Multifaktoriaalne seroproiling lahkab olemasolevate inimese koroonaviiruste panust SARS-CoV-2 immuunsusele (2. osa)

Lisateabe saamiseks võtke palun ühendustdavid.wan@wecistanche.com

Resolutsioon kohta ajaline antikeha dünaamika kõrval ABCORA ser-oprofimolva.  Rist-läbilõikelineanalüüs kohta antikehade reaktiivsus pärast SARS-CoV-2RT-P diagnoosimineCR (N = 369) japärast algust kohtasümptomid (N = 333) alla joonitud a mahutavus kohta ABCORA ser- oprofiLing SARS-CoV alguse, haripunkti ja kahanemise lahkamiseks-2 antikeha vastuseid (Joonis fig. 5a, b, täiendav joonis 11). Üksikisikute puhul koos a teatud kuupäeva kohta fiesimene SARS-CoV-2 RT-PCR diagnoos või sümptomite ilmnemist, tuvastab ABCORA 2.3toim vara serokonvert-sion sisse 98 protsenti (48kohta 49) ja100 protsenti (9kohta 9) kohta üksikisikud sees7 päevadel pärast RT-PCR-i ja sümptomite ilmnemist. Pealegi IgM ja IgA reaktsioonivõime, IgG vastused olid kergesti tuvastatavad ABCORA 2.0 pärast mõnepäevast nakatumist (SupplementaarneJoonis fig. 11a).

Kohordi pikisuunaline hindaminekohta taastuv patsiendid ülesjuurde  11  kuud pärast nakatumist (251 mõõtmist 120 patsiendid)  esile tõstetudaajalinedünaamikakohta SARS-CoV-2 siduvad antikehad. Hindasime lagunemist of siduv reaktsioonivõime tööle võtmine avõimuseadus segamudelit ja tuvastas olulise redutegevust sisse RBD, S1, ja N sisse kõik Ig alatüübid (Joonis fig. 5b) koospoolestusajad ulatus alates 67 juurde 404 päeva, kusjuures IgG N tiitrid vähenevad kiireim,sisseridakooseelmine   aruanded10.   Pool-elusidkohtaa neutraalneisatsiooni asjakohane IgG vastuseid juurde RBD ja S1 olid 125 ja vastavalt 404 päeva. Huvitaval kombel neutraliseerimise kineetika antikehad tegid mitte peegel a lagunemine määrad täheldatud seondumise suhtes antikehad. Neutraliseerimisaktiivsus vähenes ülell juures a aeglasemaltmäära, koos a pool-eluiga 991 päeva (joon.5c). See oli osaliselt tingitud asegatudreaktsioonivõimemusterkoosmõnedüksikisikudnäitamineansuurendama sisse neutraliseerimine tegevust postitus positiivne SARS-CoV-2 RT- PCR5, samas kui neutraliseerimisaktiivsus teistes vähenes kiiresti (Täiendav joonis 11c).

Efektid kohta HCV puutumatus peal SARS-CoV-2 omandamine. To

võimaldada uurida olemasolevate liikide omavahelisi sõltuvusing immühtsus juurde HCoV ja SARS-CoV-2 infektsioon, meie laiendatud aABCORA rant antigeen massiivi juurde sisaldama S1 valgud kohta kõik neli ringlevat  HCoV-d  (HCV-NL63,  HCV-229E, HCV-HKU1,HCV-OC43) (Sutäiendav Joonis fig. 12a). Vastavalt juurde sellemahutavus juurde ekraan antikehad juurde five koroonaviirused, meie nimetatakse analüüs ABCORA 5.0 ja koolitatud ja kinnitatud seda peal a samakohordid nagu ABCORA 2.0 (Joonis fig. 1). Et võimaldada otsest võrdlust ABCORA 2.0 jaakasutada neutraliseerimise ennustusmudelitest mekasutatud a künnis-/ABCORA 2 SOC-põhised analüüsiseaded.{2}} samuti jaoks ABCORA 5.0. Põhineb peal ABCORA 5.{1}} mõõtmised koolitust kohordid I–III, meie välja mõeldud kaks juhuslik metsa-põhinev analüüs mudelid. ANCORA 5.4 kaasatud ainult a 12 SARS-CoV-2 parameetrid ja ABCORA 5.5 hõlmavadd sisselisamine a  S1  HCoV mõõdud lisades kokku kuni 24 parameetrit. Analoogiliselt sellegaABCORA 2.3, inkorporeerimine kohta HCV reaktsioonivõime sisse a mudeloli soodne. ANCORA 5.5 andis kõrgeima tundlikkuse jaspecifilinn seas a analüüs algoritmid sondeeritud ABCORA 5.0 (Täiendav joonis 12b, täiendav tabel 10).

Vastastikused sõltuvusedantikeha  reaktsioonivõime  juurde  a  neli HCoV-d ja SARS-CoV-2 peegeldatud mida meie varem täheldatud

jaoks HKU1 koos a eriti kõrge korrelatsioon kohta IgM reaktsioonivõime kohta

SARS-CoV-2 ja HCoV-d sisse eel-pandeemia üksikisikud, eriti sisseneedkooshiljutine  HCV  infektsioon  (Täiendavjoonis 13). HCV-nakkused on sagedased, kuid sõltuvad hooajalisusestjaalevimus kohta individuaalne HCV infektsioonid kõigub41,42. Järjekorras koos sellega ABCORA poolt mõõdetud HCV vastuste levimus 5.0 sisse kohalik veri annetajad sisse jaanuaril 2019 (N = 285), mai  2019   (N=288) ja jaanuar 2020 (N=252) varieerusidoluliselt  (Joonis fig. 6). To lubada a aega-kontrollitud võrdlus HCV reaktsioonivõime vahel SARS-CoV-2-nakatunud ja terved doonorid, meie sõelutud veri annetajad alates mai 2020  (N = 672), millal SARS-CoV-2 levimus oli hinnanguliselt alla 2 protsendi Zürichis, Šveits43, kõrval ABCORA 2.{{0}}/5.0 ja välistas kõik näidised koos SARS-CoV-2 reaktsioonivõime. The jääk mai 2020kohort (N=653)moodustatud a pandeemia, terved doonor kontroll Grupp. Huvitaval kombelHCV reaktiivsusmustrid aastatel 2019 ja 2020, erinevustuletatud oluliselt nagu hinnatud kõrval üks-tee ANOVA, jaanuaril 2020 näidataksesuhteliselt madalaim ja mai 2020 a kõrgeim IgA ja IgGreaktivsuse, mis võib näidata a hiljem algusega kohta an HCV epideemia aastal 2020 võrreldes 2019. aastaga (2020. aasta mai t-testid versus muud rühmad skuidas sisse Joonis fig. 6).

Mis kõige intrigeerivam, ajaga sobitatud analüüs comlõikamine mai2020. aasta terved doonorid, kellel on SARS-CoV-2-positiivsete patsientide proovltoimseespril, mai, ja juunini 2020 (N = 65) paljastatud signifivalusalt madalamHCV reaktsioonivõime sisse SARS-CoV-2 positiivne patsiendid (Joonis fig. 7a). See muster oli samuti ilmne millal meie laiendas analüüsi, et hõlmata atäiskohortkohta SARS-CoV-2  mõõdetud nakatunud isikuidkoos  ABCORA  5.0 (N=389, proovid 2020. aasta märtsist kuniveebruar  2021,  Täiendav  Joonis fig. 14). Üldiselt need tulemused sissedikeeritud et eel-olemasolevaid immuunne vastuseid juurde HCoV-d võib juurde a teatud määral kaitsevad SARS-CoV-2 nakkuse eestipeal.

Cistanche kohta lisateabe saamiseks klõpsake siin

Joonis fig. 5 Järelevalve ajaline evolutsioon kohta antikeha vastuseid. an ABCORA 2.3 määratlus kohta seropositiivsus sisse annetajad koos positiivne RT-PCR kinnitatud SARS- CoV-2 nakkus ja teadaolev RT-PCR kuupäev (N = 369). Seropositiivsus hinnangumbes plasma proovide võtmine aega punktpärast diagnoosimist on kujutatud. Hall varjutatud ala esiletõstmised a esiteks seitse päevadel aastast positiivne RT-PCR märkamine. bVõimuseadus mudel, koos aega aastast RT-PCR nagu fikseeritud mõju ja individuaalne juhusliku efektina, hinnanguline a lagunemine kohta antikehade sidumisaktiivsus põhineb ABCORA 2.{1}} mõõtmisel 1–4 pikisuunalisel ajapunktil 120 isikul kokku251 mõõtnts. Lilla read vastama juurde a modelli oma hinnang jalillaka varjundiga alad juurde a95 protsentienesekindlus intervallidega. Antikeha pool-elusid (t1/2 päevade jooksul) alates märkimisväärne mudelid on kujutatud. Tähtsus oli hinnatud kasutades Satterthwaite lähendamine jaoks a kaks-küljega t-katsetada peal a kalle parameetrid. c Võimuseadus mudel, koos aega aastast RT-PCR nagu fikseeritud mõju ja individuaalne nagu a juhuslik mõju, hinnanguline a lagunemine kohta neutraliseerivad mahutavus peal 251mõõdud alates 120 üksikisikud. Ainult üksikisikud koos NT50 > 100juures nende esiteks mõõtmine olid kasutatud juurde hinnang a pool-elu. The lilla rida vastab juurde a mudel hinnang ja a lilla varjutatud ala juurde a95 protsentienesekindlus intervallidega. Tähtsus oli hinnatud kasutades Satterthwaite'i lähendus jaoks a kaks-küljega t-katsetada peal a kalle parameetrid.

Joonis fig. 6 Hooajaline ja iga-aastane fltõstmine sisse HCV reaktsioonivõime. Reaktiivsus juurde inimene koroonaviirused (HCV-NL63, HCV-229E, HCV-HKU1, HCV-OC43)oli võrreldes kõrval ABCORA 5.0. Reaktiivsus sisse terved veri annetajad alates 2019 ja 2020 oli võrreldes. Pre-pandeemia proovid kaasatud: jaanuaril 2019 (N = 285), mai 2019 (N = 288), jaanuaril 2020 (N = 252). Näidised alates mai 2020 (N = 672) olid tasakaalukas ajal a pandeemia sisse Šveits. Ainult näidised ilma SARS-CoV-2 spetsiifiline reaktsioonivõime nagu määratletud kõrval ABCORA olid kaasatud (N = 653). Tähed vastama juurde tasemed kohta tähtsus kohta kaks-külgne t-testid võrdlemine a näidatud rühmad. Tasemed kohta tähtsus on parandatud kõrval a Bonferroni meetod jaoks mitmekordne testimine ja näidatud nagu järgneb:        *p< 0.05/36, **p < 0.01/36,="">p< 0.001/36.Boxplots esindama a järgnev: mediaan koos a keskel rida, ülemine ja madalam kvartiilid koos a kasti piirid, 1.5x interkvartiil vahemikud koos a vurrud, ja kõrvalekalded koos punktid.

Efektid kohta  HCV  puutumatus sisse  SARS-CoV-2  infektsioon.  To

uurige edasi vastastikust sõltuvust HCV immuunsusegaxtuuritud kas HCV vastuseid on lingitud evolutsioonilekohta SARS-CoV-2 antikehad. To see lõpuks analüüsisime antikehi204 proovist võetud isiku plasma vastusedsisse 60 päeva pärast SARS-CoV-d-2diagnoosimine lineaarse regressioonimudeli abil kohandatud vanuse, soo ja positiivse RT-PCR ja HCV järgse aja järgireaktsioonivõime. To kihistada HCoV reaktsioonivõime sisse kõrge ja madal HCoV aktiivsus, mediaanlogi MFI-VASTANE olid defined jaoks iga HCV jaantikehaklass. LogMFI-FOE kõrgem kui vastavmediaan vähemaltt kolm HCoV-d (HKU1, OC43, NL63, või 229E) konkreetses täpsustusesc Ig klass olid järjestatud nagu millel kõrge HCV tegevustselle klassi sees. Esiteks ainult reaktiivsused sama antibodyklass were uuritud sisse a mudel (i.e., HCV IgG kõrge peal SARS- CoV-2 IgG-d). Märkasime eranditllytugevvastastikused sõltuvused jaoks IgA ja IgM vastuseid SARS-CoV-le-2, miskõikolidsignifivalusaltkõrgemalesisseüksikisikudkooskõrge HCVreaktsioonivõime (Joonis fig. 7b). See viitab kindlalt olemasolevale HCV-le puutumatus võib pakkudae an eelis sisse paigaldus SARS-CoV-2 vastuseid.HCV IgG ja SARSi vastastikused sõltuvused CoV-2  spetsiifilist IgG-d täheldati ainult S2 vastuse puhul. Huvitaval kombel toetab seda leidu HCV S2 helper vastuseidolid hiljuti leitud juurde hoogustada SARS-CoV-2 puutumatus, sisseeriti S2 antikehade aktiivsus31. Uurimaks, kas SARS-CoV-2 IgG võibehitada peal hiljutine HCV IgA ja IgM vastuseid meie järgmiseks sondeeritudkas HCV IgM ja IgA on seotud elevateeritud SARS-CoV-2 specific  IgGtasemed.Kuigi IgM-i puhul ei ilmnenud mingit mõju, me märkinudifiei saa assotsiatsioon kohta kõrge HCV IgA tegevust pealkõiknelimõõdetud  SARS-CoV-2  vastuseid  (Joonis fig.  7c,  d). See soovitab tungivaltethiljutine  HCV  infektsioon ona beneficial mõju SARS-CoV-2 antikeha vastuseleses.

sisse a järgmiseks analüüs, meie sondeeritud kui eel-olemasolevaid HCV puutumatuson an mõju COVID-i haiguse tõsidusele{0}}. Selleks mesondeeritud HCoV puutumatus sisse 80 haiglaravil ja haiglataüksikisikud nakatunud jaoks vähem kui 30 päeva (joon.8a). Kontrollimine eest vanuse ja soo järgi leidsime, et isikud, kellel on high eel-olemasolevaid HCV reaktiivsus oli olulinesipelgasmadalam  DDSjuurdenõudahaiglaravi  (logistilineregressioon  VÕI = 0.16, 95 protsenti CI (0.04, 0.67), joon.8b, täiendav joonis 15). Edasine stratifikatioon kohtappatsiendid kõrval kas nad nõutud ravi juures an ICU näitas a vähendas tõenäosust, et patsientts koos kõrge HCoV vastuseks nõutavad määrad haiglaravi koos intensiivne hoolitseda (järguline regressioonVÕI {{0}},36, 95 protsenti CI (0. 13, 0,96), joon.8b, täiendavFig. 15). Seega, üksikisikud koos kõrge HCoV tasemed oli a 64 protsenti vähendas koefitsiente haiglaravi vajamisest vastavalt võidinal koht regressioonianalüüs võrdlemine haiglasse sattunud sisse regulaarne hoolealused, sisse ICU, jamittehospitaliseerimad üksikisikud   (Joonis fig.  8a,  b).   Kollektiivselt,  need tähelepanekud viitavad kindlalt ristkaitseefektileof HCVimmuunsus SARS-i vastase immuunkaitse kujundamiselCoV-2.

Joonis fig. 7 Efektid kohta eel-olemasolevaid HCV puutumatus ajal SARS-CoV-2 omandamine. a Aeg-sobitatud võrdlus kohta ABCORA 5.0 reaktsioonivõime jaoks SARS-CoV-2ja HCoV-d sisse terved ja SARS-CoV-2 nakatunud üksikisikud. Terve annetajad olid proovid sisse mai 2020 (N = 653; sinine). Plasma alates SARS-CoV-2     nakatunud isiks oli tasakaalukas vahel aprill–juunini 2020 (N = 65; punane). Vaata Täiendav Joonis fig. 14 jaoksananalüüs kohta a täis SARS-CoV-2 positiivne kohort(N = 389). Hall kastid näidata väärtused eespool a individuaalne MFI-VASTANE lõigatud-offs jaoks SARS-CoV-2 spetsiifiline vastuseid jaoks iga antigeen. Tähed vastama tasemetele kohta tähtsus kohta kaks-küljega t-testid võrdlemine negatiivne versus positiivne patsiendid. Tasemed kohta tähtsus on parandatud kõrval a Bonferroni meetod mitme jaoks testimine ja näidatud nagu järgneb: *p< 0.05/12, **p< 0.01/12, ***p< 0.001/12 (IgG HKU1: p = 0.66, IgG OC43: p = 0.45, IgG NL63: p=3.3 × 10−04, IgG 229E: p = 1.6 × 10−05, IgA HKU1: p=1,8 × 10−03, IgA OC43: p=1,3 × 10−05, IgA NL63: p=1,4 × 10−07, IgA 229E: p=3.0 × 10−05, IgM HKU1: lk = 3.3 × 10−08, IgM OC43: p = 4.3 × 10−03, IgM NL63: p = 1.1 × 10−07, IgM 229E: p = 2.7 × 10−02). Boxplots esindama a järgnev: mediaan koos keskel rida, ülemine ja madalam kvartiilid koos a kasti piirid, 1.5x interkvartiil vahemikud koos a vurrud, ja kõrvalekalded koos punktid. b Lineaarne regressioon mudelid näitavad a assotsiatsioon vahel SARS-CoV-2 ja HCV signaale sisse 204 SARS-CoV-2 positiivne patsiendid koos teatud kuupäevad kohta esmalt positiivne RT-PCR tuvastamine. Mõjutused sees a sama antikeha klass on uuritud. The mudelid olid kohandatud peal vanus (splain koos 3 kraadid kohta vabadust), sugu, ajast alates positiivne RT-PCR (splain koos 3 kraadid kohta vabadust), ja tasemel kohta HCoV reaktsioonivõime. Näidised on disainitud juurde sadam kõrge HCV reaktsioonivõime kui nad näita ABCORA 5.0 HCVlogi MFI-VASTANE väärtused kõrgemale kui a vastav mediaan sisse juures vähemalt 3 HCoV mõõdud (HKU1, OC43, NL63, või 229E). Kõverad vastavad juurde a modelli oma hinnang ja varjutatud alad juurde a95 protsentienesekindlus intervallidega. p-väärtused olid saadud kõrval jooksmine a kaks-küljega Üliõpilane t-katsetada peal parameeter seotud koos HCV reaktsioonivõime sisse a lineaarne regressioon. c Lineaarne regressioon mudel näitamine a assotsiatsioon vahel SARS-CoV-2 IgG ja HCV IgA signaale. Kurvid vastama juurde a modelli oma hinnang ja varjutatud alad juurde a95 protsentienesekindlus intervallidega. p-väärtused olid saadud kõrval jooksmine kaks-küljega Üliõpilane t-katsetada peal a parameeter seotud koos HCV reaktsioonivõime sisse a lineaarne regressioon. d Lineaarne regressioon mudel näitamine a assotsiatsioonSARS-CoV-2 IgG ja HCV IgM signaalide vahel. Kõverad vastavad mudeli hinnangule ja varjutatud alad 95-protsendilistele usaldusvahemikele. p-väärtuss olid saadud kõrval jooksmine a kaks-küljega Üliõpilane t-katsetada peal a parameeter seotud koos HCV reaktsioonivõime sisse a lineaarne regressioon.

Arutageioon

Definitsiooni kohta  SARS-CoV-2  puutumatus pärast vaktsineerimist janakatumine on vahetu tähtsusega44–46. Dešifreerimine antikehakorreleerubkohta SARS-CoV-2  kaitsejajälgimine vaktsiin reageerimisvõime on ees ootavad keerulised ülesanded. Suurusjärgus aja pikaealisus kohta kaitsev antikeha vastuseid juurde loomulik infektsioon ja erinev vaktsiinid vaja juurde olla uuritud juurde mõistaparameetrid et kuju kaitsev vastuseid ja suunata otsuseid mittereageerivate inimeste revaktsineerimise ja uuesti immuniseerimise kohtanStromaan tekkiv SARS-CoV-2 variandid47. Samuti tähendab loomine seroloogiliselt eristada de novo infektsiooni, reinfektsioon,ja vaktsiin vastuseid, nende vastupidavus ja ebaõnnestumisi tahe jäämakritaalne jaoks kliiniline diagnoos.

Siin meie demonstreerida a kõrge kasulikkust kohta mitu-parameeter ser- oprofileerimine võtmeküsimuste lahendamisel punktis defining  SARS-CoV-2 puutumatus.  Samaaegnemärkaminekohta antikehade vastused a ulatuskohta SARS-CoV-2  antigeenidjaerinev  Igklassidkoos ABCORA  seroprofimolvaandis tervikliku pildi SARS-CoV-2 seroloogiline staatus ühe uuringuga, mis can olla kasulik kliiniliseks diagnoosimiseks, et määrata e olemasoluof uuesti nakatumine,  defineuuesti nakatumine,  javastamajuurdevaktsineerimine. Arvutuslikmodelleeriminesamutilubatudennustamine plasma neu-teostus mahutavus alates ABCORA tulemused, võimaldades akõikehõlmav hindamine kohta SARS-CoV-2 antikeha dünaamika ja nende koos mängimaHCV vastuseid. Meie uurinud kaks ABCORA analüüsversioonid thjuures mõlemad mõõdetud HCV reaktsioonivõime kõrval a  12 SARS-CoV-2 parameetrid.ANCORA 2 sisaldas S1 antigeeniHKU1. ANCORA 5 kaasatud S1 kohta kõik neli ringlevad HCV.Märkimisväärselt, arvutuslik mudelid et kaasatud a HCVmõõdud lubatud a kõrgemale täpsus sisse määrav SARS-CoV- 2 seropositiivsus, kõrgevalgustus vastastikused sõltuvused vahel HCoVja SARS-CoV-2 vastused, mis tuleb lahendada.

Salvestamine reaktsioonivõime vastu kõik neli HCoV-d sisse SARS-CoV-2nakatumata janakatunudüksikisikudmeietäheldatudintrigeerivühendused. Unnakatunudüksikisikudkuvataksekõrgemale  HCVreaktiivsus võrreldes nakatunud isikutegaapanus kohta HCV puutumatus juurde vara kaitse vastu SARS-CoV- 2. HCV immuunsusel võib olla positiivne mõju ka SARS-CoV-le-2infektsioon. sisse kokkuleppele koos muud aruanded, meie märkis aristsöötmine kohta SARS-CoV-2 ja HCV vastused SARS-CoV-2 infektsiooni korral31,48 koos üksikisikud koos kõrge HCV reaktsioonivõime arendada-avamine kõrgemale SARS-CoV-2 antikeha tasemed. Enamik eriti, juba olemasolev HCV puutumatus oli an mõju peal haigus tõsidus meie kohort. SARS-CoV-2 nakatunud üksikisikud koos madal HCV reaktiivsus oli a kõrgemale tõenäosus kohta nõudes haiglaravi.

KuigimeieUuringainult mõõdetud antikehavastused, apotentsiaalkaitsevmõjukohta HCoVimmuunsus SARS-i vastuCoV-2 omandamine peaks mitte olla vaadatudnagupiiratud juurde antikehade aktiivsus. Antikehad ja rakuline immuunsus võivad mõlemad olla asjakohasedja aktiivne kontserdil31,49–51. Alternatiivina antikeha vastussesmmõõdetud sisse a kohal Uuring võib ainult dokument hiljutine HCV infektsioonn ja toimetama a asendus mõõtmine kohta muud kaitsevHCV vastuseid. The link vahel kõrgemale HCV  ja SARS-CoV-2 reaktsioonivõime nakatunud isikute puhul on eriti intrigeeriv. Kõige tugevam mõjusid olid nähtud jaoks IgM ja IgA HCoV vastuseid, suggeing et hiljutine HCV puutumatus annab an vara hoogustada juurde SARS-CoV-2 antikehade tekeent.  kasseeontähtaegjuurde ristreaktiivsed B-raku vastused, millela  SARS-CoV-2puutumatus ehitab peal ja küpseb või kas rist-reaktiivne T abimeestegevusedmängidadomineeriv roll, nagu soovitatakse31  saab oluline juurde lahendada sisse edasi-tulemas uuringud. The täpne roll ja aegg kohta HCoVvastuseidmõjutamine  SARS-CoV-2  antikehavastuseid samuti jääma juurde olla defined. Vara madal-affinity HCoV vastused võib on a positiivne mõju peal a arengut SARS-ist-CoV-2 immuunsust, moodustades immuunmälu, millele juurde ehitada, kusjuures amplifikatioon kohta mitte-kaitsevristreaktiivneHCV ankehad vastavalt juurde a antigeenne patt põhimõte võib on negatiivseid mõjusid30.

Kuigiassotsiatsioonselliseid uuringuid nagu meie ei saa formaalselt teha define põhjuslikkus, a tagajärjed kohta meie leiud on ilmsed: Eelnevpuutumatus juurde HCV võib kaitsta juurde mõned ulatus vastu SARS-CoV-2 omandaminejavõib pakkuda a hoogustada juurde a arengut SARS-ist-CoV-2 specific puutumatus ja koos see madalam a risk jaoksraskehaiglaravi.  A  tagasihoidlikHCoV kaitsev toimepuutumatus oleks olla a usutav selgitus jaoks a kõrgeproportsioonasümptomaatiline ja kerge SARS-CoV-2 infektsioonid52,53. Isegi rohkem tulevikuperspektiivid on intrigeerivad. Nagu teised ja meieon näidatud, SARS-CoV-2 ja HCV puutumatus juurde infektsioon onsageli mitte pikk-kestev (Joonis fig. 5, Täiendav Joonis fig. 11)5,54, piiranget  SARS-CoV-2  vaktsiinidlootustjuurdeületada. Peaks SARS-CoV-2  vastuseidsissekeeratapakkudateatud määral kaitset HCV vastu infektsioon, lai kaitse vastu koroonaviirused võib olla riga.

Joonis fig. 8 Mõju kohta HCoV puutumatus peal COVID-19 tõsidus. a Ühing kohta haiglaravi olek (mitte haiglasse sattunud (N = 16); haiglasse sattunud mitte sisse ICU(N = 42); haiglasse sattunud sisse ICU (N = 22)) ja kõrge või madal IgG HCoV reaktsioonivõime. Ristkülik suurused vastama juurde a proportsioon kohta kaasatud patsiendid. b Mõju HCoV reaktsioonivõime (madal/kõrge) peal a haiglaravi olek sisse a alamhulk kohta N = 80 patsiendid, nagu hinnanguline koos koefitsiendid suhted, sisse an järguline regressioon (tasemetega = mitte haiglasse sattunud (N = 16); haiglasse sattunud mitte sisse ICU (N = 42); haiglasse sattunud sisse ICU (N = 22)) ja a logistiline regressioon (viide = mitte haiglasse sattunud(N = 16); versus kõik haiglasse sattunud (N = 64)). Andmed on esitati nagu parameeter hinnang ja selle95 protsentikindlus intervall. Tase kohta tähtsust kohta parameeter on saadud koos a kaks-küljega t-katsetada (p-väärtus on kuvatakse kui <>muidu näidatud nagu n.s.).

Minathods

Inimene isend. Seerum ja plasmaproovid koguti enne ja pärast tärkamist

SARS-CoV-2 tolliŠveits (eel japärast veebruari 2020, vastavalt) olidkaasatud. Ei patsient sissekirjutus oli läbi viidud jaoks a kohal Uuring. Kõikkatsed kaasates proovid alates inimene annetajad olid läbi viidud heakskiidul vastuseidvõimalik kohalik eetika komitee (Kantonale Etiikmissioon) Zürich,

Šveits (BASEC Nrs 2020-01327, 2020-00363; 2021-00437; 2020-00787), autor a sätted kohta a Deklaratsioon kohta Helsingi ja a Hea kliiniline Harjuta juhised kohta rahvusvahelisel ühtlustamiskonverentsil. Näidised olid saadud alates järgmistest allikatest: i) Zürichi vereloovutusteenindajaes (ZHBDS): Anonüümseks muudetud terved täiskasvanud plasma alates eel-pandeemia aegapunktid (jaanuaril 2019, mai 2019,ja jaanuar 2020) ja esimesest lainest pandeemia Zürichis, Šveitsis (mai 2020) olid ette nähtud kõrval a ZHBDS sisemine seerumite hoidla ja miinusedent jaoks see Uuring oli loobutud kõrval a eetika komitee(BASEC 2021-00437). (ii) Anonüümseks muudetud rutiinsest diagnostikast järele jäänud proovid juures a Instituut kohta Meditsiiniline Viroloogia, Ülikool kohta Zürich, a Ülikooli lapsed Haigla Zürich, ja a Kantoni Haigla Winterthur (BASEC Nrs2020-01327, 2021-00437). Kõigilt osalejatelt saadi kirjalik teadlik nõusolekkelle näidis was võetud ajal a pandeemia juures a Ülikool HaiglaZürich (BASEC 2020-01327). Teistest haiglatest võetud pandeemiaproovide puhul and eelpandeemia proovid nõusolekut oli loobutud kõrval a eetika komitee. (iii) Tervishoidtöötajad, kellel RT-PCR on SARS-CoV-2 nakatunudioon osalevad sisse a Uuring juures Ülikool Haigla Zürich (BASEC 2020-00363). Kirjutatud teavitatud nõusolek oli saadud alates kõik osalejad. (iv) Mees plasma annetajad osalevad sisse SARS-CoV-2 plasma teraapia Uuring viidi läbi Zürichi ülikooli haiglas(CPT-ZHP, Šveitsi meedik 2020TpP1004; BASIC 2020-00787). Kirjalikult teavitatudnõusolek uuringuks saadi kõigilt osalejatelt. Tta aruandlus kohta kõik inimene ja kannatliknt andmeidvastab koosaSTROBE avaldus. Pre-pandeemia (SARS- CoV-2 negatiivneve, N = 825) ja confirmed SARS-CoV-2 positiivne proovid (N = 389)olid jagatud sisse koolitust ja kinnitamine kohordid (Täiendav Tabel 3).          Saadaval demograafia data peal sugu, vanus, aega aastast positiivne RT-PCR jassümptom algusega, ja haiglaravi olek on teatatud sisse Täiendav Tabel 11.The SARS-CoV-2 koolitust kohort (N = 175) sisaldas ajal kogutud plasmatinfektsioon (N=114) ja taastumine (N=61). Per donor ainult üks proovide võtmine aegapunkt oli lisatud, lonpõhiline proovid kohta annetajad kaasatud sisse a koolitust kohort olid mitte kaasatud sisse a kinnitamine kohort iseseisvuse kindlakstegemiseks, millalhindamine a tundlikkus ja erinevate diagnostikameetodite spetsiifilisus. The   SARS-CoV-2 kinnitamine kohort (N = 214), koosseisus plasma tasakaalukas nakatumise ajal (N = 90, üks proovivõtu ajapunkt doonori kohta) ja taastumine

(N = 124, 79 taastumisjärgus patsienti 1–4 pikisuunalise prooviga). Mitu kordapunktid kohta taastuv patsiendid olid kaasatud sisse a valideerimisandmete kogum a hõivamiseks lai spekter waning antikeha tiitrid. Läbilõige analüüs oli põhineb pealproovid koos teatud aega aastast positiivne RT-PCR (N = 369) või teatud aega alates sümptomist algusega (N = 333), mõlemad hõlmavad pikisuunalise analüüsi vaatlusi.Mõlemad, aeg positiivsest RT-PCR-ist ja aegaastast algusega oli teatud jaoks330 näidist, mille mediaanaeg on kolm days vahel sümptom algusega ja RT-PCR(1St–3rdkvartiil: 1–7 päeva). Antikehade reaktiivsuse pikisuunaline analüüs põhines 251 vaatlusel 120 terveltsenti patsiendid koos teatud aega aastast positiivne RT-PCR ja aeg sümptomite ilmnemisest. Neutraliseerimine was mõõdetud peal 467 SARS-CoV-2 RT-PCRpositiivne proovid (N = 369 koos teatud aega aastast positiivne RT-PCR, N = 333 koos teatud aega aastast sümptom algusega).

Lisaks hindasime ristreaktiivsust ABCORA 2.0 ja 5.0 vasakul.t-läbi plasmarutiinsest diagnostikast prepandeemia kontrollrühmas with dokumenteeritud, hiljutine HCV infektsioon (Koolitus II, N = 75; OC43 (N = 27), HKU1 (N = 17), NL63      (N = 22), 229E (N = 9)). Ringlus HCV on tavaliselt ainult sõelutud jaoks sissehaiglaravil, rasked hingamisteede infektsioonid ja immuunpuudulikkus üksikisikudkes regulaarselt läbivad vennareklaam sõelumine jaoks hingamisteede infektsioonid. Seega, sisse see patsient Grupp, mõlemad vähendatud antikeha reaktsioonivõime tähtaeg juurde immuunne kompromiteerivad võikõrgenenud HCV ankeha reaktsioonivõime tähtaeg juurde hiljutine või korduv HCV infektsioon võibesineda. Kuna see rühm on diagnoosstiliselt asjakohane meie kaalus seda ettenägelik juurde kaasa see kohort nagu Koolitus II andmeid seatud juurde kontrollida kui rist-reaktsioonivõime koos SARS-CoV-2 sisseABCORA esineb selles seadistuses. II koolituse andmed ei sisaldunud lävendis definitsiooni juurde mitte läbi-esindama üksikisikud raske haigusega. See HCV-ga nakatunudGrupp kuvatakse üldiselt madalam reaktsioonivõime koos SARS-CoV-2 kui plasma alatesterved täiskasvanud aga oluline näitas ei näidustus kohta ristreaktiivsus (joon.1a, b). Pandeemia näidisles alates anonüümne veri annetajad koos teadmata SARS-CoV-2olek tasakaalukas sisse mai 2020 (N = 672) olid mitte kaasatud sisse koolitust ja valideerimine kohordid.

Reaktiivid ja rakuliinid. Tema-tvananenud SARS-CoV-2-tuletatud antigeenid (retseptor

sidumisdomeen (RBD), subühik S1 (S1), subühik S2 (S2), nucleokapsiid valk (N)) ja S1 tta neli ringlevad HCoV-d (HKU1, OC43, NL63, 229E) olid ostetud Sino Biological Europe GmbH, Eschborn, Saksamaa (TäiendavTabel 12). Avastamis- ja kontrollantikehade allikad, spetsifikatsioonid ja kontsentratsioon ja seerumid, mida kasutatakse ABCORA ja neutraliseerimise tests on loetletud sisse Täiendav tabel 13. 293-T-rakud saadi Ameerika tüübikultuuride kollektsioonist(ATCC CRL- 11268)55. HT1080/ACE2cl. 14 rakud33 olid lahkelt pakub P.Bieniasz, Rockefeller Ülikool, NY. Mõlemad kamber read olid kultiveeritud sisse DMEMsisaldavadng10 protsentiFCS.

Disain kohta multipleks rant analüüs ABCORA 2.0. Meie asutatud kaks rant-põhinebmultipleksitud SARS-CoV-2 immuunanalüüsid (ABCORA 2.0 ja ABCORA 5.0) etsisaldas mitmeid SARS-CoV-2 ja HCoV antigeenid (Sino Bioloogiline EuroopaGmbH, Eschborn, Saksamaa, täiendav tabel 12). Neli SARS-CoV-2 antigeetins- RBD, S1, S2, ja N - olid kaasatud sisse mõlemad ABCORA 2.0 ja ABCORA 5.0.ANCORA 2.0 kaasatud sisse lisamine S1 kohta HCV-HKU1 jaABCORA 5.0 kaasatud S1kohta kõik ringlevad HCoV-d (HCV-NL63, HCV-229E, HCV-HKU1, HCV-OC43). sisse lühidalt, individuaalne MagPlex helmed (Luminex Korporatsioon, Austin, TX)    unikaalsegaue fluorestseeruv rant piirkondades olid valitud jaoks iga antigeen, helmed olidsidestatud ja antigeeniga sidestatud helmeste segudsolidinkubeeritud koos patsient plasma sisse a 96-hästi plaat seatud-üles. TheMediaan Fluorestseeruv Intensiivsus (MFI) kohta helmestega seotud plasmaantiboodid oli mõõdetud kasutades a FlexMap 3D lugeja (Luminex Korporatsioon,Austin, TX). Meie disainitud a analüüs juurde täisfill a järgnev kriteeriumid: (i) kõrge kiirust-cifilinn, tundlikkus, ja reprodutseeritavus, (ii) paindlik multipleks disain et võimaldab otsekohest lisamine ja/või muutmine kohta antigeenid; (iii) lai dünaamiline ulatus;  (iv) valikuline quantifikatioon kohta antikeha vastuseid; (v) valikuline salvestamine kohtaantikehavastused HCoV-dele ja (vi) rutiinne kasutaminene diagnostika ja uurimine.

Valisime steerika orientatsiooni püüda kaudu anti-Tema antikehad juurde kindlustama a homogeense antigeeni kuvamine. Seetõttu karboksüülitud MagPlex helmed (Luminex

Korporatsioon, Austin, TX) olid ühendatud koos anti-Tema antikeha (Sino Bioloogiline

Euroopa GmbH, Eschborn,Saksamaa, täiendav tabel 13) ja seejärel ühendatud Tema märgistusegaantigeenid kasutades Bio-Plex Amiin sidumine (Bio-Rad LaboridAG, Cressier, Šveits) vastavalt tootja ijuhised ja nagukirjeldatud56.

Seerumi/plasma tiitrimist peetakse üldiselt kõige täpsemaks strtegy juurderetrieelõhtul kvantitatiivne teavet peal antikeha reaktsioonivõime. Kuid, sisse diagnostika kasutadatestid ideaalis peaks toimetama (pool)-kvantitatiivne teavet alates a üksik seerumlahjendamine juurde luba piisav läbilaskevõime. Lõpliku analüüsi tingimused hõlmasid a 2-log MFI vahemik kõigis testitud antigeeni-Ig kombinatsioonides (täiendav joonis 1).Ratifitseerimine a kehtivus kohta kasutades a vallaline plasma lahjendamine, meie confirmed et plasmaalates SARS-CoV-2 positiivne patsiendid ja eel-pandeemia SARS-CoV-2negatiivneplasmaproovid näitavad optimaalset annuse-vastust kõverad läbi a lai plasma lahjendamineulatus (Täiendav Joonis fig. 1f). Tähtis, a 1/100 lahjendamine kohta plasma oli sisse kõikjuhtudel Sulge maksimaalse signaalini, rõhutades seda suurenevat plasmatkontsentratsioon ei suurendaks signaali intensiivsust, vaid pigem ohustaksee vähenebsignalid tähtaeg juurde prozon mõjusid (Täiendav Joonis fig. 1f).

Maksimaalne anti-Tema antikeha laadimine oli saavutatud juures 5 µg antikeha per miljonithelmed (Supplemsisenemine Joonis fig. 1c) ja kasutatud nagu a standard sidumine tingimus. sisse a finalprotokolli,Viie miljoni Tema-vastase antikehaga seotud magnethelmega inkubeeriti Tema-märgistatud antigeenid lahjendati PBS-is kontsentratsiooniga 320 nM.fükoerütriiniga (PE) märgistatud sekundaarsed antikehad, mis on spetsiifilised IgG, I suhtesgA, või IgM olidkasutatakse detektorantikehadena (täiendavTabel 13). Kvaliteet kontroll kohta aantigeen lolisamine oli sooritatud kõrval inkubeerimine a helmed koos monoklonaalneantikehad, mis on suunatud vastavale CoV-d-leerived antigeen nagu üksikasjalik sisseTäiendav tabel 12. Analüüs viidi läbih a FlexMap 3D lugeja(Luminex Corporation, Austin, TX) koos a omandamine kohta juures vähemalt 50 helmed perhelmeste piirkond. Tulemused are salvestatud nagu MFI per rant piirkond.

Mitmed kontrollimeetmed olid instväidetud juurde kindlaks tehainter-ja intra-analüüsesitus. Et teha kindlaks madal analüüsanalüüs varieeruvus, suur partiid kohtaindividuaalne antigeeniga laetud beads olid ette valmistatud ja külmunud sisse alikvoodid kuni kasutatud juures-20 kraadiC juurde mööda hiilidaalagunemine kohta a antigeen-ühendatud helmed (täiendav joonis 1). Üksikud seotud helmed segati katsepäeval yi-gaeld a nõutud antigeenhelmeste kokteil. Kokteilid sisaldasid 60 helmeid pee rant piirkond per µl. sisse lisamine juurdeSARS-CoV-2 ja HCV helmeste piirkondades, iga kokteil sisaldas tühjenemisty helmeste piirkond (ei antigeen ühendatud) juurde kontroll jaoks täpsustamatafic siduv. Kvaliteet kontroll ja valideerimine protseduurid jaoks a FlexMap 3D instrument olid tehtud peal iga päeval sellekatse acctellimine juurdeatootja's juhiseid. The varieeruvus kohta a analüüsoli analüüsitud nagu järgneb56: plasma proovid alates 20 RT-PCR confirmed SARS-CoV- 2 nakatunud patsienti koondati ja testiti over a ulatus kohta seitse lahjendused sisse 31  erinevad titratsioonid sooritatud peal 10 erinev päevadel (Täiendav Joonis fig. 2). Ülekõik antigeenid ja Ig klassid, signaale olid säilinud läbi a katsetada periood kohta 25päeva postitus helmeste sidumine. Seondumissignaali variatsioonikoefitsiendid (CV) üle titratsioonid12 antigeeni-Ig klassi kombinatsioonistrahvad tõestanud madal (ulatus: 0.010–0. 128, mediaan  0.059, täiendav joonis 3c, d, täiendavad tabelid 1, 2). Samal päeval ja päevast päevavarieeruvus lkrändas madal ja võrreldav (Täiendav Joonis fig. 3e, f). allpool a 1/ 100 plasma kontsentratsioon, CV suurenenud märgatavalt (Täiendav joonis 3d),         määratledes 1/100 kõrgeima kontsentratsiooninapeal (madalaim plasma lahjendamine) juurde olla testitud sisse a analüüs. Seega määrati põhiliseks plasmalahjenduseks 1/100lahjendamine jaoks sõelumine plasma sisse ABCORA 2.0 millal a kvalitatiivne (st SARS-CoV olemasolu või puudumine 2spetsiifiliste antikehade) või poolkvantitatiivse (st MFI signaali intensiivsuse) näit onrvajalik.

Kõik ABCORA mõõtmised olid delõhestatud alates vallaline mõõdud kui eiöeldud teisiti. SARS-CoV-2 spetsifikatsiooni mõõtmiseksc antikehad sisse patsient plasma,kuumusega inaktiveeritud plasma (1 h juures56 kraadiC) oli lahjendatud 1/100 sisse PBS-BSA1 protsentikui eiteisiti öeldud. 50 µl lahjendadatoim plasma olid inkubeeritud koos 50 µl kohta a ABCORAantigeen rant kokteili jaoks 30 minutit juures tuba temperatuuri sisse 96-kaevuplaadid, pestud kolm korda 1% PBS-BSA-ga ja inkubeeriti eraldi reaktsioonides wifükoerütriin (PE)-märgistatud detektor antikehad jaoks IgG, IgA või IgM juures a filõplik kontsentratsioon kohta 1/500 PBS-BSA-s 1 protsent. See lahjendus oli varem määratletuddetektorantikehade tiitrimine optimaalsete MFI signaalide saamiseks. Pärast 45 minutes kohtaToatemperatuuril inkubeerimisel pesti helmeid kolm korda P-gaBS-BSA1 protsentija analüüsitud sisse 96-hästi taldrikud FlexMap 3D-lugeris (Luminex Corporation, Austin, TX). A miinimum kohta 50 rant loeb per antigeen oli omandatud.

Ehtsate ristreaktiivsete antikehade kontrollimiseksies, iga plasma näidis olihinnatud beagads ilma antigeen (tühi rant kontroll) sisse kombinatsioon misiga detektor aantikeha. Sest analüüs, toores MFI väärtused olid muudetud juurde MFI-VASTANE juurde õige jaoks taustal siduv.Me tuvastasime tühja helme MFI-Pandeemiaeelsete tervete doonorite (N=1016) IgG, IgA ja IgM FOE ja set keskmine MFI-VASTANEpluss4-kordne standardhälve tühja tera kontrolli lävena.sisse absoluutne tasemed, need künnised summas juurde MFI-FOE 41,58 (IgG), 55,91 (IgA), ja 269,47 (IgM).Mmõõtmised jaoks mis a tühi rant kontroll salvestatud väärtused above see künnis olid kaalus kehtetu ja kordas.

Iga Luminexi analüüsi 96-kaevuplaat seadistati kontasisse a sama seatud kohtakontroll proovid, nimelt 7 sari 4-voltida SARS-CoV-2 positiivse kontrolli lahjenduseddoonor bassein (N = 20 annetajad, alustades lahjendamine 1/100, Täiendav Joonis fig. 1f) ja eel-pandeemia terved doonor bassein (lahjendamine 1/100, N =20 doonorit, täiendavjoonis 1f). Need positiivsed ja negatiivsed kontrollid võimaldavad kontrollida analüüsi tulemuslikkustnceläbi sõltumatute mõõtmiste ja lisaks võimaldavadtagasivaatavvajaduse korral standardimine väliste kontrollide vastuded.

Definitsioon kohta SARS-CoV-2 seropositiivsus sisse ABCORA 2.0 ja ABCORA 5.0. Toeristada SARS-CoV-2-spetsiifilisi ristreaktiivsetest antikehadest,efined MFI- FOE künnised iga 12 SARS-CoV-2 antigeeni ja Ig-klassi kombinatsiooni jaokss põhineb plasma antikeha retegevust sisse koolitust kohordid (Täiendav Tabelid 3 ja 4). Nende hulka kuulusid pandeemiaeelne terve doonor plasma (Koolitus I, N = 573),annetajad koos hiljutine HCV infektsioon (Koolitus II, N = 75; OC43 (N = 27), HKU1 (N = 17), NL63 (N = 22), 229E (N=9)) ja doonorid, kellel on kinnitatud SARS-CoV-2 infektsioon (Koolitus III, N = 175). Künnised olid seatud juurde minimeeridavalepositiivsed tulemusedsamal ajal tagamine tundlikkus jaoks SARS-CoV-2antikehade tuvastamiseks ja jõudmiseksüldine spetsiifilisus ülale99 protsentija kaasatud tasemed jaoks piir-rida reaktsioonivõime jaoks IgGRBD,IgG S1, ja IgG N juurde lubama samuti tagasihoidlik antikeha reaktsioonivõime juurde need antigeenid to olla uuritud. MFI-VASTANE loeb kohta individuaalne proovid olid muudetud sissesignaali üle piiri (SOC) väärtused (MFI-FOE/lävi). SOC vväärtused on kasutatud jaokseeslidlaulma positiivne reaktsioonivõime jaoks iga individuaalne antigeen-antikeha klass kombinatsioon, koos SOC > 1 tähistab positiivset reaktsioonivõimet ja SOC < 1 negatiivset reaktsioonivõimet.Millal seadistus individuaalne künnised, seda peab olla kaalus et jaoks iga kohta a 12 sondeeritud tegevused võivad tekkida ristreaktsioonid. 12 individuaalse SOC parameetriga salvestatud, üldine spcifilinn tahe vähenema kui ükskõik milline positiivne SOC iseseisvalt suffices juurde määra a näidis üldiselt nagu SARS-CoV-2 antikeha positiivne. To eeskujuks:Eeldusel sõltumatute reaktsioonide korral annab isegi iga antigeeni kõrge 99-protsendiline spetsiifilisus to üldine madal 88-protsendiline spetsiifilisus kogu analüüsis. Seega nõudsime, etr SARS-CoV-2 positiivne helistades sisse ABCORA 2.0 a miinimum kohta kaks specifilinnad juurde jõudategevust eespoolakünnis. Kombineeritud SOC väärtused, mida kasutati üldarvu määratlemiseksantud proovi serostaatus on üksikasjalikult kirjeldatud täiendavas tabelis 5. IgG RBD, S1, ja N,mille jaoks registreerisime ka piiripealse SOC aktiivsuse, lubasime akombinatsioon 1 antigeeni reaktsioonivõimega SOC > 1, teise reaktsioonivõimega SOC > piiripealne. The final künnis ja positiivne helistama kriteeriumid lubatud jaoks eristamist osalisest (vara serokonversioon koos ainult IgM ja IgA vastuseid) juurde täis ser-          konversioon (shluding IgG vastuseid) (Täiendav Tabel 5). sisse lisamine, kriteeriumid tähistavad nõrga reaktsioonivõimega ja/või ebamäärase reaktsioonivõimega proove(Täiendav tabel 5).

Et hõlbustada võrdlusteen ABCORA 2.0 ja ABCORA 5.0 a samakünnis ABCORA 5 jaoks kasutati piirväärtusi.0. Me otsustasime mitte luua konkreetset piiriHCV antikehade reaktiivsuse künnised kui an täpne definitsiooni kohta a negatiivnereaktsioon on keeruline HCoV-de ja consi laialdase kokkupuute tõttukurbantikehade ristreaktsioonaktiivsus vahel neid. HCV vastuseid olid Kuid kaasatud statistikascal analüüsid nagu MFI-VASTANE väärtused.

Definitsioon kohta SARS-CoV-2 seropositiivsus kasutades logistiline regressioon klassifikatsioon.

Classifikatioon kohta seropositiivne versus seronegatiivne proovid sisse ABCORA 2. 1 realiseeritikasutadeslogistiline regressioon. The identsed koolitust ja kinnitamine andmeid kasutatud jaoks a asutamine kohta ABCORA 2.0 olid kasutatud. Nagu a ABCORA 2.0 sidumisreaktiivsust olid tugevas korrelatsioonis, lisasime mudelisse järgmised muutujad (täiendav Joonis fig. 6a): a tähendab väärtus kõigist IgG MFI-FOE vastustest (RBD, S1, S2, N) tähendab väärtus kohta IgA MFI-FOE vastused RBD, S1 ja S2 vastu ning keskmine IgM MFI FOE vastuste väärtus RBD, S1 ja S2 vastu. IgA ja IgM vastuss N-le jäeti välja, kuna need ei koondunud sama I teiste vastustegag klass (Täiendav Joonis fig. 6a). Hindamiseks ja ennustamiseks kasutati logistilist regressiooni antud valimi tõenäosuse juurde olla positiivne (p) nagu kirjeldatud sisse võrrand (1).

Paragrahvmeetrit  0, G, A, ja  M olid hinnanguline peal a koolitust andmestik. A näidis defineeriti seejärel positiivseks, kui selle ennustatud tõenäosus positiivseks muutuda oli suurema künnis c/. See lävi määrati nii, et saada spetsiifilisus vähemalt 0,99 ja maksimaalne tundlikkus treeningu andmestikul (sarnaselt to c jaoks a juhuslik metsa). sissekokkuvõte, sisse ABCORA 2. 1, määratletakse iga uus proov seropositiivseks, kui see on tõenäoline logistilise regressiooni põhjal on seropositiivne üle c/. Analüüsib meidre sooritatud R versioonisn 3.6.3. Definitsioon kohta SARS-CoV-2 seropositiivsus kasutades juhuslik metsa klassifikatsioon.  Seropositiivsete ve klassifikatsioonrusus seronegatiivne proovid sisseakontekst kohta ANCORA 2.0 ja ABCORA 5.0 olid realized kasutades a juhuslik metsa lähenemine järgnev ar põhiseadistusandom metsad nagu kirjeldatud sisse57. The juhuslik metsa ise oli ehitatud 1000 klassifikatsioonipuu kogum, kasutades MFI-FOE vastuseid (IgA, IgG,jaIgM RBD, S1, S2,N). The tõenäosus kohta a näidis olemine positiivne nagu eel-  juhusliku metsa dikteeritud on p keskminerobabilities läbi kõik 1000 puud. Lõpuks määratakse proovned nagu positiivne kui selle tõenäosus kohta olemine positiivne on eespool a threshold c, mis on defined nagu juurde saada a specifilinn kohta juures vähemalt 0.99 ja a maksimaalne tundlikkus rongising andmestik. sisse kokkuvõte, ükskõik milline uus näidis on defined naguseropositiivne, kui its tõenäosus kohta olemine seropositiivne nagu hinnanguline kõrval a juhuslikmets on üle threshold c. Meie läbi viidud a seeria kohta juhuslik metsa analüüsid mis arvestas kas ainult SARS-CoV-2 vastuseid või SARS-CoV-2 ja HCV   vastuseid sisse ABCORA 2.0 ja ABCORA 5.0: ABCORA 2.2 ja ABCORA 2.3 olidkoolitatud ja kasutatud jaoks ennustus peal ABCORA 2.0 andmeid ja kaasatud ainult SARS-  CoV-2 vastuseid või SARS-CoV-2 ja HKU1 vastused vastavalt. ANCORA 5.4 (ainult SARS-CoV-2 vastused) ja ABCORA 5.5 (SARS-CoV-2 ja HCVvastuseid) olid koolitatud peal ABCORA 5.0 andmed. Üksikasjad andmete lisamise kohta vastavad mudelid on loetletud sisse Täiendav Tabel 3 ja Täiendav Tabel 10. Analüüsid viidi läbi R versioonis 3.6.3, kasutades paketties juhuslik mets ja     metsavaht58–61.

Oma leidude usaldusväärsuse tagamiseks tegime selletundlikkus analüüs randomiseerides koolituse ja valideerimise andmekogumid, kasutades 5-kordset ristvalideerimistmeetod. Mõlemad komplektidkohta positiivne ja negatiivsed proovid olid jagatud sisse five võrdneosad ja meie defined et tee five kinnitamine komplektid (koosneb kohta a i-th seatud kohtapositiivsed jaa i-th seatud kohta negatiivsed, i = 1.5). The puhata kohta a andmeid oli kasutatud jaokskoolitust a ABCORA 2.3 juhuslik mets. Iga valideerimiskomplekti spetsiifilisus jatundlikkus kohta a juhuslik metsa olid arvutatud peal a koolitust, kinnitamine, ja koolitusplusskinnitamine komplektid (Täiendav Tabel 6).

Kinnitamine ja kontrollimine kasutades välised juhtnupud. Meie kasutatud a Anti-SARS-  CoV{0}} seroloogiliste analüüside kontrollpaneel (NIBSC kood: 20/B770, NIBSC) juurdekontrollige ABCORA 2.0 ja ABCORA 2.3 testi toimivust. Seerumsampsudkohta a verfikatioon paneel mõõdetud kõrval ABCORA 2.0/2.3 nagu kirjeldatud ja tulemusedvõrreldes NIBSi teatatud kaubanduslikult saadavate testide tulemustegaC (32 ja täiendav tabel 7). Me pabistasimeteda verfitoim a tundlikkus kohta a ABCORA 2 katsetada sisse tuvastamine SARS-CoV-2 infektsioon sisse otsene võrdlus reklaamigatestid. Antibody olek kohta plasma alates SARS-CoV-2 positiivne üksikisikud (N = 171) analüüsitid koos a järgnev katsetada süsteemid: Kaasas katsetada süsteemid suunatud a N valk (Elecsys® Anti-SARS-CoV-2 (Roche Diagnostics GmbH)) RBD piirkonnas kohta a S valk (Elecsys® Anti-SARS-CoV-2 S-analüüs (Roche Diagnostics GmbH)),ja a S1 allüksus (EUROIMMUN Anti-SARS-CoV-2 ELISA (IgG)) (TäiendavTabel 8). Kõik analüüsid viidi läbi vastavalta tootja's juhiseid sisse a diagnostika üksus kohta a Instituut kohta Meditsiiniline Viroloogia, University of Zürich, Šveits.