Tsirkuleeriv kasvaja DNA neerurakulise kartsinoomiga patsientidel. Kirjanduse süstemaatiline ülevaade
Nov 07, 2023
3.3. Kooskõla kasvajakoega
Üks ctDNA analüüsi potentsiaalseid rakendusi on selle võime ületada geneetilist heterogeensust. Geneetiline heterogeensus esineb ruumis (ruumiline) ja ajas (ajaline) ning kujutab endast suurt väljakutset vähiravis. Ruumiline heterogeensus on geneetiliste aberratsioonide esinemine primaarse kasvaja piirkondades/subkloonides või metastaatilistes kahjustustes. Kui primaarse kasvaja biopsiakoes ei esine heterogeensuse tõttu sihitavaid aberratsioone, jäävad need tuvastamata ja võivad viia patsiendi suboptimaalse ravini. Ajaline heterogeensus tekib aja jooksul kasvaja kloonse evolutsiooni tulemusena, mille võib põhjustada haiguse süsteemsest ravist tingitud selektiivne surve või kasvaja genoomne ebastabiilsus.
Smith jt [16] viisid läbi heterogeensusanalüüsi ühel ulatuslikult iseloomustatud patsiendil kümne ruumiliselt eristuva kasvajakoeprooviga ja täheldasid, et plasmas tuvastati kümnest kasvajapiirkonnast üheksast pärit regioonispetsiifilised mutatsioonid, mis näitab, et ctDNA analüüs võib kasvaja heterogeensusest üle saada.
KLIKI SIIA, ET HANKIDA TAIMSETE TSISTANŠE VALMISTID
Teine võimalus uurida ctDNA potentsiaalset võimet ületada geneetilist heterogeensust on uurida plasmaproovi ja sama patsiendi ühe koe biopsia vastavust. Bacon jt [23] kasutasid seda lähenemisviisi ja leidsid neljal ctDNA-positiivsel patsiendil 77% vastavust olemasolevate kasvajakoe proovidega. Hahn jt [19] leidsid ainult 8,6% vastavust. Tõenäoliselt on see aga tingitud sellest, et selle patsientide rühma plasmaproovid koguti mitu kuud pärast vastavate kasvajakoe proovide võtmist (keskmine 22 kuud, vahemik 0–70) ja mõni kord pärast primaarse kasvaja kirurgilist resektsiooni. Patsientide stratifitseerimine vastavalt koe ja plasmaproovide kogumise vahelisele ajale suurendas veidi vastavust 11, 4% -ni patsientidel, kelle kasvajakoe ja plasma kogumise vahel oli 6 kuud. See näitab kasvaja klonaalset arengut aja jooksul, mis selgitaks kasvajakoe ja erinevatel ajahetkedel kogutud plasmaproovide vahelist madalat vastavust. Seda hüpoteesi toetavad Pal jt uuringu tulemused [21], milles 13 patsiendil viidi ctDNA analüüs läbi rohkem kui ühes proovis, kusjuures teine proov saadi keskmiselt 157 päeva (vahemik 21–360) pärast esimest. . Esimeses ja teises proovis tuvastatud aberratsioonide vaheline vastavus vähenes proovide kogumise vahelise aja suurenemisega, mis näitab kasvaja kloonide evolutsiooni.
3.4. Prognoos ja haiguse jälgimine
Üks ctDNA analüüsi potentsiaalseid rakendusi on võime pakkuda prognostilist teavet, mida uuriti neljas uuringus. Jung jt, Lin jt ja Yamamoto jt leidsid kõik, et ctDNA tuvastamine RCC eri staadiumidega patsientidel oli märkimisväärselt seotud kas suurema surmariskiga [31] või lühema progressioonivaba elulemusega [22,30], vähispetsiifiline elulemus [22] või üldine elulemus [30]. Bacon jt [23] leidsid, et ctDNA-positiivsetel patsientidel oli esmavaliku ravi korral lühem üldine elulemus ja progresseerumiseta elulemus võrreldes ctDNA-negatiivsete patsientidega. Vaja on rohkem uuringuid, kuid need leiud näitavad, et ctDNA-l võib olla potentsiaali prognostilise biomarkerina.
Teine ctDNA analüüsi potentsiaalne rakendus on haiguste jälgimine süsteemse ravi ja patsientide jälgimise ajal. Neli uuringut [16, 18, 21, 22] viidi läbi patsientide pikisuunalise proovide võtmise ja üldiselt leiti, et ctDNA tase kõikus haiguse kliinilise kulgemise tõttu. Smith jt [16] analüüsisid 252 pikisuunalist proovi 37 patsiendilt. Nad täheldasid, et ctDNA tase tõusis enne ravi alustamist, vähenes koos ravivastusega ja tõusis või püsis kõrgendatud haiguse progresseerumise või ravivastuse puudumise tõttu. Lasseteri jt [18] ja Yamamoto jt [22] uuringud, mis uurisid ctDNA taset vastavalt viie ja kuue patsiendi pikisuunalistes proovides, toetavad Smithi jt. Need uuringud toetavad seega arvamust, et ctDNA võib potentsiaalselt olla biomarker, mis sobib ravivastuse ja haiguse progresseerumise jälgimiseks.
3.5. Raviliin ja ctDNA
Kahes uuringus [21, 24] uuriti esimese valiku ja hilisema ravi mõju ctDNA geneetilistele aberratsioonidele. Pal jt [21] viisid läbi ulatusliku uuringu, milles osales 220 patsienti, uurides erinevusi esmavaliku ja teise või hilisema süsteemset ravi saavate patsientide vahel leitud geneetilistes muutustes. Nad leidsid, et VAF-i mediaan oli 20% esmavaliku ravi saavatel patsientidel, kuid tõusis 24%-ni hilisemat ravi saavatel patsientidel. Lisaks täheldasid nad mitme geeni erinevat mutatsioonisagedust esmavaliku ravi saavate ja hilisemat ravi saavate patsientide vahel. Zhang jt [24] leidsid, et ctDNA geneetiliste aberratsioonide arv oli seotud saadud raviliinide arvuga. Need kaks uuringut näitavad, et ctDNA-l võib olla roll süsteemse ravi käigus omandatud geneetiliste aberratsioonide tuvastamisel ja see võib potentsiaalselt anda võimaluse terapeutilise resistentsuse mehhanismide tuvastamiseks.
3.6. CtDNA tuvastamise meetodid: millist valida?
ctDNA esineb sageli väikestes kogustes tervetest rakkudest vabaneva cfDNA taustal. Madalad ctDNA tasemed nõuavad tuvastamiseks väga tundlikke meetodeid, eriti RCC-s, kus ctDNA tasemed näivad üldiselt olevat madalad võrreldes teiste vähivormidega. Seetõttu on meetodite võrdlemine ja optimeerimine ülimalt oluline.
Kahes uuringus võrreldi erinevaid ctDNA tuvastamise meetodeid. Smith jt [16] rakendasid kolme meetodit kahe erineva RCC patsientide kohorti puhul; kasvaja juhitud analüüs, suunatud paneelide järjestamine ja plasma globaalne sekveneerimine. Nad leidsid, et kasvaja juhitud analüüsil oli kõrgeim ctDNA tuvastamise määr, samas kui plasma globaalsel sekveneerimisel oli madalaim. Seda järeldust toetab Lasseteri jt uuring [18], kes samuti kasutasid kolme meetodit ctDNA tuvastamiseks ühes RCC patsientide rühmas: globaalne metüülimise analüüs (cfMeDIP-seq), kasvaja juhitud analüüs ja sihitud paneeli järjestus. plasmast. Nad leidsid, et cfMeDIP-seq toimis kõige paremini ja kasvaja juhitud analüüs oli tundlikum kui suunatud paneeli järjestamine. CfMeDIP-seq paremuse soovitatud põhjus oli see, et epigeneetilised aberratsioonid on RCC-s sagedasemad kui geneetilised variandid [34].
Mitmed uuringud näitavad, et ctDNA analüüsi tundlikkust RCC-s saab parandada lühemate DNA fragmentide rikastamisega. Mouliere jt [25] viisid läbi plasma WGS-i ja leidsid, et ctDNA tuvastamise määr mitme vähitüübi puhul paranes 90–150 aluspaari suuruste DNA fragmentide valimisel, mida toetavad Smithi jt [16] tulemused. nende uuring, kasutades sWGS-i ja kasvaja juhitavat sekveneerimisanalüüsi. Yamamoto jt [22] analüüsisid cfDNA fragmendi pikkust, kasutades sihitud paneeli sekveneerimise andmeid ja leidsid, et mutatsioonidega DNA fragmendid kippusid olema lühemad kui vastavad muteerimata fragmendid ja sarnaselt, et positiivse ctDNA analüüsiga patsientidel oli suurem osa lühikesest võrreldes. pikad killud. Nende uuringute tulemused näitavad koos, et fragmendi suuruse analüüsi võib kasutada ka teatud ctDNA tasemega proovide tuvastamiseks, et vältida väga madala ctDNA tasemega proovide kulukat analüüsi.
Sellele, miks kaasatud uuringutes on ctDNA tuvastamise määr alla 100%, on palju võimalikke selgitusi; see võib olla tingitud tuvastamiseks kasutatud meetodite tundlikkusest või muudest analüüsiga seotud teguritest, näiteks kui tuvastatud kasvaja mutatsioonid olid subklonaalsed ja esinesid ainult väikeses osas kasvajast [35]. Teised võimalikud põhjused on vähi tüüp, kasvaja anatoomiline asukoht põhjustab ctDNA vabanemise vere asemel uriini, kasvaja DNA puhastatakse kiiremini kui teiste kasvajate puhul või lihtsalt see, et neerukasvajad eraldavad vähem DNA-d kui teised kasvajad [15]. . Lihtne lahendus võiks olla DNA analüüsimine suuremast kogusest plasmast. See aga suurendaks enamikul juhtudel proportsionaalselt analüüsi maksumust. Loodame, et tulevased uuringud valgustavad mõnda neist küsimustest ja parandavad ctDNA tuvastamise võimet RCC-s.
4. Järeldused
RCC patsientidel ctDNA-d uurivate uuringute arv on endiselt väike ja nendesse uuringutesse kaasatud patsientide arv on piiratud, kuigi viimastel aastatel on tehtud suuremaid uuringuid. Uuringud rõhutavad, et ctDNA tase RCC-s näib olevat madal. Siiski on mRCC-ga patsientidel suurem ctDNA kogus kui lokaliseeritud haigusega patsientidel. Uuringud, milles kasutati mitut ctDNA tuvastamise meetodit, näitavad, et kasvaja juhitud analüüs parandab ctDNA tuvastamise määra võrreldes mittejuhitavate meetoditega ja viitavad sellele, et cfMeDIP-seq võib potentsiaalselt olla väga tundlik meetod ctDNA tuvastamiseks RCC-s. CtDNA analüüsi võimalike rakenduste kindlaksmääramiseks RCC-s ja nende rakenduste meetodite täiustamiseks on vaja rohkem uuringuid.
Viited
[1] Parkin DM, Bray F, Ferlay J, Pisani P. Globaalne vähistatistika, 2002. CA Cancer J Clin 2005;55(2):74–108.
[2] Ljungberg B, Albiges L, Bensalah K jt. EAU juhised: neerurakk-kartsinoom 2020 V3-1. Arnhem, Holland: Euroopa Uroloogide Ühing; 2020. https://uroweb.org/wp-content/ uploads/EAU-Guidelines-on-Renal-Cell-Carcinoma{10}}V3.pdf.
[3] Danske Multidistsiplinaarne Vähigrupp. Renaltsellekartsinomeer – patoloogia. https://www.dmcg.dk/siteassets/forside/kliniske retningslinjer/godkendte-kr/darenca/darenca_patologi_adm-godk_ jbh100919.pdf.
[4] Baldewijns MM, van Vlodrop IJH, Schouten LJ, Soetekouw PMMB, de Bruïne AP, van Engeland M. Neerurakulise vähi geneetika ja epigeneetika. Biochim Biophys Acta 2008;1785:133–55.
[5] Ellinger J, von Rücker A, Bastian PJ, Müller SC. Tsirkuleeriv rakuvaba seerumi DNA: tähtsus uroloogiliste pahaloomuliste kasvajate uue biomarkerina. Urologe A 2010;49, 1131-2, 1134.
[6] Schwarzenbach H, Hoon DS, Pantel K. Rakuvabad nukleiinhapped kui biomarkerid vähihaigetel. Nat Rev Cancer 2011;11:426–37.
[7] Esposito A, Bardelli A, Criscitiello C jt. Kasvajast pärineva rakuvaba DNA jälgimine tahkete kasvajatega patsientidel: kliinilised perspektiivid ja uurimisvõimalused. Cancer Treat Rev 2014;40:648–55.
[8] Fleischhacker M, Schmidt B. Tsirkuleerivad nukleiinhapped (CNA) ja vähk – uuring. Biochim Biophys Acta 2007;1775:181–232. [9] de Martino M, Klatte T, Haitel A, Marberger M. Seerumi rakuvaba DNA neerurakulise kartsinoomi korral: diagnostiline ja prognostiline marker. Vähk 2012;118:82–90. [10] Kidess E, Jeffrey SS. Ringlevad kasvajarakud versus kasvajast tuletatud rakuvaba DNA: konkurendid või partnerid vähiravis üherakulise analüüsi ajastul? Genome Med 2013;5:70.
Wecistanche'i tugiteenus - Hiina suurim tsistanšeksportija:
E-post:wallence.suen@wecistanche.com
Whatsapp/Tel:+86 15292862950
Lisateabe saamiseks ostke:
https://www.xjcistanche.com/cistanche-shop
