Soolestiku mikrobioomi koostis jääb diabeediga seotud varajases kuni hilises staadiumis kroonilise neeruhaigusega inimestel stabiilseks

Abstract: (1) Taust: Diabeedi jakrooniline neeruhaigustervete kontrollidega võrreldes soole düsbioosi. Siiski pole teada, kas düsbioosis esineb muutusi diabeedi staadiumideskrooniline neeruhaigus. Uurisime varajase ja hilise diabeediga seotud kroonilise neeruhaigusega patsientide ristlõikeuuringut, et teha kindlaks võimalikud mikroobsed erinevused nende kahe rühma vahel ja diabeetilise kroonilise neeruhaiguse igas etapis. (2) Meetodid: selles läbilõikeuuringus osales 95 täiskasvanut. Kogutud väljaheiteproovidest ekstraheeritud DNA-d kasutati 16S rRNA sekveneerimiseks, et tuvastada bakterite kooslus soolestikus. (3) Tulemused: perekond Firmicutes oli kõige arvukam ja selle keskmine suhteline arvukus oli varajase ja hilise kroonilise neeruhaiguse rühmas sarnane, 45,99 ± 0,58 protsenti ja 49,39 ± 0,55 protsenti , vastavalt. Bacteroidaceae perekonna keskmine suhteline arvukus oli samuti sarnane varases ja hilises rühmas, vastavalt 29,15 ± 2.{29}}2 protsenti ja 29,16 ± 1,70 protsenti. Prevotellaceae madalam arvukus jäi sarnaseks nii varase 3,87 ± 1,66 protsendi kui ka hilise 3,36 ± 0,98 protsendi diabeetilise kroonilise neeruhaiguse rühmas. (4) Järeldused: Diabeediga seotud kroonilise neeruhaigusega inimeste rühmast saadud andmed näitavad, et ülekaalus on phyla Firmicutes ja Bacteroidetes. Suurimat arvukust esindavad perekonnad Ruminococcaceae ja Bacteroidaceae, samas kui kasuliku Prevotellaceae perekonna arvukus vähenes. Kõige huvitavam tähelepanek on see, et nende soolestiku mikroobide suhteline arvukus ei muutu diabeetilise kroonilise neeruhaiguse varases ja hilises staadiumis, mis viitab sellele, et see on diabeediga seotud kroonilise neeruhaiguse arengu varane sündmus. Hüpoteesime, et diabeetilise kroonilise neeruhaiguse varases staadiumis omandatud düsbiootiline mikrobioom jääb suhteliselt stabiilseks ja on vaid üks paljudest riskiteguritest, mis mõjutavad progresseeruvat neerufunktsiooni häiret.

Märksõnad: krooniline neeruhaigus; diabeet; düsbioos; soolestiku mikrobioom; mikrobiota

1. Sissejuhatus

Inimese soolestikus on üle 100 triljoni mikroobiraku keerukas kooslus, mis moodustavad soolestiku mikrobioota. Nad moodustavad dünaamilise ja sümbiootilise ökosüsteemi, mis on pidevas interaktsioonis peremeesorganismi ainevahetusega, mis mõjutab toitumist, füsioloogiat ja immuunfunktsiooni. Mikroobide mitmekesisus suureneb ja läheneb täiskasvanud mikrobiotale esimese 3–5 eluaasta lõpuks. Seega on soolestiku mikrobiota koostis, funktsioon ja struktuur tervetel inimestel kogu elu jooksul suhteliselt stabiilsed. Seda vaatamata sellele, et see on kohanemisvõimeline seedetrakti (GI) biokeemilise miljööga ja toitainete kättesaadavuse muutustega, mis on bakterite metabolismi pöördelised regulaatorid. Bakterid Firmicutes ja Bacteroidetes moodustavad suurema osa tervest soolestiku mikrobiomist. Selle bakterite mitmekesisuse koostis näib aga muutuvat mittenakkushaiguste, nagu rasvumise, ja ka II tüüpi diabeediga patsientide puhul.

Suhkurtõbi ja sellega seotud mikro- ja makrovaskulaarsed tüsistused on saavutanud pandeemilised mõõtmed, mille ülemaailmne levimus on 463 miljonit. Rohkem kui 40 protsendil diabeetikutest tekib diabeetkrooniline neeruhaigus (CKD), mis jääb

peamine põhjuslõppstaadiumis neeruhaigus (ESKD)kogu maailmas, mis vajavad pikaajalist dialüüsi. Südame-veresoonkonna haigused on kroonilise neeruhaigusega inimeste peamine surmapõhjus, mis on osaliselt tingitud püsivast madalast põletikust. Pole siis üllatav, et diabeetilist kroonilist neeruhaigust peetakse praegu ülemaailmseks terviseprobleemiks.

Mitmed uuringud on teatanud soolestiku mikrobiota koostise muutustest diabeediga inimestel võrreldes kontrollsubjektidega ning näideteks on Firmicutes'i varjupaiga ja klassi Clostridia vähenenud osakaal II tüüpi diabeediga inimestel võrreldes tervete kontrollidega. Samuti on näidatud, et diabeediga inimestel on üldiselt vähenenud bakterite mitmekesisus, mida iseloomustab butüraati tootvate bakterite, nagu Faecalibacterium prausnitzii ja Roseburia intestinalis, vähenemine koos oportunistlike patogeenide arvu suurenemisega.

Uuringud eksperimentaalsete loommudelite kohtakrooniline neeruhaigus (CKD)ja erineva staadiumiga patsiendidCKDnäidata muutusi normaalses soolestiku mikrobiomas. Kroonilised haigusseisundid, nagu diabeetiline krooniline neeruhaigus, põhjustavad mitmete patofüsioloogiliste mehhanismide kaudu soolestiku mikrobiota "soole düsbioosi" seisundit, mis võib põhjustada süsteemset põletikulist reaktsiooni. Soole düsbioosi iseloomulikud muutused on lühikese ahelaga rasvhappeid (SCFA) tootvate kasulike sahharolüütiliste mikroobide vähenemine ja kroonilise neeruhaiguse korral proteolüütiliste bakterite, nagu Clostridium spp. ja Bacteroides spp. On teada, et inimesed, kellelneeruhaigusteil on kahjustuse tõttu kõrgem seerumi uurea või vere uurea lämmastiku (BUN) taseneerudnende ureemiliste toksiinide eemaldamine ja soolestiku uurea sisalduse suurenemine. Arvatakse, et see suurenemine põhjustab bakterite poolt vahendatud uurea hüdrolüüsist tulenevat suurt ammoniaagi tootmist, mis omakorda tõstab luminaalset pH-d ja suurendab proteolüütiliste liikide, näiteks Clostridium'i liikide ülekasvu kroonilise neeruhaiguse korral. Seda "ureemilist miljööd" ei esine inimestel, kellel on ainult diabeet (mitte-CKD) ja seetõttu ei ilmne nendel isikutel Clostridium'i liikide arvu suurenemist. Arvestades, et enam kui 90 protsenti terve inimese soolestiku mikrobioota kogu populatsioonist esindavad kaks domineerivat sugukonda, nimelt Firmicutes ja Bacteroidetes, kui võrrelda diabeeti põdevaid indiviide nende tervete kontrollidega, toimub mikrobioomi koostis, mis koosneb vähenenud Firmicutest. diabeetikutel võrreldes tervete isikutega.

Soole düsbioosi veel üheks tunnuseks on kasulike sahharolüütiliste mikroobide perekondade, nagu Prevetoellaceae, vähenemine, mis toodavad lühikese ahelaga rasvhappeid, näiteks butüraati. Need lühikese ahelaga rasvhapped aitavad säilitada soolebarjääri terviklikkust ja vähenevad kroonilise neeruhaigusega inimestel võrreldes tervete isikutega. Diabeediga inimesi seostatakse sageli kliiniliselt metaboolse sündroomiga. Inimuuringus, milles hinnati soolestiku mikrobiota mitmekesisust metaboolse sündroomi aspektidega, näitasid autorid, et halb mikrobiota mitmekesisus oli seotud rasvumise, insuliiniresistentsuse, maksa steatoosi ja madala astme põletikuga. Nad näitasid, et sellistel isikutel oli põletikuvastasem mikroobne profiil, mida iseloomustab butüraati tootvate bakterite vähenemine.

Vaatamata haiguskoormusele on diabeetilise kroonilise neeruhaiguse progresseerumise aluseks olevad patofüsioloogilised mehhanismid halvasti mõistetavad. Diabeetilise kroonilise neeruhaiguse tunnuseks on hüpertensioon, albuminuuria ja progresseeruv langusneerufunktsioon,mõõdetuna hinnangulise glomerulaarfiltratsiooni kiiruse (eGFR) muutusena. Soolestiku mikrobiomi roll diabeetilise kroonilise neeruhaiguse progresseerumisel on tõusnud teadusliku huvi valdkonnana. Inimesed, kellel on diabeet jakrooniline neeruhaiguskontrollidega võrreldes soole düsbioosi. Siiski ei ole teada, kas selles düsbioosis esineb muutusi diabeetilise kroonilise neeruhaiguse staadiumides; Seetõttu oli selle uuringu eesmärk läbi viia varase ja hilise diabeediga seotud kroonilise neeruhaigusega patsientide soolestiku mikrobioomi profiilide ristlõikeanalüüs, et teha kindlaks võimalikud mikroobsed erinevused nende kahe rühma vahel ja diabeetilise kroonilise neeruhaiguse igas etapis.

Klõpsake Cistanche Tubulosa toidulisandiks

LISATEABE SAADA:david.deng@wecistanche.com

2. Materjalid ja meetodid

2.1. Osalejad

See perspektiivne läbilõike uuring hõlmas ambulatoorse endokrinoloogiakliiniku külastuse ajal 95 täiskasvanut, kes olid vanust üle 6 kuu. Patsiendid nõustusid lisaks tavapärastele vereanalüüsidele ambulatoorsel visiidil andma DNA eraldamiseks väljaheiteproovi. Nendel patsientidel oli diabeet erineva staadiumiga (1.–5. staadium).krooniline neeruhaigus. Patsiendid jaotati kahte erinevasse rühma: "varajane krooniline krooniline neeruhaigus" ja "hiline krooniline krooniline neeruhaigus". Varajase diabeetilise kroonilise neeruhaigusega rühm määratleti kui diabeediga osalejad, kellel oli 1., 2. või 3a. staadium, samas kui hilise diabeediga kroonilise neeruhaiguse rühm määratleti osalejatena. diabeediga, kellel oli kroonilise neeruhaiguse staadium 3b, 4 või 5. Diabeediga seotudkrooniline neeruhaigusei ole= eelistatud terminoloogia, mis hõlmab mitmesuguseid täheldatavaid histoloogilisi neerukahjustusi. CKD määratletakse neerufunktsiooni järkjärgulise langusena, mida mõõdetakse hinnangulise glomerulaarfiltratsiooni kiiruse (eGFR) muutusena koos albuminuuriaga või ilma. Võimaluse korral hinnati albuminuuriat, mõõtes uriini albumiini ja kreatiniini suhet (ACR) uriini punktproovis samaaegselt nende venoosse vereproovi võtmisega. Mikroalbuminuuria defineeriti kui ACR 30–300 mg/g ja makroalbuminuuria ACR > 300 mg/g. Tunnustatakse kuus kroonilise neeruhaiguse staadiumi – 1. etapp (eGFR suurem või võrdne 90 ml/min/1,73 m2), 2 (eGFR 60–89 ml/min/1,73 m2), 3a (eGFR 45–59 ml/min/1,73 m2) ), 3b (eGFR 30–44 ml/min/1,73 m2), 4 (eGFR 20–29 ml/min/1,73 m2) ja 5 (eGFR < 20 ml/min/1,73 m2). Mis tahes põhjusest, kardiovaskulaarsetest sündmustest või haiglaravist tingitud surmaoht suureneb plahvatuslikult alates 3.b etapist.

Andmete kogumine toimus ainult ühekordsel hetkel ja hõlmas teavet vererõhu, meditsiiniliste kaasuvate haiguste, diabeedi kestuse, kroonilise neeruhaiguse staadiumi ja sellega seotud tüsistuste, ravimite ja patoloogia tulemuste kohta. Antropomeetrilised andmed ja väljaheiteproovid koguti kliiniku külastuse päeval, ülejäänud patsiendi teave koguti juurdepääsu kaudu Austin Healthi elektroonilisele haigusloole. Seejärel sisestati kogu see valitud teave selle uuringu jaoks spetsiifilisse andmebaasi hilisemaks analüüsiks. Varajase diabeediga kroonilise neeruhaiguse rühmas oli 70 ja hilises rühmas 25 osalejat. Osalejad andsid kirjaliku teadliku nõusoleku ja uuringu kiitis heaks Austraalia Victoria osariigi Austin Healthi inimuuringute eetikakomitee (HREC/17/Austin/166, projekti number ND 17/166, HRECi kinnitus 13.07.2017) ja Austraalia Deakini ülikooli inimuuringute eetikakomitee. Järgiti 1975. aasta Helsingi deklaratsiooni, mida muudeti 2013. aastal.

2.2. Väljaheidete kollektsioon

Pärast doonori kogumist 50 ml proovikonteinerisse jaotati proovid ligikaudu 0,5–1 g väiksematesse 1,5 ml Eppendorfi katsutitesse enne külmutamist temperatuuril –80 ◦C edaspidiseks DNA ekstraheerimiseks.

2.3. DNA ekstraheerimine

DNA ekstraheeriti Qiagen QIAamp® DNA Stool Mini Kitiga (viide 51504, Hilden, Saksamaa) vastavalt tootja protokollile. DNA kvantifitseerimist ja puhastamist hinnati Qubit fluoromeetriga (Invitrogen). DNA ekstraheerimine väljaheite alikvootidest viidi läbi pärast patsiendi värbamist.

2.4. DNA mikrobioomi profileerimine ja kvaliteedikontroll

PCR amplifikatsiooni ja sekveneerimise viis läbi Austraalia genoomiuuringute keskus (AGRF, Melbourne, Austraalia). PCR amplikonid genereeriti, kasutades tabelis 1 kirjeldatud praimereid ja tingimusi. Termotsüklistamine viidi lõpule seadmega Applied Biosystem 384 Veriti ja kasutades primaarse PCR jaoks AmpliTaq Gold 360 põhisegu (Life Technologies, Mulgrave, VIC, Austraalia). Esimese etapi PCR puhastati magnethelmeste abil ja proovid visualiseeriti 2-protsendilise SYBR Agarose E-Gel (Thermo-Fisher, Mulgrave, VIC, Austraalia) abil. Sekundaarne PCR amplikonide indekseerimiseks viidi läbi TaKaRa Taq DNA polümeraasiga (Takara Bio USA, Inc., Mountain View, CA, USA). Saadud amplikonid puhastati uuesti magnethelmeste abil ja kvantifitseeriti enne normaliseerimist QuantiFluor fluoromeetriga (Promega, Madison, WI, USA). Proovid ühendati ekvimolaarsetes kontsentratsioonides enne viimast puhastamist, kasutades basseini kontsentreerimiseks magnethelmeid, ja seejärel mõõdeti kõrge tundlikkusega D1000 lindi abil Agilent 2200 TapeStation Systemil. Kogum lahjendati 5 nM-ni ja molaarsus kinnitati uuesti, kasutades suure tundlikkusega D1000 teipi. Sellele järgnes järjestamine Illumina MiSeq-il (San Diego, CA, USA) V 3, 600 tsüklikomplektiga (2 × 300 aluspaari paaristatud ots).

Paarisotsa lugemised koostati, joondades edasi- ja tagasilugemised, kasutades PEAR-i (versioon 0.9.5). Krundid tuvastati ja trimmiti. Kärbitud järjestusi töödeldi, kasutades programmi Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME 1.8).USEARCH (versioon 7.1.1090) ja UPARSE tarkvara. Kasutades USEARCHi, filtreeriti järjestused kvaliteetselt, seejärel eemaldati täispikad topeltjärjestused ja sorteeriti arvukuse järgi. Üksikud või kordumatud lugemised andmekogumis jäeti kõrvale. Järjestused rühmitati, millele järgnes kimäärfiltreerimine, kasutades viitena andmebaasi "rdp{10}}gold". Lugemiste arvu saamiseks igas operatiivses taksonoomilises üksuses (OTU) kaardistati lugemised tagasi OTU-deks minimaalse identiteediga 97 protsenti. QIIME abil määrati taksonoomia Greengenesi andmebaasi (versioon 13_8, august 2013) abil.

2.5. Andmete puhastamine, normaliseerimine ja statistiline analüüs

Patsiendi omaduste kategoorilisi muutujaid testiti Fisher's Exacti abil ja pidevaid muutujaid Wilcoxoni märgistatud auaste testiga.

Andmeid kärbiti, et eemaldada esindajad, mis olid klassifitseeritud Archaea (N=4), Chloroplast (N=42) ja 22 määramata OTU-sse, mis on rakendatud paketis 'phyloseq' R statistikaprogrammi versioonis 1.26.1. Samuti eemaldasime OTU-d, mille esinemissagedus oli väiksem kui kaks, mis muutis proovi kohta registreeritud arvud ühtlasemalt jaotunud. Ülejäänud 1818 taksonit klassifitseeriti kuningriigibakterite hulka, kusjuures 69,03 protsenti määrati varjupaiga tasemele. Visualiseerisime bakterite suhtelist arvukust (arvukus> 2 protsenti) erinevates proovitüüpides, mis on klassifitseeritud varjupaiga ja perekonna tasemele.

Arvutasime vaadeldud OTU-de arvu ja võrdlesime CKD staadiumi järgi rühmitatud isendite alfa mitmekesisust (valimis), kasutades Shannoni indeksit, mis arvestab nii esinevate taksonite arvukust kui ka ühtlust. Alfa-mitmekesisuse indeksite kastiplokid genereeriti aluse R käsuga boxplot. Kuna meie andmetel on potentsiaalseid kõrvalekaldeid ja need ei olnud tavaliselt jaotunud, testiti erinevusi valimirühmade keskmiste vahel mitteparameetrilise Kruskal-Wallise testiga, kasutades käsku Kruskal. katsetada.

Beeta-mitmekesisuse jaoks (proovide vahel) kasutasime andmete logaritmi teisendust, mis skaleeriti lugemissügavuse järgi proovi kohta ning seejärel arvutasime ja joonistasime kaalutud UniFrac, mis annab suhtelise arvukuse ja fülogeneetilise erinevuse mõõtmise. Väiksem UniFraci kaugus kahe proovi vahel näitab kahe mikroobikoosluse suuremat sarnasust. UniFraci kaugused visualiseeriti põhimõttelise koordinaatide analüüsi (PCoA) graafikute abil, kasutades käske paketist "phyloseq". Põhikoordinaatide analüüs (PCoA) on mõõtmete vähendamise meetod, mis illustreerib proovide vahelist seost sõltuvalt kaugusmaatriksist ja visualiseerib keeruka andmekogumi, näiteks mikrobioomi, järelevalveta rühmitusmustri. Kasutasime paketist vegan käsku adonis, et teha permutatsiooniline mitme muutujaga dispersioonanalüüs (PERMANOVA), et kontrollida, kas iga proovirühma mikroobikooslused on oluliselt erinevad. Kõigi statistiliste testide tulemusi peeti olulisteks, kui p-väärtused<0.05.

3. Tulemused

Kliinilised ja biokeemilised omadused

Pärast proovi kvaliteedi kontrolli olid andmed kättesaadavad 95 patsiendi proovi kohta. 95-liikmelise uuringupopulatsiooni kliinilised ja biokeemilised omadused on toodud tabelis 2. Keskmine eGFR oli alguses 67,51 ml/min/1,73 m2.diabeetiline krooniline neeruhaigusrühm (koosneb 1., 2. ja 3a CKD-st) ja 24,48 ml/min/1,73 m2 hiljadiabeetiline krooniline neeruhaigusüksikisikud (koosnevad etapist 3b, 4 ja 5). See saavutas statistilise olulisuse p-väärtusega < 0,001 (Wilcoxon Signed Rank Test). Varajase kroonilise neeruhaiguse rühma keskmine vanus oli oluliselt noorem, 66,24 aastat, võrreldes 72,68 aastaga hilise kroonilise neeruhaiguse rühmas (p-väärtus=0,01). 95 värvatud patsiendi osakaal igas diabeetilise kroonilise neeruhaiguse staadiumis on näidatud joonisel 1.

Beeta mitmekesisuse indekseid kasutatakse ökoloogilise mitmekesisuse kirjeldamiseks mikroobikoosluse proovide vahel. Soolestiku mikrobioomi beeta mitmekesisus ei erinenud oluliselt diabeetiliste kroonilise neeruhaigusega patsientide varases ja hilises grupis või diabeetilise kroonilise neeruhaiguse igas etapis võrreldes teisega (PERMANOVA, p-väärtus=0,70, joonis 2A, B).

Joonis 1. Patsientide osakaal diabeetilise kroonilise neeruhaiguse (CKD) igas staadiumis

Alfa mitmekesisuse indekseid kasutatakse tavaliselt ökoloogilise mitmekesisuse kirjeldamiseks mikroobikoosluste proovides. Shannoni indeks arvestab nii liigirikkust kui ka ühtlust. Soolestiku mikrobioomi alfa mitmekesisus ei erinenud oluliselt diabeediga kroonilise neeruhaigusega patsientide varases ja hilises faasis (Shannoni indeks, KruskalWallise test, p-väärtus Vähem kui 0,05 või sellega võrdne) ega iga haiguse staadiumi vahel. diabeetiline CKD võrreldes teisega (joonis 3A, B).

Joonis 2. (A) Põhikoordinaatide analüüs (PCoA) (B) Ordinatsioonigraafikud näitavad soolestiku bakterite kogukonna erinevusi kroonilise neeruhaigusega inimestel.

Joonis 3.(A). Kasti ja vurrude graafikud näitavad mitmeid täheldatud bakteriaalseid operatiivseid taksonoomilisi ühikuid (OTU) ja Shannoni väljaheiteproovide mitmekesisuse indeksit, mis on rühmitatud kroonilise neeruhaiguse varase (1 kuni 3a) ja hilise (3b kuni 5) staadiumiga indiviidide järgi.(B) ). Kasti- ja vurrude graafikud näitavad täheldatud bakteriaalsete operatiivsete taksonoomiliste ühikute (OTU) arvu ja Shannoni väljaheiteproovide mitmekesisuse indeksit, mis on rühmitatud üksikisikute kaupa kroonilise neeruhaiguse staadiumis 1, 2, 3a, 3b, 4 ja 5.

The majority (>85-protsendilist keskmist suhtelist arvukust bakteriaalsete operatiivsete taksonoomiliste üksuste (OTU) kohta, mis on identifitseeritud sugukonna taksonoomilise tasemega kroonilise neeruhaiguse erineva staadiumiga indiviidide soolestiku mikrobioomis, esindasid sugukonnad Bacteroidetes ja Firmicutes. Firmicutes'i hõimkond oli kõige arvukam ja selle keskmine suhteline arvukus oli varases (staadiumis 1, 2 ja 3a) ja hilises (staadiumis 3b, 4 ja 5) kroonilise neeruhaiguse rühmas sarnane, moodustades 45,99 ± 0. 58 protsenti kroonilise neeruhaiguse alguses ja 49,39 ± 0,55 protsenti hilise kroonilise neeruhaiguse korral. Samuti oli Bacteroidetes'e perekonna keskmine suhteline arvukus varase diabeetilise kroonilise neeruhaiguse korral sarnane, moodustades 42.86 ± 1,40 protsenti ja 41,20 ± 1,12 protsenti hilise diabeediga kroonilise neeruhaiguse rühmas (joonis). 4A). Perekonna tasandil esindasid Bacteroidaceae ja Ruminococcaceae suurimat OTU-de arvukust varases ja hilises kroonilise neeruhaiguse rühmas, samas kui Prevotellaceae oli diabeetilise kroonilise neeruhaiguse kõigis etappides madalaim. Täpsemalt, Bacteroidaceae perekonna keskmine suhteline arvukus oli varase ja hilise diabeetilise kroonilise neeruhaiguse korral sarnane, moodustades 29,15 ± 2.02 protsenti kroonilise neeruhaiguse varases rühmas ja 29,16 ± 1,70 protsenti hilise kroonilise neeruhaiguse rühmas. Ruminococcaceae keskmine suhteline arvukus oli samuti sarnane varajase ja hilise kroonilise neeruhaiguse korral, mis koosnes 20,49 ± 0,61 protsendist varase kroonilise neeruhaiguse ja 20,22 ± 0,44 protsendist hilise kroonilise neeruhaiguse korral. Prevotellaceae väiksem arvukus jäi sarnaseks ka nii varase kui ka hilise kroonilise neeruhaiguse korral, moodustades ainult 3,87 ± 1,66 protsenti varase kroonilise kroonilise neeruhaiguse korral ja 3,36 ± 0,98 protsenti hilise diabeetilise kroonilise neeruhaiguse korral (joonis 4B).

Joonis 4. (A). Virnastatud tulpdiagrammid näitavad bakteriaalsete operatiivsete taksonoomiliste ühikute (OTU) keskmist suhtelist arvukust, mis on tuvastatud sugukonna taksonoomilise tasemega kroonilise neeruhaiguse eri staadiumidega isikute soolestiku mikrobioomis. Arvused arvutati kärbitud andmete põhjal, et eemaldada levinud OTU-d<2 samples with <2 counts in the complete dataset. (B). Stacked bar charts display the average relative abundance of bacterial operational taxonomic units (OTUs) identified to the taxonomic level of family in the gut microbiome of individuals with different stages of CKD disease. Abundances were calculated from trimmed data to remove OTUs that were prevalent in <2 samples with <2 counts in the complete dataset.

Perekonnad Faecalibacterium, Bifidobacterium, Bacteroides ja Akkermansia, mis on teadaolevalt negatiivselt seotud II tüüpi diabeediga, ei näidanud meie uuringus olulist erinevust nende suhtelises arvukuses ei varajase ega hilise diabeetilise kroonilise neeruhaiguse korral (joonis 5A–D). Füla Actinobacteria ja Firmicutes, millel on kroonilise neeruhaigusega patsientidel käärsoole ülekasv, ei näidanud taas olulist erinevust suhtelises arvukuses ei varajase ega hilise diabeetilise kroonilise neeruhaiguse korral (joonis 6A). Ureemiliste loomamudelite soolestiku mikrobioom seostati Prevotellaceae vähenenud koostisega. Meie uuringus ei näidanud Prevotellaceae perekonda kuuluv perekond Prevotella ei varajase ega hilise diabeetilise kroonilise neeruhaiguse suhtelises arvukuses olulist erinevust (joonis 6B).

Joonis 5. (A): Kasti ja vurrude graafikud näitavad perekondade Ruminococcus ja Faecalibacterium suhtelist arvukust varase ja hilise kroonilise neeruhaiguse rühmade vahel. ns tähistab mitteolulisust. (B): kasti ja vuntside graafikud näitavad perekonna Bifidobacterium suhtelist arvukust varase ja hilise kroonilise neeruhaiguse rühmade vahel. ns tähistab mitteolulisust. (C): kasti ja vuntside graafikud näitavad perekonna Bacteroides suhtelist arvukust varase ja hilise kroonilise neeruhaiguse rühmade vahel. (D): kasti ja vurrude graafikud näitavad perekonna Akkermansia suhtelist arvukust varase ja hilise kroonilise neeruhaiguse rühmade vahel. ns tähistab mitteolulisust.

Joonis 6. (A): Kasti ja vuntside graafikud näitavad phyla Firmicutes ja Actinobacteria suhtelist arvukust varase ja hilise kroonilise neeruhaiguse rühmade vahel. ns tähistab mitteolulisust. (B): kasti ja vurrude graafikud näitavad perekonna Prevotella suhtelist arvukust varase ja hilise kroonilise neeruhaiguse rühmade vahel. ns tähistab mitteolulisust.

4. Arutelu

Märkimisväärne hulk kirjandust annab tõendeid soolestiku mikrobiota rolli kohta kroonilistes metaboolsetes haigustes, sealhulgas II tüüpi diabeedis. Tavaliselt teatatud leidude hulgas olid Bifidobacterium, Bacteroides, Faecalibacterium, Akkermansia ja Roseburia perekonnad seotud 2. tüüpi diabeediga negatiivselt, samas kui perekonnad Ruminococcus, Fusobacterium ja Blautia olid positiivselt seotud II tüüpi diabeediga. Soolestiku mikrobiota võib olla väga kohanemisvõimeline muutustega biokeemilises keskkonnas, samas kui hiljutised uuringud, mille on läbi viinud Vaziri et al. on näidanud aeroobsete ja anaeroobsete bakterite arvu suurenemist kroonilise neeruhaigusega patsientide peensooles koos proteobakterite, aktinobakterite ja firmikute ülekasvuga käärsooles.

Diabeetiline krooniline neeruhaigus on keerukate patofüsioloogiliste protsessidega mitmesüsteemne haigusprotsess. Tõepoolest, põhjus-tagajärg seost sellise dünaamilise patoloogilise protsessi ja sellega seotud muutuste vahel soolestiku mikrobiotas on raske eristada. Teadaolevalt kroonilise neeruhaiguse düsbioosi eest vastutavad tegurid hõlmavad soolebarjääri suurenenud läbilaskvust, mis on sekundaarne kroonilise neeruhaigusega seotud põletikulise ja ureemilise miljöö tõttu, ning sellele järgnenud patogeensete bakterite ja bakteriaalsete endotoksiinide translokatsiooni soole luumenist vereringesse, mis on tingitud sellest suurenenud soolestiku läbilaskvusest. Enamik diabeediga seotud kroonilise neeruhaigusega inimesi saavad sageli laia toimespektriga antibiootikume, kuna sellest seisundist tulenevad infektsioonid on suurenenud. Selliste antibiootikumide kasutamine põhjustab tasakaalustamatust Firmicutes'i ja Bacteroidetes'i vahel. Bakterite mitmekesisus väheneb, nagu ka nende bakterite arvukus sellistel raviperioodidel. Lisaks on bakterite metabolismi ja soolestiku düsbioosi oluline regulaator toitainete kättesaadavus ja koostis, eriti seedimata süsivesikute ja valkude suhe. Praegu on mitmeid kroonilise neeruhaigusega seotud protsesse, mis põhjustavad sellist soolestiku düsbioosi. Näiteks on kroonilise neeruhaiguse korral halvenenud valgu imendumine peensooles, mis põhjustab toiduvalgu koguse suurenemist käärsooles ja sellest tulenevalt käärsoole süsivesikute ja valgu suhte vähenemist. See muutus substraadi saadavuses võib soodustada üleminekut tervelt sahharolüütiliselt (Bifidobacterium ja Lactobacillus liigid) patogeensemale proteolüütilisele fermentatsioonimustrile. Kuigi diabeedi düsbioosi mehhanismid on vähem selged, on näidatud, et diabeediga inimestel on üldiselt vähenenud bakterite mitmekesisus, mida iseloomustab butüraati tootvate bakterite, nagu Faecalibacterium prausnitzii ja Roseburia intestinalis, vähenemine koos oportunistlike patogeenide arvu suurenemisega.

Ainuüksi diabeediga seotud kroonilise neeruhaigusega seotud soole düsbiootilise põhjusliku seose eraldamise võime jääb kliiniliseks väljakutseks, kuna esineb mitmeid kaasuvaid haigusi, nagu hüpertensioon, rasvumine ja veresoonkonnahaigused. Lisaks hõlmavad diabeetilise kroonilise neeruhaiguse ravistrateegiad ravimeid ja toitumispiiranguid, mis, nagu ülalpool kirjeldatud, võivad sõltumatult mõjutada soolestiku mikrobioomi. Nendest keerukustest hoolimata on mõistlik oletada, etneeruhaigusja soolestiku mikrobiota võivad üksteist mõjutada.

Eelkõige on dokumenteeritud soolestiku mikrobioomi erinevused tervete ja diabeetilise kroonilise neeruhaigusega inimeste vahel [16, 23, 46]. Neid andmeid silmas pidades tegime 95 väljaheiteproovis DNA profiilide ristlõike analüüsi Austraalia populatsioonist, kellel oli valdavalt II tüüpi diabeet ja kroonilise neeruhaiguse erinevad staadiumid (1–5), et vastata küsimusele, kas soolestiku mikrobioom muutub diabeetilise kroonilise neeruhaiguse erinevad etapid. Sellisena oli esmane tulemusnäitaja tuvastada võimalikud erinevad mikrobioomiprofiilid varase ja hilise kroonilise neeruhaigusega rühmade vahel. Kroonilise neeruhaiguse 1., 2. ja 3a staadiumide eraldamise alus varajasse gruppi ning kroonilise neeruhaiguse 3b, 4 ja 5 staadium hilisesse rühma, sest progresseeruva neerufunktsiooni häire ja südame-veresoonkonna haiguste risk suureneb oluliselt alates kroonilise neeruhaiguse 3b staadiumist. ja kliinilised sekkumised, mille eesmärk on aeglustada kroonilise neeruhaiguse progresseerumist, on eriti olulised.

Andmed on näidanud, et varase ja hilise diabeetilise kroonilise neeruhaigusega isikute soolestiku mikrobioom ning diabeetilise kroonilise neeruhaiguse kõigis 1.–5. staadiumis on sarnane. Kooskõlas kirjandusega oleme näidanud, et meie kohordis on ülekaalus Firmicutes ja Bacteroidetes (joonis 4A). Oma uuringus oleme selgelt näidanud, et 2. tüüpi diabeediga negatiivselt seotud perekonnad, mis põhjustavad düsbioosi, eriti Faecalibacterium, Bifidobacterium, Bacteroides ja Akkermansia, esinevad kroonilise neeruhaiguse staadiumides sarnases koguses (joonis 5A–D). Positiivselt seotud perekond Ruminococcus II tüüpi diabeediga inimestel ei näita samuti olulist erinevust selle suhtelises arvukuses varases või hilises staadiumis diabeetilise kroonilise neeruhaiguse korral (joonis 5A). Proteolüütilised bakterid phyla Actinobacteria ja Firmicutes, mis on näidanud, et põhjustavad käärsoole ülekasvu, esinesid kroonilise neeruhaiguse etappides sarnase suhtelise arvukusega (joonis 6A). Lisaks, kui uurisime diabeetilise kroonilise neeruhaiguse iga etapi mikroobiproovi ökoloogilist mitmekesisust ja võrdlesime seda kõigi teiste diabeetilise kroonilise neeruhaiguse staadiumidega, ei täheldanud me ikkagi olulist erinevust (joonis 3B). Need leiud kinnitavad teadaolevaid tõendeid düsbioosi kohta haigusseisundites, kuid pakuvad lisaks uusi tõendeid selle kohta, et omandatud soole düsbioos varases staadiumis diabeetilise kroonilise neeruhaiguse korral jääb stabiilseks ja püsib kuni haiguse progresseerumise hilisemate etappideni. Need andmed põhinevad olemasoleval kirjandusel, kus seedetrakti mikroobide koostist uuriti kahes CKD rühmas. Kai-Yu Xu jt. uuris soolestiku mikrobioomi 15 patsiendil kõrge GFR-i alarühmas, mis defineeriti kui GFR suurem või võrdne 7 ml/min/1,73 m2, ja madala GFR-iga alarühmas, mis on määratletud kui GFR väiksem või võrdne 7 ml/min/1,73 m2 . Kuigi see on kooskõlas meie andmetega, on nende uuringust raske teha liiga palju järeldusi, arvestades väikest arvu alarühmades ja GFR-i piirväärtuste kasutamist, mis ei kajasta haiguse erinevate etappide kliinilist spektrit.krooniline neeruhaigus, kuna mõlemad alarühmad kuuluvad 5. etappi või lõppstaadiumisseneeruhaigus.

Meie andmed on näidanud, et bakteriaalse päritolu ja perekonna keskmine suhteline arvukus diabeetilise kroonilise neeruhaiguse 1.–5. etapis oli enamasti sarnane (joonis 4A, B). See on kooskõlas Yacoubi jt uuringu andmetega, milles hinnati polütsüstiliste haigustega inimeste soolestiku mikrobioomi.neeruhaiguskroonilise neeruhaiguse erinevate staadiumidega. Yacoub jt viisid läbi uuringu väga valitud isikute rühmas, kellel oli ainult polütsüstneeruhaigusja 3 kroonilise neeruhaiguse rühma ilma segavate diabeedi ja hüpertensiooni kaasuvate haigusteta, et uurida erineva raskusastmega neerupuudulikkuse mõju inimese soolestiku mikrobioomile. Vaatamata kuue patsiendi väikesele arvule igas kolmes kroonilise neeruhaiguse rühmas, ei näidanud nad erinevust operatiivsetes taksonoomilistes üksustes (OTU) füla tasemel nende kolme erineva neerufunktsiooni häirega rühma vahel.

Kroonilise neeruhaigusega on seostatud eraldiseisvat soolestiku mikrobioomi vähendatud Prevotellaceae perekondadega. Kooskõlas selle kirjandusega on meie tulemused näidanud kasulike Prevotellaceae madalat keskmist suhtelist arvukust nii diabeetilise kroonilise neeruhaiguse varases (3,87 ± 1,66 protsenti) kui ka hilises (3,36 ± 0,98 protsenti) staadiumis (joonis 6B). . Prevotella tüvesid peetakse klassikaliselt kommensaalseteks bakteriteks nende ulatusliku esinemise tõttu terves inimkehas. Prevotella on perekond, millel on suur geneetiline mitmekesisus liikide sees ja vahel, mis võib seletada selle arvukust inimese terves mikrobiotas. Nagu varem kirjeldatud, toodavad need kommensaalsed bakterid lühikese ahelaga rasvhappeid (SCFA), eriti võihapet, mis on soolestiku tervise säilitamiseks ülioluline. SCFA-de rollid hõlmavad, kuid ei piirdu, sooleepiteeli toitumis- ja energiakomponentide tootmist, soolebarjääri funktsioonide säilitamist ja põletiku raskuse vähendamist. Sarnaselt meie uuringule, Vaziri et al. leidis ureemilistel loomadel Prevotellaceae perekonna vähenenud arvukuse.

Meie uuringus ei ilmnenud operatiivsetes taksonoomilistes üksustes (OTU-d) tõendatavat erinevust ühelgi taksonoomilisel tasemel diabeetilise kroonilise neeruhaiguse kõigis staadiumides, mis viitab sellele, et düsbioos ilmneb diabeetilise kroonilise neeruhaiguse varakult ja püsib kuni haiguse hilise staadiumini, mis suurendab küsimus, millist rolli mängib soolestiku düsbioos diabeetilise kroonilise neeruhaiguse progresseerumisel. Me oletame, et düsbioos on üks paljudest teguritest, mis võivad mõjutada diabeetilise kroonilise neeruhaiguse progresseerumist. Kaasnevad haigused, nagu hüpertensioon, diabeet ja veresoonkonnahaigused, koos proteinuuria ja geneetikaga on mõned selle patogeneesi tegurid.krooniline neeruhaigus. Viimasel ajal on üha rohkem tõendeid selle kohta, et geeni-keskkonna interaktsioon kompleksse fenotüübi määramisel, mida tuntakse ka kui epigeneetikat, aitab kaasa ka patogeneesile.krooniline neeruhaigus.Me oletame, et soolestiku düsbioos, mis on sarnane ülaltoodud heterogeensete riskiteguritega, võib põhjustada kroonilise neeruhaiguse progresseerumisel potentsiaalse tundlikkuse teguri.

On teada, et soolestiku düsbioosi korral kasvavad patogeensed bakterid üle ja eritavad peremeesorganismi vereringesüsteemi suuremas koguses lipopolüsahhariide, peptidoglükaane ja bakteriaalset DNA-d, mis kahjustavad soolestiku läbilaskvust. Selle tulemuseks on soole-limaskesta immuunsüsteemi ja põletikulise kaskaadi aktiveerumine selliste tegurite nagu interleukiini (IL)-6, interferooni (IFN-) ja tuumori nekroosifaktori (TNF) tootmisega. Sellist püsivat immuunsüsteemi aktivatsiooni peetakse nüüd kroonilise neeruhaiguse progresseerumise ja kardiovaskulaarsete tüsistuste peamiseks riskiteguriks. Soole düsbioosi mõju põletikuliste tegurite tootmiseleCKDuurisid Li F et al. . ja nende tulemused näitavad, et mikrobiota düsbioos võib soodustada kroonilist süsteemset põletikkuCKD.

Diabeet esineb väga sageli ja on kogu maailmas pandeemilises proportsioonis diabeedi ajalkrooniline neeruhaiguson tavaline järg. Kuid ainult suhteliselt väike osa neist isikutest, kellel onCKDedasi liikudalõppstaadiumis neeruhaigus (ESKD)oma elu jooksul. Me oletame, et kõik traditsioonilised riskifaktorid võivad olla seotud kroonilise neeruhaiguse arenguga, kuid selle haiguse progresseeruv iseloom, mis esineb vähemuses kõigist selle haigusseisundiga inimestest, võib olla kõigi nende vastuvõtlikkuse tegurite kompleksse koostoime tulemus. , sealhulgas soolestiku düsbioos (täiendavad materjalid joonis S1).

Üks selle uuringu piiranguid on selle väike valimi suurus, eriti ainult 25 patsiendi olemasolu, kellel on hilises staadiumis (3b–5) diabeetiline krooniline neeruhaigus, mis võib põhjustada mikroobide suundumuste äratundmise võime kaotust. Selle üheks põhjuseks on asjaolu, et uuritavad valiti endokriinsüsteemi ambulatoorsest kliinikust, kus on väiksem kalduvus näha kaugelearenenud neerufunktsiooni häireid. Tunnistame, et hilise kroonilise neeruhaiguse rühma väikese valimi suuruse loomupärane probleem koos meie suure arvu ühismuutujatega tooks kaasa piiratud statistilise võimsuse mikrobioomi erinevuste tuvastamiseks, samuti mõju hinnangu ebatäpsuse ja kõrgenenud valepositiivsete määrade. Muud piirangud hõlmavad selle uuringu kohordi ristlõike olemust, mis tähendas, et patsientide proove koguti ainult ühekordsetes punktides ja neid ei uuritud pikisuunas. Lisaks ei sisaldanud meie andmekogum teavet antibiootikumide kasutamise kohta, mis teadaolevalt mõjutab soolestiku mikrobioomi koostist. Teine oluline piirang on see, et osalejate toitumisharjumusi ei registreeritud, mis mõjutab alati tulemuste tulemusi. Samuti ei olnud tervet rühma, kuid nagu eelnevalt kirjeldatud, on tervete ja haigete rühmade vaheline mikrobioom hästi iseloomustatud ja see ei olnud selle uuringu eesmärk.

Tulevased suunad selles uurimisvaldkonnas peaksid hõlmama pikisuunalist uuringut suurema hulga patsientidega diabeetilise kroonilise neeruhaiguse igas staadiumis (1–5), keskendudes II tüüpi diabeedi domineerivale vormile koos teabega, mis hõlmab toidu tarbimist ja ravimid, eriti antibiootikumide kasutamise kohta.

See uuring tõstatab mõned ootamatud, kuid huvitavad küsimused diabeediga ja varieeruva diabeediga inimeste mikrobioomi kohtaneerufunktsiooni häired. Praeguse kirjanduse põhjal teame, et tervete inimeste ja diabeetilise kroonilise neeruhaigusega inimeste soolestiku mikrobioomis on oluline erinevus. Selle uuringu piires ei täheldanud me aga olulist muutust mikrobioomis üheski diabeetilise kroonilise neeruhaiguse kuuest etapist. Teeme ettepaneku, et kui patsiendid saavutavad varase diabeetilise kroonilise neeruhaiguse korral düsbioosi seisundi, jääb see düsbioos suhteliselt samaks ja seda võib pidada vastuvõtlikkuse riskiteguriks, mis koos teiste (traditsiooniliste ja uudsete) riskiteguritega mõjutavad diabeedi progresseerumist hilises staadiumis. CKD.

5. Kokkuvõtted

Kokkuvõtteks näitavad andmed, mis pärinevad meie kroonilise neeruhaigusega seotud diabeediga inimeste rühmast, ülekaalus phyla Firmicutes ja Bacteroidetes. Suurimat arvukust esindavad perekonnad Ruminococcaceae ja Bacteroidaceae, samas kui kasuliku Prevotellaceae perekonna arvukus vähenes. Kõige huvitavam tähelepanek on see, et nende soolestiku mikroobide suhteline arvukus ei muutu diabeetilise kroonilise neeruhaiguse staadiumides (1–5), mis viitab sellele, et see on diabeediga seotud kroonilise neeruhaiguse arengu varane sündmus. Negatiivselt seotud perekonnad Bifidobacterium, Bacteroides, Faecalibacterium ja Akkermansia 2. tüüpi diabeedi kohta näitasid sarnast suhtelist arvukust varase ja hilise kroonilise neeruhaiguse rühmade vahel, nagu ka positiivselt seotud Ruminococcus. Hüpoteesime, et diabeetilise kroonilise neeruhaiguse varases staadiumis omandatud düsbiootiline mikrobioom jääb suhteliselt staatiliseks ja on vaid üks paljudest riskifaktoritest, mis mõjutavad progresseeruvat haigust.neerufunktsiooni häired. Need leiud nõuavad täiendavat uurimist suuremates patsientide kohortides, mida jälgiti aja jooksul pikisuunas mitme proovivõtmise ja kliiniliste andmetega, sealhulgas teave toitumise ja ravimite kohta. Alles siis on võimalik kindlalt testida, kas düsbiootilise mikrobioomi koostis jääb samaks või muutub oluliselt kroonilise diabeetilise haiguse progresseerumisel.neeruhaigus?

Rahastamine:See uurimus ei saanud erilist rahastust.

Teadliku nõusoleku avaldus:Kõigilt uuringusse kaasatud isikutelt saadi teadlik nõusolek.

Tänuavaldused:Autorid soovivad tänulikult tunnustada Kyoko Hasebet DNA ekstraheerimise ja protokolli läbivaatamise abistamise eest. Autorid tunnustavad osalejaid, kes andsid uuringule heldelt aega.

Huvide konfliktid:Autorid ei kinnita huvide konflikti.

1. Hooper, LV; Gordon, JI Commensali peremees-bakterite suhted soolestikus. Teadus 2001, 292, 1115–1118.

2. Bourlioux, P.; Koletzko, B.; Guarner, F.; Braesco, V. Soolestik ja selle mikrofloora on partnerid peremeesorganismi kaitsmisel: aruanne Danone'i sümpoosioni "The Intelligent Intestine" kohta, mis toimus Pariisis 14. juunil 2002. Am. J. Clin. Nutr. 2003, 78, 675–683.

3. Rodríguez, JM; Murphy, K.; Stanton, C.; Ross, RP; Kober, OI; Juge, N.; Avershina, E.; Rudi, K.; Narbad, A.; Jenmalm, MC; et al. Soolestiku mikrobiota koostis kogu elu jooksul, rõhuasetusega varasel eluperioodil. Microb. Ecol. Tervendada. Dis. 2015, 26, 26050.

4. Aron-Wisnewsky, J.; Clément, K. Soolestiku mikrobioom, toitumine ja seosed kardiometaboolsete ja krooniliste häiretega. Nat. Rev Nephrol. 2015, 12, 169–181.

5. Huttenhower, C.; Gevers, D.; Knight, R.; Abbucker, S.; mäger, JH; Chinwalla, AT; Creasy, HH; Earl, AM; FitzGerald, MG; Fulton, RS; et al. Terve inimese mikrobiomi struktuur, funktsioon ja mitmekesisus. Loodus 2012, 486, 207–214.

6. Ley, RE; Turnbaugh, PJ; Klein, S.; Gordon, JI Inimese soolestiku mikroobid, mis on seotud rasvumisega. Loodus 2006, 444, 1022–1023.

7. Karlsson, FH; Tremaroli, V.; Nookaew, I.; Bergström, G.; Behre, CJ; Fagerberg, B.; Nielsen, J. Soolestiku metagenoom normaalse, kahjustatud ja diabeetilise glükoosikontrolliga Euroopa naistel. Loodus 2013, 498, 99–103.

8. Rahvusvaheline Diabeedi Föderatsioon (IDF). Diabeedi atlas, 7. väljaanne; Rahvusvaheline Diabeedi Föderatsioon: Brüssel, Belgia, 2015.

9. US Renal Data System 2008. Aastane andmearuanne. Kroonilise neeruhaiguse ja lõppstaadiumis neeruhaiguse atlas Ameerika Ühendriikides; Riiklikud terviseinstituudid, riiklikud diabeedi- ja seede- ja neeruhaiguste instituudid: Bethesda, MD, USA, 2008.

10. Valmadrid, CT; Klein, R.; Moss, SE; Klein, BE Südame-veresoonkonna haigustesse suremuse risk, mis on seotud mikroalbuminuuria ja brutoproteinuuriaga vanemas eas suhkurtõvega inimestel. Arch. Intern. Med. 2000, 160, 1093–1100.

11. Carrero, JJ; Stenvinkel, P. Püsiv põletik kui kroonilise neeruhaiguse muude riskifaktorite katalüsaator: hüpoteesi ettepanek. Clin. J. Am. Soc. Nephrol. 2009, 4 (lisa 1), S49–S55.

12. Larsen, N.; Vogensen, FK; van den Berg, FWJ; Nielsen, DS; Andreasen, AS; Pedersen, BK; Abu Al-Soud, W.; Sørensen, SJ; Hansen, LH; Jakobsen, M. Soolestiku mikrobioot 2. tüüpi diabeediga täiskasvanutel erineb mittediabeetiliste täiskasvanute omast. PLoS ONE. 2010, 5, e9085.

13. Qin, J.; Li, Y.; Cai, Z.; Li, S.; Zhu, J.; Zhang, F.; Liang, S.; Zhang, W.; Guan, Y.; Shen, D.; et al. Metagenoomi hõlmav soolestiku mikrobiota assotsiatsiooniuuring II tüüpi diabeedi korral. Loodus 2012, 490, 55–60.

14. Hatch, M.; Freel, RW; Vaziri, ND Oksalaadi eritumine soolest kroonilise neerupuudulikkuse korral. J. Am. Soc. Nephrol. 1994, 5, 1339–1343.

15. Vaziri, ND; Freel, RW; Hatch, M. Kroonilise eksperimentaalse neerupuudulikkuse mõju uraadi metabolismile. J. Am. Soc. Nephrol. 1995, 6, 1313–1317.

16. Xu, K.-Y.; Xia, G.-H.; Lu, J.-Q.; Chen, M.-X.; Zhen, X.; Wang, S.; Sina, C.; Nie, J.; Zhou, H.; Yin, J. Neerufunktsiooni kahjustus ja soolestiku mikrobiota düsbioos aitavad kaasa trimetüülamiin-N-oksiidi suurenemisele kroonilise neeruhaigusega patsientidel. Sci. Vabariik 2017, 7, 1–12.

17. Yacoub, R.; Nugent, M.; Cai, W.; Nadkarni, GN; Chaves, LD; Abyad, S.; Honan, AM; Thomas, SA; Zheng, W.; Valiyaparambil, SA; et al. Täiustatud glükatsiooni lõpptoodete toitumispiirangu mõju bakteriaalsele soolestiku mikrobiootale peritoneaaldialüüsi patsientidel; randomiseeritud avatud kontrollitud uuring. PLoS ONE 2017, 12, e0184789.

18. Sabatino, A.; Regolisti, G.; Cosola, C.; Gesualdo, L.; Fiaccadori, E. Soolestiku mikrobioota 2. tüüpi diabeedi ja kroonilise neeruhaiguse korral. Curr. Diabeedi Vabariik 2017, 17, 16.

19. Felizardo, RJF; Castoldi, A.; Andrade-Oliveira, V.; Câmara, NOS Mikrobioota ja kroonilised neeruhaigused: kahe teraga mõõk. Clin. Tõlk. Immunol. 2016, 5, e86. 20. Wong, J.; Piceno, YM; DeSantis, TZ; Pahl, M.; Andersen, GL; Vaziri, ND Ureaasi ja urikaasi sisaldava, indooli ja p-kresooli moodustava ning lühikese ahelaga rasvhappeid tootva soolestiku mikrobiota kokkutõmbumine ESRD-s. Olen. J. Nephrol. 2014, 39, 230–237.

21. Le Chatelier, E.; Nielsen, T.; Qin, J.; Prifti, E.; Hildebrand, F.; Falony, G.; Almeida, M.; Arumugam, M.; Batto, J.-M.; Kennedy, S.; et al. Inimese soolestiku mikrobioomi rikkus korreleerub metaboolsete markeritega. Loodus 2013, 500, 541–546.

22. de Andrade, LS; Ramos, CI; Cuppari, L. Neeru ja soolestiku vaheline ristkõne: mõju kroonilisele neeruhaigusele. Nutrire 2017, 42, 27.

23. Vaziri, ND; Wong, J.; Pahl, MV; Piceno, YM; Yuan, J.; DeSantis, TZ; Ni, Z.; Nguyen, T.-H.; Andersen, GL Krooniline neeruhaigus muudab soolestiku mikroobset floorat. Kidney Int. 2013, 83, 308–315.

24. Martinez-Castelao, A.; Navarro-Gonzalez, JF; Gorriz, JL; de Alvaro, F. Diabeetilise nefropaatia kontseptsioon ja epidemioloogia on viimastel aastatel muutunud. J. Clin. Med. 2015, 4, 1207–1216.

25. Sihtasutus, NK ACR.

26. Mine, AS; Chertow, GM; Fan, D.; McCulloch, CE; Hsu, C.-Y. Krooniline neeruhaigus ja surmaoht, kardiovaskulaarsed sündmused ja haiglaravi. N. Ingl. J. Med. 2004, 351, 1296–1305.

27. Zhang, J.; Kobert, K.; Flouri, T.; Stamatakis, A. PEAR: Kiire ja täpne Illumina Paired-End lugemise liitmine. Bioinformaatika 2014, 30, 614–620.

28. Caporaso, JG; Kuczynski, J.; Stombaugh, J.; Bittinger, K.; Bushman, FD; Costello, EK; Fierer, N.; Peña, AG; Goodrich, JK; Gordon, JI; et al. QIIME võimaldab analüüsida suure läbilaskevõimega kogukonna järjestusandmeid. Nat. Methods 2010, 7, 335–336.

29. Edgar, RC Otsimine ja rühmitamine suurusjärkude võrra kiirem kui BLAST. Bioinformaatika 2010, 26, 2460–2461.

30. Edgar, RC; Haas, BJ; Clemente, JC; Quince, C.; Knight, R. UCHIME parandab kimääride tuvastamise tundlikkust ja kiirust. Bioinformaatika 2011, 27, 2194–2200.

31. Edgar, RC UPARSE: Väga täpsed OTU järjestused mikroobide amplikoni lugemisest. Nat. Methods 2013, 10, 996–998.

32. DeSantis, TZ; Hugenholtz, P.; Larsen, N.; Rojas, M.; Brodie, EL; Keller, K.; Huber, T.; Dalevi, D.; Hu, P.; Andersen, GL Greengenes, kimääriga kontrollitud 16S rRNA geenide andmebaas ja ARB-ga ühilduv töölaud. Rakendus Keskkond. Microbiol. 2006, 72, 5069–5072.

33. McMurdie, PJ; Holmes, S. phyloseq: R-pakett mikrobioomide loendusandmete reprodutseeritava interaktiivse analüüsi ja graafika jaoks. PLoS ONE. 2013, 8, e61217.

34. Shannon, CE Kommunikatsiooni matemaatiline teooria. Bell Syst. Tehn. J. 1948, 27, 379–423.

35. Bauer, DF Usaldushulkade konstrueerimine reitingustatistika abil. J. Am. Stat. Assoc. 1972, 67, 687.

36. Lozupone, C.; Knight, R. UniFrac: Uus fülogeneetiline meetod mikroobikoosluste võrdlemiseks. Rakendus Keskkond. Microbiol. 2005, 71, 8228–8235.

37. Lozupone, C.; Lladser, ME; Knights, D.; Stombaugh, J.; Knight, R. UniFrac: tõhus kaugusmõõdik mikroobikoosluste võrdlemiseks. ISME J. 2011, 5, 169–172.

38. Oksanen, J.; Kindt, R.; Legendre, P.; O'Hara, B.; Simpson, GL; Solymos, P.; Stevens, MHH; Eduard Szoecs, E.; Wagner, H. Vegan: Kogukonna ökoloogia pakett. R-paketi versioon 1.{2}}. 2008.

39. Gurung, M.; Li, Z.; Sina, H.; Rodrigues, R.; Hüppa, DB; Morgan, A.; Shulzhenko, N. Soolestiku mikrobiota roll 2. tüüpi diabeedi patofüsioloogias. EBioMedicine 2020, 51, 102590.

40. Sircana, A.; Framarin, L.; Leone, N.; Berrutti, M.; Castellino, F.; Parente, R.; De Michieli, F.; Paschetta, E.; Musso, G. Muutunud soolestiku mikrobioota 2. tüüpi diabeedi korral: lihtsalt kokkusattumus? Curr. Diabeedi Vabariik 2018, 18, 98.

41. Vaziri, ND; Yuan, J.; Nazertehrani, S.; Ni, Z.; Liu, S. Krooniline neeruhaigus põhjustab mao ja peensoole epiteeli tiheda ühenduskoha häireid. Olen. J. Nephrol. 2013, 38, 99–103.

42. Rinninella, E.; Raoul, P.; Cintoni, M.; Franceschi, F.; Miggiano, GAD; Gasbarrini, A.; Mele, MC Mis on terve soolestiku mikrobiota koostis? Muutuv ökosüsteem vanuse, keskkonna, toitumise ja haiguste lõikes. Mikroorganismid 2019, 7, 14.

43. Bammens, B.; Verbeke, K.; Vanrenterghem, Y.; Evenepoel, P. Tõendid valgu halvenenud assimilatsiooni kohta kroonilise neerupuudulikkuse korral. Kidney Int. 2003, 64, 2196–2203.

44. Moraes, C.; Fouque, D.; Amaral, AC; Mafra, D. Trimetüülamiin-N-oksiid soolestiku mikrobiotast kroonilise neeruhaigusega patsientidel: keskenduge dieedile. J. Ren. Nutr. 2015, 25, 459–465.

45. Montemurno, E.; Cosola, C.; Dalfifino, G.; Daidone, G.; De Angelis, M.; Gobbetti, M.; Gesualdo, L. Mida sa tahaksid süüa, hr CKD Microbiota? Vahemere dieet, palun! Neerude vererõhk. Res. 2014, 39, 114–123.

46. ​​Gradisteanu, G.; Stoica, R.; Petcu, L.; Picu, A.; Suceveanu, A.; Salmen, T.; Stefan, D.; Serafifinceanu, C.; Chififiriuc, MC; Stoian, AP Microbiota allkirjad kroonilise neeruhaigusega -2 tüüpi diabeediga patsientidel – pilootuuring. J. Mind Med Sci. 2019, 6, 130–136.

47. Li, F.; Wang, M.; Wang, J.; Li, R.; Zhang, Y. Soolestiku mikrobiota muutused ja nende seos kroonilise neeruhaiguse põletikuliste teguritega. Ees. Kamber. Nakata. Microbiol. 2019, 9, 206.

48. Yacoub, R.; Nadkarni, GN; McSkimming, DI; Chaves, LD; Abyad, S.; Bryniarski, MA; Honan, AM; Thomas, SA; Gowda, M.; Tema, JC; et al. Polütsüstilise neeruhaigusega patsientide fekaalse mikrobiota analüüs vastavalt neerufunktsioonile: pilootuuring. Exp. Biol. Med. 2019, 244, 505–513.

49. Precup, G.; Vodnar, D.-C. Gut Prevotella kui dieedi võimalik biomarker ja selle eubiootilised ja düsbiootilised rollid: põhjalik kirjanduse ülevaade. Br. J. Nutr. 2019, 122, 131–140.

50. den Besten, G.; van Eunen, K.; Groen, AK; Venema, K.; Reijngoud, DJ; Bakker, BM Lühikese ahelaga rasvhapete roll dieedi, soolestiku mikrobiota ja peremeesorganismi energia metabolismi koosmõjus. J. Lipid Res. 2013, 54, 2325–2340.

51. Peng, L.; Li, ZR; roheline, RS; Holzman, IR; Lin, J. Butüraat tugevdab soolebarjääri, hõlbustades tiheda ristmiku kokkupanekut AMP-aktiveeritud proteiinkinaasi aktiveerimise kaudu Caco-2 rakkude monokihtides. J. Nutr. 2009, 139, 1619–1625.

53. Keku, TO; Dulal, S.; Deveaux, A.; Jovov, B.; Han, X. Seedetrakti mikrobiota ja kolorektaalne vähk. Olen. J. Physiol. Maksa füsiool. 2015, 308, G351–G363.

53. Staples, A.; Wong, C. Kroonilise neeruhaiguse progresseerumise riskifaktorid. Curr. Arvamus. Pediatr. 2010, 22, 161–169.

54. Tiib, MR; Ramezani, A.; Gill, HS; Devaney, JM; Raj, DS Kroonilise neeruhaiguse progresseerumise epigeneetika: fakt või fantaasia? Semin. Nephrol. 2013, 33, 363–374.

55. Sabatino, A.; Regolisti, G.; Brusasco, I.; Cabassi, A.; Morabito, S.; Fiaccadori, E. Soolebarjääri ja mikrobiota muutused kroonilise neeruhaiguse korral. Nephrol. Helista. Siirdamine. 2014, 30, 924–933.

56. Käsi, TW; Vujkovic-Cvijin, I.; Ridaura, VK; Belkaid, Y. Mikrobioota, kroonilise haiguse ja immuunsüsteemi ühendamine. Trends Endokrinool. Metab. 2016, 27, 831–843.

57. Rossi, M.; Campbell, KL; Johnson, DW; Stanton, T.; Vesiey, DA; Coombes, JS; Weston, KS; Hawley, CM; McWhinney, BC; Ungerer, JP; et al. Valkudega seotud ureemilised toksiinid, põletik ja oksüdatiivne stress: läbilõikeuuring kroonilise neeruhaiguse 3.–4. staadiumis. Arch. Med Res. 2014, 45, 309–317.

58. Darisipudi, MN; Knauf, F. Uuendused põletikulise rolli kohta neeruhaiguste patogeneesis. Pediatr. Nephrol. 2015, 31, 535–544.

59. Torino, TC; Tonelli, M.; Manns, BJ; Ahmed, SB; Ravani, P.; James, M.; Hemmelgarn, BR ESRD eluaegne risk. J. Am. Soc. Nephrol. 2012, 23, 1569–1578.

LISATEABE SAADA:david.deng@wecistanche.com