Cistanche'i kloroplasti genoomi koodoni kasutamise eelarvamuste analüüs

Abstraktne:

Eesmärk Selgitada kloroplasti genoomi koodonikasutuse kallutatust ja mõjutegureid neljas Cistanche spp. ravimtaimes. Meetodid Koodonikasutuse kallutatuse parameetridCistanche deserticola, Cistanchesalsa jaCistanchetubulosaanalüüsiti CUSP, CodonW 1.4.2, SPSS ja Microsoft Exceli abil.

Tulemused Nelja Cistanche liigi kloroplasti genoomidel oli sarnane koodonikasutuse muster, kusjuures koodonite kolmas alus lõppes kõik A/T-ga ja kaldus kasutama A/T-aluseid soodsamalt.

Kõigi nelja liigi ENC (efektiivne koodonite arv) väärtused olid üle 35, mis näitab, et Cistanche spp. on nõrk. Neutraalsusgraafiku, ENC-diagrammi, PR2-nihkegraafiku ja vastavusanalüüsi tulemused näitasid, et looduslik valik oli peamine tegur, mis mõjutas kloroplasti genoomi koodonikasutuse kallutatust Cistanche spp. RSCU (relatiivne sünonüümne koodonikasutus) väärtusi kasutati nelja optimaalse koodoni tuvastamiseks, mida jagavad neli liiki Cistanche spp.

Järeldus Selles uuringus analüüsisime nelja liigi kloroplasti genoomide koodonikasutuse kallutatust.Cistanche tubulosa. ja paljastas koodoni kallutamist mõjutavad tegurid, mis andis vastava teoreetilise aluse süstemaatilise evolutsiooni, keskkonnaga kohanemise ja tõu paranemise uurimiseks.Cistanchemolekulaarsel tasemel.

Cistanche Tubulosa ekstrakti saamiseks klõpsake siin

Küsi lisa:

E-post:wallence.suen@wecistanche.com Whatsapp pluss 86 15292862950

Cistanche Hoffmanns. & Link on mitmeaastane parasiittaim perekonnast Orobanchaceae, peamiselt levinud Euroopas ja Aasias ning millel on neli liikiCistancheSise-Mongoolias, Ningxias, Gansus, Qinghais ja Xinjiangis [1].

Nende hulgas,Cistanche deserticola Maon kõrgeima raviväärtusega ja on tuntud kui "kõrbe ženšenn", kuna see kasvab peamiselt kõrbealadel. Perekonda Cistanche kuuluvad ravimtaimed on aga segaduses taimede klassifitseerimisel [2] ja segaduses kaubanduslikult saadavate liikide kasutamisel [3]. Kloroplastid on enamiku roheliste taimede fotosünteesi koht, nad on seotud arengu ja sekundaarse metaboolse tegevusega [4] ning koordineerivad geeniekspressiooni organellide ja tuumagenoomi vahel [5]. Kloroplastidel on autonoomselt päritud genoom ja neid kasutatakse laialdaselt sellistes uuringutes nagu taimede fülogeneetiline analüüs, liikide tuvastamine ja geneetilise mitmekesisuse ekspressioon. Viimastel aastatel on kloroplasti genoomi suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnoloogia küpsemisega mitmed perekonna Cistanche, Cistanche salina C. salsa (CA Mey.) G. Beck, Cistanche salsa C. sinensis G. Beck ja Cistanche tubulosa Wight taimed. on läbinud kloroplastide sekveneerimise ning nende fülogeneesi ja geneetilise uuringud. Siiski ei ole uuritud Cistanche spp. on teatatud.

Koodon, tuntud ka kui geneetiline kood, on sild nukleiinhapete ja valkude vahel. sild nukleiinhapete ja valkude vahel ning on oluline bioloogilise geneetilise informatsiooni koodonite äratundmine ja edastamine, tuntud ka kui geneetiline kood, mis on olulised vektorid bioloogilise geneetilise informatsiooni äratundmisel ja edastamisel ning on oluliseks osaks bioloogilises pärandis ja varieerumises [8 ].

Valkude translatsiooniprotsesside erinevuste tõttu liikide vahel on kalduvus kasutada ühte või erinevate liikide translatsiooniprotsessi, nad kipuvad kasutama ühte või mitut spetsiifilist sünonüümset koodonit. Seda nähtust nimetatakse koodonikasutuse biasiks (CUB) [9]. Seda nähtust nimetatakse koodonikasutuse eelarvamuseks (CUB) [9] ja koodoni eelistus mõjutab oluliselt mRNA translatsiooni, DNA transkriptsiooni, valgu struktuuri, ekspressiooni ja ekspressiooni. koodoni eelistus mängib olulist rolli mRNA translatsioonis, DNA transkriptsioonis, valgu struktuuris, ekspressioonis, funktsioonis ja kotranslatsioonilises voltimises ning teistes raku metaboolsetes protsessides. Koodoni eelistus mängib olulist rolli raku metaboolsetes protsessides, nagu mRNA translatsioon, DNA transkriptsioon, valgu struktuur, ekspressioon, funktsioon ja kaastranslatsiooniline voltimine [10]. Shi Yanshuo jt [11] analüüsisid nelja Panaxi ženšenni liigi koodoni eelistust, analüüsides nelja Panax Linna kloroplasti genoomi eelistust. analüüsides nelja Panax Linna kloroplasti genoomi koodoni eelistust. taimed ja järeldasid, et samasse perekonda kuuluvad taimed on üksteisega tihedamalt seotud. Song Yun jt [12] näitasid, et ICE1 geeni saab optimeerida koodoni eelistuste põhjal, muutes selle vastupidavamaks madala temperatuuriga stressile.

Song Yun jt [12] näitasid, et ICE1 geeni saab optimeerida ekspressiooniks madala temperatuuriga stressi all, lähtudes koodoni eelistusest; Li Xianhuang jt [13] leidsid, et Li Xianhuang jt [13] leidsid, et koodoni eelistus võib peegeldada liikidevahelisi evolutsioonilisi suhteid; Zhang Jun Yan Li jt [13] leidsid, et koodoni eelistus peegeldab liikide vahelist evolutsioonilist seost; Jun Yan Zhang jt [14] näitasid, et mutatsioon ja looduslik valik koos mõjutavad Swertia bimaculate (L.) ekspressiooni. Zhang Junyan jt [14] näitasid, et mutatsioon ja looduslik valik mõjutasid koos Swertia bimaculate (Sieb. et Zucc.) Hooki evolutsioonilisi suhteid. f. et Thoms. ex CB Clark kloroplasti genoomi koodoni eelistus swertia bimaculate (Sieb. et Zucc.) Hook. f. et Thoms. Kloroplasti genoomsete koodonite eelistuste uurimine taimede kloroplasti genoomides viidi läbi selleks, et anda alus rootsi kodustamiseks. Seetõttu võib taimsete kloroplastide genoomide koodonikasutuse mustrite uurimine anda aluse rootsi kodustamiseks. Seetõttu võib kloroplasti genoomide koodonikasutuse mustrite uurimine aidata parandada geeniekspressioonivektori ehituse molekulaarsete mehhanismide efektiivsust keskkonnaga kohanemisel ja taimesortide täiustamisel. Seetõttu võib taimede kloroplasti genoomide koodonikasutuse mustrite uurimine anda andmetuge geeniekspressioonivektori konstrueerimise tõhususe parandamiseks, liikide evolutsiooniliste suhete uurimiseks, keskkonnaga kohanemise molekulaarsete mehhanismide mõistmiseks ja taimeliikide parandamiseks [15].