Kroonilise südamepuudulikkuse ravimise mehhanismi uurimine kõrbes tsistanche abil, mis põhineb võrgu farmakoloogial koos Geo andmebaasi ⅱ mitmekihilise analüüsiga ⅱ
Dec 12, 2024
2.2 Cistanche Derticola toimeainete sihtmärkide ennustamine
Integreerides TCMSP andmebaasist, ETCM -i andmebaasist, PubChemi andmebaasist, Šveitsi sihtprognoosimise ennustamise platvormist ja PharmMapperi analüüsiplatvormilt saadud sihtandmeid, saadi kokku 11 063 sihtmärki. Pärast UniProti andmebaasist pärit geenide lühendiks muundamist ja seejärel liidu ja deduplikatsiooni töötlemist saadi lõpuks 1469 sihtmärki.
Kroonilise südamepuudulikkuse ravimtaimede toidulisandid
2.3 Krooniline südamepuudulikkus
GEO target search results The GEO database was used to obtain the gene chip data sets GSE42955, GSE16499 and GSE84796, and differential gene analysis was performed on cardiac tissue samples of CHF patients and healthy controls. The limma R package in Rstudio was used for analysis, and the screening conditions were set as [log2 (FC)]>0. 5 ja parandatud p<0.05. Results A total of 3279 differentially expressed genes (DEGs) were obtained, of which 1785 genes were upregulated in CHF and 1494 genes were downregulated in CHF. After taking the intersection and removing duplicates, 2926 CHF-related genes were finally obtained. See Figure 1 for details.
MÄRKUS. A1 GSE16499 CHIP Diferentsiaalgeeni soojuskaart; A2 GSE42955 CHIP Diferentsiaalse geeni soojuskaart; A3 GSE84796 CHIP Diferentsiaalse geeni soojuskaart; B1 GSE16499 CHIP Diferentsiaalse geeni vulkaani kaart; B2 GSE42955 CHIP Diferentsiaalse geeni vulkaani kaart; B3 GSE84796 CHIP diferentsiaalgeeni vulkaani kaart; Vulkaani kaardil tähistatakse ülesreguleeritud geene punaste punktidega ja allareguleeritud geenid tähistavad sinised punktid.
2.5 PPI Cistanche Derticola ja CHF ristmike sihtmärkide võrk
Cistanche Deserticola ja CHF ristmike sihtmärgid imporditi stringi andmebaasi ja 5 isoleeritud sihtmärki eemaldati, et saada CHF -i raviks PPI võrguskeem Cistanche Deserticola võimalike sihtmärkide kohta (vt joonis 3). Visuaalne analüüs viidi läbi tarkvara Cytoscape 3.7.2 abil (joonis 4) ja topoloogiline võrk, mis sisaldas 685 sõlme, 5621 serva, keskmist sõlme astet 35 ja {0. 8 keskmine kohalik klastrite koefitsient.
Võrgu topoloogia parameetreid analüüsiti, kasutades tarkvara Cytoscape 3.7.2 sisseehitatud tööriistavõrgu analüsaatorit ja 27 toimeaine topoloogilise analüüsi parameetreid kuvati graafilisel kujul (vt tabel 2). Sõelumistingimustena kasutati topoloogilisi parameetreid nagu BC, CC ja kraad. CHF -i reguleerimise põhieesmärgid olid CHF -i reguleerimise põhieesmärgid, mille väärtus on suurem kui BC, CC ja kraad. Kokku sõeluti välja 60 põhisihtmärki ja kuvati graafilisel kujul (vt tabel 3). Vastavate sõlmede värv muutus järk -järgult valgusest tumedaks, kui kraadi väärtus suurenes väikeseks. Ühendusjoonte paksuse ja värvi juhtimiseks kasutati sihtmärkide vahelisi kombineeritud skoori väärtusi. Vastavate sõlmede värv muutus järk -järgult valgusest tumedaks, kuna kombineeritud skoori väärtus suurenes väikesest suureks. Vastavate sõlmede värv muutus järk -järgult väikesteks suureks, kuna kraadi väärtus suurenes väikeseks. Tõhusad koostisosad ja põhisihtmärgid tõsteti visuaalse ekraaniga esile vastavalt sõlme kraadi väärtusele (vt joonis 5).
2.6 GO funktsionaalne rikastamise analüüs
GO analüüs näitas, et Cistanche Derticola töödeldi CHF -i peamiselt 1372 bps, 331 MFS ja 37 rakukomponenti (p <0. 0 1). Üksused skriiniti p väärtusega ja tulpdiagramm joonistati bioinformaatika mikroobide teabe kaardistamise platvormi abil, nagu on näidatud joonisel 6. Tulemused näitasid, et CHF -i ravis osalenud BP -d tsistanche deserticolaga rikastati peamiselt vastusena ksenobiootilisele stiimulile, reageerimisele hüpoksia, proteiinfosfoorsile, apoptootitele, apoptootitele, apoptopsile, apoptopsile, apoptopsile, apopoopsile, apoptopsile, apopoopsile. Peamiselt rikastatud plasmamembraani, rakupinna, rakuväliste eksosoomide, rakuvälise piirkonna jne. 2.7 KEGG PATHWAY ANALÜÜS KEGG rikastamise analüüs viidi läbi CHF -i raviks tsistanche Derticola potentsiaalsete sihtmärkide põhjal ning 214 signaalirada sõeluti ja rikastati paranduse tingimustes (p <0,01). Nende hulgas hõlmavad CHF-iga seotud rajad peamiselt radu vähis, keemilise kantserogeneesi-reaktiivse hapnikuliigi, lipiidide ja ateroskleroosi, eesnäärmevähi, PI3K-AKT signaaliülekandetee, EGFR-i türosiinkinaasi inhibiitoride resistentsus, Kaposi sarkootmisega seotud herdeusinfekt B, Herpetit B-ga. Diabeetiliste komplikatsioonide, vedeliku nihkepinge ja ateroskleroosi, inimese tsütomegaloviiruse nakkuse, PD-L1 ja tema 2- seotud rajad. Ekspressiooni- ja kontrollpunkti rajad vähis (PD-L1 ekspressioon ja PD1 kontrollpunkti rada vähis), süsiniku keskne süsinik metabolism vähis, MAPK signaalimisrada, toksoplasmoos, RAP1 signaaliülekandetee, diabeetiline kardiomüopaatia, apoptoos, proteoglükaanid vähktõves, cAMM-i signaalides, näitas, et tulemused rikuvad. Joonis 7. tulemused. Joonis. Hapnikuliigid ning lipiidide ja ateroskleroosi rajad olid suhteliselt rikkalikud ja neil olid kõrgemad rikastamistegurid.
2.9 Molekulaarse dokkimise kontrolli tulemused
"Punkt 2.9" kohaselt on tuuma toimeained saldidrosiid, tsistanin, arahhidonaat, kvertsetiin, fenetüül -koffaaat, -sinosterool, dauritsiin, ononiin, genisteiin, sutkusaktoon ja võtme sihtmärgid kasvajavalgu p53 (album) (TP53), AKTSeriin/THREIN KINAS Faktori retseptor (EGFR), glyceraldehyde -3- fosfaatdehüdrogenaas (ligandide molekulaarne seondumisvõimet ennustati glütseraldehüüdi -3-} hosfaathüdrogeensem (GapDH), Interleukin 6 sidumisenergia abil. (IL {{1 {16}}}}), signaalimuundur ja transkriptsiooni 3 (STAT3) ja kasvaja nekroosifaktor (TNF). -5. 0 kj/mol tähistab head seondumisaktiivsust ja vähem kui -7. 0 KJ/Mol näitab tugevat sidumisaktiivsust [24]. EGFR ja Suzilaktooni seondumine IL -6 näidetena, vt joonis 10.
Tabel 4 Cistanche Derticola toimeainete ja peamiste sihtmärkide vahelise seondumise energia ennustamine
| Ainete kategooria | Proov | Geen | Väljenditase |
|---|---|---|---|
| Punane pigment | AK1 | -9.0 | |
| CTNNB1 | -9.1 | ||
| EGFR | -7.9 | ||
| Lüngad | -8.1 | ||
| STAT3 | -7.5 | ||
| Tps3 | -9.8 | ||
| Õitsevad taimed | AK1 | -7.8 | |
| CTNNB1 | -8.0 | ||
| EGFR | -7.6 | ||
| Lüngad | -7.9 | ||
| STAT3 | -7.4 | ||
| Tps3 | -8.9 | ||
| Kohvistaimed | AK1 | -7.5 | |
| CTNNB1 | -8.2 | ||
| EGFR | -7.4 | ||
| Lüngad | -8.0 | ||
| STAT3 | -7.1 | ||
| Tnf | -7.7 | ||
| Seeneekstraktid | AK1 | -7.8 | |
| CTNNB1 | -7.9 | ||
| EGFR | -7.5 | ||
| Lüngad | -7.8 | ||
| STAT3 | -7.3 | ||
| Tnf | -7.9 |
3 arutelu
Otsides avalikke andmebaase ja ülevaatekirjandust [7, 25-33], sisaldab Cistanche Derticola 55 toimeainet ning vastavalt kraadi väärtusele on põhikoostisosad salidrosiidi, batrü ettiini, motiliini, feruliinhapet ja vormononetiin.
CHF -i ravis Go rikastamisanalüüs ja tsistanche deserticola KEGGA raja rikastamise analüüs näitasid, et Cistanche Derticola hõlmas mitut bioloogilist protsessi CHF -i ennetamisel ja ravis, sealhulgas reageerimine võõrkeha stimulatsioonile, MAPK kaskaadi positiivne reguleerimine, hüpoksia vastuse, apoptoosi ekspressiooniregulatsioon, geeniregulatsioon. Selle seotud rajad hõlmavad vähiradasid, hapnikuvabu radikaale, lipiidide ja ateroskleroosi radu, Akt signaalimisradasid, resistentsust epidermise kasvufaktori retseptori türosiinkinaasi inhibiitoritele, Kaposi sarkoomiga seotud herpes-viiruse nakkuse jms. Eelkõige on domineeriv mehhanism lipiidide ja ateroskleroosi signaaliülekande rajal ja lipiidide sadestumine on selles rajas oluline lüli.
Nende hulgas on mikrovaskulaarse funktsiooni reguleerimisega seotud vere lipiidide tase, nagu triglütseriid (TG), üldkolesterooli (TC), suure tihedusega lipoproteiini (HDL) ja madala tihedusega lipoproteiini (LDL). See lipotoksilisus põhjustab koronaararterite ümberehitust, soodustades oksüdatiivset stressi ja põletikku; Oksüdeeritud madala tihedusega lipoproteiini (OX-LDL) tase on enamikul südamepuudulikkuse huvides hospitaliseeritud patsientidel. Ilmselt soodustab oksüdeerunud lipiidide sadestumine müokardis ateroskleroosi arengut, põhjustades otseselt pärgarteri põletikku, vasaku vatsakese ümberehitust ja CHF esinemist [34]. Prognoositud tulemuste kohaselt võib Cistanche Derticola vahendada lipiidide ja ateroskleroosi signaalimisradade aktiveerimist, toimides põletikuga seotud geenidele nagu TNF, AKT1, TP53, SRC, MAPK1, STAT3 ja IL {10}}. Nende geenide reguleerimine aitab pärssida intravaskulaarsete lipiidide ladestumist ja koronaariateroskleroosi progresseerumist ning mõjutab CHF -i. Pärast molekulaarset dokkimist leiti, et CHF -i tuuma sihtmärgi suhtes oli kõrge saloosiidi, dauritsiini, motiliini, feruliinhappe ja vorminonetiini keskmine molekulaarse seondumise vaba energia, mis näitab, et salüülidrosiid, dauritsiin, motiliin, feruliinhape ja vormenonetiin võivad olla hea kandidaadi ja raviga ravimid. Uuringud on näidanud, et salidrosiidil on laia toimespektriga farmakoloogilised omadused, näiteks müokardi hüpertroofia pärssimine, arütmiavastane anti-arütmia, müokardivastane kahjustus, antioksüdatsioon, põletikuvastane ja ateroskleroos [{17}}]. Zhu ja Zhao jt katsed. [38-39] näitas, et salidrosiid pärssis raku autofaagia protsessi, vähendas laktaatdehüdrogenaasi (LDH) vabanemist, pärssis NADPH oksüdaasi aktiivsust ja malondialdehüüdi (MDA) taset ning samaaegselt ülereguleeris 1 supen ja proten -i ja proten -demutaasi (SOD) (SOD) taset (SOD) (SOD) (SOD) (SOD) (SOD) (SOD) (SOD). (SIRT1) ja Forkhead Box O1 (FOXO1), aktiveerides seeläbi mitme signaalimisrada, näiteks adenosiini 5'-monofosfaadi (AMP) aktiveeritud proteiinkinaas [AMPK] ja SIRT 1 318, leevendades seeläbi endoteelse rakukahjustuse ja viivitades koronaaride aktiivse aktiivse aktiivsuse progresseerumise. Lisaks on batric alkaloididel mitu farmakoloogilist toimet, sealhulgas vererõhu alandamine, veresoonte silelihaste lõdvestamine, müokardi hüpertroofia vastupanu ja trombotsüütide agregatsiooni pärssimine [40]. Neil on ka farmakoloogilisi toimeid, näiteks arütmiavastaseid toimeid [41], kaitsta jääkmüokardi rakke pärast ägedat müokardiinfarkti [42] ja seisavad vastu kopsufibroosi [43]. Hu jt [44] leidis, et batric alkaloidid vähendavad veresoonte endoteeli põletikku, pärssides tuumafaktori kappa-b (NF-κB) raja aktiveerimist; Wang jt [45] leidis, et batric alkaloidid osalevad Cu 2+- indutseerimisel APPSW rakkudele oksüdatiivse kahjustuse indutseerimisel. Eimerl jt [46] leidis, et motiliin ei osale pulsisageduse reguleerimisega ega sümpaatiliste närvide esilekutsumisega. Sellel on selge antihüpertensiivne toime ja see võib vähendada südame tööd, kaitstes müokardi rakke ja viivitades müokardi ümberehitusega. Camilleri jt. [47-48] näitas, et motiliin kiirendab mao tühjenemist ja seedetrakti liikuvust, stimuleerides maopumpa ja pärssides püloorilist kontraktsiooni, vähendades seeläbi seedetrakti ummikuid ja parandades parema südamefunktsiooni. Ferulhappel on võime hapnikuvabad radikaalid hävitada ja vahendada vasodilatatsiooni atsetüülkoliini kaudu, nii et sellel on hea paranemismõju kahjustatud veresoonte endoteelirakkudele ja silelihasrakkudele (FOAM-rakud) ning see võib viivitada hüpertensioonist põhjustatud südame remonding [49]. Ferulhappe derivaadid säilitavad veresoonte endoteeli funktsiooni stabiilsuse, säilitades rakkudes lämmastikoksiidi tasakaalu [50]. Liu jt. [{51-52] osutas, et feruliinhape ja vorminonetiin võivad pärssida lipopolüsahhariidide indutseeritud epiteelirakkude apoptoosi ja pärssida põletikulist vastust, reguleerides NF-KB signaalide rada, mängides kiiret rolli südamepuudulikkuse ja kaitsvate müokardi rakkude vastu. Pan jt. [53] näitas, et vorminonetiin vahendab kaitsvat toimet müokardi rakkudele ja südamefunktsioonile, suurendades rakkude elujõulisust ja vähendades rakkude apoptoosi AMPK ja autofagia radade kaudu.
Kirjandust otsides leidsime, et CHF -i kohtlemisel kodus ja välismaal on vähe teateid Cistanche Derticola kohta. See uuring põhineb avalikel andmebaasidel ja sellega seotud kirjandusel ning kasutab võrgu farmakoloogiat, bioinformaatikat ja molekulaarset dokkimistehnoloogiat, et viia läbi põhjalik uuring tsistanche deserticola võimaliku farmakoloogilise mehhanismi kohta CHF-i ravis. Ravimi-häiremehhanismi visualiseeritakse mikrotasandil ja süstemaatiliselt uuritakse süstemaatiliselt Cistanche Derticola mitmekomponendilise, mitme sihtmärgi ja mitmeteede mõju CHF-i molekulaarset mehhanismi, pakkudes uusi ideid CHF-i raviks.
Võrgustiku farmakoloogia uurib molekulaarse toimemehhanismide ennustamistulemusi, tuginedes selle terviklikele ja süstemaatilistele uurimisomadustele, mis kehastavad traditsioonilise Hiina meditsiini terviklikku vaadet ja sündroomi diferentseerumist ja ravi omadusi. Võrgu farmakoloogia uurimiskulud on madalad, hõlmates multidistsipliinide, multi-komponente, multi-sihtisid ja mitmetegevusi. Bioloogiliste võrguskeemide konstrueerimise ja analüüsimise abil saab see näidata ravimite ja haiguste mõju mikrobioloogilisi mehhanisme ning luua aluse uute ravimite väljatöötamiseks ja Hiina traditsiooniliste ravimite ühendi keerukate süsteemide uurimiseks. Ja see annab teoreetilise aluse teadaolevate ühendi traditsiooniliste hiina ravimite kliinilise efektiivsuse hindamiseks. Molekulaarse dokkimise ennustav väärtus on oluline. Sidumisenergia arvutamisega ennustatakse retseptori molekulide ja ligandi valkude sidumisaktiivsust. Võrreldes traditsioonilise uute ravimite uurimis- ja arendusprotsessiga, on molekulaarne dokkimine ökonoomsem, korratavam ja sellel on väikeste vigade eelised. Tulemusi saab mitu korda kontrollida, et parandada ennustuste täpsust ja usaldusväärsust ning anda andmeid sellega seotud pliiravimite edasiseks arendamiseks. ja suunatugi. Kuid võrk
Farmakoloogial on ka puudusi. Tuginedes ainult võrgu topoloogilistele parameetritele ja arvutialgoritmidele, et kajastada Hiina traditsiooniliste meditsiini koostisosade koostisosade koostoimet elavas kehas, võib ignoreerida tõsiasja, et traditsiooniliste Hiina meditsiini koostisosade efektiivsust bioloogilises süsteemis avaldab tegelikud metaboliidid, mitte prototüübi koostisosad.
Lisaks põhineb võrgu farmakoloogiauuringud avalike andmeplatvormide kaevandamisel, mille andmete kvaliteeti ja skaalat tuleb veel täiustada, ning sama andmebaasi erinevate versioonide kasutamise otsimisel võib olemas olla teabe kallutatus.
Kokkuvõtlikult skriinis see uuring geokiibi ja võrgu farmakoloogia analüüsi põhjal 55 toimeainet ja 630 potentsiaalset interakteeruvat sihtmärki. Need sihtmärgid on peamiselt rikastatud vähiga seotud radades ja PI3K-AKT radades. Põhieesmärkide hulka kuuluvad GAPDH, IL -6, TNF, AKT1 ja ALB jne. Tulemused näitavad, et Cistanche Derticola võib läbida salidrosiid, kudzuliin, motiliin,
Sellised peamised koostisosad nagu feruliinhape ja vorminonetiin toimivad sellistel sihtgeenidel nagu GAPDH, IL -6, TNF, AKT1 ja ALB, reguleerivad vähiga seotud radu ja PI3K-Akt ja muid signaaliradasid CHF-i vastu. Sellel on mitu komponenti ja mitu sihtmärki. ja mitme raja funktsionaalsed omadused.
Selle uuringu tulemused annavad teoreetilise aluse Cistanche Derticola anti-CHF-i molekulaarse mehhanismi põhjalikuks uurimiseks ja ka viide uute CHF-vastaste ravimite väljatöötamiseks. Kuigi see uuring on saatnud keeruka võrgustiku farmakoloogilise analüüsi põhjal ennustamistulemusi, on uuringu usaldusväärsuse suurendamiseks vajalik eksperimentaalne kontrollimine loomade või rakumudelite abil.
