiendiga) ja puhastamine Sephadex LH-20 kolonniga (elueerides CHCl3-MeOH 100:10, maht/maht. Kaks fraktsiooni näitasid tahket olemust ja kristalliseeriti kloroformi ja metanooliga, saades kaks isolaati: ühend 1 (18 mg) ja: 2 (31 mg). Kõikide isolaatide puhtust hinnati kahemõõtmelise TLC abil ja täpi visualiseerimisel 5% väävelhappega. hape metanoolis, millele järgneb plaatide kuumutamine 110 kraadi juures 5 minutit.

Kristallide identifitseerimiseks ja iseloomustamiseks kasutati vedelikkromatograafia-massispektroskoopiat (LCMS), LH ja '3C moonutuste suurendamist polarisatsiooniülekande (DEPT) NMR, heteronukleaarse üksikkvantkoherentsi (HSQC), heteronukleaarse mitmikkvantkorrelatsiooni (HMQC) ja heteronukleaarse mitmike abil. sidekorrelatsioon (HMBC).

Elastaasi inhibeerimise test. Elastaasi inhibeerimise test viidi läbi nii, nagu eelnevalt kirjeldatud, mõningate muudatustega32. Lühidalt, Nunc-96 süvendiga mikrotiiterplaatidel 20-μL alikvoodid 0.8-ühikut/ml PPE Trizma kraadi baaspuhvris (pH 8.0 ) segati 20- μL proovidega ja segud lahjendati seejärel Trizma kraadi aluspuhvris 180 μL-ni. Testekstrakte eelinkubeeriti ensüümiga 15 minutit ja lisati 20-μL substraadi N-suktsinüül-Ala-Ala-Ala-p-nitroaniliidi (A3PVN; 2,9 mM) alikvoodid ja inkubeeriti veel 15 minutit. Positiivne kontroll ja tühjad süvendid sisaldasid vastavalt oleanoolhapet ja vett. Katsed viidi läbi kolmes korduses ja inhibeerimise määrad määrati vastavalt neeldumisele; 401 nm juures, kasutades VersaMaxi mikroplaadilugejat. Inhibeerimise protsent arvutati järgmise võrrandi abil:

kus Ei on ensüümi reaktsiooni neeldumine, Eb on ensüümi pimekatse neeldumine, T on uuritava proovi neeldumine ja Tb on katsepimekatse neeldumine. väärtused määrati ka elastaasi inhibeerimise protsendi ja kontsentratsiooni (50,75,100,125,150 ug/mL) lineaarse graafiku alusel. Türosinaasi inhibeerimise test. Türosinaasi inhibeerimine määrati DOPA-kroomi moodustumise meetodi abil, nagu eelnevalt kirjeldatud väikeste modifikatsioonidega13. Lühidalt, 96-süvendplaatidel segati erineva kontsentratsiooniga DMSO (kontroll) või testühendite 20 μl alikvoodid 30 U/mL seene türosinaasi (Sigma Aldrich) ja {{11} μL 40 μL alikvoodiga. 0.{13}}M fosfaatpuhver (pH 6,8). Neid eelinkubeeriti 10 minutit toatemperatuuril. Reaktsioonid käivitati, lisades igasse süvendisse 10 mML-DOPA alikvoodid 4 μL ja inkubeerides 37 kraadi juures 20 minutit. Seejärel määrati türosinaasi aktiivsus, mõõtes neeldumist lainepikkusel 475 nm. Positiivse kontrollina kasutati kojichapet. Katsed viidi läbi kolmes eksemplaris. Türosinaasi inhibeerimise protsent arvutati järgmise võrrandi abil:

kus E on ensüümreaktsiooni neeldumine, Eb on ensüümi pimekatse neeldumine, T on uuritava proovi neeldumine ja Tb on katsepimekatse neeldumine. väärtused määrati ka elastaasi inhibeerimise protsendi ja kontsentratsiooni (250,125,62,5,31,25,15,6 ug/ml) lineaarse graafiku alusel.

Molekulaarne dokkimine. Selles uuringus ennustati in silico farmakoloogilist aktiivsust molekulaarse dokkimisega, kasutades arsti. Suunatud molekulaarne dokkimine viidi läbi, kasutades aktiivse saidi keskpunktina kokristalliseeritud ligandit. Struktuuri 2Y9X kasutati türosinaasi molekulaarseks dokkimiseks koos tropolooniga, mis on seente türosinaasi inhibiitor, selle kokristallina. Molekulaarse dokkimiskoha keskpunkt on defineeritud vastavalt X-, Y- ja Z-mõõtmetena -10.032;-28.769 ja -43.467. Ahel A eraldati kasutamiseks ja holmiumi aatom eemaldati struktuurist UCSF Chimera abil.

Selles uurimistöös kasutati ka 3HGP struktuuri, sea elastaasi. FR130180, kuna kokristalli kasutati molekulaarse dokkimiskoha keskpunktina. Koordinaadid olid vastavalt 12,453,9,237 ja 1,199 mõõtmete X,Y,Z jaoks. Seondumisafiinsust analüüsiti iga molekulaarse dokkimisarvutuse kümne parima konformeeriga.

See artikkel on välja võetud saidist Scientifc Reports|(2021) 11:20452|https://doi.org/10.1038/s41598-021-99970-x