Erinevad pärmi viirusevastased süsteemid hoiavad ära LA mükoviiruse põhjustatud surmava patogeneesi

Hiljutised uuringud näitavad, et viirusevastased süsteemid on märkimisväärselt konserveerunud bakteritest imetajateni, mis näitab, et mikroobseid organisme uurides saab nendest süsteemidest ainulaadseid teadmisi saada. Erinevalt bakteritest, kus faagiinfektsioon võib olla surmav, ei ole tärkavas pärmis Saccharomyces cerevisiae teada tsütotoksilisi viiruslikke tagajärgi, kuigi see on krooniliselt nakatunud kaheahelalise RNA mükoviirusega, mida nimetatakse LA-ks. See jääb nii vaatamata konserveerunud viirusevastaste süsteemide varasemale tuvastamisele, mis piiravad LA replikatsiooni. Siin näitame, et need süsteemid teevad koostööd, et vältida ohjeldamatut LA replikatsiooni, mis põhjustab kõrgel temperatuuril kasvatatud rakkude letaalsust. Seda avastust kasutades kasutame üleekspressiooniekraani, et tuvastada polüA-siduva valgu (PABPC1) ja La-domeeni sisaldava valgu Larp1 pärmi homoloogide viirusevastased funktsioonid, mis mõlemad on seotud viiruse kaasasündinud immuunsusega inimestel. Kasutades täiendavat funktsioonikaotuse lähenemisviisi, tuvastame konserveerunud RNA eksonukleaaside REX2 ja MYG1 jaoks uued viirusevastased funktsioonid; SAGA ja PAF1 kromatiini reguleerivad kompleksid; ja HSF1, proteostaatilise stressivastuse peamine transkriptsiooniregulaator. Nende viirusevastaste süsteemide uurimisel näitame, et LA patogenees on seotud aktiveeritud proteostaatilise stressivastuse ja tsütotoksiliste valguagregaatide akumuleerumisega. Need leiud tuvastavad proteotoksilise stressi kui LA patogeneesi algpõhjuse ja edendavad pärmi kui võimsat mudelsüsteemi konserveerunud viirusevastaste süsteemide avastamiseks ja iseloomustamiseks.

Kõik tärkava pärmi S. cerevisiae laboratoorsed tüved ja enamik keskkonnast isolaate on nakatunud kaheahelalise RNA (dsRNA) viirusega, mida nimetatakse LA-ks (1, 2). LA kuulub laialt hajutatud endogeensete dsRNA viiruste perekonda Totiviridae. Nagu kõik selle perekonna viirused, on LA dsRNA genoom pakendatud virioni, mis kaitseb seda peremeesorganismi poolt vahendatud seedimise eest. Virionis olevad augud võimaldavad RNA transkriptide väljapressimist tsütosooli, mis kodeerib kapsiidivalku Gag, mis sisaldab suuremat osa osakestest. LA transkript kodeerib ka Gag-pol sulandvalku, mis on toodetud palju madalamal tasemel kui Gag valk ja millel on RNA-sõltuv RNA polümeraasi aktiivsus. Iga virion sisaldab Gag-pol valku, mis vastutab LA replikatsiooni ja transkriptsiooni eest osakeses. Viiruse transkriptide kapseldamine tärkavates osakestes ja negatiivse RNA ahela süntees Gag-pol abil dsRNA genoomi moodustamiseks lõpetab LA replikatsioonitsükli (2). Nende valkude tootmiseks kasutab LA inimestel leiduvatele RNA-viirustele tüüpilisi omadusi, sealhulgas "korgi äravõtmise" mehhanismi, mis varustab LA transkriptid 5'-metüülkorgiga ja ribosomaalse kaadrinihke mehhanismiga, et toota Gag- ja Gag-pol-sulandvalke. ühekordne ärakiri (3, 4).

cistanche tubulosa - parandab immuunsüsteemi

Hiljutised bakteriaalsete viirusevastaste süsteemide uuringud on näidanud, et neil on inimestega märkimisväärne evolutsiooniline säilivus, mis näitab mikroobsete organismide potentsiaali anda uusi teadmisi viirusliku kaasasündinud immuunsuse kohta (5–11). Tõepoolest, LA-ga seotud varajased uuringud viisid kahe viirusevastase süsteemi avastamiseni, mis on hiljem näidanud, et need aitavad kaasa kaasasündinud immuunsusele erinevate RNA viiruste vastu imetajatel (12–17). Esimene neist viirusevastastest süsteemidest hõlmab SKI2, 3 ja 8 geeni, mis kodeerivad konserveerunud ribosoomiga seotud kompleksi alaühikuid, mis on vastu selliste transkriptide translatsioonile, millel puuduvad polü(A) sabad, nagu need, mida kodeerib LA (18–23). LA nõrgenemise eraldi rada toimub Xrn1 (tuntud ka kui SKI1), 5'-3' eksoribonukleaasi kaudu, mis lagundab katmata mRNA-sid (24–26).

Hiljuti avastasime, et mitokondriaalne DNA/RNA endonukleaas Nuc1 pärsib LA akumuleerumist sporuleerivates rakkudes, esindades uut pärmi viirusevastast rada (27). Nuc1 on endonukleaas G (EndoG) homoloog, mida leidub kõigis eukarüootides ja paljudes prokarüootides ning mis on enim tuntud oma rolli poolest genoomi killustumise soodustamisel imetajate programmeeritud rakusurma ajal, mis on viirusekaitse silmapaistev viimane abinõu (28, 29). Huvitaval kombel on programmeeritud rakusurm pärmi sporulatsioonile omane ja Nuc1 fragmenteerib selle protsessi käigus surevate meiootiliste saaduste DNA lisaks oma rollile LA viiruse taseme nõrgendamisel, mis on päritud ellujäänud eoste poolt (27, 30, 31).

Vaatamata LA üldlevinud esinemisele labori tüvedes, ei ole sellele seostatud sobivust ja seetõttu peetakse LA-d suures osas kahjutuks kommensaaliks. Siin näitame, et LA-nakkus on pärmile tegelikult surmav ja elujõulisuse säilitamiseks tuleb seda viirusliku kaasasündinud immuunsuse kaudu aktiivselt nõrgendada. Täpsemalt, tüvedes, millel puuduvad paralleelselt toimivad NUC1 ja SKI viirusevastased rajad, on LA koopiate arv tohutult suurenenud, mis põhjustab kõrgetel temperatuuridel letaalsust.

cistanche tubulosa - parandab immuunsüsteemi

Põhjendasime, et LA edasine iseloomustamine ja selle replikatsiooni madalal tasemel hoidvad tegurid võivad paljastada uusi viirusevastaseid süsteeme. LA patogeneesi viivate tingimuste tuvastamine võimaldas meil uute viirusevastaste geenide avastamiseks kasutada bioinformaatilisi ja edasisi geneetilisi sõeluuringuid. Kasutades nuc1∆ ski3∆ tingimuslikku letaalsust pärssivate üleekspresseeritud geenide sõeluuringut, tuvastame polü(A)-siduva valgu (PABPC1) ja La-domeeni sisaldava valgu Larp1 pärmi homoloogide viirusevastased funktsioonid, mis mõlemad osalevad viiruse kaasasündinud protsessis. immuunsus inimestel (32, 33). Lisaks tuvastasid funktsiooni kadumise geneetilised uuringud kaksteist uut viirusevastast geeni. Nende hulgas on väga konserveerunud SAGA transkriptsiooni koaktivaatori kompleks ja mitmed RNA eksonukleaasid, sealhulgas REX2 ja MYG1, millel mõlemal on erinevad, kuid halvasti iseloomustatud inimese ja bakterite homoloogid (34–37).

Lõpuks iseloomustame LA patogeneesi raku bioloogiliste meetoditega ja leiame, et kõrge viiruskoormus põhjustab proteostaatilist stressi. Kuna on teada, et kõrge temperatuur süvendab proteostaatilist stressi, viitavad need tähelepanekud sellele, et LA-indutseeritud letaalsuse põhjuseks on katastroofiline proteostaatiline stress. Kooskõlas selle hüpoteesiga näitame, et nuc1∆ ski3∆ mutantidel on LA-st sõltuv tundlikkus asetidiin-2-karboksüülhappe (AZC) suhtes, proliini analoogi suhtes, mis teadaolevalt põhjustab ortostaatilist stressi (38). Lisaks demonstreerime HSF1 viirusevastast funktsiooni, konserveeritud transkriptsioonifaktorit, mis tajub ja suunab reaktsiooni ortostaatilisele stressile. Huvitav on see, et inimese Hsf1 mängib olulist rolli ka erinevate viiruste, sealhulgas HIV, SARS-Cov-2 ja dengue viiruse replikatsioonis ja/või patogeensuses, kuigi mehhanismid on ebaselged (39). Need leiud pakuvad uudseid näiteid kaasasündinud immuunsüsteemi säilimisest mikroobidest inimestele ja edasisele valgusküllasele pärmile kui võimsale mudelsüsteemile uute viirusevastaste süsteemide avastamiseks.

Tulemused

NUC1, SKI ja XRN1 pärmi viirusevastased süsteemid teevad koostööd LA patogeneesi ennetamiseks.

Meie varasemad NUC1 uuringud keskendusid meiootilistele rakkudele (27). NUC1 viirusevastase funktsiooni uurimiseks vegetatiivselt kasvavas pärmis uurisime LA koopiate arvu mitootilistes haploidsetes rakkudes võrdlusaluse BY4742 tüve taustal. Me jälgisime LA dsRNA taset, kasutades elektroforeesitud RNA etiidiumbromiidiga värvimist ja leidsime, et nuc1∆ ski3∆ topeltmutant näitas LA dsRNA suurt suurenemist (joonis 1A). Me kinnitasime neid leide, kasutades immunofluorestsentsmikroskoopiat dsRNA antikehaga, mida kasutatakse replitseeruvate RNA viiruste tuvastamiseks (40, 41). Need pildid näitasid, et LA dsRNA kogunes fookustesse, mis meenutab inimese rakkudes täheldatud viiruse replikatsiooni "viirustehase" saite (joonis 1B ja SI lisa, joonis S1) (42). Kooskõlas varasemate leidudega teiste tüvede taustaga (24, 27, 43), näitas Western blot, et Gag valgu tase oli tõusnud nuc1∆ ja ski3∆ mutandid (joonis 1C). Lisaks näitasime, et nuc1∆ ski3∆ topeltmutant kogunes tohutult kõrgenenud Gag tasemeid (joonis 1 C). Need andmed näitavad, et NUC1 ja SKI3 osalevad eraldi viirusevastastes radades ja et mõlema raja kaotamine suurendab oluliselt LA viiruskoormust.

Et teha kindlaks, kas LA suur viiruskoormus mõjutab rakkude sobivust, uurisime pärmi kasvu kohapealsete kasvutestide abil. Nuc1∆ ja ski3∆ üksikute mutantide peeneid kasvudefekte täheldati 37 kraadi juures, kui rakke kasvatati süsinikuallikana glükoosi asemel glütserooliga – tingimusel, mille korral pärm tugineb mitokondriaalsele hingamisele (joonis 1D). Tähelepanuväärne on see, et kuigi nuc1∆ ski3∆ topeltmutandid kasvasid normaalselt 30 kraadi juures, ilmnes nende tinglik letaalsus 37 kraadi juures sõltumata süsinikuallikast (joonis 1D). Ootuspäraselt taastati elujõulisus kõrgel temperatuuril nuc1∆ ski3∆ topeltmutandiks NUC1- ekspresseeriva plasmiidi abil, mis kutsus esile vastava Gag taseme languse (joonis 1 C ja D). Kinnitamaks, et nuc1∆ ski3∆ topeltmutandi kasvudefekti põhjustas LA, konstrueerisime LA-st kõvendatud isogeense tüve (LA0 ) ja analüüsisime selle kasvu kõrgel temperatuuril. Leidsime, et kasvudefekt oli täielikult leevendatud, mis tähendab, et tingimuslik letaalsus oli LA-i piiramatu replikatsiooni tulemus (joonis 1D). Et hinnata kõrge LA koopiaarvu mõju rakkude sobivusele optimaalsetes kasvutingimustes, mõõtsime vedelkultuuris proliferatsiooni kiirust. Need uuringud näitasid nuc1∆ ski3∆ topeltmutantide kasvukiiruse vähenemist võrreldes metsiktüübiga 30 kraadi juures, mis oli L-A0 tüvede puhul vastupidine, näidates, et suur LA-koormus kahjustab vormisolekut isegi pingevabades rakkudes (SI lisa, joonis 1). S2).

cistanche taime suurendav immuunsüsteem

Cistanche Enhance Immunity toodete vaatamiseks klõpsake siin

【Küsi lisa】 E-post:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Et veelgi iseloomustada, kuidas NUC1 interakteerub teadaolevate viirusevastaste radadega, testisime selle seost XRN1-ga. Leidsime, et nuc1∆ xrn1∆ topeltmutant kogus märkimisväärselt kõrgenenud Gag taset võrreldes kummagi üksiku mutandiga ja näitas kõrgel temperatuuril LA-st sõltuvat tingimuslikku letaalsust (SI lisa, joonised S3 A ​​ja B), mis viitab sellele, et NUC1 ja XRN1 toimivad paralleelsed teed LA nõrgendamiseks. Peegeldades nende peamist mitteliigset rolli mRNA hulgireguleerimisel, on xrn1∆ ski3∆ topeltmutant elujõuline, isegi tüvedes, millel puudub LA (44). Et teha kindlaks, kas XRN1 esindab viirusevastast süsteemi, mis ei sõltu nii NUC1-st kui ka SKI3-st, kasutasime XRN1 üleekspresseerimiseks nuc1∆ ski3∆ topeltmutandis suure koopiaga plasmiidi. Tõepoolest, me täheldasime Gag taseme olulist vähenemist ja nuc1∆ ski3∆ tingimusliku letaalsuse allasurumist, kasutades plasmiidist juhitud XRN1 üleekspressiooni (joonis 1 C ja D). Me järeldame, et Nuc1, Ski3 ja Xrn1 seisavad konvergentselt vastu LA replikatsioonile ja et massiliselt suurenenud LA viiruskoormus nuc1∆ ski3∆ või nuc1∆ xrn1∆ mutantides põhjustas kõrgetel temperatuuridel surmava patogeneesi (joonis 1E).

Bioinformaatikapõhine geneetiline ekraan tuvastab uued viirusevastased tegurid.

Nuc1∆ ski3∆ topeltmutantide LA-sõltuv tingimuslik letaalsus tõstis võimaluse, et kombinatoorsete mutantide uuringute abil saab tuvastada muid viirusevastaseid tegureid. Uute viirusevastaste kandidaatfaktorite tuvastamiseks otsisime kureeritud geneetilise interaktsiooni andmebaasist geenideletsioone, mis põhjustasid sünteetilise kasvudefekti, kui neid kombineeriti nuc1∆-ga vähemalt kahes suure läbilaskevõimega sõeluuringus (45). Lisaks eeldatavale XRN1 ja SKI deletsioonide olemasolule selles andmekogumis leidsime kuusteist täiendavat geeni. Me kasutasime geneetilist ristumist, et teha kolmikmutante, mis ühendasid kõigi nende kuueteistkümne geeni deletsioonid nuc1∆ski3∆-ga ja kinnitasime kuus, mis põhjustasid tõsiseid kasvudefekte (tabel 1). Otsustasime, et kõigi nende geenide põhjustatud sünteetilised kasvufenotüübid olid LA0 tüvedes vastupidised, mis viitab sellele, et need kodeerivad viirusevastaseid valke (tabel 1). Allpool kirjeldame mitme ekraani tabamuse kinnitamist uute viirusevastaste teguritena.

Üks meie ekraanil tuvastatud geen, REX2, kodeerib 3′-5′ RNA eksonukleaasi, mis on säilinud bakteritelt inimestele (35). Nii Rex2 kui ka selle inimese homoloog REXO2 paiknevad mitokondrites ja sisaldavad EXOIII domeeni, mida leidub laialdaselt prokarüootsetes ja eukarüootsetes valkudes, sealhulgas interferooniga stimuleeritud viirusevastases valgus ISG2 0 (36, 37, 46–48). Leidsime, et rex2∆ nuc1∆ topeltmutantse tüvi kogus oluliselt suurenenud Gag-i taset võrreldes ühe mutandiga ja ilmnes LA-sõltuvatel kasvudefektidel, sealhulgas letaalsus kõrgel temperatuuril (joonis 2 A ja B ning SI lisa, joonis fig. S2). Rex2∆ ühe mutantse tüvel ilmnes Gag taseme kerge tõus, kuigi see mõju oli marginaalne (joonis 2B). Rex2∆ tagajärgede rangeks kontrollimiseks LA koopiate arvule kvantifitseerisime LA RNA RT-qPCR abil. Need mõõtmised kinnitasid, et rex2∆ nuc1∆ tüved koguvad oluliselt suurenenud LA taset, kuigi nad näitasid ka, et rex2∆ üksik mutant ei kogunud suurenenud LA RNA-d (joonis 2C). Need leiud viitavad sellele, et Rex2 viirusevastane roll on ilmne ainult NUC1 funktsiooni puudumisel. Tähelepanuväärselt olid nuc1∆ ski3∆ rex2∆ ja nuc1∆ xrn1∆ rex2∆ kolmikmutandid kõigis kasvutingimustes elumatud ja need defektid olid L-A0 tüvedes vastupidised (joonis 2D). Need leiud näitavad LA mükoviiruse tõsist patogeenset potentsiaali ja tuvastavad kõrgelt konserveerunud mitokondriaalselt lokaliseeritud RNA eksonukleaasi uue viirusevastase rolli.

Joonis 1. LA nõrgenemine kaitseb pärmi surmava patogeneesi eest. (A) Näidatud on näidatud tüvedest valmistatud kogu RNA etiidiumbromiidiga värvitud geel, kusjuures 4,6 kb LA dsRNA riba on näidatud noolega. (B) LA dsRNA (oranž) visualiseerimiseks näidatud genotüüpide rakkudes kasutati immunofluorestsentsi. Need tüved raviti nõrgalt rohke L-BC dsRNA viirusega, et kõrvaldada taustvärvimine (meetodi üksikasjad). DNA DAPI värvimine on sinine. (Skaalariba, 1 μm.) (C) Näidatud tüvedes on näidatud LA Gag ja 3-fosfoglütseraatkinaasi (Pgk1) valgu taseme Western blot analüüs. Paremal on näidatud molekulmassi markerid. (D) Näidatud on 1C tüvede kasvutestid kohapeal. Tüved märgiti -Leu söötmele, mis sisaldas kas glükoosi või glütserooli, ja kasvatati näidatud temperatuuridel. (E) Mitokondriaalne valk Nuc1 teeb koostööd tsütosoolsete valkudega Xrn1 ja SkiC, et reguleerida LA valgu taset ja tagada rakkude sobivus.

Teine meie ekraanil tuvastatud geen oli MYG1, inimese MelanocYte proliferatsiooni geeni 1 pärmi homoloog, 3′-5′ RNA eksonukleaas, millel on homoloogid kõigis taksonites (34). Mutantsetüvedel, mis ühendasid myg1∆ ja nuc1∆, suurenes Gag-valgu ja LA RNA hulk üksikute mutantidega võrreldes ning neil esinesid kõrgel temperatuuril ja vedelkultuuris tõsised LA-sõltuvad kasvudefektid (joonis 2C ja SI lisa, joonised S2, S4 A ja C). Nagu rex2∆ puhul, näitas ka myg1∆ ühe mutantse tüvi Gag taseme vähest suurenemist ja LA RNA-s muutusi ei olnud (joonis 2 C ja SI lisa, joonis S4C). Suutsime taastada nuc1∆ ski3∆ myg1∆ kolmikmutandid, kuigi nad kasvasid 30 kraadi juures äärmiselt aeglaselt ja kogusid veelgi kõrgemaid Gag-i tasemeid (SI lisa, joonis S4 A ja C). Need kasvudefektid olid ka L-A0 tüvede puhul vastupidised (SI lisa, joonis S4A). MYG1 esindab seega uut viirusevastast faktorit, mis toimib paralleelselt nii NUC1 kui ka SKI kompleksiga.

Tabel 1. Uute viirusevastaste kandidaatfaktorite tuvastamine bioinformaatilise lähenemisviisi abil

Mutatsioonid, mis põhjustavad inimese MYG1 üleekspressiooni, on seotud autoimmuunse häire vitiligoga, mis viitab sellele, et MYG1 võib mängida teatud rolli inimese kaasasündinud immuunsuses (49, 50). Uurisime seda võimalust, kasutades plasmiidi, mis ekspresseerib inimese MYG1 konstitutiivse pärmi promootori kontrolli all (34) ja leidis, et inimese MYG1 päästis nuc1∆ myg1∆ mutandi tingimusliku kasvudefekti (SI lisa, joonis S4D). Need leiud näitavad, et pärmi MYG1 viirusevastast funktsiooni saab täita inimese MYG1, mis viitab MYG1 potentsiaalsele viirusevastasele funktsioonile inimestel.

Joonis 2. LA patogeneesi ärakasutamise abil tuvastatakse uued viirusevastased tegurid. (A) Kuvatakse NUC1 ja REX2 defektsete tüvede punktanalüüs. Tüved märgiti SC söötmele, mis sisaldas kas glükoosi või glütserooli, ja kasvatati näidatud temperatuuril. (B) Western blot analüüsi LA Gag ja Pgk1 valgu taset tüvede joonisel. 2A. Paremal on näidatud molekulmassi markerid. (C) LA RNA kvantifitseeriti qPCR abil ja normaliseeriti endogeenseks ACT1 RNA-ks. Näidatud on keskmine RNA tase ja SD. n=5. *P < {{10}}.05, **P < 0,01, ***P < 0,001 (sidumata Studenti t-test). (D) Näidatud on NUC1 ekspresseerivat plasmiidi sisaldavate kolme paralleelse viirusevastase raja defektsete tüvede punktanalüüs. Tüved märgitakse -URA söötmele või sünteetilisele täielikule (SC) söötmele, millele on lisatud 0,1% 5-fluorooroothapet (5-FOA).

Teine meie bioinformaatilise ekraani abil tuvastatud geenikategooria oli geeniekspressioon. CDC73 ja SPT3 kodeerivad vastavalt konserveerunud kromatiiniga seotud komplekside PAF1 ja SAGA subühikuid. Nii cdc73∆ kui ka spt3∆ põhjustasid LA-sõltuva letaalsuse, kui neid kombineeriti nuc1∆ ski3∆-ga (tabel 1). Kuna on näidatud, et SAGA (SptAda-Gcn5-atsetüültransferaas) suurendab viirusevastase geeniekspressiooni kastanipõletiku seenhaiguses Cryphonectria parasitica, uurisime seda kompleksi edasi (51). Spt3∆ nuc1∆ topeltmutantse tüvi kogus suurenenud Gag-i taset ja näitas kõrgetel temperatuuridel LA-sõltuvat letaalsust (SI lisa, joon. S4 B ja C). SAGA on suur valgukompleks ja kinnitasime, et mitmete teiste SAGA subühikut kodeerivate geenide deletsioonidel olid samad fenotüübilised tagajärjed kui spt3∆ (SI lisa, tabel S1 ja S4C). Koos C. parasitica leidudega viitavad need tulemused sellele, et SAGA kompleks kontrollib viirusevastase geeni ekspressiooni erinevates seeneliikides.

Kõrge koopia supressiooni sõeluuringul tuvastatakse pärmi viirusevastased tegurid, mis on ka inimestel viirusevastased.

Kuna XRN1 üleekspressioon surus alla nuc1∆ ski3∆ tüve kasvudefekte, oletasime, et teiste viirusevastaste tegurite üleekspressioon annaks sarnase efekti, mida saaks kasutada ekraanina uute viirusevastaste süsteemide tuvastamiseks. Me kasutasime suure koopiaga plasmiidi supressiooniekraani, et tuvastada geene, mille üleekspressioon leevendas nuc1A ski3A tüve tingimuslikku letaalsust (meetodi üksikasjad). Selle ekraani abil tuvastasime SRO9, SLF1 ja PAB1 nuc1∆ ski3∆ suure koopiaga supressoritena, mis kõik kodeerivad ribosoomiga seotud RNA-d siduvaid valke (joonis 3) (52, 53). Sro9 ja Slf1 on paraloogsed luupus-autoantigeeni (La) domeeni sisaldavad valgud, mida leidub laialdaselt eukarüootides. Nimelt tuvastati hiljuti nende inimese homoloog Larp1 SARS-Cov-2 pluss ahelaga ssRNA või nukleokapsiidiga seotud valkude sõeluuringutes (32, 54). Larp1 oli ühes neist uuringutest põhirõhk ja näidati, et see nõrgendab SARS-Cov{27}} replikatsiooni inimese rakkudes, kuigi selle mehhanism pole teada (32). PAB1 kodeerib kõrgelt konserveerunud polüA-siduvat valku, mis on inimestel erinevate mehhanismide kaudu viiruse pärssimise tavaline sihtmärk (33). Leidsime, et PAB1 või SRO9 üleekspressioon vähendas märkimisväärselt Gag taset nuc1∆ ski3∆ mutandis, selgitades nende päästvaid fenotüüpe (joonis 3B). Kummalisel kombel, kuigi SLF1 üle ekspressioon päästis nuc1∆ ski3∆ kasvudefekti sama hästi kui SRO9, ei toonud see kaasa Gag taseme langust (joonis 3 A ja B). Need leiud viitavad sellele, et PAB1 ja SRO9 päästavad rakke, pärssides LA replikatsiooni, ja et SLF1 kaitseb rakke kõrgenenud viiruse replikatsiooni patogeensete tagajärgede eest.

cistanche tubulosa - parandab immuunsüsteemi

Kõrge LA koopiate arv põhjustab tsütotoksilist proteostaatilise stressi.

Sro9 ja Slf1 viirusevastase toime lahknevatest mehhanismidest ülevaate saamiseks kaalusime, millised võivad olla LA patogeneesi füsioloogilised tagajärjed ja kuidas SRO9 / SLF1 võib neid erinevalt mõjutada. Märkisime eelmist uuringut, milles NUC1 või SKI-kompleksi geenide deletsioonid viisid GFP reportergeeni nõrga indutseerimiseni, mida kontrollib Hsf1 (55), konserveeritud transkriptsioonifaktor, mis tunneb proteostaatilist stressi ja aktiveerib geeniekspressiooni reaktsiooni (56–58). ). Kasutades voolutsütomeetriat selle reporteriga (HSE-GFP), kinnitasime need tulemused ja tegime kindlaks, et nuc1∆ ski3∆ topeltmutant põhjustas HSE-GFP sünergistliku ja LA-sõltuva aktiveerimise (joonis 3C ja SI lisa, joonis S5). Me oletasime, et selle proteostaatilise stressi vastuse põhjuseks oli nuc1∆ ski3∆ mutantides täheldatud massiline Gag tootmine. Seda toetades pöördus PAB1 või SRO9 üleekspressiooniga nuc1∆ ski3∆ topeltmutandi HSE-GFP aktiveerimine tagasi, peegeldades nende geenide tagajärgi Gag-i akumulatsioonile (joonis 3 B ja C). Nimelt ei takistanud SRO9 paraloogi SLF1 üleekspressioon HSE-GFP aktiveerimist. Paraloogsete SRO9 ja SLF1 geenide evolutsiooniline lahknevus on seega kaasa toonud erinevad viirusevastased mehhanismid, kusjuures SRO9 pärsib viirusvalkude akumulatsiooni ja sellega seotud proteostaatilise stressi ning näib, et SLF1 kaitseb rakke viiruse poolt indutseeritud proteostaatilise stressi toksiliste tagajärgede eest.

Joonis 3. Translatsiooni kontrollfaktorite üleekspressioon leevendab LA patogeneesi. (A) Kuvatakse suure koopiaga supressorite SRO9, SLF1 ja PAB1 kasvutestid. Tüved märgiti –LEU söötmele, mis sisaldas kas glükoosi või glütserooli, ja kasvatati näidatud temperatuuridel. (B) Western blot analüüsi LA Gag, Pgk1, Sro9 ja Slf1 valgu tasemete jaoks tüvedes 3A. Paremal on näidatud molekulmassi markerid. (C) Voolutsütomeetriat kasutati HSE GFP ekspressiooni mõõtmiseks näidatud tüvedes (n {{10}}). Esimene ja kolmas kvartiil on tähistatud hallide kastidega. Keskmine GFP intensiivsus on tähistatud mustade ribadega. *P < 0.05, **P < 0,01, ***P < 0,001 (sidumata Studenti t-test). (D) Hsp104-GFP fluorestsentsmikroskoopia näidatud tüvedes. Rakud värviti tuumade visualiseerimiseks DAPI-ga. (Skaalariba, 1 μm.) Paremal kuvatakse 3+ GFP fookustega rakkude protsent. n=3. Iga korduse kohta loendati 75 kuni 140 rakku.

Proteostaatiline stress on sageli seotud tsütotoksiliste valguagregaatide kuhjumisega, mida saab visualiseerida, kasutades GFP-d, mis on sulandatud valgu disagregaasiga Hsp104, mis on Hsf1 transkriptsioonilise aktivatsiooni otsene sihtmärk, mis teadaolevalt paikneb koos valguagregaatidega (59, 60). LA patogeneesiga seotud proteostaatiliste defektide edasiseks uurimiseks kasutasime fluorestsentsmikroskoopiat, et visualiseerida Hsp104-GFP fookused erinevates tüvedes. Nagu oodatud, kogunesid 30 kraadi juures kasvatatud metsiktüüpi rakud harva jälgitavaid Hsp104-GFP-koldeid. Kui nuc1∆ ja ski3∆ üksikmutandid meenutasid metsiktüüpi, oli nuc1∆ ski3∆ topeltmutandil rohkem kui 25% rakkudest kolm või enam Hsp104-GFP fookust (joonis 3D). Nagu kõigi teiste fenotüüpide puhul, mida oleme täheldanud nuc1∆ ski3∆ puhul, sõltus Hsp104-GFP fookuste kuhjumine LA olemasolust (joonis 3D). Need leiud näitavad, et NUC1 ja SKI3 deletsioonist põhjustatud suur viiruskoormus viis Hsp104-GFP fookuste kuhjumiseni, mis viitab tsütotoksilise valgu agregatsioonile.

Kuna LA patogenees oli korrelatsioonis proteostaatiliste defektidega, oletasime, et Hsf1 toimib viirusevastase tegurina. HSF1 kustutamine on surmav, seetõttu kasutasime temperatuuritundlikku alleeli hsf1-848, mis pärineb varem avaldatud tüvede kogust (61). Hsf1-848 alleel ei kasvanud 39 kraadi juures, vahepealne kasvufenotüüp 37 kraadi juures ja ilmset kasvudefekti 35 kraadi juures ei olnud (joonis 4A). Kohttestid näitasid, et hsf1-848 kasvufenotüübid 35-kraadise ja 37-kraadise nurga all paranesid oluliselt, kui neid kombineerida nuc1∆ või ski3∆-ga, ja et need kasvudefektid muutusid tüvedes, millel puudus LA viirus (joonis 4A). . Nagu oodatud, püsis kõigi hsf1-848 mutantsete tüvede elujõuetus 39 kraadi juures kasvatatud rakkudes, sõltumata LA olemasolust. Lisaks näitasime tetraadide dissektsioonide abil, et hsf1-848 nuc1∆ ski3∆ kolmikmutandid olid lubatud temperatuuril elumatud, kui nad olid nakatunud LA-ga, kuid terved, kui nad olid pärit LA0 tüvest (SI). Lisa, joon. S6). Kasutades Western blot analüüsi, leidsime, et hsf1-848 nuc1∆ ja hsf1-848 ski3∆ kogusid suuremas koguses LA Gag-i võrreldes üksikute mutantidega (joonis 4B). Koos meie rakubioloogiliste uuringutega viitavad need leiud sellele, et Hsf1-reguleeritud proteostaatiline stressireaktsioon toimib pärmis viirusevastase süsteemina, seistes vastu LA ohjeldamatu replikatsiooni patogeensetele tagajärgedele.

Kuna on teada, et proteostaatilised defektid süvenevad ja põhjustavad kõrgetel temperatuuridel tsütotoksilisust (59), omistab lihtne mudel LA patogeneesi surmavad tagajärjed kõrgel temperatuuril katastroofilise proteostaatilise stressi tõttu. Selle mudeli edasiseks testimiseks töödeldi tüvesid asetidiin-2-karboksüülhappega (AZC), proliini analoogiga, mis lisatakse valkudesse, mis põhjustab ortostaatilise stressi (38). Need katsed näitasid, et nuc1∆ ski3∆ avaldas LA viirusest sõltuval viisil tugevat tundlikkust AZC suhtes (joonis 4C ja SI lisa, joonis S6). Lisaks leidsime, et nuc1∆ ski3∆ oli tundlik 5% etanooli suhtes, mis põhjustab ka proteostaatilisi defekte, kuid mitte 0,5 M NaCl suhtes, mis põhjustab osmootset stressi (SI lisa, joonis S6). Need leiud viitavad sellele, et LA patogeneesi surmavad tagajärjed on konkreetselt tingitud ülekaalukast proteostaatilisest stressist.

Joonis 4. Kuumašoki reaktsioon pärsib LA patogeneesi. (A) Kuvatakse HSF1, NUC1 ja SKI3 defektsete tüvede punktanalüüs koos LA-ga või ilma. Tüved märgiti glükoosi sisaldavale SC söötmele ja kasvatati näidatud temperatuuril. (B) Western blotting näidatud tüvede LA Gag ja Pgk1 valgu tasemete jaoks. Paremal on näidatud molekulmassi markerid. (C) Näidatud on proteotoksilise proliini analoogiga, asetidiin-2-karboksüülhappega (AZC) töödeldud tüvede punktanalüüs. Tüved märgiti SC söötmele, mis sisaldas glükoosi, millele oli lisatud 0,1 mg/ml AZC või ilma, ja kasvatati 30 kraadi juures.

Arutelu

Vaatamata selle üldlevinud esinemisele laboratoorsetes tüvedes, on LA dsRNA viiruse uuringud selle ilmselt healoomulise olemuse tõttu piiratud. Siin näitame, et LA-l on sügavad tagajärjed pärmile, kui selle replikatsioon on kontrollimatu, ja et mitmesugused kaasasündinud immuunsüsteemid säilitavad LA replikatsiooni talutaval tasemel. Täpsemalt näitame, et tüvedes, millel puuduvad paralleelselt toimivad NUC1 ja SKI3 viirusevastased geenid, on LA replikatsioon massiliselt ülesreguleeritud, mis põhjustab kõrgetel temperatuuridel ortostaatilise stressi ja tingimusliku letaalsuse. Kasutades seda uut avastust, kasutasime bioinformaatilisi ja edasisi geneetilisi ekraane, et tuvastada uusi pärmi geene, mis piiravad LA replikatsiooni või kaitsevad rakke ohjeldamatu LA replikatsiooni patogeensete tagajärgede eest. Kuna need ekraanid ei olnud küllastavad, kodeerib pärmi genoom tõenäoliselt palju muid viirusevastaseid tegureid. Pärmiga on läbi viidud palju sisukaid uuringuid, mis uurivad teistest organismidest pärit eksogeenselt sisestatud viiruse RNA-de replikatsiooni, ja on huvitav kindlaks teha, kas LA viirusevastased tegurid toimivad nende viiruse RNA-de suhtes sarnaselt (62, 63).

Arvestades LA-nakkuse selget ohtu, on mõistatuslik, kuidas see siiski püsib pidevalt esineva viirusevastase toime taustal. Selle paradoksi selgituseks võib olla see, et LA pakub tasakaalustavat kasu. LA üks võimalik eelis on see, et see võimaldab mõnedel tüvedel säilitada satelliitviirusi, mis kodeerivad sekreteeritud toksiine, mis tapavad naabruses asuvaid nakatumata rakke. LA-d esineb aga paljudes tüvedes, millel puuduvad "Killeri" satelliidid, mistõttu see selgitus ei ole LA-nakkuse püsivuse selgitamiseks piisav. Seega oletame, et LA-l võib olla krüptilist kasu, mis tasakaalustab selle kahjulikku potentsiaali.

Meie avastus Rex2 kui viiruse nõrgenemisfaktori kohta laiendab teadaolevate mitokondriaalsete viirusevastaste tegurite arsenali väljaspool Nuc1 ja viitab sellele, et mitokondrid on pärmi peamine viirusevastane keskus. Tõepoolest, mitokondrid täidavad viirusekaitses keskset rolli programmeeritud rakusurma regulaatorina ja viirusevastase signaalimise platvormina inimestel. Kuidas mitokondriaalsed nukleaasid nõrgendavad viirust, mis asub pärmi tsütosoolis? Üks võimalus on see, et need ensüümid, mis on suunatud mitokondritele, võivad siiski akumuleeruda tsütosoolis madalale, kuid piisavale tasemele, et LA nõrgenemist vahetult saavutada. Kooskõlas selle hüpoteesiga näitasime varem, et Nuc1 akumuleerub meiootiliste rakkude tsütosoolis, kuigi meie meetodid ei suutnud seda tuvastada mitootiliste rakkude tsütosoolis (27). Teine hüpotees on see, et LA replikatsioonitsükli mõni aspekt esineb tihedas seoses mitokondritega. Näiteks võivad LA transkriptid seostuda mitokondritega ja neid võib-olla läbida, paljastades need Nuc1 ja/või Rex2-ga. Meie tulemused rõhutavad mitokondrite potentsiaalset üldist tähtsust eukarüootide viirusliku kaasasündinud immuunsuse jaoks ja positsioneerivad pärmi-LA süsteemi selle teema edasiste uuringute võimsa mudelina.

Viirusevastane SKI-kompleks, mis on seotud ribosoomide translatsiooniga, ja meie identifitseerimine Pab1, Sro9 ja Slf1 kui LA patogeneesi suure koopia supressoritena, paljastavad transleeriva ribosoomi kui pärmi viirusevastase aktiivsuse võtmekeskuse. Avastus, et PAB1 (polüA-d siduv valk) represseerib LA-d, on üllatav, arvestades polüA sabade puudumist LA transkriptides, mis viitab sellele, et Pab1 ei toimi otseselt LA-le. Varasemad leiud näitasid, et LA transkriptid konkureerivad polüA+ pärmi mRNA-dega 60S ribosomaalsete subühikute hõivamiseks, et moodustada transleerivaid 80S komplekse (64). Üks mudel, mis selgitab meie tulemusi, on see, et Pab1 suurendab polüA saba sisaldavate mRNA-de translatsiooni, mis seejärel kahandab 60S subühikute kättesaadavust LA transkriptide translatsiooni jaoks. Sro9 ja Slf1 rollid tõlkes on vähem arusaadavad, kuid nende funktsioonid võivad sarnaselt olla seotud LA transkriptide konkurentsiga 60S allüksuste jaoks. Oluline on see, et Pab1 ja Sro9 / Slf1 homoloogid osalevad inimese viiruse kaitses ja nende geenide edasised uuringud pärmis annavad valgust viirusevastastele mehhanismidele, mis on säilinud pärmist inimesele.

cistanche taime suurendav immuunsüsteem

Tuvastasime konserveerunud transkriptsioonifaktori HSF1 viirusevastase rolli koos LA-indutseeritud proteostaatilise stressi vastusega, mis hõlmab Hsp104-GFP fookuste, tsütotoksiliste valguagregaatide HSF1-aktiveeritud markeri, akumuleerumist. Need tulemused toetavad mudelit, milles LA patogeneesi põhjustab proteotoksiline stress. Samuti avastasime SAGA kompleksi viirusevastase funktsiooni, mis on näidanud, et see toimib pärast kuumašokki Hsf1 sihtgeeni induktsiooni koaktivaatorina (65, 66). Need tähelepanekud viitavad sellele, et LA kõrge tase põhjustab Hsf1 sihtgeenide SAGA-sõltuva aktiveerimise, mis seejärel täidavad viirusevastast funktsiooni, valgustades potentsiaalset viirusevastast geeniekspressiooni programmi tärkavas pärmis. See mudel annab palju testitavaid ennustusi, mis võivad olla olulised viiruse patogeneesi suhtes teistes organismides. Tõepoolest, inimese HSF1 kontrollib ka proteolüütiliste regulatoorsete tegurite ekspressiooni. Kuigi inimese HSF1 viirusevastaseid funktsioone on kirjeldatud, on ebaselge, millist rolli mängib selles ortostaatiline stressireaktsioon (39). Meie leiud valgustavad võimsat süsteemi Hsf1 viirusevastase funktsiooni tuvastamiseks seoses selle rolliga proteostaatilise stressivastuse aktiveerimisel.

viited

1. T. Nakayashiki, CP Kurtzman, HK Edskes, RB Wickner, pärmi prioonid [URE3] ja [PSI+] on haigused. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 10575–10580 (2005).

2. RB Wickner, T. Fujimura, R. Esteban, Saccharomyces cerevisiae viirused ja prioonid. Adv. Virus Res. 86, 1–36 (2013).

3. T. Fujimura, R. Esteban, Cap-snatchingmehhanism pärmi LA kaheahelalise RNA viirusega. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 17667–17671 (2011).

4. JD Dinman, T. Icho, RB Wickner, -1 ribosomaalne kaadrinihe pärmi kaheahelalises RNA viiruses moodustab gag-pol liitvalgu. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 174–178 (1991).

5. A. Bernheim et al., Prokarüootsed viperiinid toodavad erinevaid viirusevastaseid molekule. Nature 589, 120–124 (2021).

6. A. Bernheim, R. Sorek, Bakterite pan-immuunsüsteem: viirusevastane kaitse kogukonna ressurssina. Nat. Rev. Microbiol. 18, 113–119 (2020).

7. AG Johnson et al., Bakterite peategelased paljastavad rakusurma iidse mehhanismi. Science 375, 221–225 (2022).

8. BR Morehouse et al., STING tsüklilise dinukleotiidi tuvastamine pärines bakteritest. Nature 586, 429–433 (2020).

9. G. Ofir et al., Bakteriaalsete TIR-domeenide viirusevastane aktiivsus immuunsignaalmolekulide kaudu. Nature 600, 116–120 (2021).

10. KM Slavik et al., cGAS-i sarnased retseptorid tunnetavad RNA-d ja kontrollivad 3'2'-cGAMP signaaliülekannet Drosophilas. Nature 597, 109–113 (2021).

11. AT Whiteley et al., Bakteriaalsed cGAS-i sarnased ensüümid sünteesivad erinevaid nukleotiidsignaale. Nature 567, 194–199 (2019).

12. HM Burgess, I. Mohr, Cellular 5'-3' mRNA eksonukleaas Xrn1 kontrollib kaheahelalise RNA akumulatsiooni ja viirusevastaseid reaktsioone. Peremeesraku mikroob. 17, 332–344 (2015).

13. SC Eckard et al., SKIV2L RNA eksosoom piirab RIG-I-sarnaste retseptorite aktivatsiooni. Nat. Immunol. 15, 839–845 (2014).

14. M. Miyashita, H. Oshiumi, M. Matsumoto, T. Seya, DDX60, DEXD/H kasti helikaas, on uudne viirusevastane tegur, mis soodustab RIG-I-sarnast retseptori vahendatud signaaliülekannet. Mol. Cell Biol. 31, 3802–3819 (2011).

15. CS Ng, DM Kasumba, T. Fujita, H. Luo, XRN1-DCP1/2 agregatsiooni viirusevastase aktiivsuse ruumiline iseloomustus rakusurma vältimiseks tsütoplasmaatilise RNA viiruste vastu. Cell Death Differ 27, 2363–2382 (2020).

16. RE Rigby, J. Rehwinkel, RNA degradation in antiviral immunity and autoimmunity. Trends Immunol. 36, 179–188 (2015).

17. F. Shiromoto et al., Ski2 ekspressiooni IL-1beeta/ATF3-vahendatud induktsioon suurendab B-hepatiidi viiruse x mRNA degradatsiooni. Biochem. Biophys. Res. Commun. 503, 1854–1860 (2018).

18. JT Brown, X. Bai, AW Johnson, Pärmi viirusevastased valgud Ski2p, Ski3p ja Ski8p eksisteerivad kompleksina in vivo. RNA, 6, 449-457 (2000).

19. DC Masison et al., Cap-mRNA degradatsioonisüsteemi peibutamine kaheahelalise RNA viiruse abil ja polü(A)-mRNA jälgimine pärmi viirusevastase süsteemi abil. Mol. Cell Biol. 15, 2763-2771 (1995).

20. C. Schmidt et al., The cryo-EM structure of a ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 helicase complex. Science 354, 1431–1433 (2016).

21. AM Searfoss, RB Wickner, 3' polü(A) on tõlkimiseks asendamatu. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 9133–9137 (2000).

22. EA Toh, P. Guerry, RB Wickner, Saccharomyces cerevisiae kromosomaalsed superkillermutandid. J. Bacteriol. 136, 1002–1007 (1978).

23. A. Zinovjev, RK Ayupov, IS Abaeva, CUT Hellen, TV Pestova, mRNA ekstraheerimine seiskunud ribosoomidest suusakompleksi abil. Mol. Cell 77, 1340–1349 e1346 (2020).

24. SG Ball, C. Tirtiaux, RB Wickner, La ja L-(Bc) Dsrna koopiaarvu geneetiline kontroll SACCHAROMYCES CEREVISIAE tapjasüsteemides. Genetics, 107, 199–217 (1984).

25. R. Esteban, L. Vega, T. Fujimura, 20S RNA narnaviirus trotsib SKI1/XRN1 viirusevastast toimet Saccharomyces cerevisiae's. J. Biol. Chem. 283, 25812–25820 (2008).

26. PA Rowley, B. Ho, S. Bushong, A. Johnson, SL Sawyer, XRN1 on liigispetsiifiline viiruse restriktsioonifaktor pärmides. PLoS patog. 12, e1005890 (2016).

27. J. Gao et al., Meiootiline viiruse nõrgenemine esivanemate apoptootilise raja kaudu. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 116, 16454–16462 (2019).

28. LY Li, X. Luo, X. Wang, Endonukleaas G on mitokondritest vabanemisel apoptootiline DNA. Nature 412, 95–99 (2001).

29. BJ Thomson, Viirused ja apoptoos. Int. J. Exp. Pathol. 82, 65–76 (2001).

30. MD Eastwood, SW Cheung, KY Lee, J. Moffat, MD Meneghini, Arenguliselt programmeeritud tuumade hävitamine pärmi gametogeneesi ajal. Dev. Cell 23, 35–44 (2012).

31. MD Eastwood, MD Meneghini, sugurakkude diferentseerumise arengu koordineerimine programmeeritud rakusurmaga sporuleerivas pärmis. Eukaryot Cell 14, 858–867 (2015).

32. N. Schmidt et al., SARS-CoV-2 RNA-valgu interaktsioon nakatunud inimese rakkudes. Nat. Microbiol. 6, 339–353 (2021).

33. RW Smith, NK Gray, polü(A)-siduv valk (PABP): tavaline viiruse sihtmärk. Biochem. J. 426, 1–12 (2010).

34. R. Grover et al., Myg1 eksonukleaas seob RNA töötlemise kaudu tuuma- ja mitokondriaalse translatsiooniprogrammi. Nucleic Acids Res. 47, 5852–5866 (2019).

35. EV Koonin, konserveeritud iidne domeen liitub kasvava 3'-5' eksonukleaaside superperekonnaga. Curr. Biol. 7, R604–606 (1997).

36. M. Szewczyk et al., Inimese REXO2 kontrollib lühikesi mitokondriaalseid RNA-sid, mis on genereeritud mtRNA töötlemise ja lagunemismasinate abil, et vältida kaheahelalise RNA akumuleerumist. Nucleic Acids Res. 48, 5572–5590 (2020).

37. Y. Zuo, MP Deutscher, Exoribonuclease superfamilies: Struktuurianalüüs ja fülogeneetiline jaotus. Nucleic Acids Res. 29, 1017–1026 (2001).

38. EW Trotter, L. Berenfeld, SA Krause, GA Petsko, JV Gray, Valkude väärvoltimine ja temperatuuri tõus põhjustavad G1 peatamise ühise mehhanismi kaudu, mis sõltub Saccharomyces cerevisiae kuumašokifaktorist. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 7313–7318 (2001).

39. A. Reyes, AJ Navarro, B. Diethelm-Varela, AM Kalergis, PA Gonzalez, Kas HSF1-l on roll viirusinfektsioonides? FEBS Open Bio 12, 1112–1124 (2022).

40. F. Weber, V. Wagner, SB Rasmussen, R. Hartmann, SR Paludan, Kaheahelalist RNA-d toodavad positiivse ahelaga RNA viirused ja DNA viirused, kuid mitte tuvastatavates kogustes negatiivse ahelaga RNA viirused. J. Virol. 80, 5059–5064 (2006).

41. S. Welsch et al., Dengue viiruse replikatsiooni- ja kogunemiskohtade koostis ja kolmemõõtmeline arhitektuur. Peremeesraku mikroob. 5, 365–375 (2009).

42. I. Fernandez de Castro, R. Tenorio, C. Risco, Viiruse koostetehased lipiidimaailmas. Curr. Arvamus. Virol. 18, 20–26 (2016).

43. YX Liu, CL Dieckmann, Pärmi viiruslike osakeste ületootmine mitokondriaalse nukleaasi puudulikkusega tüvede poolt. Mol. Cell Biol. 9, 3323–3331 (1989).

44. AW Johnson, RD Kolodner, Saccharomyces cerevisiae mutantide sep1 (xrn1) ski2 ja sep1 (xrn1) ski3 sünteetiline letaalsus on tapjaviirusest sõltumatu ja viitab nende geenide üldisele rollile translatsiooni kontrollis. Mol. Cell Biol. 15, 2719–2727 (1995).

45. C. Stark et al., BioGRID: interaktsioonide andmekogude üldine hoidla. Nucleic Acids Res. 34, D535–539 (2006).

46. ​​L. Espert et al., ISG20, uus interferooni poolt indutseeritud RNaas, mis on spetsiifiline üheahelalise RNA suhtes, määratleb alternatiivse viirusevastase raja RNA genoomsete viiruste vastu. J. Biol. Chem. 278, 16151–16158 (2003).

47. T. Hanekamp, ​​PE Thorsness, YNT20, yme1 yme2 möödaviigu supressor, kodeerib oletatavat 3'-5' eksonukleaasi, mis paikneb Saccharomyces cerevisiae mitokondrites. Curr. Genet, 34, 438-448 (1999).

48. A. van Hoof, P. Lennertz, R. Parker, RNaasi D perekonna kolmel konserveerunud liikmel on pärmis 5S, 5.8S, U4, U5, RNaasi MRP ja RNaasi P RNA-de töötlemisel ainulaadsed ja kattuvad funktsioonid. . EMBO J. 19, 1357–1365 (2000).

49. M. Dwivedi, NC Laddha, R. Begum, Suurenenud MYG1 ekspressiooni ja selle promootori polümorfismi korrelatsioon haiguse progresseerumise ja suurema vastuvõtlikkusega vitiligo patsientidel. J. Dermatol. Sci. 71, 195–202 (2013).

50. K. Kingo et al., MYG1, uudne melanotsüütidega seotud geen, on kõrgenenud ekspressiooniga vitiligos. J. Dermatol. Sci. 44, 119–122 (2006).

51. IB Andika, A. Jamal, H. Kondo, N. Suzuki, SAGA kompleks vahendab viirusevastase RNA vaigistamise transkriptsioonilist ülesreguleerimist. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114, E3499–E3506 (2017).

52. SG Sobel, SL Wolin, Kaks pärmi La motiivi sisaldavat valku on RNA-d siduvad valgud, mis seostuvad polüribosoomidega. Mol. Biol. Cell, 10, 3849-3862 (1999).

53. A. Proweller, JS Butler, Polü(A)-siduva valgu ribosomaalne seos polü(A)-defitsiidis Saccharomyces cerevisiae's. J. Biol. Chem. 271, 10859–10865 (1996).

54. DE Gordon et al., SARS-CoV-2 valkude koostoime kaart näitab ravimite taaskasutamise sihtmärke. Nature 583, 459–468 (2020).

55. O. Brandman et al., Ribosoomiga seotud kvaliteedikontrolli kompleks käivitab tekkivate peptiidide lagunemise ja annab signaali translatsioonistressist. Cell 151, 1042–1054 (2012).

56. J. Anckar, L. Sistonen, HSF1 funktsiooni reguleerimine kuumastressi reaktsioonis: mõju vananemisele ja haigustele. Annu. Rev. Biochem. 80, 1089–1115 (2011).

57. J. Li, J. Labbadia, RI Morimoto, HSF1 ümbermõtestamine stressis, arengus ja organismi tervises. Trends Cell Biol. 27, 895–905 (2017).

58. PK Sorger, HR Pelham, Pärmi kuumašokielemente siduva valgu puhastamine ja iseloomustamine. EMBO J. 6, 3035–3041 (1987).

59. EJ Solis et al., Pärmi Hsf1 põhifunktsiooni määratlemine paljastab kompaktse transkriptsiooniprogrammi eukarüootse proteostaasi säilitamiseks. Mol. Cell 63, 60–71 (2016).

60. JR Glover, S. Lindquist, Hsp104, Hsp70 ja Hsp40: uudne chaperone süsteem, mis päästab varem agregeeritud valgud. Cell, 94, 73-82 (1998).

61. Z. Li et al., Süstemaatiline pärmi geenifunktsiooni uurimine temperatuuritundlike mutantidega. Nat. Biotehnoloogia. 29, 361–367 (2011).

62. RY Zhao, Pärm viirusuuringute jaoks. Microb. Cell 4, 311–330 (2017).

63. T. Panavas, E. Serviene, J. Brasher, PD Nagy, Pärmi genoomi hõlmav ekraan näitab erinevaid peremeesgeenide komplekte, mis mõjutavad RNA viiruste replikatsiooni. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 7326–7331 (2005).

64. Y. Ohtake, RB Wickner, Pärmiviiruse paljunemine sõltub kriitiliselt vabade 60S ribosomaalsete subühikute kontsentratsioonist. Mol. Cell Biol. 15, 2772–2781 (1995).

65. SB Kremer, DS Gross, SAGA ja Rpd3 kromatiini modifikatsioonikompleksid reguleerivad dünaamiliselt kuumašoki geeni struktuuri ja ekspressiooni. J. Biol. Chem. 284, 32914–32931 (2009).

66. MD Leach jt, Hsf1 ja Hsp90 korraldavad Candida albicansis temperatuurist sõltuvat globaalset transkriptsioonilist ümberkujundamist ja kromatiini arhitektuuri. Nat. Commun. 7, 11704 (2016).

67. CS Sitron, JH Park, JM Giafaglione, O. Brandman, CAT sabade agregatsioon blokeerib nende lagunemise ja põhjustab S. cerevisiae proteotoksilisust. PLoS One 15, e0227841 (2020).

68. L. Magtanong et al., Dosage supressiooni geneetilise interaktsiooni võrgud täiustavad raku funktsionaalseid juhtmestiku skeeme. Nat. Biotehnoloogia. 29, 505–511 (2011).

69. V. Bilanchone et al., Ty3 retrotransposoon kaaperdab paarituvad pärmi RNA-d töötlevad kehad, et nakatada uusi genoome. PLoS Genet. 11, e1005528 (2015).

70. L. Ruan et al., Tsütosoolne proteostaas valesti volditud valkude importimise kaudu mitokondritesse. Nature 543, 443–446 (2017).