Cistanche Derticola glükosiidide östrogeenilaadsete mõjude mehhanismid: ülevaade võrgu farmakoloogiast ja transkriptoomikast

3. eksperimentaalsed tulemused

3.1 Võrgu farmakoloogia analüüsi tulemused

3.1.1 GC-de aktiivsete komponentide östrogeenilaadsete mõjude võrguanalüüs

GCS -is kokku 40 ühendit (tabel 1) analüüsiti, kasutadesTCMSP, Sümme, Jne, ÕmblusjaQsarandmebaasid. Pärast duplikaatide eemaldamist koguti 183 sihtmärki. AlatesGeneetidjaOmimHaigustega seotud sihtmärkide hankimiseks kasutati märksõnadena andmebaase, "östrogeeni defitsiit" või "madala östrogeeni taset". Nii allikatest kui ka duplikaatide eemaldamise sihtmärkide ühendamine tõi kaasa 1712 haiguse sihtmärki.

KasutamineCytoscape v3.9.1, visualiseeriti "ühend -sihtmärgi" (CT) võrk (joonis 1). Võrk sisaldas 223 sõlme: 40 sõlme, mis tähistavad GC -de aktiivseid komponente ja 183 sõlme, mis tähistavad sihtmärke, mis on ühendatud 253 servaga. Venni diagrammi veebiplatvormi abil andis 40 GCS-spetsiifiliste sihtgeenide ja östrogeenilaadsete sihtgeenide ristumiskoht 72 kattuvat "GCS-Estrogeni-sarnast" sihtgeeni (joonis 2).

 

Meeste seksuaalse düsfunktsiooni tsistanche toidulisandid

WhatsApp meile lisateabe saamiseks

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 Põhieesmärkide ja PPI võrgu analüüsi sõelumine

Analüüsiti võrgu topoloogilisi parameetreid (kraad, vaheline kesksus ja läheduse kesksus). Nende parameetrite mediaanväärtusi kasutati lävena. Kõigile kolmele künniskriteeriumile vastavad sihtmärgid valiti GC-de östrogeenilaadsete mõjude põhieesmärgiteks. Tuvastati kokku 24 põhisihtmärki. KasutamineCytoscape v3.9.1, visualiseeriti "ühend -tuuma sihtmärgi - östrogeenisarnane" võrk (joonis 3). Lisaks ehitati põhiliste sihtmärkide PPI -võrk (joonis 4).

 

3.1.3 GO funktsionaalne ja kegg raja rikastamise analüüs

Funktsionaalse analüüsi käigus tuvastati 35 olulist sissekannet. Parandatud p-väärtuste põhjal valiti 20 parimat rada (joonis 6). Need hõlmasid peamiselt molekulaarseid funktsioone nagu tsütokiini retseptori seondumine, östrogeeni retseptori seondumine, kasvufaktori retseptori seondumine ja tuumaretseptori aktiivsus.

KEGG raja rikastamise analüüs tuvastas 83 olulist signaalimisteed. Parandatud p-väärtuste järgi järjestatud 20 parimat rada visualiseeriti (joonis 7). Peamised östrogeeniga seotud rajad sisaldasid:

Kasvaja nekroosifaktori (TNF) signaaliülekandetee

Interleukin -17 (il -17) signaalimisrada

Hüpoksia-indutseeritav tegur -1 (HIF -1) signaalimisrada

Östrogeeni signaaliülekande rada

Need rajad mängivad kriitilisi rolle GC-de östrogeenilaadses toimes.

3.2 Integreerimine transkriptoomiliste andmetega

3.2.1 Korrelatsioonianalüüs ennustatud sihtmärkide ja transkriptoomiliste andmete vahel

KasutadesHGNCAndmebaas, 24 põhiline sihtgeeni, mida ennustati võrgu farmakoloogiaga, muudeti homoloogseteks rottide geenideks, mille tulemuseks oli 31 geeni. Pärast duplikaatide eemaldamist jäi 29 geeni. Võrreldes transkriptoomiliste andmetega, kõik 29 põhisihtmärki (välja arvatudMcL1jaGCG) näitas geeni ekspressiooni muutusi. Tulemused on toodud tabelis 2.

3.2.2 Korrelatsioonianalüüs KEGG radade vahel võrgu farmakoloogiast ja transkriptoomikast

Pärast põhiliste sihtgeenide muutmist homoloogseks rotigeenideks viidi läbi KEGG raja rikastamise analüüs. Põhiliste sihtgeenide jaoks tuvastati kokku 1 0 8 rada (padjajujuga <{4}}. 05). Transkriptoomiliste sekveneerimise andmete KEGG rikastamise analüüs tuvastati 107 rada (padjajustiga <0,05). Võrgu farmakoloogia ja transkriptoomika korrelatsioonianalüüsi tulemused on näidatud joonisel 8.

Seal oli 68 kattuvat rada, sealhulgas:

Östrogeeni signaaliülekande rada

Laagri signaalimistee

TNF signaalimisrada

Kattuvad rajad moodustasid enam kui 60% kogu radadest.